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CGAGUUGGCCAGACAGUCGCCGCGUUCGCAAGAACGGGGAGGAAAGUCCGGGCUUCAAAGAGCAGGGUGCCAGGUAACGCCUGGGCGGUGUGAACCGACGACAAGUGCAACAGAGAGGAGACCGCCAUCAUAGCCUCGGCUAAGGUGGUAAGGGUGAAAGGGUGCGGUAAGAGCGCACCGUGCGGCUAGCAAUAGUCCGUAGCAAGGUAAACUCCACCCGAAGCAAGACCAAAUAGGGUUCCGUAUGGCGUGGCUCGCGUUGGAACCGGGUAGGUCGCUUGAGCCUGUGAGCGAUUGCAGGCCUAGAUGAAUGACUGUCCACGACAGGACCCGGCUUAUCGGCCAACUCAACCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((.((((.((.(((((....))))).)).((.....)).))))))...((((.((((.(((((.....)))))..(((....))).....((((.((......(.(....))..((((.((((....)))).))))....(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))...))..((((..((..(((((((....(((.....)))..)))))))..)).)))).)))).(((((..(....)..)))))............(((((...))))).)))).))))...)))))))))....) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.(((..((.((.(((((....))))).))..))..))).))((((....))))......(((((.....))))).((((....))))........................(((((....((((....))))....)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).)))))............................................................................((...((((((((....))))))))..))................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.((((((((((((((((....))))))))................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))).....................)))))))))..... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((((((((....)))))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((........)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((...................))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((((((((....))))))))............(((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((........)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))))..((((......((((((...................)))))).....))))......((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.((.(((((((.(((((....))))).))............((((....)))).(((((((((((...)))))).((((....))))........................((((((((.((((....)))).))))))..)).......((((((.......))))))(.(((((((....))).))))..)...........))))).((((..((((......(((((((....(((.....)))..))))))).....))))))))..((((((((....)))))))).............................)))))..)))))))))))..... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.........((.(((((....))))).))....(((.(((((............(((((((((((...)))))).((((....))))........................((((((((.((((....)))).))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))).((((..((((......(((((((....((((.....))))))))))).....))))))))(.((((((((....)))))))))...........(((((...)))))..))))))))...)))))))))..... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((........((.(((((....))))).))....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.............((((((((.((((....)))).))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).....))..)))))))))))))...((((......((((((....(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))............((((.....))))..)))))))).).)))))))))..... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.((.(((((((.(((((....))))).))......((((..((((....)))).(((((((((((...)))))).((((....))))....................(((.((((((((.(((((..))))).))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).)))).))........)))))))).((((..((((..((..(((((((.((.(((.....))))))))))))..)).))))))))..((((((((....))))))))........................)))).)))))..)))))))))))..... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.(((.(....).))).)).........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((.((.((........)).)).)))...........((((((.......)))))).((((((((....))))).))).............))))).................(((((.....................)))))...............((((((((....))))))))..........))))))).............(.....).)))))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((.((.(((((....))))).)).)).(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))........................((((((((.((((....)))).))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))))))(..((((......((((((.....(((.......))).)))))).....)))))...(.((((((((....)))))))))..........................))))))))...)))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(((....[[[.(((((....))))).........)))..]]]........(((.....((((((...)))))).((((....))))........)))............(((((((((.((((....)))).))))))..[[[[[....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....)))......]]]]].................(((((((....(((((...)))))))))))).(((((((((.....((((((((....))))))))............(((((...)))))....))))))))))))))))))..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(((..((.((.(((((....))))).))..))..)))...........((((.((((.((((((...)))))).((((....))))..........................((((((.((((....)))).))))))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...((.....)).))))).((((..((((......(((((((....(((.....)))..))))))).....))))))))..((((((((....))))))))............(((((...))))).)))).))))...)))))))))..... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.........((.(((((....))))).))....(((.(((((..............(((((((((...)))))).((((....))))........................((((((((.((((....)))).))))))..[[.......((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....)).......)))]]..(((..((((......(((((((....(((.....)))..))))))).....)))))))...((((((((....))))))))............(((((...)))))..))))))))...)))))))))..... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((((((....))))))))............(((((........(((((((((((...)))))))((((....))))..........((...........((((((((..............)..))))..)).)......(((((.......)))))..((((((((....)))).))))....))........)))))))))...(((..((..((((((.....(((((...))))).))))))..)).))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).....................)))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.......(.((((((((....)))))))).)..(((.(((((((((........((((.((((((...)))))).((((....)))).......................((((((((((.((((..)))).)))))))...))).....((((((.(...).))))))..(((((((....)))).)))...............)))))))))...(((...(..((((((....((((((...))))))))))))..)..)))...(((.((((((((....))))))))))).........(((((...)))))...)))))))...)))))))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.....(((.((.(((((....))))).)).((.....))..((((....)))).((((.((((((...)))))).((((....))))..........................((((((.((((....)))).))))))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...((.....)).))))).((((..((((......(((((((....(((.....)))..))))))).....))))))))..((((((((....))))))))............(((((...))))).))))))).....)))))))))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.((((((([[[[(((((....))))).........[[[[..(((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).......................((((((....(((((..))))).))))))..((((.....((((((.......)))))).(((((...........))))).........))))))))))))))...(((......((((((....((((((...)))))))))))).)))..[[[[.....((((((((....))))))))..........)))))))..]]]].]]]].]]]].....)))))))))..... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((...(((((((.((.(((((....))))).)).(((...)))..(((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................((((((((.((((....)))).))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))))..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))..(((.(((......))).))).)))))))..... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.(((((....))))).)).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((((((............)))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)...))..))))))))))))))..((((..((..((((((....(((((.....)))))))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))......))))))).((..........))......)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((....))))))))((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((............)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((....(((((.....)))))))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((((((....)))))))).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((............)))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((....(((((.....)))))))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....)))))))).((..........))......)))))))))).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.(((((....))))).)).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((.((((((............))))))...)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)...))..))))))))))))))..((((......((((((....(((((.....))))))))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).))......))))))).....................)))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.((.((((.((.(((((....))))).)).((.....)).))))))...((((.((((..((((..((((((((.((((....))))........(((...............((((((.((((....)))).))))))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))...)))...((((...((((..((.....))..))))...))))..))))))..))..)))).((((((((....))))))))............(((((...))))).)))).))))...)))))))))..... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.((.((((....(((((....)))))....(((...)))..((((....))))......((((((...)))))).((((....))))..........................((((((.((((....)))).))))))..(((((....((((((.(....))))))).((((((((....))).))))).............))))).((((..((((......(((((((....(((.....)))..))))))).....)))))))).(((((((((....)))))))).)..........(((((...))))).....))))..)))))))))))..... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.......((((((...........((((........)))).((((....))))......((((((...))))))))))))....((((((....((((........((((...((((((.((((....)))).))))))..(((((....((((((.......))))))....(((((....))))).................)))))...................)))).....))))......))))))..((((((...........((((((((....))))))))............(((((...))))).))))))......)))))))))..... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((((((......................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))......................................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....)))...........................................................(((...((....))...)))..........))))))).............((........)))))))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((.(((((....))))).)).((.....))..(((((........((((((((((.....))))).((((....))))......................................................((((.....((.(((.......))).)).(((..(((....)))...))).........))))))))))))))..(((...((..((((((...................))))))..))..))).((.(.((((((((....))))))))).)).....)))))))).......(....)........)))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(((((((.((.(((((....))))).))......(((..((((((((.(..((.((.((((((..((((((((.((((....))))........(((........(....).((((((.((((....)))).))))))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))...)))...((((...((((..((.....))..))))...))))..))))))..))..)))).)))).))..)..))).)))))..)))....)))))))..((........)).......)))))))))..... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((.(((..((.((.(((((....))))).))..))..)))((((((((.....(((.....(((((.....))))).((((....))))........)))........((((.((((((((.((((....)))).))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).)))))..........))))....)))))....((((...((((..((.....))..))))...))))..)))....))))))))).((((((((....)))))))).....(((....(((((...))))).....((((....))))...))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(((..((.((.(((((....))))).))..))..)))((((((((.....(((..((.(((((.....))))).((((....))))...))...)))......(.(....))((((((.((((....)))).))))))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))))....((((...((((..((.....))..))))...))))..)))(((((((((((.(.(((((..(....)..)))))).))........(((((...)))))....))))))))))))))))))..... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((..((.((.((((((..))))))))))...(((.(((((((...((.((((((((.((((((...)))))))))))))).))(....)(((((((((((((((.((((((((((((.(((((..))))).))))))..)))))).))((((((((..)).))))))(((((((((....))).)))).))((...))...((((.(........)(((.((........)).))).)))).))).)))))(((((...))))))))))))(((((........))))).(.(........)(((((...))))).))))))))))))))))))))).)... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...................................................................................................................................................................................................................................................((....................................(......)..(())..........................((.......)).....).)..)))..... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.............................................................................................................................(.((.((..)................((((((.......)))))).((((((((....))).))))).....................)...((((....(.((((((....((((((...))))))))))))...).)))).((...((((((((....))))))))..)).....))............((.......))....)))))))))..... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.........((.(((((....))))).))......................((.(((..((((((...)))))).((((....)))).........((...............((((((.((((....)))).))))))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))...))..((((......(((((((.................))))))).....))))......(((((..(....)..)))))............(((((...)))))..))).)).....)))))))))..... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(((((((.((.(((((....))))).)).(((...)))..((((....)))).(((((((((((...)))))).((((....)))).......................(((((((((.((((....)))).))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))).((((..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))..........)))))))..((........)).......)))))))))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(((..((.((.(((((....))))).))..))..)))...(((((.....(((..((.(((((.....))))).((((....))))...))...)))...............((((((.((((....)))).))))))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))))....((((...((((..((.....))..))))...))))..((((((..((((.....(((((..(....)..)))))...(((........)))..))))...))))))......)))))))))..... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.........))).(((((....)))))..........(((..((((....)))).)))..(((((.....))))).((((....))))..)))..............(((.((((((....((((....)))).))))))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))........(((......))))))....((((..(((((.((....)))))))....))))...((((((((....))))))))..............((((......))))..((((....)))).......... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((......[[[))).(((((....)))))..........(((..((((....)))).)))..(((((.....))))).((((....))))..]]]......))).....(((.((((((....((((....)))).))))))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))........(((......)))))).....(((..(((((.((....)))))))....))).(((((((((((....))))))))..............((((......))))..((((....))))...))).... |
