RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00343

RNA: ASE_00343
Rfam family: RNaseP_bact_a

			CUGUGCAAUUUUUGGAUAAUCGCGUAGUAUUUUAAUACUAUGAGGAAAGUCCAUGCUAGCACUGGCUGUGAUGCCAGUAGUGAUUGUGCUAGGCGAACACAUAAGCCUAGGGAUGUGCAUACACAUUACGGCGAAGGAAAUGGCUAAGUCGUUUGAUAUGCCAAAGUACUUCUGAAAGUGCCACAGUGACGUAGUUUUUAUGGAAACGUAAAAAAUGGAACGCGGUAAACCCCUCAAGCUAGCAACCCAAACUUUGGUAGGGGCAUGGGAUAGUUGGAAACGAACAAGCUAUCCUGACUGUCAACAGACGGUAGACAGAUGAUUAUCGAAGGAAAUAAUUCCUAGUUAUUUCCGGAACAAAACAUGGCUUAUAGAAAAUUGCAUAAUAGGUUAAGCUAGCAUUUGCUAG
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	...((((((((((((((((((.((((((((....))))))))....[[[.[[[[[(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((....)))))).)((.((((.....(((...(((....)))..)))......)))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((.................)))))))((((((....))))))........)))))))...(((((((((.....))))))))).........]]]]]]]].).))))))))))..........................
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((....(((((..((.((((((((....))))))))..))..))))).((((((((((((......))))))....(((((((...........(((((((..(..(((((....)))))..)......((((((((((.(((((((((...((((...((((((....))))))....((..(((..((((((((....)))))))))))..))..))))..(((((...(((((...........))))))))))...((((((((((....)).....)))))))).((((((....))))))...))))))))).....(((((....)))))))))))))))............)))))))........))))))).......))))))..)))))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((....(((((..((..(((((((....)))))))...))..)))))(((((((.....((((((.((((((..((.((((.((((((..........)))))).((((((....))))))...)))).((((((((((.(((((((((...((((...((((((....))))))....((..(((..((((((((....)))))))))))....(((((...(((((...(((((...........))))))))))...(((((((((...........))))))))).)))))..))....))))..))))))))).....(((((....)))))))))))))))....))..)).))))))))))..((((........))))..))))))).))))...
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.....(((((((.(((((((.(((((((((..))))))))).............((((.........(((.(((((......)))..).((((..........))))....................((............................)).......((((((.............))))))..((((((((....))))))))..................))))..)))).............((((((..........................))))))...............()..........)))))))......................................................................))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((...(.((((((((....)))))))).)....)))))(((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....))))))(((((..((.......))..))))).............((((((....)))))).............((((((((....)))))))).......................))))))).(((...........)))...(((((((((((........).))))))))))((((((....))))))..................(((((((((.....))))))))).....................)))))))))))..........(((((....)))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((((..((.((((((((....))))))))..))..)))))(((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....))))))......((.....((((....((....))...))))......)).......................((((((((....)))))))).......................))))))).(((..((....)).)))...(((((((((((........)).)))))))))((((........))))..................(((((((((.....)))))))))........................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((........((((((((....))))))))....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))((((((......))))).)...((((.....(((...(((....)))..)))......)))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))..).))))))))...(((...........)))....(((((((((...........)))))))))..(((((...........)))))............((((((((.......)))))))).........)))))))).).)))))))))).............((((....)))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((..((.((((((((....)))))))).))...)))))(((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....))))))(((((..((.......))..))))).............((((((....))))))....((.......((((((((....)))))))).......))..............))))))).(((..((....)).)))...(((((((((((........).))))))))))((((((....)))))).....((......))...(((((((((.....))))))))).....................)))))))))))..........(((((....)))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((((..((.(((((((.((.(((((....))))).))..........................((((((.((......)).)).(..................)......................................(((....))).......((((((......)))))........).......(((((....))))).......................))))..................(((((............................)))))...............((((((....)..))))).........)))))))....................................(......).))...........))))))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((.....((((((((....))))))))......))))....(((.[[[[[))).....]]]]].(((......[[[[[[...)))....]]]]]].((((((....))))))(((((........[[[[...))))).......]]]]..((((((....))))))....(((.(((..((((((((....)))))))))))...)))(((...[[[[[...)))....(((........)))]]]]].....(((((((..........[[[[[[[.(((((((((....))))))...)))..)))))))...(((((((((.....)))))))))..........]]]]]]]...))))))))))))..........(((((....)))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((.(((((((.((((((((....)))))))).(((...))).(((((((((((((......)))))).((.((((((((((((..........)))))).((((((....))))))..((((....(((((((...)))))))....))))...((((((....)))))))))))).)).((.((((((((....)))))))).))......((......))....))))))).(((..((....))..)))...((((((((((........).))))))))).((((((....))))))........)))))))...((((((((((...))))))))))....................))))))))))))..........(((((....)))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((<<<<.((((((((....))))))))......)))).(((((((((((((......))))))..........((((((..........))))))..(((((....)))))......((.......(((...............))).....[[[))....]]]...............((((((((....)))))))).......................)))))))......................(((((((((...........))))))))).(({{((....))..))...}}...>>>>......(((((((((.....)))))))))....................))))))))))))..........(((((....)))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((..(((.(((((((((((((((......)))))))............((((.(........((((((((((...).)))))..(.(............).)...................(...........((((((((...............)))))..)).).............(........((.((((....)))).)).....)......).......))))).)))).......................((((...(..............)..)))).........(.((((((((....)))))))))........)))))))).............................................))).....))..)))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((.(((((((.((((((((....)))))))).(((...))).(((((((((((((......)))))).((.((((((((((((..........)))))).((((((....))))))..((((....(((((((...)))))))....))))...((((((....)))))))))))).))....((((((((....)))))))).........((......))....))))))).(((..((....))..)))...((((((((((........)).)))))))).((((((....))))))........)))))))...((((((((((...))))))))))....................))))))))))))..........(((((....)))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((.(((((((((((((((((..)))))))))......((((.(((((((((((((......))))))....((((((((((((..........)))))).((((((....))))))..((((....(((((((...)))))))....))))...((((((....))))))))))))..(((..((((((((....)))))))).....))).(((..)))......)))))))..((((...))))...)))).((((((((((...........))))))))))((((((....)))))).......))))))))...((((((((((...))))))))))....................))))))))))))..........((((((..))))))
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((...(((((((((((((((ff)))))).eeee(....hhhhhhhh.(((((.(((((((((ggg(((.ccc(.[[[[[[[[[[..[[(dddddddd(<<<<<<.<<.))).)))))))))...iiiiiiiiiiiiiiiiiii(.aaaaaaaaaa(..bbbbbb.)))))....)>>.>>>..((((((((....)))))))).GGG.))))))).{{{()EEEE..{{{{{{{.((..)AAAAAAAA))HHHHHHHH.)>.BBBBBB........>>DDDDDD.((((((....)))))).FF)AAIIIIII)DD].......)).((((IIIIIIIIIII))))........]]]]]]].)))))))))))).II)}}}...]]]]CCC}}}}}}}
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.....(((((((((((((((.((((((((....))))))))((((...)))..(((((.........(((.(((((......)))..).((((..........)))).((...(((((..((.....((............................)).))....((((((.(.........).)))))).(((((((((....)))))))).).......)))..))))))))..)))))..((((.(....((((((..........(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.())..).....)))))))).....................................................((.(....).)..).).))))))))....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.....(((((((((((((((.((((((((....))))))))((((...)))..(((((.........(((.(((((......)))..).((((..........)))).((...(((((..((.....((............................)).))....((((((.(.........).)))))).(((((((((....)))))))).).......)))..))))))))..)))))..(((((.....((((((..........(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.())..).....)))))))).....................................................((.(....).)..).).))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((.(((((((.((((((((....))))))))......((((.(((((((.(((((......)))))..((.((((((((((((..........)))))).((((((....))))))..((((....(((((((...)))))))....))))...((((((....)))))))))))).))....((((((((....)))))))).........((....))......)))))))..(((.....)))...))))..((((((((((....)).....))))))))..(((((.((.....)).)))))..)))))))...(((((((((.....)))))))))...........[[[[[[[[.))))))))))..]]]]]]]]..(((((....)))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((.((((((((((((((((....)))))))).(((...))).(((((((((((((.(...)))))))....((((((((((((..........)))))).((((((....))))))..((((....(((((((...)))))))....))))...((((((....)))))))))))).......((((((((....)))))))).......................))))))).(((............)))..(((((((((((........)).)))))))))((((((....)))))).......))))))))...((((((((((...))))))))))....................))))))))))))..........(((((....)))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(((((((......................(((...)))...(((................(((......)))....((((..........))))..................................................(((......((.....................))..((....((....))....))................)))......)))..................................................................()..........)))))))..................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((......((((.((((((.....((((((..((...(((((.((((....)))))).))).)).))))))...)))))).))))....(((((((..(..(((((....)))))..)......((((((((((.(((((((((...((((...((((((....))))))....((..(((..((((((((....)))))))))))..))..))))..(((((...(((((...........))))))))))...((((((((((....)).....)))))))).((((((....))))))...))))))))).....(((((....)))))))))))))))............))))))).))))))))))))..........(((((....)))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((......((((.((((((.....((((((..((...(((((.((((....)))))).))).)).))))))...)))))).))))....(((((((....((((((....))))))........((((((((((.(((((((((...((((...((((((....))))))....((..(((..((((((((....)))))))))))..))..))))..(((((...(((((...........))))))))))...((((((((((....)).....)))))))).((((((....))))))...))))))))).....(((((....)))))))))))))))............))))))).))))))))))........)).((........))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((..((.((((((((....))))))))..))..)))).(((((((((((((......)))))).((.((((((((((((..........)))))).((((((....))))))..((((.(..(((((((...)))))))..).))))...((((((....)))))))))))).))....((((((((....)))))))).......(.((......)).)..)))))))..(((...((((((((...(((((((((((((....)).....))))))))..(((((.((.....)).)))))))).))))))))(((((((((.....)))))))))...........)))......))))))))))))..........(((((....)))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((..(((((((((.(((((((..)))))))..((.((...(((((...((((((((......)))))).)).(..(((.((((((........))))))...(((........))).(((..(((((...(((((((........))).))))....)))))..).))...)))..).((((.((((((.(..........).))..))))))))....((((((((...)))...((((...)))).))))))))))(((((((((......)))).))))))).))((((...........)))).))))))))).((((((((((((...))))))))))))(((((...)))))......)))))))))((......))..((((((..))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(..................................((.......))..........(((...(.............).)))...().........)...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((.....((((((((....))))))))......))))........((((((......)))))).................................((((((....))))))........((((((((((.(((((((((....(((...((((((....))))))....((..(((..((((((((....)))))))))))..))..)))...(((((........................)))))...((((((((.(....)......)))))))).((((((....))))))...)))))))))......((((....)))).))))))))))....................))))))))))))..........(((((....)))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((.(((((((.((((((((....))))))))......((((.(((((((((((((......)))))).((.((((((((((((..........)))))).((((((....))))))..((((....(((((((...)))))))....))))...((((((....)))))))))))).))....((((((((....)))))))).........((....))......)))))))..((((...))))...))))..((((((((((....)).....))))))))..(((((.((.....)).)))))..)))))))...(((((((((.....)))))))))....................))))))))))))..........(((((....)))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((..(((((.....((((((((....))))))))......))))).......((((((......))))))...)))))).((((((..........)))))).((((((....)))))).((((...............)))).(((......))).((((((....)))))).............((((((((....))))))))..((((..((((((.(((((...(((((...........))))))))))...((((((((((........)).)))))))).((((((....))))))..........)))))).(((((....)))))......)))).............(((((....................))))).(((....)))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.......(((((.<<<<((((((((....))))))))......))))).......((((((..>>>>)))))).....((((.((((((..........)))))).((((((....))))))[[[)))).......(((.....]]].......)))...((((((....))))))))))).(((....((((((((....))))))))..(((...((((((.(((((..{{{{{.....(((.....))).)))))...((((((((((........)).)))))))).((((((....))))))..........)))))).(((((....))))).......)))...........}}}}}(((.............))).)))...(((((....)))))

---