|
|
|
GAACACAGAGGAUCGAUAAUGACCAGGAACUGUAACAGGUUCUGUUUCCUCGUGAGAGGGGCUUGGGGAACCGAGUCUGGCGUUGCUAUAAGAAAUCUACAGCGUUGUUCGUUACUUGUAACGUGGCAACCCUGAUGGGAAUGGUAACGGAUGAUCCAUUUGACGUACUGCUACCACUUGUGAUAGCGGUAAGGUCUGUUGAGUGCAAUCGUAGAGCAAAUGUUCGCAUUUGAA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........((((((................................((((....))))(((((((....)))))))...(((((((................(((((((((((....))))))).))))............)))))))..))))))....(((((((((((((((....)))))))))))).)))....................((((((....))))))..
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((...((((((..........((((((......))))))....((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..))))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..)))......)))...........((((((....)))))).) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((.......((((..(((......(((((((((.((((....)))))))....)))))).)))))))(((((((((......((((((..(((((((((((....))))).))))))..)).)))).)))))))))..))))))........((((((((..........))))))))...))))).(((((((((............))).))))))... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((...........((((((......))))))....((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((..........(((.(((((((((((....))))).)))))).)))......)))))))))...)))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..)))....................((((((....)))))).. |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................(((....)))...(((((....))))).....(((((((............(((.(.........................).)))........)))))))............(((.((((((...(....).....)))))).).))...................................... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((...........((((((......))))))....((((....))))(((((((....))))))).(((((((..............)))))))((((((((((......((..........))......)))))))))))))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..))).................((((....))))......... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((........(((((((((......))))))....((((....))))(((((((....))))))))))(((((((((.......((.(((.(((((((((((....))))).)))))).)))..))..)))))))))...)))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..)))....................((((((....)))))).. |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((.......(((((((((......))))).....((((....)))).((((((....))))))))))(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..)))))).))))...((((((((..........)))))))).(((...[[[[[[[[.)))...((((....))))]]]]]]]]. |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((.......(((((((((......))))).....((((....)))).((((((....))))))))))(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..)))))).)).(((.((((((((.((....)).))))))))..)))..((((((((.......((((....)))))))))))). |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((...........((((((......))))))....((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((..........(((.(((((((((((....))))).)))))).)))......)))))))))...)))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..))).....(((((...((.....[[..))...)))))]].. |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((......(.((.(((((......))))))))..((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..))))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..)))..((((((((.......((((....)))))))))))). |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((.......((((.......(((((...)))))(((((....)))))((((((....))))))))))(((((((((..........(((.((((((((((((..)))))).)))))).)))......)))))))))..))))))........((((((((.(((..))).))))))))...))))((((((((.......(((((..))))))))))))). |
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((((cc(ff.((<<<<.<<<<<<)).ff(>>>>>>bbb))))).)CCdd.(((((((([[..)))))))).(((((((((e.((...ggggg.)E{{{{{{{{{{{(()FFBBB))))))))]]aa.aaa..FF}}}}}}}}}}})).dddddddddddddddddAAA)))))).DDDDDDDD.>>>>DDDDDDDDDAA.))GGGGG.(((((((DD))))))).. |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...((((((.......((.((((((......))))))....((((....))))(((((((....))))))).))(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..))))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..)))......)))...........((((((....)))))).. |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((.(...((.(((.(((((...).))))))))).((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).))))))))).))))))).)).(((.((((((((..........))))))))..)))..((((((((.......((((....)))))))))))). |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.............((((((......))))))...))))).......((((((((....))))))))..(((((((((..............(((((((((((....))))).))))))..........))))))))).(((((.(((((((((((((((((..........)))))))).....)))))))))..)))))....((((((....)))))).. |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.......((.((((((......))))))....((((....))))(((((((....))))))).))(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..))))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..)))..(..(((((.......((((....)))))))))..). |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((....((((((.......((.((((((......))))))....((((....))))(((((((....))))))).))(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..)))))).....((.((((((((.((....)).))))))))..)).)))).(((((.......((((....))))))))).... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((.......(((((((((......))))))....((((....))))(((((((....))))))))))(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..))))))......(.((((((((.((....)).)))))))).).))))(..(((((.......((((....)))))))))..). |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((....(.(((((...(((.(((((.(((...))).)))))...((((....))))((((((((..))))))))((..(((..........)))..))..((((((((((((..)))))).))))))(((...)))((((((.((..)).).)))))..((.((((((((.(((..))).)))))))))).(((..))).).))....))))))...))))).((..)).. |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.......((..(((((......))))).....((((....))))(((((((....))))))).))(((((((((.......((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))..)))))))))..))))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..))).....(((((.......((((....))))))))).... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((........((.((((((......))))))....((((....))))(((((((....))))))).))(((((((((......(((((((.((((..(((((....)))))...)))).))).)))).)))))))))...)))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..)))..(..(((((.......((((....)))))))))..). |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.............((((((......))))))...))))).....((((((((((....))))))...((((((..............)))))).((((((((....))))).)))..)))).....((((((...........))))))....(((((((..((....))..)))))))...((((..((......)).)))).((((((....)))))).. |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((..................[[[)))).(((..]]])))..((((....)))).((((((....)))))).(((.{{{{)))...........}}}}(((((.(((((....)))))..)))))........((((((...........))))))....(((((((..((....))..)))))))...((((..((......)).)))).((((((....)))))).. |