|
|
|
GAACACAGAGGAUCGAUAAUGACCAGGAACUGUAACAGGUUCUGUUUCCUCGUGAGAGGGGCUUGGGGAACCGAGUCUGGCGUUGCUAUAAGAAAUCUACAGCGUUGUUCGUUACUUGUAACGUGGCAACCCUGAUGGGAAUGGUAACGGAUGAUCCAUUUGACGUACUGCUACCACUUGUGAUAGCGGUAAGGUCUGUUGAGUGCAAUCGUAGAGCAAAUGUUCGCAUUUGAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........((((((................................((((....))))(((((((....)))))))...(((((((................(((((((((((....))))))).))))............)))))))..))))))....(((((((((((((((....)))))))))))).)))....................((((((....))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((...((((((..........((((((......))))))....((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..))))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..)))......)))...........((((((....)))))).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((.......((((..(((......(((((((((.((((....)))))))....)))))).)))))))(((((((((......((((((..(((((((((((....))))).))))))..)).)))).)))))))))..))))))........((((((((..........))))))))...))))).(((((((((............))).))))))... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((...........((((((......))))))....((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((..........(((.(((((((((((....))))).)))))).)))......)))))))))...)))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..)))....................((((((....)))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................(((....)))...(((((....))))).....(((((((............(((.(.........................).)))........)))))))............(((.((((((...(....).....)))))).).))...................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((...........((((((......))))))....((((....))))(((((((....))))))).(((((((..............)))))))((((((((((......((..........))......)))))))))))))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..))).................((((....))))......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((........(((((((((......))))))....((((....))))(((((((....))))))))))(((((((((.......((.(((.(((((((((((....))))).)))))).)))..))..)))))))))...)))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..)))....................((((((....)))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((.......(((((((((......))))).....((((....)))).((((((....))))))))))(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..)))))).))))...((((((((..........)))))))).(((...[[[[[[[[.)))...((((....))))]]]]]]]]. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((.......(((((((((......))))).....((((....)))).((((((....))))))))))(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..)))))).)).(((.((((((((.((....)).))))))))..)))..((((((((.......((((....)))))))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((...........((((((......))))))....((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((..........(((.(((((((((((....))))).)))))).)))......)))))))))...)))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..))).....(((((...((.....[[..))...)))))]].. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((......(.((.(((((......))))))))..((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..))))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..)))..((((((((.......((((....)))))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((.......((((.......(((((...)))))(((((....)))))((((((....))))))))))(((((((((..........(((.((((((((((((..)))))).)))))).)))......)))))))))..))))))........((((((((.(((..))).))))))))...))))((((((((.......(((((..))))))))))))). |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((((cc(ff.((<<<<.<<<<<<)).ff(>>>>>>bbb))))).)CCdd.(((((((([[..)))))))).(((((((((e.((...ggggg.)E{{{{{{{{{{{(()FFBBB))))))))]]aa.aaa..FF}}}}}}}}}}})).dddddddddddddddddAAA)))))).DDDDDDDD.>>>>DDDDDDDDDAA.))GGGGG.(((((((DD))))))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...((((((.......((.((((((......))))))....((((....))))(((((((....))))))).))(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..))))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..)))......)))...........((((((....)))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((.(...((.(((.(((((...).))))))))).((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).))))))))).))))))).)).(((.((((((((..........))))))))..)))..((((((((.......((((....)))))))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.............((((((......))))))...))))).......((((((((....))))))))..(((((((((..............(((((((((((....))))).))))))..........))))))))).(((((.(((((((((((((((((..........)))))))).....)))))))))..)))))....((((((....)))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.......((.((((((......))))))....((((....))))(((((((....))))))).))(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..))))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..)))..(..(((((.......((((....)))))))))..). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((....((((((.......((.((((((......))))))....((((....))))(((((((....))))))).))(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..)))))).....((.((((((((.((....)).))))))))..)).)))).(((((.......((((....))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((.......(((((((((......))))))....((((....))))(((((((....))))))))))(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..))))))......(.((((((((.((....)).)))))))).).))))(..(((((.......((((....)))))))))..). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((....(.(((((...(((.(((((.(((...))).)))))...((((....))))((((((((..))))))))((..(((..........)))..))..((((((((((((..)))))).))))))(((...)))((((((.((..)).).)))))..((.((((((((.(((..))).)))))))))).(((..))).).))....))))))...))))).((..)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.......((..(((((......))))).....((((....))))(((((((....))))))).))(((((((((.......((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))..)))))))))..))))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..))).....(((((.......((((....))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((........((.((((((......))))))....((((....))))(((((((....))))))).))(((((((((......(((((((.((((..(((((....)))))...)))).))).)))).)))))))))...)))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..)))..(..(((((.......((((....)))))))))..). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.............((((((......))))))...))))).....((((((((((....))))))...((((((..............)))))).((((((((....))))).)))..)))).....((((((...........))))))....(((((((..((....))..)))))))...((((..((......)).)))).((((((....)))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((..................[[[)))).(((..]]])))..((((....)))).((((((....)))))).(((.{{{{)))...........}}}}(((((.(((((....)))))..)))))........((((((...........))))))....(((((((..((....))..)))))))...((((..((......)).)))).((((((....)))))).. |