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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00344



RNA: ASE_00344
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((.......((((..(((......(((((((((.((((....)))))))....)))))).)))))))(((((((((......((((((..(((((((((((....))))).))))))..)).)))).)))))))))..))))))........((((((((..........))))))))...))))).(((((((((............))).))))))...
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((...........((((((......))))))....((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((..........(((.(((((((((((....))))).)))))).)))......)))))))))...)))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..)))....................((((((....))))))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................(((....)))...(((((....))))).....(((((((............(((.(.........................).)))........)))))))............(((.((((((...(....).....)))))).).))......................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((...........((((((......))))))....((((....))))(((((((....))))))).(((((((..............)))))))((((((((((......((..........))......)))))))))))))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..))).................((((....)))).........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((........(((((((((......))))))....((((....))))(((((((....))))))))))(((((((((.......((.(((.(((((((((((....))))).)))))).)))..))..)))))))))...)))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..)))....................((((((....))))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((.......(((((((((......))))).....((((....)))).((((((....))))))))))(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..)))))).))))...((((((((..........)))))))).(((...[[[[[[[[.)))...((((....))))]]]]]]]].
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((.((((((.......(((((((((......))))).....((((....)))).((((((....))))))))))(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..)))))).)).(((.((((((((.((....)).))))))))..)))..((((((((.......((((....)))))))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((...........((((((......))))))....((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((..........(((.(((((((((((....))))).)))))).)))......)))))))))...)))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..))).....(((((...((.....[[..))...)))))]]..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((......(.((.(((((......))))))))..((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..))))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..)))..((((((((.......((((....)))))))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((.......((((.......(((((...)))))(((((....)))))((((((....))))))))))(((((((((..........(((.((((((((((((..)))))).)))))).)))......)))))))))..))))))........((((((((.(((..))).))))))))...))))((((((((.......(((((..))))))))))))).
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((((((cc(ff.((<<<<.<<<<<<)).ff(>>>>>>bbb))))).)CCdd.(((((((([[..)))))))).(((((((((e.((...ggggg.)E{{{{{{{{{{{(()FFBBB))))))))]]aa.aaa..FF}}}}}}}}}}})).dddddddddddddddddAAA)))))).DDDDDDDD.>>>>DDDDDDDDDAA.))GGGGG.(((((((DD)))))))..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((...((((((.......((.((((((......))))))....((((....))))(((((((....))))))).))(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..))))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..)))......)))...........((((((....))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((.(...((.(((.(((((...).))))))))).((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).))))))))).))))))).)).(((.((((((((..........))))))))..)))..((((((((.......((((....)))))))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((.............((((((......))))))...))))).......((((((((....))))))))..(((((((((..............(((((((((((....))))).))))))..........))))))))).(((((.(((((((((((((((((..........)))))))).....)))))))))..)))))....((((((....))))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((.......((.((((((......))))))....((((....))))(((((((....))))))).))(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..))))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..)))..(..(((((.......((((....)))))))))..).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((....((((((.......((.((((((......))))))....((((....))))(((((((....))))))).))(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..)))))).....((.((((((((.((....)).))))))))..)).)))).(((((.......((((....)))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((((.......(((((((((......))))))....((((....))))(((((((....))))))))))(((((((((......(((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))).)))))))))..))))))......(.((((((((.((....)).)))))))).).))))(..(((((.......((((....)))))))))..).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....(.(((((...(((.(((((.(((...))).)))))...((((....))))((((((((..))))))))((..(((..........)))..))..((((((((((((..)))))).))))))(((...)))((((((.((..)).).)))))..((.((((((((.(((..))).)))))))))).(((..))).).))....))))))...))))).((..))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((.......((..(((((......))))).....((((....))))(((((((....))))))).))(((((((((.......((((((.(((((((((((....))))).)))))).))).)))..)))))))))..))))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..))).....(((((.......((((....)))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((........((.((((((......))))))....((((....))))(((((((....))))))).))(((((((((......(((((((.((((..(((((....)))))...)))).))).)))).)))))))))...)))))....(((.((((((((.((....)).))))))))..)))..(..(((((.......((((....)))))))))..).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((.............((((((......))))))...))))).....((((((((((....))))))...((((((..............)))))).((((((((....))))).)))..)))).....((((((...........))))))....(((((((..((....))..)))))))...((((..((......)).)))).((((((....))))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..................[[[)))).(((..]]])))..((((....)))).((((((....)))))).(((.{{{{)))...........}}}}(((((.(((((....)))))..)))))........((((((...........))))))....(((((((..((....))..)))))))...((((..((......)).)))).((((((....))))))..