|
|
|
UAUGGGAUCCCUAGCGGGGGUAACGGGGCAAACCCUGAGGAAACUCCGGCCUCCAACCCUUACAAGAACCCCGUAAGGGGUAGGGAUAGAAUCCCUGGCUACUACACAGAAACGAAGCCCUAAUACUAGAUAGAUGAUUGGACCUACUAGCAAGUAAUUGCUAGUAGUACAUGAUAGAUGAAAGUAUUAGGGCUUGAAACGGUAGACCUCUUGGGAGCAAGUUGAAGGGGGAUGAGCAAAGGGUUGACUCCUUAUAGUACGCUUAGUCGAAUCCCCUCAGUACAGAAGCCGGGUUAUGCUAGGGAUCCCUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((((...(((((....)))))....[[[.[[[[[((((.{{{{{{.((((((((((....)))))(((((.....)))))((...((((...........(((((((((((...........((...((((((((((....))))))))))..))...........)))))))))))........)))).)))))))))))...((...((((((..(((..}}}}}}))))))))).....))............)))))).........]]]]]]]]..))))))))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((...(((.....))).(((....)))..))))))..((((.......(((((....)))))))))........(((((((.((..((.......(((((((((((((...........((...((((((((((....))))))))))..))...........))))))))))))).....((....)).((((....)))).....(((((((..((.(((.((..(((......))))).))).))...)))))))..))..)).)))))))....)))))))))))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((..(((((....))))).(((...))).)))))).((((...((((((((((....)))))((((((...))))))..(((((............((((((((((((..((.......((...((((((((((....))))))))))..))......))...))))))))))))......)))))...)))))...((...(((..(((((((.......((((..(((......)))..))))......))))))).....)))..)).))))...)))))))))))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((..........((((....)))).....(((.(((((((((........((((((((((....)))))(((((.....))))).....((((...........(((((((((((.......................................................)))))))))))........))))...)))))))))...((...(((((.................)))))......))...........................))))))))...))))))))))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((..(((((....((....))...)))))))))))(((((........(((((....)))))((((((...))))))(((((((...........(((((((((((((...........((...((((((((((....))))))))))..))...........))))))))))))).....))))).....(((....)))......(((((((...(.(((.....((........))...))).)....)))))))...........)))))))..)))))))))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((......................((....))..(((.................(((((....)))))((((((...)))))).....((((...(.....(((((((((((((...........((...((((((((((....))))))))))..))...........)))))))))))))....).))))......................((((((.....................................))))))...........))).......)))))))))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.((((((((((((((((.............)))).....(((.(((((((((........(((((.((((....)))).(((((.....)))))((...((((..........((((((((((((...........((...((((((((((....))))))))))..))...........)))))))))))).......)))).)))))))))))...((....(((((((.......((((..((........))..))))......)))))))....))....))))))))..))))))))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((..(((((....((....))...)))))))))))(((((........(((((....)))))((((((...))))))(((((((.....(.....(((((((((((((.........((((...((((((((((....))))))))))..))..)).......)))))))))))))....))))))....((((....))))(((..(((((((..((.(((.((..(((......))))).))).))...))))))))))........)))))))..)))))))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(...(.((((((........(((((....))))).........((((............((((((((((....)))))(((((.....)))))..........................((((........................(((....))).......................)))).....................)))))..........................................................................))))......))))))....)).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((...(((.....))).(((....)))..))))))(((((........(((((....)))))((((((...))))))((((.((((.........(((((((((((((.(((.....)))....((((((((((....))))))))))..(((.....)))..)))))))))))))......))))....((((....))))((((..((((((.....(((.....(((......)))...)))......))))))))))......)))))))))..)))))))))))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((.......(((((....)))))....(((.(((((.((((((.((..((((.(((((....)))))((((((...))))))(((((((...........(((((((((((((..((..((.((.(...((((((((((....))))))))))..))).))..))...))))))))))))).....))))).)).))))..))...))))..(((((((..((.(((.((..(((......))))).))).))...))))))).......)).)))))))).))))))))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((..(((((....((....))...)))))))))))(((((........(((((....)))))(((((.....)))))((((.((...........(((((((((((((...........((...((((((((((....))))))))))..))...........)))))))))))))...............................(((((((.....(((.....(((......)))...)))......)))))))......)).)))))))))..)))))))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...(((((((.(((...((..(((((....))))).)).(((.(((((............(((((.((((....)))).(((((.....)))))......(((...........((((((.((((...............((.....((((....))))............)).......)))).))))))........)))....))))).......(.((..(.((.................))).......)))...........................)))))))).))))).)))))..)) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((..(((((....))))).((.....)).)))))).((((........(((((....))))).(((((...))))).((((.((.(.........(((((((((((((..((..((.(.((...((((((((((....))))))))))..))).))..))...)))))))))))))......).))....((((....)))).....(((((((..((.(((.((...((......)).)).))).))...))))))).........))))))))...)))))))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((.[[[[[[...)))))........((((((((((..............]]]]]](((((((((((((...))))))..(((((...........(((((((((((((................((((((((((....))))))))))...............))))))))))))).....)))))))))))).)))).........(((((((..........((((((...............)))))))))))))..........))))))...))))))))))))).. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((((...(((((....)))))((((...)))..(((((........((((((((((....)))))(((((.....)))))((...((((.......((..(((((((((((...........(((...........................)))...........))))))))))).(...))))))).)))))))))))(..((...(((((.................)))))......)))(...)..)..)))))))...((........)..)...))))))))))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((((...(((((....)))))((((...)))..(((((........((((((((((....)))))(((((.....)))))((...((((.......((..(((((((((((...........(((...........................)))...........))))))))))).(...))))))).)))))))))))(..((...(((((.................)))))......)))(...)..)..)))))))...((........)..)...))))))))))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((...(((.....))).(((....)))..))))))..((((.......(((((....)))))))))........(((((((.((..((.......(((((((((((((...........((...((((((((((....))))))))))..))...........))))))))))))).....((....)).((((....)))).....(((((((..((.(((.((..(((......))))).))).))...)))))))..))..)).)))))))....)))))))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((..(((((....))))).(((...))).))))))(((((........(((((....)))))((((((...))))))((((.((((.......(.(((((((((((((.........(.((.(.((((((((((....))))))))))).)))..........)))))))))))))).....))))....((((....)))).....(((((((.....(((.....(((......)))...)))......))))))).........)))))))))..)))))))))))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((.......(((((....))))).......((((((...((((((((......(((((....))))).........((((((.....((((.........(((((((((((((................((((((((((....))))))))))...............)))))))))))))......))))....((((....))))......)))))).....))))))))..........((((...................))))....))))))...))))))))))))).. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.(((((((..........((((....)))).....(((.(((((((((........((((((((((....)))))(((((.....)))))....................(((((.(((((.......................................................))))).)))))...............)))))))))...((...(((((.................)))))......))...........................))))))))...))))))).))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((...(((.....))).(((....)))..))))))..((((.......(((((....)))))))))........(((((((.((..((.......(((((((((((((...........((...((((((((((....))))))))))..))...........)))))))))))))...........(..((((....))))..)..(((((((..((.(((.((..(((......))))).))).))...)))))))..))..)).)))))))....)))))))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((((((((((((...(((((.......(((....)))..)))))..)))))((.....(((((....)))))............(((((((.((((.........(((((((((((((...........((...((((((((((....))))))))))..))...........)))))))))))))......))))....((((....)))).....(((((((..((.(((.((..(((......))))).))).))...))))))).........))))))).))))))))))))))))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((...(((.....))).(((....)))..))))))(((((...((((((((((....)))))((((((...))))))(((((((...(......)(((((((((((((...........((...((((((((((....))))))))))..))...........))))))))))))).....))))).)))))))((.....((....(((((((..((.(((.((..(((......))))).))).))...)))))))....)).....)))))))..)))))))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((..((((((..(((((.(((((....)))))))))))))))).((((((((.........)))))))).....((((...(((.((((.((((.(.(((((.((((((((((((((...((((....((..((((((((((....)))))))))).))...))))....)))))))))))))))))))))))...((((..))))...((..))(((((((.....((((((..)).))))(.(........))....)))))))((..))..))))))))..)))))))))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((...(((.....))).(((....)))..))))))(((((........(((((....)))))((((((...))))))((((..............(((((((((((((............(...((((((((((....))))))))))..)............)))))))))))))..............((((....))))......((((((.....(((((.....))))).................))))))..........)))))))))..)))))))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((...(((.....))).(((....)))..))))))..((((.......(((((....)))))))))........(((((((.((..((.......(((((((((((((...........((...((((((((((....))))))))))..))...........))))))))))))).....((....)).((((....)))).....(((((((..((.(((.((..(((......))))).))).))...)))))))..))..)).)))))))....)))))))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((.(((((....(((....))).((((.........))))..)))))..((((.(((((....))))).((((.....)))).((((...............))))......((((........)))).(((((((((((....)))))))).((((.............)))).))).))))...((((......((((....))))...((((((.................))))))...((((...................))))....))))......)))))))))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((.(((((....(((....))).((((.........))))..)))))..((((.(((((....))))).((((.....)))).((((...............))))......((((........)))).(((((((((((....)))))))).((((.............)))).))).))))........(((((((((....))))...((((((..........[[[[[[[))))))...((((......]].]]]]].....)))).......)))))..)))))))))))).. |