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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00346



RNA: ASE_00346
Rfam family: RNaseP_arch

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CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((..........((((....)))).....(((.(((((((((........((((((((((....)))))(((((.....))))).....((((...........(((((((((((.......................................................)))))))))))........))))...)))))))))...((...(((((.................)))))......))...........................))))))))...)))))))))))..
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Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((((((((..(((((....((....))...)))))))))))(((((........(((((....)))))((((((...))))))(((((((.....(.....(((((((((((((.........((((...((((((((((....))))))))))..))..)).......)))))))))))))....))))))....((((....))))(((..(((((((..((.(((.((..(((......))))).))).))...))))))))))........)))))))..))))))))))))..
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DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((((((((...(((.....))).(((....)))..))))))(((((........(((((....)))))((((((...))))))((((.((((.........(((((((((((((.(((.....)))....((((((((((....))))))))))..(((.....)))..)))))))))))))......))))....((((....))))((((..((((((.....(((.....(((......)))...)))......))))))))))......)))))))))..))))))))))))..
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((((...(((((....)))))((((...)))..(((((........((((((((((....)))))(((((.....)))))((...((((.......((..(((((((((((...........(((...........................)))...........))))))))))).(...))))))).)))))))))))(..((...(((((.................)))))......)))(...)..)..)))))))...((........)..)...)))))))))))..
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((.......(((((....))))).......((((((...((((((((......(((((....))))).........((((((.....((((.........(((((((((((((................((((((((((....))))))))))...............)))))))))))))......))))....((((....))))......)))))).....))))))))..........((((...................))))....))))))...)))))))))))))..
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RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((..((((((..(((((.(((((....)))))))))))))))).((((((((.........)))))))).....((((...(((.((((.((((.(.(((((.((((((((((((((...((((....((..((((((((((....)))))))))).))...))))....)))))))))))))))))))))))...((((..))))...((..))(((((((.....((((((..)).))))(.(........))....)))))))((..))..))))))))..))))))))))))))..
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((((((((...(((.....))).(((....)))..))))))(((((........(((((....)))))((((((...))))))((((..............(((((((((((((............(...((((((((((....))))))))))..)............)))))))))))))..............((((....))))......((((((.....(((((.....))))).................))))))..........)))))))))..))))))))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((((((((...(((.....))).(((....)))..))))))..((((.......(((((....)))))))))........(((((((.((..((.......(((((((((((((...........((...((((((((((....))))))))))..))...........))))))))))))).....((....)).((((....)))).....(((((((..((.(((.((..(((......))))).))).))...)))))))..))..)).)))))))....))))))))))))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((.(((((....(((....))).((((.........))))..)))))..((((.(((((....))))).((((.....)))).((((...............))))......((((........)))).(((((((((((....)))))))).((((.............)))).))).))))...((((......((((....))))...((((((.................))))))...((((...................))))....))))......))))))))))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((.(((((....(((....))).((((.........))))..)))))..((((.(((((....))))).((((.....)))).((((...............))))......((((........)))).(((((((((((....)))))))).((((.............)))).))).))))........(((((((((....))))...((((((..........[[[[[[[))))))...((((......]].]]]]].....)))).......)))))..))))))))))))..