RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00353

RNA: ASE_00353
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGGGCAGGGUGGUUGCUAACAGCAACCCGGGGUGACCCGCGGGAAAGUGCCACAGAAAGCAGACCGCCCGGCCACCUCGGCCGGGUAAGGGUGAAAGGGUGGUGUAAGAGACCACCAGCGCCUCGGGUGACCGGGGCGGCUCGGUAAACCCCACCCGGAGCAAGGCCAGAAGGGAGCCAUUGCGGCUCCUGCGCAGGCGUUUGAGGGCGGCCCGUCCGAUGCCUGCGGGUAGGCCGCUUGAGCCUGUCGGCGACGGCAGGCCCAGAUGGAUGGUCGCCCAGCGCUGCGCCGUAAGGCGGGCGUGGACAGAAUCCGGCGUAG
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((.....))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((....(((((((.....)))))))..(((((((...((((((.]]]]))))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((((.((((....)))))))))))......))))))))..
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................((((((...)))))).((((....))))..........................(((((((.......)))))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....((....)).))))).((((..((((.....((.(((..................((.((..)).))))).)............).....))))))))..((((((((....))))))))............................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..(((((.(((((........((((((.((((...))))((((((((((((((..((.....(((........)))..))((((((((.....))))))))..)))).....((((((.......))))))..)))))))))).((((((....)))))).....)))))))))))...(((....(((((((.....)))))))((((.((((((...((((((((.(((((..(((((....)))))...(((.((((((((....)))))))).))).))))))))))))))))))))))).....))).....)))))....))).......
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((...)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))................................((((((......................))))))...............((((((((....))))))))................)...........................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.........................((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((...)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).......((((.........................((((((......................)))))).....))))......((((((((....))))))))................)...........................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((...(((......((((((.....))))))((((....))))........................((((((((((.....))))))))..))(......((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)........)....))))))))..((((....(((((((.....))))))).((((((((((...(((((...)))))))))))))))....))))...((.((((((((....)))))))).)).............((.(((((.((((....)))))))))))................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((...(((......((((((.....))))))((((....))))........................((((((((((.....))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))............))))))))..........(((((((.....))))))).((((((((..(..((((.....))))).))))))))..............((((((((....))))))))...................(((((.((((....)))))))))..................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(.(.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((.....))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((....(((((((.....))))))).((((((((.....((((.....))))..))))))))....))))......((((((((....)))))))).................(.((((..((((....)))).)))).)......)))))).)..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((..(((((...(((..((..(((((((...)))))))((((....))))........(((........)))..((((((((((.....))))))))..))((....(((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))).....))))..))))))))..((((....(((((((.....))))))).((((((((((...((((((.))))))))))))))))....))))..(((.((((((((....)))))))).)))..((((....(.((.(((((.((((....))))))))))).)...)))))).....
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.(((........(((((((((((...)))))).((((....))))........................(((((((((.......)))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))((..((((.....((...(((...........(....).......((((.....))))...))).)).....))))))....((((((((....))))))))...................(((((...(......)..)))))........))))))))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((........(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((.((((.....)))).)))..(((......((((((.......))))))..((((((((....))))))))..........)))))))))))))..((((.(.......................((((((.(....((((.....)))).).))))))...).))))......((((((((....))))))))............................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..[[[[....)))...]]]]...(((((((....))))..(((((((...))).))))....[[[))).....]]]....((((((((.....))))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))[[[[.....))))......]]]]..((((....(((((((.....))))))).((((((((((...(((...)))....))))))))))....))))..(((.((((((((....)))))))).))).(((...[[[..)))(((((.((((....)))))))))(((.....)))]]]....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..(((((.((((..(((.((.(((((((((((...)))))))((((....))))(((.....(((........)))..)))(((((((.....)))))))...(((((....((((((.......))))))((((((((((....))))))).))).((....)).))))).((((..((((....(((((((.....))))))).((((((((((.((.((....)).)).))))))))))....))))))))..((((((((....))))))))(((......)))..)))).)).))).(((....))))))).)))))....))).......
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((..........((((((([[[[....[[[)).((((....))))........]]].......]]]]...)))))((((.....))))((((..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))).))))...............{{{))))...((((((}}}.((((((((((...((((.....))))))))))))))....)))))).((.((((((((....)))))))).))................(((((.((((....)))))))))..................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(............(((((........(((((((((((...))))))).(((....)))..........(((...........((((((((((.......)))))))..)).)......(((((.......)))))...((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((...(..(.((.(........................((((((...))))).))))...)..)..))).....(.((((((((....))))))))).................((((.................))))............)....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((....((((.....((((((...))))))..(((....))).........))))...............(((((((.....)))))))...(((((....((((((.(...).))))))...(((((((....)))))))....(((....))))))))))))....(((..((.....................((((((.....((((((...)))))..)))))))..)).))).......((((((((....))))))))............((((..((((((...((....))..))).)))))))............
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..(((((.(((...(((.((.(((((((((((...)))))))((((....))))(((.....(((........)))..)))(((((((.....)))))))...(((((....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..((....)).))))).((((..((((....(((((((.....))))))).((((((((((.((.((....)).)).))))))))))....))))))))..((((((((....))))))))(((......)))..)))).)).)))((((....))))))).)))))....))).......
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((.(((((........(((((((((((...))))))).(((((..[[[[[.......(((........))).(((((((((((.....)))))))............((((((.......))))))..((((((((....))))))))...))))..))))))))))))))..((((....(((((((.....))))))).((((((((((...(((((...)))))))))))))))....))))......((((((((....)))))))).....)))))...(((...)))((((((((....]]]]].............))))))))
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((.((((.((.........(((((((((((...)))))((((.((....)).)))).....(((...........(((((((((((.....))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))).....)))))).((((..((((........(((.............((((((((((.(((((...))).)).))))))))))))).))))))))..((((((((....))))))))(((......)))....(((.((((.((((....)))))))))))...)).))))))....
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))..(((((.....(((.....(((((.....))))).(((......)))........))).......................................((((....((((((.......))))))...(((((((....)))))))..............)))).)))))..((((......((((............................................))))......))))......((((((((....))))))))....................................(....)..................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.......)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.......................((((((.....(((((.....)))))..))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)...........................((.(....).)..)..
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((.((..........(((((((((.......)))))))..)))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((..(......................((((((.....(((((.....)))))..))))))...).)))).((.(.((((((((....))))))))).))............)..(...........................(....))......
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.......)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((........................((((((.....(((((.....)))))..))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)...........................((.(....).)..)..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((((((.......)))))))..)))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))..))))))))))))))..((((.........................((((((.....(((((.....)))))..)))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).))............)..(...........................(....))......
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.((..........((.((((((.......))))))...)))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((.........................((((((.....(((((.....)))))..)))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).))............)............................(.(....).).....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((....)))......(((.(((((((((((....(((.((((((....)))).)).....))).......))))).)))))).))).)))).(((((((..((((((..((((((.((.....(((...((((((((((....)))))))).)).)))..)).)))))).((((..((((....(((((((.....))))))).((((((((((.((.((....)).)).))))))))))....))))))))..((((((((....))))))))............)))))).(((((.((((....))))))))).......)))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..(((((.(((...(((....(((((((((((...)))))))((((....))))(((.....(((........)))..)))(((((((.....)))))))...(((((....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..........))))).((((..((((....(((((((.....))))))).((((((((((................))))))))))....))))))))..((((((((....))))))))(((......)))..))))....)))((((....))))))).)))))....))).......
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..((((....)))).((((.((((....)))).)))).((((((((.........((((...............((((((((.....))))))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))...............(((((((.....)))))))))))...((((((.((((((((.(((((.......))))).))))))))..((((((((....)))))))).))))))...)))))))).(((((.((((....)))))))))))))..............
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....))).................................................................................(((...((....))...)))................)...........................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((.........((((((((((.....))))).((((....)))).................................................((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))))))))..(((..((((.........................(....).....(((((.....))))).............)))))))...((((((((....))))))))...............................................)).))))))))..
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((....)))......(((.(((((((((((....(((.((((((....)))).)).....))).......)))).))))))).))).)))).(((((((..((((((..((((((.((.....(((...((((((((((....))))))).))).)))..)).)))))).((((..((((....(((((((.....))))))).((((((((((.((.((....)).)).))))))))))....))))))))..((((((((....))))))))............)))))).(((((.((((....))))))))).......)))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((.......(((((...(((..((((((((((.....))))))((((....))))........((((...........(((((((((((.....))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))).))))..))))))))...(((....(((((((.....))))))).....))).))...((((((((.(((((..(((((....)))))...(((.((((((((....)))))))).))).)))))))))))))....)).((((....)))).(((((((.....))).))))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..(((((.((.((.....((((.((((((((.....))))))..(((((((((((......)))(((....((((...((((((((((.....))))))))..(((((...(((((((.......)))(((((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))).....((((....(((((((.....))))))).((((((((((.((.((....)).)).))))))))))....))))))))(.((((((((....)))))))).)...)))..)))))))).)).))))(((....))))))).)))))....))).......
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((((...)).((((.(((((((((((((..((.((((((((((...))).))))))).)).(...)..)))).((((((((((((((.((........))))))))))))))))((..)).)))))))((.((..))))...(.((((((((((((((((((((.((((...)))).).).((((((((.....))))))))....)).))))))).).)).))))))).)))))).((((.(((((((..)(((((((....)..))))))(((..))))))))))))).(((((.(((((..))))))))))))))...))))).)....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................(.........................(.......)..............................................................................)
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................(............................................(((....)))....................(.........(..)........)...........................(((((.....))))......)............((...(((..(((....)))..)))..)).........).........((................)).................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................(((.((((((..(((........((((((....)))).))...............)))...)))))).)))........................((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))...............................((((((.....))))))..((((((((((.((..........)).))))))))))...........((.((((((((....)))))))).))................(((((.((((....)))))))))..................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))..(((((...(((..(((((((((((...)))))))((((....))))..........(........)...(((((((((((.....))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))..))))))))..((((....(((((((.....))))))).((((((((((...(((((...)))))))))))))))....))))......((((((((....))))))))(((......)))....((.(((((.((((....)))))))))))................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((....)))......(((.(((((((((((....(((.((((((....)))).)).....))).......)))).))))))).))).)))).(((((((..((((((..((((((.((.....(((...((((((((((....))))))).))).)))..)).)))))).((((..((((....(((((((.....))))))).((((((((((...(((((...)))))))))))))))....))))))))..((((((((....))))))))............)))))).(((((.((((....))))))))).......)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..........))))...((((((((.....))).((((((.....)).)))).....)))))............((((((((.....))))))))..((((((...((((((.......))))))...(((((((....))))))).((((((..........))).)))..((((....(((((((.....))))))).(((((((((....((((.....)))).)))))))))....))))......((((((((....))))))))............)))))).(((((.((((....)))).....(((.....))))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((.((((....)))).....((((((.....)))))).(((....))).)))).....(((..............((((((((.....))))))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....))))))))((((((..........))).)))...((((...(((((((.....))))))).(((((((((.....[[[[[[[......)))))))))....]]]]]]]...((((((((....)))))))).........))))))))).(((((.((((....)))))))))(((.....))))))....

---