|
|
|
GAGGAAAGUCCACCCACCUGCUGAGCGCGCAGCCGUAUGCAAGUACGGGUGGCGAGAGUCACGGCUAUGGCACAGAAACGACACGGCCUGCCCCCAGCCAUGAUGCGAUCGAGUCCAUUCGUGGGCAAUGCGUCCGCUCCCAACAAGCGCGGAUGUCUCGCUGAUGCAUAAGGGUAGGUAGCGACGAAACGGUGAAUCCUGCGGGUGCAAGCCAAAACAGGGCAACAAGGCUGCUCAGUGCCUGCCCGGGUAUGGCGCGUAGCUGAAUUGCCGCACCGACAGAAGCGGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.[[[[[[[.(((((((((((....))))))(((((....)))))((...((((............((((((((((...........((((....(((((....)))))...((((((((...........)))))))).))))..........))))))))..))........)))).)))))))))))...((((.....(((((....(((.]]]]]]])))))))).....))))............................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....((((((...((((.(((((((......((((((....))))))(((((....))))).))).)))).......((.....((((((((.....(((.(.((((....(((((....)))))...((((((((.(.......).)))))))).))))).))).....)))))))).....))....))))....(((..(((((............(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))..)))....))))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((....(((((((....(((...((((((....))))))..((((((.((((.((((..((((................))))...)))).))))........(((((....)))))...((((((((...........))))))))))))))..))).....))))))).((.......(((((....(((..(((....)))....)))(((((...((((((...((((((....)))))).....))))))...))))).)))))......)))))))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.........((((((((((......)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((............................................................................))))))))..)))........))))...)))))))))...((((.....(((((..................))))).....))))............................)))))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((.......))))((((((....))))))(((((....)))))................((...(.((((((((...........((((....(((((....)))))...((((((((.(.......).)))))))).))))..........)))))))).)...)).................(((((............(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))................ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((.....................((((((....))))))(((((....)))))........................(((((..................................................................................)))))............................................................................................................))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((......((((.......))))((((((....))))))(((((....))))).......((............((((((((((...........((((....(((((....)))))...((((((((...........)))))))).))))..........))))))))..))......(((((.....((((.......((((.....(((((....(((........)))))))).....)))).))))((......))..)))))......)).))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((......((((.......))))((((((....))))))(((((....)))))..........(.....((.(.(.((((((((...(.(((...((((....(((((....)))))...((((((((.(.......).)))))))).))))..))))....)))))))).).).)).....)...........(((((............(((((...((((((...(((((((((())))).)))))))))))...))))))))))(.......)))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(..............(.....)(((((((((.(....).))))(((((....))))).........................(((((....(.....(................................((............)).................)..)))))).....................)))))................(((((..................)))))............................................)) |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...))).....((((((......(((.[[[..))).....]]](((((....)))))...((((((..............[[[[[[[[...))))))..((((....(((((....)))))...((((((((...........)))))))).))))..........]]]]]]]].(((......[[[[[.....))).(((....))).......(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))).]]]]].....)))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..........(((((.(((.(((((.(((...((((((((((((..((((.((((..((..(((...((...))..)))..)).)))).))))....)))...))))))))).)))..((((((((...........)))))))).((((((.(((......)))..))))))....))))).....(((..(((((............(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))..)))..))).))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((.....................((((((....))))))(((((....)))))(((....................[[[[[[[[...))).............(((((....)))))...((((((((...........))))))))...............]]]]]]]].........................................(((((...((((((...(((((...........)))))))))))...)))))..............))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(............((..(((((...))....).).).)).(((.((((.((((....)))).......(((............((((((...(((.(.......................................((.......))......).))).................)))..)))........)))................((((.....(((((..................))))).....))))...............((..))........)))))))) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...))).....(((((....(((.((.((((((....)))))).)))))....(((.(((.....(..................)......))).))).........(((((....)))))...((((((((...........)))))))).((((((.(((......)))..))))))..............(((..(((((............((((....((((((...((((((((....))).)))))))))))....)))))))))..)))..))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.[[[[[[..[[[[[[[[[[[[..........))))))........]]]]]]..(((((..........((((((((((......................((((((((((....((((((((...........)))))))).((((((...............)))))).............))))))))))............)))))....)))))....)))))((((..))))..]]]]]]..(((..............))).]]]]]].... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((.........((((((((((......)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..........(((......................................).............)).........))))))))..)))......)))))).)))))))))))(..((((.....(((((..................))))).....)))))(...)..)..)..........((........)..). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((.........((((((((((......)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..........(((......................................).............)).........))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((.....(((((..................))))).....)))))(...)..)..)..........((........)..). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((...((((.(((((((......((((((....))))))(((((....))))).))).)))).......((.....((((((((.....(((...((((....(((((....)))))...((((((((...........)))))))).))))..))).....)))))))).....))....))))....(((..(((((............(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))..)))....)))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...))).....(((((([[[(((.((.((((((....)))))).)))))...((((.((((.............................)))).))))........(((((....)))))...((((((((...........)))))))).((((((.(((......)))..))))))..............(((..(((((............(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))..))).))))))]]]. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((...(((((((..........(((((............(((((....))))).......................((((((((...........((((....(((((....)))))...((((((((...........)))))))).))))..........)))))))).........))))).......))))))).............(((((...((((((...((((((....)))))).....))))))...)))))..............)))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.........((((((((((......)))))(((((....))))).....................(((((.(((((............................................................................))))).))..)))...............)))))))))...((((.....(((((..................))))).....))))............................)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((...((((.(((((((......((((((....))))))(((((....))))).))).)))).......((.(.(.((((((((.....(((.(.((((....(((((....)))))...((((((((.(.......).)))))))).))))).))).....)))))))).).).))....))))....(((..(((((............(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))..)))....)))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....((((.....(((((((......((((((....))))))(((((....))))).))).)))).......((.....((((((((.....(((...((((....(((((....)))))...((((((((...........)))))))).))))..))).....)))))))).....))....))))..)))).(((.(((..((((.....(((((....(((........)))))))).....))))..))).))).....((((..........))))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((...((((..(((.((.((.((((((((....))))..(((((....))))))))).)))).)))...((.(.(.((((((((.....(((.(.((((....(((((....)))))...((((((((.(.......).)))))))).))))).))).....)))))))).).).))....))))....(((..(((((....(......)(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))..)))....)))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((.(.(.((((.((((((((((......)))))))((((((((((..))))))..))))).)))))......((.((.(((....))))).))(((((....))..)))..((((((((((((.(((.(.(..)(..).)))).))).((((((...((((.(((((((.(((((..((((....)))(((((((((...).))).).))))...((..)).)..)).))))))))))...))))....).))).)))))))).)))((..))))).)))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((...((((..............((((((....))))))(((((....)))))................((.(.(.((((((((.....(((.(.((((....(((((....)))))...((((((((.(.......).)))))))).))))).))).....)))))))).).).))....))))....(((..(((((............(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))..)))....)))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((...((((..(((.((..((..((((((....))))))(((((....))))).))....)).)))...((.....((((((((.....(((...((((....(((((....)))))...((((((((...........)))))))).))))..))).....)))))))).....))....))))....(((..(((((............(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))..)))....)))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((.......))))((((((....)))))).((((....)))).((((..((((................))))...)))).....((((....(((((....)))))...((((((((...........)))))))).))))...(((((....(((((..((.........))....)))))..))))).(((......(((((.......)))))..(((((....))))).(((.....))).......(((..........))))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((..((((....<<<))))((((((....)))))).((((....)))).((((..((((................))))...)))).(((.>>>.))).(((((....))))).(((((((.(((.......)))((((.....)))).)))))))..)))).(((..........((((..(((..{{{)))...((((......bbb......)))).BBB.((((((}}}.))))))[[[.))).]]]......aaaa))))......AAAA..... |