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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00359



RNA: ASE_00359
Rfam family: RNaseP_arch

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Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(((((((((.........((((((((((......)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((............................................................................))))))))..)))........))))...)))))))))...((((.....(((((..................))))).....))))............................)))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((.......))))((((((....))))))(((((....)))))................((...(.((((((((...........((((....(((((....)))))...((((((((.(.......).)))))))).))))..........)))))))).)...)).................(((((............(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))................
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((.....................((((((....))))))(((((....)))))........................(((((..................................................................................)))))............................................................................................................)))))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.((......((((.......))))((((((....))))))(((((....))))).......((............((((((((((...........((((....(((((....)))))...((((((((...........)))))))).))))..........))))))))..))......(((((.....((((.......((((.....(((((....(((........)))))))).....)))).))))((......))..)))))......)).))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((......((((.......))))((((((....))))))(((((....)))))..........(.....((.(.(.((((((((...(.(((...((((....(((((....)))))...((((((((.(.......).)))))))).))))..))))....)))))))).).).)).....)...........(((((............(((((...((((((...(((((((((())))).)))))))))))...))))))))))(.......))))))..
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (....(..............(.....)(((((((((.(....).))))(((((....))))).........................(((((....(.....(................................((............)).................)..)))))).....................)))))................(((((..................)))))............................................))
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((...))).....(((((....(((.((.((((((....)))))).)))))....(((.(((.....(..................)......))).))).........(((((....)))))...((((((((...........)))))))).((((((.(((......)))..))))))..............(((..(((((............((((....((((((...((((((((....))).)))))))))))....)))))))))..)))..)))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((...(((((((..........(((((............(((((....))))).......................((((((((...........((((....(((((....)))))...((((((((...........)))))))).))))..........)))))))).........))))).......))))))).............(((((...((((((...((((((....)))))).....))))))...)))))..............)))))).
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((...((((.(((((((......((((((....))))))(((((....))))).))).)))).......((.(.(.((((((((.....(((.(.((((....(((((....)))))...((((((((.(.......).)))))))).))))).))).....)))))))).).).))....))))....(((..(((((............(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))..)))....)))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.....((((.....(((((((......((((((....))))))(((((....))))).))).)))).......((.....((((((((.....(((...((((....(((((....)))))...((((((((...........)))))))).))))..))).....)))))))).....))....))))..)))).(((.(((..((((.....(((((....(((........)))))))).....))))..))).))).....((((..........)))).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((...((((..(((.((.((.((((((((....))))..(((((....))))))))).)))).)))...((.(.(.((((((((.....(((.(.((((....(((((....)))))...((((((((.(.......).)))))))).))))).))).....)))))))).).).))....))))....(((..(((((....(......)(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))..)))....)))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((.(.(.((((.((((((((((......)))))))((((((((((..))))))..))))).)))))......((.((.(((....))))).))(((((....))..)))..((((((((((((.(((.(.(..)(..).)))).))).((((((...((((.(((((((.(((((..((((....)))(((((((((...).))).).))))...((..)).)..)).))))))))))...))))....).))).)))))))).)))((..))))).)))))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((...((((..............((((((....))))))(((((....)))))................((.(.(.((((((((.....(((.(.((((....(((((....)))))...((((((((.(.......).)))))))).))))).))).....)))))))).).).))....))))....(((..(((((............(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))..)))....)))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((...((((..(((.((..((..((((((....))))))(((((....))))).))....)).)))...((.....((((((((.....(((...((((....(((((....)))))...((((((((...........)))))))).))))..))).....)))))))).....))....))))....(((..(((((............(((((...((((((...((((((((....))).)))))))))))...))))))))))..)))....)))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((.......))))((((((....)))))).((((....)))).((((..((((................))))...)))).....((((....(((((....)))))...((((((((...........)))))))).))))...(((((....(((((..((.........))....)))))..))))).(((......(((((.......)))))..(((((....))))).(((.....))).......(((..........))))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((..((((....<<<))))((((((....)))))).((((....)))).((((..((((................))))...)))).(((.>>>.))).(((((....))))).(((((((.(((.......)))((((.....)))).)))))))..)))).(((..........((((..(((..{{{)))...((((......bbb......)))).BBB.((((((}}}.))))))[[[.))).]]]......aaaa))))......AAAA.....