RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00361

RNA: ASE_00361
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GAGGAAAGUCCGGGCUCCGCAGGGCAGGGUGCCGGAUAACGUCCGGCGGGAGCAAUCCUAGGGACAGUGCCACAGAAAUGAGGACCGCCGAUGGUGUCGGCAAUGCCGGCACACAGGCAAGGAUGCAACGGUGCGGUAAGAGCGCACCAGCAACCCGGGAACGGGUUGGCUAGGUAAACCCCACCUGGAGCAAGACCGGAUAGGAGUGCGCACGUGGUGGCCCGCCACGCACUCGGGUAGGUUGCUUGAGCCAAUUGGCAACAGUUGGCCUAGAUAGAUGAUUGCCACUCCAUUCGUGCGAGGCAGACGGGUGAAAUGACCGAGAGCGAGUUGCUUAUCGGAUUUUGCGGACCUGCCGCUUGGAGCACAGGAGCACAGAAUCCGGCUUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.............(((((..((((((((((...)))))))).)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......((((((....(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((...(((((((((((((((((((((((..((((((((.....)))).))))))))))))))))))))).....)))))))))))......)))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((..(((((((((((..(((...(((((((((((...)))))))....(((.((((.......((.((.((....)).)))).(((....((((((((...))))))))...))).)))))))...((((((.......))))))(((((((((....)))))).)))......))))..))))))))....))))))..(((((.(((...((..(((..((.((....))))..)))..))...((((((((....)))))))).............)))))))).....((((..(((((....(((((((..((((((((.....)))).)))))))))))....))))).((((.....)))).))))....))).....)
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((...))............((((....(((((((...)))))))((((....))))........)))).............(((((..((..................))..)))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((...((((((...((((((.((((((((...))))))))...(((((((..(((...(((((.............(((((..((((((((((...)))))))).)))))..))..((...((((((.......))))))..(((((((....)))))))))..)))..))))).....((((((....(((...(((((((...((((....))))..))))))).(((((..((((...((((((((....))))))))..)).)).....)))))..)))..((((....((((...........)).))....)))).))))))...))))..)))...))))))...))))))...(((........)))))))).
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................((((....))))..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.............((((........((((((((((.....))))).((((....)))).........................(((((..(((((.............))).)))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))))))).............((((((...................))))))...............((((((((....))))))))................).......................................................................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................((((((((((.....))))).((((....))))...........................(((..(((((.............))).)))))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))).......((((......((((((...................)))))).....))))......((((((((....))))))))........................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((((((..(((...(((((((((((...)))))))....((.(((((..........((.((....)).))...(((..((((((((((...)))))))).))))).)))))))...((((((.......))))))(((((((((....))))))).))......))))..))))))))....)))))).((((((((....((((.....)))))))))))...............((((((((....)))))))).....................)............................((((((((.....)))).))))((((((....((((..(.......).))))....))))))........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((............(((((((...)))))))((((....)))).........................(((((....((...............))...)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))).)................)))))..((((......((((((......(((.....)))..)))))).....))))....(.((((((((....))))))))).......................................................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))..(((....)))...((...(((((.((....))....(((((..((((((((((...)))))))).)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......((((((....(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..................((((....((((..(((((....(((((((..((((.(((.....)))..)))))))))))....))))).......)))).)))).......)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((((((..(((...(((((((((((...))))))).(..((.(((((.((.......((.((....)).)).))(((..((((((((((...)))))))).))))).)))))))..)((((((.......))))))(((((((((....))))))).))......))))..))))))))....)))))).((((((((....(((((...))))))))))))((((.....))))(.((((((((....)))))))).)...................)....((....(((((....(((((((..((((((((.....)))).)))))))))))....)))))((.....)))).((..........))......
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((........(((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).........(((.............(((((....(((((((.....)))))))...)))..)).......((((((.......))))))..(((((((....)))))))....)))......))))))))))...............((.(.........(.(..))...))).................((((((((....))))))))..................................................(((...(.......)....))).......................................)))).....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((((((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).).......................(((((....(((.(.........).)))...)))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............)))))))))(..((((.(....(((((..(...((((.....)))).))))))...).))))).....((((((((....)))))))).........................................................))..))))))............................................)))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..[[[[....)))...]]]].(((((((((((...)))))))((((....)))).......(((((...............((((((...))))))..[[[[)))))...]]]]..........(((((......[[[)))))..(((((((....)))))))]]]......))))...((((.[[[...)))).......]]]...(((((..[[[[[)))))....]]]]].(((.......((((((((....)))))))).......[[[[...)))....]]]].((((..(((((....(((((((..(((((((((...))))).)))))))))))....)))))[[[[...))))..]]]]...............
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..(((((((((((..(((...(((((((((((...)))))))....(((.((((.......((.((.((....)).)))).(((....((((((((...))))))))...))).)))))))...((((((.......)))))).((((((((....)))))).)).......))))..))))))))....)))))).((((((.((.(((((((...)))))))..((((((((...))))))))(((((((....)))))))...............))))))))..((((((..(((((....(((((((..((((((((.....)))).)))))))))))....))))).((((.....)))).)))).)).)))......
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((....((..((..(((((((...)))))))((((....))))..........((.((....)).))...(((....((((((((...))))))))...)))........(((((((((.......))))))..(((((((....)))))))................(((.........(((((.((((((.(((.(({{{{{{{.{{{)).......}}}.}}}}}}}...((((((((....)))))))).............)))))))))))))).......<<..)))[[[[[[[..[[[[[[[[..)))]]]].]]]]]]]]]]]...))>>))....))))).......................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........(((((((((((...)))))))(.(......).).........(((............((((((..((((...............)).)))))..)).).....((((((.......)))))).(.((.(((....))).)))....))).......))))))))....(((...(..((((((....((((((...)))))))))))).)...))).....(..(((((((....))))))).).......................................................................................................................
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((............((((.............((((((...)))))).((((....))))............................((((((.................)).))))...(((((....((((((.(...).))))))(((((((((....))))))).))..........)))))))))....(((...(..((((((....((((((...))))))))))))..)..)))...(.(.((((((((....))))))))).)...............(..(........))..................................................................................))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((..(((...(((.(((((((...)))))))....(((.((((..........((.((....)).))...(((....((((((((...))))))))...))).)))))))...((((((.......)))))).((((((((....))))))).)........)))..)))))))).((.(((((..((((((.((.(((((((...)))))))...(((((((...)))))))((((((((....))))))))..............))))))))....((((..(((((....(((((((..((((((((.....)))).)))))))))))....))))).((((.....)))).))))....)))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((((((...((((((.((((((((...))))))))...((((((((((......((((......................((((((((...))))))))...)))).....(((((((((((.......))))))..(((((((....))))))).........((((...((((.......))))....((((([[[[[[..(((((..))))).)))))))))..)))))....((((((((....))))))))))))......))))))(((((....]]]]]]........)))))......(((((((((...))))).))))..........))))))...))))))...............))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..((((((...((((((..(((((((...))))))).(((....)))............................(((....((((((((...))))))))...)))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))....((......))......(((..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....)))))))...((((((((....))))))))............(((((...............))))).............((((((((.....)))).))))..........))))))...)))))).......................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((((((.........(((((((((.....))))).((((....))))..((....((((.............(((((((......................)))))..)).......((.(((.......))).))...((((((....)))))).....))))...)))))).))))).......................((((.....)))).....)))))............((((((((....))))))))..................................................((..........))........................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((..........(((((..((((...............)).)))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((....(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)........................................................................................((.(....).)..).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((..........(((((..((((...............)).)))))..)).))....((((((.......))))))..(((((((....))))))))).......))))))))))))))..((((......((((((....(((((.....))))))))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).))............).........................................................................................(........)....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((..........(((((..((((...............)).)))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....((((((....(((((.....)))))))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)........................................................................................((.(....).)..).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..((..........(((((..((((...............)).)))))..)).))....((((((.......))))))..(((((((....))))))))).......))))))))))))))..((((......((((((....(((((.....))))))))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).))............).........................................................................................(........)....
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((..........((.((..((((...............)).))))...)).))....((((((.......))))))..(((((((....))))))))).......)))))))))))))(..((((......((((((....(((((.....))))))))))).....)))))((.(.((((((((....))))))))).))............).........................................................................................(........)....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..<<<<..(((((((...)).....(((((((...))))))).)))))..))))..>>>>.(((((.((....))......((((((...))))))..[[[[)))))...]]]]....(((...{{{{{{)))....}}}}}}..(((((((....))))))).((((((.......))))))...(((.((((((.((((((.(((...((..(((..((.((....))))..)))..))...((((((((....)))))))).............)))))))))....((((..(((((....(((((((..((((((((.....)))).)))))))))))....))))).((((.....)))).))))...))))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((..(((...(((((((((((...))))))))...(((.((((.......((.((..........)))).(((..((((((((((...)))))))).))))).)))))))...((((((.(....))))))).((((((((....))))))).)........)))..)))))))).((.((((((.((((((.((((((((((...)))))))...(((((((...)))))))((((((((....)))))))).............)))))))))..((((((..(((((....(((((((..(((((((((...))))).)))))))))))....))))).((((.....)))).)))).))))))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((....(((((.(((((((.....((((...((((....))))..)))).....................((((((...))))))....))))))).(((((((.........((((((.......))))))..(((((((....))))))).........((((...((((.......))))....(((((((...((((....))))..)))))))))))...))))))).((((((((....))))))))............))))).........((((..(((((....(((((((..(((((((((...))))).)))))))))))....))))).......)))).))))).......))))....
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..........((((((((.......((((((.....)))))).............(((...(((................))).....((((...........))))......................................(((((((....)))))))...............................................................)))((((.......(((..(((((((....)))))))..)))..................))))............................(((((...))))).......)))))))).............................)))......
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).............................................................(((......((...............))..((....(....)....))...........))).....)))...........................................................(((...((....))...)))................).......................................................................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((........(((..(((((((((.....))))).((((....))))..((....((((.............(((((..((((...............)).)))))..)).......((.(((.......))).))..(((((((....)))))))....))))...))))))........((((.(....((((((...................))))))...).)))))))...((((((((....))))))))...............................................................................................................)))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))..(((((..(((...(((((((((((...)))))))....(((.((((.......((.((.((....)).)))).(((....((((((((...))))))))...))).)))))))...((((((.......))))))..(((((((....))))))).........))))..)))))))).((.((((((.((((((.(((...((..(((..((.((....))))..)))..))...((((((((....)))))))).............)))))))))....((((..(((((....(..((((..((((((((.....)))).))))))))..)....))))).((((.....)))).))))...))))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.(((((((((((..(((...(((((((((((...)))))))....(((.((((.......((.((.((....)).)))).(((....((((((((...))))))))...))).)))))))...((((((.......))))))..(((((((....))))))).........))))..))))))))....)))))).((((((.(((...((..(((..((.((....))))..)))..))...((((((((....)))))))).............))))))))).))....((..((((....(((((((..((((((((.....)))).)))))))))))....))))))))).((((...(((........))).)))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....((((.((.(((....((((..(((((((((...)))))))((((....))))....))..)))).((....)).)))))(((....((((((((...))))))))...)))..))))(((((((((((.......))))))..(((((((....)))))))(((.(((......((((((..((..(..(((((.((((((.(((...((..(((..((.((....))))..)))..))...((((((((....)))))))).............))))))))))))))..)...))...)))))).....)))...)))..)))))...((((((((((.(..((((..((.....)).))))..).))))))))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.(((((((((((...............))))))).)))(((((((......((((((.((((...((.((((((((((((((((((((...)))))))).))(((((..)))))..((((((((..)).)))))).(((((((((..)))))))).)))))).))))))).))))).))).((((((....((((..(..((((((...)))))))))))...))))))))((..))((((((((..)))))))).(((..)))).))))))(((.((.((((........))))))))).....))))(((((..))).))...(((((((((.(.(((((.(.((...)).))))).)).))))))))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................((.......................(...........)...............))......................................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................(..........................(.).........((..((...............))......................))......(.((............((...)).))..)........(..............)..).......................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))..(((((...((...(((((((((((...)))))))....((..((((..........((.((....)).))...(((....((((((((...))))))))...))).)))).))...((((((.......)))))).((((((((....))))))).).......))))..)).)))))(((.((((((.((((((.(((...((..(((..((.((....))))..)))..))...((((((((....)))))))).............)))))))))....((((..(((((....(..((((..(((((((((...))))).))))))))..)....))))).((((.....)))).))))...))))))))).
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))..(((((...(((..(((((((((((...)))))))((((....)))).((.......))...............(((....((((((((...))))))))...)))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))).).......))))..))))))))..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).....................(((((((.........)))))))......((((.(((.....)))..)))).....((((.....))))..............................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))..(((((..(((...(((((((((((...)))))))....(((.((((.......((.((.((....)).)))).(((....((((((((...))))))))...))).)))))))...((((((.......))))))..(((((((....))))))).........))))..)))))))).((.((((((.((((((.(((...((..(((..((.((....))))..)))..))...((((((((....)))))))).............)))))))))....((((..(((((....(..((((..((((((((.....)))).))))))))..)....))))).((((.....)))).))))...))))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..((((....)))).....((((((.....)))))).(((....)))...))))..((((...............(((((.....)))))..((((........))))..........((((((.......))))))..(((((((....)))))))....)))).(((....((((.......))))....(((((((...((((....))))..))))))).))).((((.....))))..(((....))).((((..............))))...(((((((.........)))))))......((((((((.....)))).)))).....((((.....)))).((((................)))).....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..((((....)))).....((((((.....)))))).(((....)))...))))...(((........[[[....(((((..<<<)))))..((((..>>>...)))).....(((..((((((.......))))))..(((((((....))))))).((((((.......))))))..................)))...[[[[[[)))..]]]]]]..]]].(((.....)))...((((((((....))))))))........(((.{{{{{....))).(((....}}}}})))........(((...aaaa..)))AAAA.(((((((((((((.....)))((((.....))))....))))))))))....

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