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GAGGAAAGUCCGGGCCCCAACGGGCAGAGCGCCAGGUAACACCUGGGAGGCGCGAGCCUACGGAAAGUGCCGCAGAAAAUAUACCGCCUAAGCGCCUUCGGGCGCCGGUAAGGGUGAAAUGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCCGCUGGUAACAGCGGUGGCAGGGUAAACCCCACCCGGAGCAAGACCAAAUAGGGAUCCACGCGUUUCGGCGCACGGUGCGGCCCGCGCUGGGAUCCGGGUAGGUCGCUUGAGGUGUGUGGCGACACACAUCCCAGAUAAAUGACUGCUCACGACAGAACCCGGCUUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((...(((((....))))).)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((..((((....)))).((((((.]]]])))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))....((((.........(((((.....(((((....))))))))))..((((....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....(((....)))))))(((((((.((((..((..((((((..((((....)))).(((((((...)))))))))))))..)).))))..(((.((((((((....)))))))).))).........))))).))........)))).).) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((((.....))))).((((....)))).......((((.....................(......)............(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))))))))...))..((((......((....(..(......((((............))))..)..))).....))))))....((((((((....))))))))..................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).))))....((((.........(((((.....(((((....)))))))))).(((((...(((((((.......)))))))((((((((....))))))))...(((....)))))))).(((((.((((......((((((..((((....)))).(((((((...))))))))))))).....))))..(((.((((((((....)))))))).))).........)))))...........)))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((...))))))......................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((..((((((....)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((................................))))))...............((((((((....))))))))..................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................((((((((((.....))))))((((....))))..........................(((..((((((....)))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............)))).......((((......((((((................................)))))).....))))......((((((((....))))))))..................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((((....)))(......((((((...)))))).((((....))))................................(((((....)))))......((((....(((((((.......)))))))((((((((....))))))))...(((....))).)))).((((..((((......((((((..((((...(((((.....))).)).))))..)))))).....))))))))(.((((((((....)))))))).)............)............)))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((..((.............((((((...)))))).((((....)))).........((...............(((...(((((....))))).)))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))))................)).((..((((......((((((................((((((...)))))).)))))).....))))))..(.((((((((....)))))))).).........................)))))))... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((......((((.......(((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((...(((((....))))).)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))..))))(((((.((((......((((((..((((....)))).((((((.....)))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).............))))).........)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....)))(((....((((((...)))))).((((....)))).(((......)))..........((((.....(((((....)))))))))..(((((...(((((((.......)))))))((((((((....))))))))...(((....)))))))).((((..((((......((((((..((((...((((((...)))).)).))))..)))))).....))))))))(.((((((((....)))))))).)..........)))............)))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((...(.(((....))).).)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................(((((....(......................)......)))))...............((((((((....))))))))..................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....(.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))........((((............(((((...((((((..)))))).)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))).....)))))))))(..((((......((((((...................(.......)....)))))).....))))).....((((((((....))))))))...........................)))))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((....))))...(((((((((...)))))).[[[)))...]]].(((....[[[[[...........))).....(((((....)))))]]]]].(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).......(((.......((((((..((((....)))).(((((((...)))))))))))))[[[[[[)))..(((.((((((((....)))))))).)))........]]]]]]..........))))..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....)))..((((.((((((...)))))).((((....)))).(((......))).........(((((.....(((((....)))))))))).(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).((((..((((......((((((..((((...((((((...))).))).))))..)))))).....))))))))..((((((((....)))))))).((......))...)))).........)))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((........(((((....((((((...)))))).((((....))))........................((......(((((....))))).))...(((((....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))...((..((((......((((((..(((.......((.....))......)))..)))))).....))))))....((((((((....))))))))............)))))..........)))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........((((((((((...(....).)))))))..)).)......(((((.......)))))..((((.(((....))).))))....))).......)))))))))...(((..((..((((((................((((((...)))))).))))))..)).))).....(.((((((((....))))))))).................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((.............((((((...)))))).((((....))))...........................(((..(((((....))))))))...(((((....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)...........)))))))))....(((..((..((((((................((((((...))))).)))))))..)).)))..((.(.((((((((....)))))))).)))................................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....)))).((((.((((((...)))))).((((....)))).(((......))).........(((((.....(((((....)))))))))).(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).((((..((((......((((((..((((...((((((...)))).)).))))..)))))).....))))))))..((((((((....)))))))).((......))...))))..........))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......((((((((((((((((...)))))).((((((..[[[[[[......[[[[[............[[[[[..))))))..]]]]].]]]]].(((((...(((((((.......)))))))((((((((....))))))))...((((..))))))))).................((((((..(((((..))))).(((((((...)))))))))))))..]]]]]]))))...((((((((....))))))))............)))))).........)))))..... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.................(((((.....))))).((((....))))........................(((((...(((((....))))).)))..))......(((((((.......)))))))((((((((....)))))))).........................((((......((((((..((((...(((((.....))).)).))))..)))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((.............(((((.....)))))...((....))..........((((..............(((((..............)))))...........((((((.......)))))).....((((....))))........))))..........)))).....((.....))..........................................)))........((.(.((((((((....))))))))).))....................(....)....... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((..((((........)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((................(((((.....))))).))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..).) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((..((((........)))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((.................((((.....))))..))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))..................(.(....).)..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((..((((........)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((................(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((..((((........)))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((.................((((.....))))..))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))..................(.(....).)..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((.((..((((........))))))...)).))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......)))))))))))))(..((((......((((((.................(((.......)))..)))))).....)))))((.(.((((((((....))))))))).))..................(.(....).)..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))....((((.........(((((.....(((((....)))))))))).(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).(((((.((((..((..((((((..((((....)))).(((((((...)))))))))))))..)).))))..(((.((((((((....)))))))).))).........)))))...........)))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....)))).((((.((((((...)))))).((((....)))).(((......))).........(((((.....(((((....)))))))))).(((((...(((((((.(....))))))))((((((((....))))))))...(((....)))))))).((((..((((......((((((..((((...((((((...)))).)).))))..)))))).....))))))))..((((((((....))))))))..............))))..........))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).))))....((((.........(((((.....(((((....))))))))))...((((..(((((((.......)))))))((((((((....))))))))...((((.......)))).((((..((((......((((((..((((....)))).(((((((...))))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))................)))).........)))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))....................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))........................................................................(((...((....))...)))..................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))....................................................((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))))))))))))...(((...((..((((((................................))))))..))..)))......((((((((....))))))))...........................)))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))....((((.........(((((.....(((((....)))))))))).(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).(((((.((((..((..((((((..((((....)))).(((((((...)))))))))))))..)).))))..(((.((((((((....)))))))).))).........)))))...........)))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((......(((((.((((.(((((...(((((.........(((..((((....)))).)))...((((((.(((.....(((((.....(((((....)))))))))).(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))))))))...((..((((......)).))...)).)))))))))..))))).)))))...)))).))))).........(((.((((((((....)))))))).)))........)).((......))............ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((....((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).)))).....))((........(((((.....(((((....)))))))))).(((((....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).).(((....))))))))...))(((.((......((((((..((((....)))).(((((((...)))))))))))))((((..((((..(((((((((((....)))))))..(((........)))))))))))...))))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..)(......)....(.((((...((((..((((((((..((..)).))))))))))).)....))))).(.((((((((..))))).)))...(((((....((((((((..)).))))))((((((((((..))))))))).).(((....))))))))...((((.(((.((..((((((((.((((..(((((((...)))).))))))).))))))))..)))))...))))((((((........)))).))((......)))(((.((..))))).))))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................(.......).....((......))...........................((.......))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................(..(.................).........(((((......(...(...)..)(...).......................................................))))).(.(...................).).((....(((((((....)))))))...)).....)........................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((....))))......((((((...)))))).((((....))))......................(((((.....(((((....)))))))))).(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).(((((.((((......((((((..(((......))).((((((.....)))))))))))).....))))...((.((((((((....)))))))).))..........)))))................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).(((......))).............(((...(((((....))))).)))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))))))))..(((..((((......((((((..((((....)))).(((((((...))))))))))))).....))))))).(.((((((((....)))))))).)..........................))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))....((((.........(((((.....(((((....)))))))))).(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).(((((.((((..((..((((((..((((....)))).(((((((...)))))))))))))..)).))))..(((.((((((((....)))))))).))).........)))))...........)))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))....(((..........(((((.....(((((....)))))))))).((((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...((((.......)))).(((((.((((......((((((..((((....))))..(((((.....))))).)))))).....)))).......((((((....))))))................)))))........))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))....(((..........(((((.....(((((....)))))))))).((((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...((((.......)))).(((((..........((((.....((((....))))..(((((.[[[[)))))..((((.]]]].)))).........(((((....))))).))))...........)))))........))))))).... |
