|
|
|
GAGGAAAGUCCGGGCUCCGCAGGGCAGAGUGCCAGGUAACACCUGGGGGGCGAGAGCCUACGGAAAGUGCAACAGAAAGCAUACCGCCCAAAAACGGGGUAACACCCGUUUGAGUGCCUUAGUUGGCUGGGUAAGGUUGAAAUGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCGGCUGGUAACAGCCGUGGCGAUGGUAAACCCCACUCGGAGCAAGACCAAAUAGGAAUCCGUCAGCUGUGGCCCGCAGUGGAUUCGGGUAGGUCGCUACAGGCAGGUGGUGACACCUGUCGCAGAUGAAUGAUCGUCCACGACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((((((((......)))))))))).(((......)))..)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)...)))..)))))))))))))...((((......((((((....(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((.((.((.((.((.(((.(((((.....))))).((((....))))(((((..((((........)))).((((((..(((((((......)))))))....(((......))).))))..((((.....((((((.......))))))..(((((((....)))))))..((((((......))).)))......)))).....))..)))))..))).)).)).)).(((((((((.((((....)))).((((((((....)))))))).........)))..))))))....)).))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(...)..............(((.....((((((...)))))).((((....))))........))).............(((((...........((((..................))))....)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).......................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...((((((.((((....))))......((((((...)))))).((((...(((..(((((..((((........)))).((((((..(((((((......)))))))....(((......))).))))..((((....(((((((.......)))))))((((((((....)))))))).((((((......))).)))......)))).....))..)))))..)))...))))....))))))(((((..((((((((......))))))))..((((((..(((((....)))))..)))))).))))).))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((...))))))................................................................................................(((((((.......))))))).............................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((.............................)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............))))))))).............((((((...................))))))...............((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((.............................)))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............))))))))))..((((......((((((...................)))))).....))))......((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((.................((((((...)))))).((((....))))........(((........)))..........(((((((......)))))))...............................(((((((.......)))))))((((((((....)))))))).....................(((..((((......((((((....(((((.....))))))))))).....)))))))...((((((((....))))))))...(((((....)))))..........))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((.........((((.((((((...)))))).((((....))))..........................(((.........................................)))..((.......((((((.......)))))).((((((((....))))))))............)).))))(.(((..((((......((((((....((((.......)))))))))).....))))))).).((((((((....))))))))........................)).)))))))). |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((............((((((((.(((((((......)))))))....(((......))))))))..)))......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)....))..)))))))))))))...((((......((((((....(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.((((........((((((((((...)))))).((((....))))..((...((((........)))).))(((((.(((((((......)))))))....(((......))))))))..(((.....(((((((.......)))))))((((((((....))))))))..........))).)))))))(((..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....)))))))...((((((((....))))))))(..(((((....)))))..).....).))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((...........(..(....(......)))............)))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............))))).................(((((.....................)))))...............((((((((....))))))))..................................). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......(((.((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)......................(((((...((((............))))..................)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............)))))))))(..((((......((((((.....((((.....)))).)))))).....))))).....((((((((....))))))))...........................)))..))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[....)))...]]]]......((((((...)))))).((((....)))).......((((........))))...(((((.(((((((......)))))))[[[[(((......))))))))..((((....(((((((.......)))))))((((((((....)))))))).........))))..]]]].......(((.......[[[[[[))).((((((...))))))]]]]]]((((..((((.....((((((((....))))))))...(((((....)))))..))))...))))...... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((.((((.......((((((...)))))).((((....)))).(((...((((........)))).)))(((..(((((((......)))))))....(((......))).)))...((((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))((....)).)))))).))))))).....((.....)).(((((((.((((((...)))))).))..)))))..((((((((......))))))))..((((((..(((((....)))))..))))))..)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.................((((((...)))))).((((....))))..((...((((........)))).))......(((((((......)))))))................................((((((.......)))))).((((((((....))))))))..........................((((......((((((....(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...)))))))(((......))).........(((...........((((((.........................................)))..)).)......(((((.......)))))..((((((((....)))))))).....))).......)))))))))...(((...(..((((((....((((((...))))))))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.............((((((...)))))).((((....))))...........................((((.........................((........))))))...(((((....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)............))))))))))..((((..((..(((((((....(((((...))))))))))))..)).))))..(((.((((((((....)))))))))))..........((((.()))))............ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((............((((((...)))))).((((....)))).(((...((((........)))).)))(((..(((((((......)))))))....(((......))).)))............((((((.......)))))).((((((((....)))))))).....((......))...))))).....((.....)).(((((((.((((((...)))))).))..)))))..((((((((......))))))))..((((((..(((((....)))))..))))))..)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.((((((.....((((((...)))))).(((((..[[[[........((((........))))..)))))..(((((((......)))))))...))))))....]]]]((((..........(((((((.......)))))))((((((((....))))))))..........))))....))))))...(((......((((((....((((((...)))))))))))).)))..((((((((......))))))))..((((((..(((((....)))))..))))))...)))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((((...))))))..(((....))).......................(((((((...(((((((......))))))).............)))..))))..........((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............)))))))))...((((......((((((....((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...(((((....)))))..........)))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))...((((.............(((((.....))))).((((....))))............................................................................((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............)))).))))...(((.......(((((.....................)))))......)))......((..((((....))))..))........................(....)...... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.................................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)...)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((....(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((((((.................................)))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))))........))))))))))))))..((((..((..((((((....(((((.....)))))))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))..................(.(...).)..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.................................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)...)))..))))))))))))))..(((((.....((((((....(((((.....)))))))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((((((.................................)))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))))........))))))))))))))..((((......((((((....(((((.....))))))))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).))..................(.(...).)..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((.((((((.................................))))))...)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))))........)))))))))))))(..((((......((((((....(((((.....))))))))))).....)))))((.(.((((((((....))))))))).))..................(.(...).)..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((.((.((.((.(((.(((((.....))))).((((....))))(((((..((((........)))).((((((..(((((((......)))))))....(((......))).))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).((((((......))).)))......)))).....))..)))))..))).)).)).)).(((((((((.((((....)))).((((((((....)))))))).........)))..))))))....)).)))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((.((.........((((((...)))))).((((....)))).(((...((((........)))).)))((((.(((((((.(...))))))))....(((......)))))))...........(((((((.(....))))))))((((((((....))))))))....(((......))))))))))...............(((((...((((((...)))))).....)))))..((((((((......))))))))..((((((..(((((....)))))..))))))..)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((......((((......((((((...)))))).((((....)))).......((((........))))...))))..(((((((......)))))))....)))).....((((((((...((((...(((((((.......)))))))((((((((....))))))))..((((((..................((((........(((((...((((((...)))))).....))))).))))......((((((((....))))))))...........))))))..))))...)))))))).. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))...........................................................................(((......((...............)).((....((....))....))............))).....)))...........................................................(((...((....))...))).................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((.............................)))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))..........)))))))))))))...(((...((..((((((...................))))))..))..)))......((((.(((....))).))))...........................)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((.((.((.((.(((.(((((.....))))).((((....))))(((((..((((........)))).((((((..(((((((......)))))))....(((......))).))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).((((((......))).)))......)))).....))..)))))..))).)).)).)).(((((((((.((((....)))).((((((((....)))))))).........)))..))))))....)).)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....((((((.(((((.((((..(((.((((((...)))))).((((....))))(((((..((((........)))).((((((..(((((((......)))))))....(((......))).))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).((((((......))).)))......)))).....))..)))))..)))...))))...)))))))))))...((((((((......)))))))).))).(((..(((((....)))))..))).............. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))(((((((((...((......(((((.....))))).((((.(.(((..(((((..((((........)))).(((((((.(((((((......)))))))....(((......))))))))..((((.....((((((.......))))))(((((((((....)))))))..((((((......))).)))..))..)))).....))..)))))..))).).)))))).)))))..(((((..((((.....((((((((....))))))))...(((((....)))))..))))...))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.((.(.((((...)).)))))..(((((((.((...(.(.(((((((((((((........))..(((((((((((((((((((...).)))))))..(((((((((........))))))).)).)))).)))))))..((.((.(((((((((((..))))))))).)).))))))))).((.((((...)))).))..((..)).((((((((((((...)))))))))..))))))))).))....)))))))))......((((((.(...............)))))))).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................(.)............(...(........)..........(....)....).................((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................(...).(..(.........(..(...................((..((..................))...)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).))............)..).)..)...((((....(.((((((.......(...).......))))))...).)))).((..(((.....(......))).)...))................................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((.((.....(.(((.((((((...))))))..(((....))).(((((..((((........))))...((((..(((((((......)))))))....(((......))).))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).((((((......))).)))......)))).........)))))..))).).....)).((((((.................((((((((....))))))))..............))))))....)).)))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((..(((.......((((((...)))))).((((....))))........(((........)))..((((((...((((((......)))))).....(((......))).))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))............)))...))))))..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..............(((...))).....))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((.((.((.((.(((.(((((.....))))).((((....))))(((((..((((........)))).((((((..(((((((......)))))))....(((......))).))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).((((((......))).)))......)))).....))..)))))..))).)).)).)).((((((...(((...(((((...((((((((....))))))))..)).)))...)))))))))....)).)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))..((((........)))).........(((((((......)))))))...((((.(((....))))))).((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))).....((((.................))))...(((((.....)))))....((((((..((((.....((((((((....))))))))...(((((....)))))..))))...)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((....)))).((((((((((.....))))).((((....))))(((((..((((........))))..((((.....(((((......))))).(((.<<<<)))...((((.>>>>.))))....(((((((.......))))))).(((((((....))))))))))).[[[[......)))))........]]]].{{{{...)))))...}}}}.(((((.((....)))))))..((((.....((((((((....))))))))...(((((....)))))..)))).....)))).... |
