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GAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGGGCAGGAUGGUCCUUAACGGGGACCGGGGGCGACCCCAGGGAAAGUGCCACAGAGAGUAGACCGCCCGCCAAGGCCUGGCCGUGGCGUGGUAAGGGUGAAAGGGUGAGGCAAGAGCUCACCAGUGCCGGCGGUGACGUCGGCAGCUCGGUAAACCCCAUCCGGAGCAAGGCCAAAUAGGGGAGUGAUUGAGGACGGCCCGUUCGAGACUCCCGGGUCAGGCUGCUUGAGGCCAUCGGCAACGGUGGUCCUAGAGGAAUGAUCGUCGCUUCGCAGCGGGCAACUGCUGCGGGGUACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((((((...)))).))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((((.]]]])))))))))))))......))))......((((((((....)))))))).................((((((((((((....))))))))))))......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((.(((...((((.((..((((((.....))))))...((((.((....))....))))............))))))..((((((((((((.((((.((.(..(((((...((((...((..(((((.......(((((((....)))))))))))).))..)))))))))..).))..)))).....((((((..((((((.....))..)))).)))))).))))))))..))))(((((((((....)))))).)))...)))......((.((((((((((((....))))))))))))))....))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................(((.....((((((.....))))))((((....)))).........)))............(((((............((....))..)))...))......((((((.......))))))..((((((((....))))))))..................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((....(((.((.((((((((........((((((....)))).))..............)))..))))))).)))..(((((((((.((((...((..(((((...((((..(((....))).(((((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))...))...)))).....((((((...((((.........))))..)))))).))))))))).....(((((((((....)))))).)))...)))....((((.((((((((((((....)))))))))))))).)).))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................((((((((((...........))))).)))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((......................))))))................((((((((....))))))))................)........................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.............((((........((((((((((.....))))))((((....)))).........((.............((((((((((...........))))).)))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).....)).......))))))))...((((......((((((......................))))))......))))......((((((((....))))))))................)........................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((....)))).....((((((.....))))))((((....))))..........................((((((((.(((...))).))))).)))...((......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).......))..............(((......((((((......(((((...)))))...))))))......)))..(((..((((((((....))))))))...))).......(...((((((((((((....))))))))))))...)...)))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((...((............(((((((...)))))))((((....))))........................(((((...(..............)...)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))...............))(((..((((......((((((......(((((...)))))...))))))......)))))))...((((((((....))))))))..................(((((((((((....)))))))))))........)))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((.(((...))).))))).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......(((((.......((((.....))))....)))))......))))......((((((((....))))))))..................(((((((((((....))))))))))).......)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((((....)))).((((((((((.....))))))((((....)))).((.......))..............((((((((.((((.)))).))))).)))..((((.....((((((.(....)))))))((((((((((....)))))))).))......)))).))))....(..((((..((..((((((..((..((((((.)))))))).))))))..))..)))))(((.(((((((((....)))))))).).)))......((((.((((((((((((....)))))))))))))).))..)))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.......................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((((.................)).)))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).................(((((........((.......)).....)))))................((((((((....))))))))........................................................)).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..............(((........(((((((((((...)))))).((((....)))).........(((............((((((((((.((.....)).))))).)))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))......))))))))((..((((......((((((.......((.......))....))))))......))))))....((((((((....)))))))).....................(.....)...........................).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[....)))...]]]].....((((((.....))))))((((....))))........((((...........(((((((((((.(((...))).))))).)))...)))....[[[[..))))...]]]](((..((((((((....))))))))[[[[)))............]]]]..((((......[[[[[[..[[[[....))))...]]]].]]]]]].(((((..[[[(((..((((((((....))))))))...)))...)))))...((((((((((((....)))))))))))).]]]........... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....)))..(((((((((((...)))))).((((....)))).(((....((((...(((.....(((((((((((.(((...))).))))).)))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))))))..)))))))).(((((..(((......((((((......(((((...)))))...))))))......)))))))).(((((((((....)))))).))).((.((....)).))((((((((((((....))))))))))))......)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.......((((.....((((((.....))))))((((....))))..........................))))..((..[[[[[[[[.))((.......(((((....((((((....{{{))))))..((((((((....)))))))).}}}.........)))))........)).......((((((........((.....)).....)))))).]]]]]]]].......((((((((....)))))))).................((((((((((((....))))))))))))......)))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........((((((((((.............)))).)))..)).).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((...(..((((((.....((((((...))))).).))))))..)...))).....(.((((((((....)))))))))........................................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((.((((((...)))))).((((....))))........((((...........((((((((((.((((...)).)))))).)))...)))......(((((.(...).))))).((((((((((....)))))))).)).))))......)))))))))...(((((.(..(((((((...(.(((((...)))))).)))))))..)).))))..((.(.((((((((....))))))))).))...............(((.....))).............................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((........))).(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((.....(.(...(((((((((((.(((...))).))))).)))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).).)))))...))).....((((..((((......((((((......(((((...)))))...))))))......)))))))).(((((((((....)))))).))).((.((....)).))((((((((((((....))))))))))))......)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((....(((....((((((((...)))))))).(((((.(((..))).....................))))))))..(((((((((.((((.......(((((....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....(((..))).)))))........)))).....((((((......(((((...)))))...)))))).)))))))))......((((((((....)))))))).....))).........((((((((((((....))))))))))))......))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((........(((((((((((...)))))))((((....))))..((......)).............(((((......(((.......))).......)))))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....((....))..))))))))...((((......((((((..((((((.....))..)))).))))))......)))).(((.(((((((((....)))))).))).)))...........((((((((((((....))))))))))))............... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))...((((........((((((((((.....))))).((((....)))).........(((.....................................................((.(((.......))).))..(((..(((....)))..)))....)))......)))))))))...............................................................((((((((....))))))))...................................(...)..............)).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((...............))).)))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((.....(((((.....)))))..))))))..))..)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)............................((.(....).)..). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((...............))).)))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..(...((((((.....(((((.....)))))..))))))...)..)))).((.(.((((((((....))))))))).))............).............................(.(....).).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((...............))).)))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.....(((((.....)))))..))))))...)..)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)............................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((...............))).)))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......((((((.....(((((.....)))))..))))))......)))).((.(.((((((((....))))))))).))............).............................(.(....).).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((...............))).)))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..((((......((((((.....(((((.....)))))..))))))......)))))((.(.((((((((....))))))))).))............).............................(.(....).).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((..((((....)))).))))..)))))..((((..((((((....)))).))....(((((.....((((.(((..........(((((((((.((((...((..(((((...((((...((..((((.......((((((((....)))))))))))).))..)))))))))...))...)))).....((((((..((((((.....))..)))).)))))).))))))))).(((.(((((((((....)))))).))).)))........)))))))((((((((....)))))))).)))))....))))..... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((........))).(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((.....((((..(((((((((((.(((...))).))))).)))...))).....((((((.(....)))))))..((((((((....))))))))))))))))...))).....((((..((((......((((((......(((((...)))))...))))))......)))))))).(((((((((....)))))).)))...............((((((((((((....))))))))))))......)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((..((((....)))).))))..)))))..((((....((((....)))).......(((((......(((((...((((((...(((((((((......((((..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))........)))).....((((((......(((((...)))))...)))))).)))))))))......((((((((....))))))))...((((...........))))...))))))..)))))....)))))....))))..... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))........................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....)))...............................................................(((...((....))...)))................)........................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((.....))..((((.........((((((((((.....))))).((((....))))........................................................((((.....((.(((.......))).))..((((((((....)))))))).........))))))))).................((((((......................))))))))))............((((((((....))))))))................)...............................(....)...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((..((((....)))).))))..)))))..((((..((((((....)))).))....(((((.....((((.(((..........(((((((((.((((.((.(..(((((...((((...((..(((((.......(((((((....)))))))))))).))..)))))))))..).))..)))).....((((((..((((((.....))..)))).)))))).))))))))).(((.(((((((((....)))))).))).)))........)))))))((((((((....)))))))).)))))....))))..... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((....(((...((((.....((((....((((((.....))))))((((....))))........)))).....)))).))).((((((...(((((((((.((((...((..(((((...((((..(((....))).(((((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))...))...)))).....((((((..((((((.....))..)))).)))))).)))))))))((...(((((((((....)))))).))).((.((....)).)).....)).)))))).....)).((((........))))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((.....((((....((((((.....))))))((((....))))........)))).....)))...(((((((((((.(((...))).))))).)))..((((.....(((((.((....)))))))..((((((((....)))))))))))))))..(((((....(((((..(((.......((((((..((((((.....))..)))).)))))).(((((..((.((.(.((((((((....))))))))).)).))..)))))))))))))(((((((....))))))))))))......)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........)))..((((((...))))))((((((((.(((..))).................)).)).)))).((((((((((((.(((.(.((.....((((((((((((.(((((((((((((.((((((((((..)))))))))((((((((......)))).))))..........)))))))))))))).).).))))))))))..))))))))))))))..))))((((((((((..))))))))))...(((....)))((.(((((((((((((..)))))))))))))))..).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................(.......)..............................................((....))......................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................((.(...))).....(..........)................(((((((...((...)))))).....((......((.................................)).....)))))......(...(.(...(..................)..)..).).................................................((.......)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((..(((......))).))))..)))))...(((....((((....))))...................................(((((((((.((((.((.(..(((((...((((..................((((((((....)))))))).........)))))))))..).))..)))).....((((((..((((...(.....).)))).)))))).))))))))).....(((((((((....)))))).)))...............((..((((((((....))))))))..))......)))...... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((...((.......((((((.....))))))((((....)))).(((....((((...........(((((((((((.(((...))).))))).)))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...)))..)))))))..((((......((((((......(((((...)))))...))))))......)))).(((.(((((((((....)))))).))).)))...........((((((((((((....)))))))))))).......)))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((..((((....)))).))))..)))))..((((..((((((....)))).))....(((((.....((((.(((..........(((((((((.((((...((..(((((...((((...((..(((((.......(((((((....)))))))))))).))..)))))))))...))...)))).....((((((..((((((.....))..)))).)))))).))))))))).((..(((((((((....)))))).)))..))........)))))))((((((((....)))))))).)))))....))))..... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..((((....)))).)))).(((((.....))))).((((....))))........((((((..........((((..((((.....)))).)))).)))))).((((.....((((((.......))))))...(((((((....))))))).))))......((((((..((.......))..)).)))).((((....((((.....))))..((((....)))).((((......)))).(((....))).((((..........)))).))))...(((((((....))))))).((((.....))))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..((((....)))).)))).(((((.....))))).((((....)))).((((...(((((....[[[[....(((((((((.....))).)).))))))))).....((...(((((.((....)))))))...(((((((....))))))).((((((......<<<.))).)))..((((......{{{..........{{{))))...))..((((}}}.)))).((((}}}>..)))).(((....)))>>]))))............]]].....(((((((....))))))).((((.....))))...... |
