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GAGGAAAGUCCGGGCUCCUCAGGACAGGAUGGUCGAUAACGUCGACCGGCCGCGAGGUCAGGGAAAGUGCAACAGAAAGCAGACCGCCGAACGGUCCUUCGGGACGCGUGGCAAGGGUGAAACGGUGCGGCAAGAGCGCACCAGCGGUCGAGGUGACUCGAUCGGCUUUGUAAACCCCAUCCGGAGCUAGACCAAACAGGUUGCAGUCGUCGAGUUCGCUCGACGCGCGAAGUCGUCCGCUUCGUUAUCGACAUCCGGGUAGGUCGCGAUUGAGGCGACGAGCAAUCGUCGUGCACAGAUAGAUGGUCGUCGACGCCCCAGCGGCGUUACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((..(((((((.....))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((.....(((((.........((.........)).(((((((.]]]])))))))......))))).....))))........((((((((....))))))).).................((((((.....))))))......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((.((.....(((.....(((((((...)))))))..((....)).........((((..(((...((.(((((((..(((((((....)))).))))))..((((.....((((((.(....)))))))..((((((((....)))))))).........)))).(((((((((..((((.....)))))).(((((((((....))))))..(((((((.....)))))))....))).))))))).))))))..)))..(((((((....))))))))))).........)))...((((((.....))))))...)).))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..(((((......(.....((((((.....))))))((((....)))).........)................((((..(.............)..))))..(((((....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..........))))))))))..(..(......((.((.....(((((....))))).))))......)..)....((....))............................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.((((......)))).(((((((...))))))).(((((..(((........((((..(((...((.((((((((..((.(((....)))))..))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))).(((((((((..((((.....)))))).(((((((((....))))))..(((((((.....)))))))....))).))))))).))))))..)))..(((((((....))))))))))).(((........)))...)))...))))).........))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................((((....)))).......................................((((((((....))))))))................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((...((((((....)))).)).)))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))............((((((..............................................)))))).................((((((((....))))))).)................)................................ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((.(((((.....))))).((((....))))..........................(((...((((((....)))).)).)))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))..............)))))))))..((((.....((((((.(.......................((((.....))))).......)))))).....))))........((((((((....))))))).)................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((............(((((.(((((((((.......(((....)))(.........((........)).)((((.....))))((....))...........(((......((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)........)))............((((.....)))).....(((((((....)))))))....(((.......)))))))))))))))))..................(((((((....)))))))...................((((((.....))))))......))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((............(((((((...)))))))((((....))))........................((((((...................))))..)).......((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)................)))))....((....................................................................))...........(((((((....)))))))...........................................)))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((.............((((((....)))).))(...(((((............(((((..(((((((....)))).))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((.....((.((.....((((((....))))))..(((((((.....)))))))......)).)).....))))........((((((((....))))))).)...........(.(((((.........))))).)......)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.(((........(((((.(((((((((....((((((....)))).)).....(((........)))(((((.....)))))((((((............((((....(((((((.(....)))))))((((((((((....)))))))).))..)...))))...))))))...((((.....))))((.(.(((((((....)))))))))).((((.....)))))))))))))))))).................).((((((.(.((((((((())).))).)))).))))))(((((.....)))))....)).))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((....(((........)).)..)))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).................(((((.........................(((.......))).......)))))...................((((((((....))))))))..............................................))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....(.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))..........(.............(((((..((.((.(....).))..)))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).....).......)))))))))(..((((.........(...(.(.....(.............(((((.....)))..)....)...)))).....))))).......((((((((....))))))).).....................(.......)..........)))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..[[[[....)))))......]]]](((((((...)))))))((((....)))).......((((...........((((((((....((((....))))...))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))).(((((((....((((.....))))...(((((((((....))))))..(((((((.....)))))))....))).))))))).)))).........(((((((....))))))))))).......(((.....[[[[[[)))..]]]]]]............... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((((......)))).(((((((...))))))).((((((..(((..(((....((........)).(((((.....))))).)))..))).))))))..((((.....((((((.......))))))((((((((((....))))))).)))......)))).((((((.(((.((((.....))))..)))(((((((....))))))).(((((((.....))))))).........))))))..(((((.......)))))..((.((((((...........)))))).)).((((((.....))))))......)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((............(((((([[[[[[[[.....))((((....)))).......{{{{...............(((..(((((((....)))).))))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))..............{{{{.......((((.....)))).....(((((((....)))))))...((((.......))))]]]]]]]].))))}}}}..............(((((((....)))))))}}}}...............((((((.....))))))......)))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...........(((((........(((((((((((...)))))))(((......))).........(((...........(((((((..((............)).))))..)).).....((((((.......)))))).(.((.((((....)))).)))....))).......)))))))))...(((..((..((.((.((.(.....((................((...))......).).)))))))..)).))).......(.(((((.((....)).)))).))..........................................)).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((....((((....(((((((...)))))))((((....))))........))))...............((..(((((........)).)))))...(((((.....(((((.(...).))))).((((((((((....)))))))).))..........))))))))))...(((..((..(((...(((...(.................(((((...)))))))......)).)))..)).))).......(.((((((((....))))))).))................................................ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((((......)))).(((((((...))))))).((((((..(((..((....(((........)))(((((.....)))))..))..))).))))))..((((.....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).).......)))).(((((((.((.((((.....))))..)).(((((((....))))))).(((((((.....)))))))........)))))))....(((.......)))((.(....(((((...........)))))).)).((((((.....))))))......)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((........((((([[[[[[[[[[.......((((((.((((........(((........))))))).(((((......)))))....))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))))))))))))..(((((.......((((..((((((((..))))))))(((((....(((((...]]]]]]]]]]...)))))...))))).......((((((....))))))))))........)))))...((((((.....)))))).......)))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((............(((((.......)))))((((....)))).......................((((((..(((((((....)))).))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))..................)))))..((((......((((.((.((.......)))))))).((.((.((((...((...))...)))).))))....))))......(..(((((((....))))))).)...(((.....)))...((((((.....)))))).......))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((((...(((((..............((((.....))))..((((....))))........((((...........(((((((((...............))))))...))).....(((((.((....))))))).......(((....))).........))))..........)))))...........(((.............................(((.....)))..................................((((((....)))))).............................))))))))..........).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((...((((........)).)).)))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((....((((((........................(((((.....))))).......))))))...).)))))(....(.((((((((....))))))).))..).....)......).................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((...((((........)).)).)))..)).))....((((((.......)))))).((((((((......))))))).)..))))..)))))))))))))..((((..((.((((((........................(((((.....))))).......))))))..)).)))).(....(.((((((((....))))))).))..)............)..................(........).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((.((.((.........((.((...((((........)).)).))...)).))....((((((.......)))))).((((((((......))))))).)..))...))))))))))))))..((((.....((((((.........................((((.....))))........)))))).....))))......(.((((((((....))))))).))...............)..................(.(....).).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((((......)))).(((((((...))))))).((((((..(((..(((...(((........)))(((((.....))))).)))..))).))))))..((((.....((((((.(....))))))).(((((((((.[[[)))))))).).......)))).((((((((((.((((.....))))..)))(((((((]].]))))))).(((((((.....)))))))........)))))))....(((.......)))(((....((((((...........))))))))).((((((.....))))))......)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.((((......))))....((((..((((....((((....)))).......((((...........((((((((....((((....))))...))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))).(((((((....((((.....)))).....(((((((....)))))))......((((.............)))).))))))).)))).........(((((((....))))))))))).....))))))))..((((((.....))))))......))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).......................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....)))............................................................................................................................)................................ |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(......(((...(((((.....(((.....(((((.....))))).((((....))))........)))............................................(((((....(((((.((....)))))))..((((.(((....))).)))).............))))))))))..))).....................................((((.....))))................................(((((((....)))))))..................)....................(....)...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((((...(((.((.((((((((...)))))))).)).....))).))))..((((..(((...((.(((((((..(((((((....)))).))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))).(((((((((..((((.....)))))).(((((((((....))))))..(((((((.....)))))))....))).))))))).))))))..)))..(((((((....)))))))))))............((.((((((.....))))))))....)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((.....(((..((((........))))((((((((....)))).......((((..(((...((.(((((((..(((((((....)))).))))))..((((...(((((((.((....)))))))((((((((((....)))))))).))..))..)))).(((((((((..((((.....)))))).(((((((((....))))))..(((((((.....)))))))....))).))))))).))))))..)))..(((((((....)))))))))))........)))))))((((((.....))))))...)).)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.(((((((.(.(((((.(((((((((..((((........))))((((....(((........)))...).))).((((((((..))))).)))...(((((((..((((((((((..)).))))))(((((((((((.((((((..((((..(((.((((((.(((........)..))).)))))))))))).))))))).)))))).))))))..)).)).))))))))))))))))))...........)))))))(((((((((..((((........)))).)))))))))(((..((...))))).....).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................(.........................................).................................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................................((...........).)........(((..((.......((((((......)))..........(......(..(..........((.....))..)....((.......))....(.(...........)...)..).....)..)))...((...((........)...)...))..(......................)....(....(......).....)..)..).))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((................(((((((...)))))))((((....)))).......((((..((....((.(((((((..(((((((....)))).))))))..((((.....((((((.(....))))))).(((((((((....)))))))).).......)))).(((((((((..((((.....)))))).(((((((((....))))))..(((((((.....)))))))....))).))))))).))))))...))..(((((((....)))))))))))...............((((((.....))))))......)))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..(((((...(((..((..(((((((...)))))))((((....))))........(((........))).(((((((..((((((....)))).))))))...))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).).........))..))))))))..((((.....((.((....(((((((....))))))).(((((((.....)))))))......)).)).....)))).........(((((((....)))))))...................((((((.....))))))............... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((.....(((.....(((((((...)))))))((((....)))).......((((..(((...((.(((((((..(((((((....)))).))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))).(((((((((..((((.....)))))).(((((((((....))))))..(((((((.....)))))))....))).))))))).))))))..)))..(((((((....))))))))))).........)))...((((((.....))))))...)).)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.((((......)))).((((((.....)))))).((((((.((((......................))))........((((....)))).))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))..))))))....((((.....))))...(((((((((....))))))..(((((((.....)))))))....)))..((((((..(((((.......))))).....((((((...........))))))....((((((.....)))))).....)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..{{{{....))))).}}}}.....((((((.....)))))).(((....)))....................(((....((((..((.(((....)))))..))))..((((.....(((((.((....)))))))..((((((((....))))))))<<<<<<...))))....>>>>>>...(((.....)))))).(((((((((....))))))..(((((((.....)))))))....)))..((((((..((((([[[[[..)))))...]]]]].(((((..((......))..)).))).(((.....)))........)))))).... |
