RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00367

RNA: ASE_00367
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGGGCAGGGUGCUAGGUAAUGUUUGGGGGGCGUGAGCCUACGGAAAGUGCCACAGAAAACAUACCGCCUACGUCCUUCGAGACCGGUAAGGGUGAAAUGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCCGGUGGUAACACCGGUGGCAGGGUAAACCCCACCCGGAGCAAGACCAAAUAGGGGAACUUCGUGCGGCCCGCAUGGUUCCCGGGUAGGUCGCUUGAGGUGUGUGGUGACACACAUCCCAGAUGAAUGGCUGUCCAUGACAGAAUCCGGCUUAC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((......))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((..(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................))))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....((((..((..((((((((..((((.((((...(((.(..(((....)))..).)))..))))..........(((((.((.((.....))))..))))).(((((....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....(((....))))))))..))))...(((.((..((((((((((.((((((..(.(((...))).)..)))))).))))))(((((....))))).))))..))...))))))))).))...))..))))))).)
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................(((((.....))))).((((....))))........................(((((...(((......))).)))...))......((((((.......)))))).((((((((....))))))))........................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((...((((((((..((((.(((..(((((((((((.....((((........((((((........(((((((..(((((((((....)))..))))))....((((((((........)))))))))))))))......))))))))))....))).)))))).))..)))......(((((((..(((((...)))))))))))).))))..(((((...((((((((....))))))))..)).)))....)))))).))..))..))))).....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((....)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((.................))))))...............((((((((....)))))))).....................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((....)))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))))))...((((......((((((...(((.......))).)))))).....))))......((((((((....)))))))).....................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((.(((...(((((..((.....(((.((((((...((((....)))).................))))))))).))...)))))..))).))))...(((((...(((((((.......)))))))((((((((....))))))))...(((....)))))))).((((..((((......(((((((..(((((...)))))))))))).....))))))))(.((((((((....)))))))).)..........((((.....))))............
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.(((.............((((((...)))))).((((....))))........(((...............(((...(((......))).)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))))))...............)))((..((((......((((((..((((((...)))))))))))).....))))))..(.((((((((....)))))))).).........................))))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........(((((...............(((((....)))).)((...(((((............(((((...(((......))).)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((..(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))............((((.....))))..))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.(((...(((((.(((..(..(((.((((((...((((....)))).................)))))))))))))..)))))..))).))))...(((((...(((((((.......)))))))((((((((....))))))))...(((....)))))))).((((..((((..((..(((((((..((((((.)))))))))))))..)).))))))))(.((((((((....)))))))).)..........(((((...))))).......)))..
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((................)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................(((((...................)))))...............((((((((....)))))))).....................................
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((......(((((((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)........................(((((...........).))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))))))))))))(..((((......((((((....(.........)..)))))).....))))).....((((((((....))))))))...........................))))))))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..[[[[....)))...]]]]..((((((.[[[[...((((..((((....)))).)))).))))))..........]]]](((......[[[[......)))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))))))))]]]]((((.........(((((((..(((((...))))))))))))..[[[[[[[[)))).((((((((....))))))))(((......)))(((((...)))))....]]]]]]]]
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((..((((((((..((((.(((....(((((((((((((.((....((...((..........))...)))).)))))))))))))))))))).(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).((((..((((......((((((..((((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))(((......))))))))).))...)).))))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((........((...........(((.((((((...((((....)))).................)))))))))........................((((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............))))...((..((((......(((((((..(((((...)))))))))))).....))))))....((((((((....))))))))............[[[[))...]]]]...)))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((((..(((.....).))))))..)).)......(((((.......)))))..((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((..((..((((((..((((((...))))))))))))..)).))).....(.((((((((....)))))))))....................................
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.(((.....(((....(((((((...)))))))((((....))))........)))................(((((..(......))))))...(((((.....(((((.(...).))))).(((((((((....))))))))..)..........))))))))....((((((.(..((((((..(((((.....)))))))))))..))))))).......(((((((....))))))).............((((.....))))..))))))))..
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((....)))).........((.....(((...((((....((....((....................))))....))))...))).)).....(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).((((..((((......((((((..((((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))(((......)))(((((...)))))...)))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((...(((((....((((...)))).(((....(((((((((((((......(((....................)))..)))))))))))))))).....(((((...(((((((.......)))))))((((((((....))))))))...((((..))))))))))))))..))).......((((((..((((((...))))))))))))..((((((((.....((((((((....))))))))(((......)))(((((...)))))....))))))))
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........(((((...((.....((((..((((....)))).)))).....))...........((((((...(((......))).)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))))))).....((......)).....(((.((((((.((.(((...))).)).)))))).)))((((((((....))))))))............(((((...)))))..))))))))..
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.((((.............................((((....))))..........................(((.((..........)).)))..((((.....((.(((.......))).))..((.((((....)))).))..........)))).....))))...((((..((..((((((.................))))))..)).))))......((((((((....))))))))............................)))))))..
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...{{{{{{.))).((cccccc.cccc(.ddd..))(((((((((((((bbbb.bbbb....bbbbb(......eee..eeee)))))))))))))((((((...EEEE...(((((((((...)DDDC))))))))))EEEBB..)))))).((.((((..))))<<}}}}}}))...CCC...((.(((((((BBBB[[[[[(aaa..)))))))((((.)AAA]](((.((((((((]]].))))))))(((.BBB..)))CCCCCC.>>.))).))))BBBB)).
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((........)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((..(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..).)
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((((((........)))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......)))))))))))))(..((((......((((((..(((((.....))))))))))).....)))))...(.((((((((....))))))))).....................(.......).....)
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((........)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((..(((((.....)))))))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..).)
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((((((........)))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......)))))))))))))(..((((......((((((..(((((.....))))))))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..)..................(.......).....)
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((.((((((........))))))...)).))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......)))))))))))))(..((((......((((((..(((((.....))))))))))).....)))))...(.((((((((....))))))))).....................(........)....)
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((..((..((((((((..((((.((((...((((..((((....)))).))))...))))..........(((((.((.((.....))))..))))).(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))))))))..))))...(((.((..((((((((((.((((((.((.(((...))).)).)))))).))))))(((((....))))).))))..))...))))))))).))...))..)))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.................(((...(.((((({{{{{((([[[.)))...................)))))).....]]]...}}}}}.....)))..(((((...(((((((.(....))))))))((((((((....))))))))...(((....)))))))).((((..((((......((((((..((((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))(((......)))(((((...)))))...)))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((...(((((.........(((((..((((.........((((....))))........))))..........((((((...(((((((..........))))))).......)))))).....))))).((((((((....))))))))...((((.......)))))))))..((((.....(((((...(((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))............(((((...))))).....)))))..
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))..................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....))).........................................................(((...((....))...))).....................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........(((..(((((.....))))).((((....))))..................................................((((.....((.(((.......))).)).((((((((....)))))))).........))))..))))))).............((((((..(((((.....)))))))))))...............((((((((....))))))))...........................))))))))..
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((..((..((((((((..((((.((((...(((.(..(((....)))..).)))..))))..........(((((.((.((.....))))..))))).(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))))))))..))))...(((.((..((((((((((.((((((..(.(((...))).)..)))))).))))))(((((....))))).))))..))...))))))))).))...))..)))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((....((.((((((.(((......((.((((.((((...((((..((((....)))).))))...))))..........(((((.((.((.....))))..))))).(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))))))))..))))...))....(((....))).))).)))))).))..)).((((((...(((..((.((((((((....)))))))).))..)))....(((((...))))).)))))).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.....((.(((((((.((((...(((.(..(((....)))..).)))..))))..........((((((((((..((((((....)))..)))..)...))).))))))..))))).)).((((((((....)))))))))).((((.......)))))))))....(((.((..((((((((((.((((((..(.(((...))).)..)))))).))))))(((((....))))).))))..))...)))(((((...)))))...)))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.((((((.(((((..(((((((....((((..((((.(.....(((((((..(..)).))).)))..))))).))))((((((...((...)).((((.(..((((....((((((((..)).))))))((((((((((..))))))))).).(((....)))))))(((...)))((((....((((..((......))))).).)))).))))))))))).))))).))..)))))..(((..((((...))))..)).)((((...)))).).))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................(.......)......(......)...........(......).........((.......))...
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................(.........)..........(..(....))..........(...((.(..((........((..(............)....)).....))...........................)...))).((((((...))))))................((...((((((((....))))))))..)).................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((..((..((((((((...(((.((((...(((.(..(((....)))..).)))..))))..........(((((.................))))).(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))))))))..)))......................(((.....))).........................((((((....))))))..............)))))).))...))..)))))))..
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((((((((...(((..((((.(((((.....))))).((((....))))..((......))..........(((((((...(((......))).)))...))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))..))))))))..((((......((((((..((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))(((......)))(((((...)))))...))))))...
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((..((..((((((((..((((.((((...(..(..((((....)))).)..)...))))..........(((((.((.((.....))))..))))).(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))))))))..)))).((((..((..((((((..((((((...))))))))))))..)).))))..(((.((((((((....)))))))).)))........)))))).))...))..)))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((..((((....)))).))).(((.((((...((((..((((....)))).))))...))))..........(((((.................)))))..))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...((((.......)))).((((............((((...((((((.....))))))....(((((.....)))))..((((((....)))))).))))..........((((.....))))......))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...(((..((((....)))).))).....((((...((((..((((....)))).))))...))))...........<<<<(((...)))))......>>>>...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))...{{{{...((((...[[[[[...[[[[[....))))..]]]]]....(((((..]]]]]..)))))))).(((.....))).(((....))).(((.....))).....((((.....)))).}}}}.......

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