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GAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGGACAGGGUGCUGGGUAACUCCCAGUCCUGGCGACAGGAAGGAAAGUGCCACAGAAAGGAGACCGCCUCGUUUGAUGUCUGAGACAUCGGAUGGGGUAAGGGUGAAAGGGUGAGAUAAGAGCUCACCAGUCCAGCCGGCGACGGUUGGAGCUUGGUAAACCCCGCCUGGAGCAAGACCAAAUAGGGGAGCGCAUGAGGGUGGUCCGCCCGAGCUUCCGGGUAGGUCGCUUGACCUCGAUGGAGACAUCGAGGCUAGAUGAAUGGUCAUUGUCUUGAAAGUGGGUGACUACUUCGGGAAACAGAAUCCGGCUUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((((((((((...)))))))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......((((((....((((((.]]]])))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((((.(((((....))))))))))))......))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....((((((((((..((.(.((((((..(((..((((...(((((....))))).((......)).......))))...(((((((((((((((...)))))))))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))))))..))..)))).)))))))))..(((((......(((.(((......))).)))...(((((..((.....))..))))).((((((((....)))))))).........)))))....(((((((.((((....)))))))))))........))))))).) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..(((((......(......(((((.....))))).((((....)))).........)................((((.......(......)..........))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))))............((((((......(((((...)))))..))))))................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((..((...(((((((((((..((((......(((((.............)))))......)))).(((((((((((((((((...)))))))))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))))))))))..))))..))))))))..(((((.....((((((......(((((...)))))..)))))).......(((((...((((((((....))))))))..)).))).))))).(((((((((.(((((....)))))))))))..)))...))))..... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((...............)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((.....................))))))...............((((((((....)))))))).............................................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((...............)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))))..((((......((((((.....(((((.....))))).)))))).....))))......((((((((....)))))))).............................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((......((((((.(((.(........).))).))))))................................(((((((((((((((((...)))))))))))))))..)).......((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)...................((..((((......((((((......(((((...)))))..)))))).....))))))....((((((((....))))))))...................((((..(((((....))))).)))).........))))..... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((............((((((.....))))))((((....))))........................((((((((.....................))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))...............)))))..((((......((((((......((((.....))))..)))))).....))))......((((((((....))))))))..................((((((...(((....)))..))))))................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((((((((.....))))))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......((((((......((((.....))))..)))))).....))))......((((((((....))))))))................(.((((((.(((((....))))))))))).).....)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((..(..((((((.(((.(........).))).))))))....((((..((.....((((...........(((((((((((((((((...)))))))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)))))).....)).)))))(((..((((......((((((.(....((((((.))))))).)))))).....))))))).(.((((((((....)))))))).)..((((....))))..((((((.(((((....))))))))))).......)))))))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((...........................)))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).................(((((.......................)))))...............((((((((....)))))))).........................................................))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))........................(((((......(((((.....)))))......)))..))(......((((((.......))))))..((((((((....))))))))..........)..))))))))))..((((......((((((......((((.....))))..)))))).....))))......((((((((....)))))))).....................................................))))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((...[[[[...))))......(((((((..(((...(((((....))))).)))...)))).)))...]]]]((((((((((((((((((...)))))))))))))))..[[[[[....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))......]]]]].......(((((.....((((((......(((((...)))))..))))))..[[[[[[[[.....((((((((....)))))))).........)))))....(((((((.((((....))))))))))).........]]]]]]]] |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((...)))((((..((((((.....))))))))))((..((((..((....(((((.((.......((((((((((((((((((...)))))))))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))))))...))..))))..))..(((((....(((((.(((......))).))).))(((((..((.....))..))))).((((((((....)))))))).........))))).((((((((((.((((....)))))))))))..)))..)))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..(((...((((.(((((.....)))))(((((....))))).......................(((((((((((((((((...)))))))))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))..))))))))..((((......((((((......[[[[[[[[.[[[[..))))))]]]].]]]]]]]]..((((((((....))))))))..........))))..((((((((.(((((....)))))))))))..))....))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...........(((((........(((((((((((...)))))))(((......))).........(((...........((((((((((.....((........)).).))))))..)).).....((((((.......))))))((.((.((((....)))).)))..).))).......)))))))))...(((...(..((((((.....((((((...)))))).))))))..)..))).....(.((((((((....))))))))).......................................................)).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.....((.....(((((((...)))))))((((....)))).........))................(((((...((((.(....)))))...)))))...(((((....((((((.(...).))))))..((((((((....))))))))...(((....))))))))))))).((.((......((((((....(.(((((...)))))).)))))).(((......((.(.((((((((....)))))))).)))........(((((.(..)))))).)).......................).))))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...)).((((..((((((.....))))))))))....((((..((....(((((.((.......((((((((((((((((((...)))))))))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))))))...))..)))).)))..(((((....(((((.(((......))).))).))(((((..((.....))..))))).((((((((....)))))))).........)))))....((((((.(((((....)))))))))))........))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((...)))..((((.(((((.....)))))(((((....))))).......(((((..........((((((((((((((((((...)))))))))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))...))))).)))).)))))))..............((((((......(((((...)))))..))))))..(((((((((((((((((((((....)))))))).........((((((((............))))))))..)))))..........)))))))) |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((((((((...)))))))))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))....((....)).))))))))))..((((......((((((......(((((...)))))..)))))).....))))......((((((((....))))))))...................(((((.(((((....)))))))))).................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((...................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((.....(((((.....))))).))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)....................................((.(....).)..).) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........((((((((((.................))))))))..)))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((.....((((((...)))))).))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..)............................................((..(...)))..) |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((...................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.....(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)....................................((.(....).)..).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........((((((((((.................))))))))..)))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((.....((((((...)))))).))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..)............................................((..(...)))..) |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........((((((((((.................))))))))..)))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......((((((.....((((((...)))))).)))))).....)))).(..(.((((((((....)))))))))..)............................................((..(...)))..) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..(((...((((.(((((((..(((...(((((....))))).)))...)))).))).(((...((((((((((((((((((...)))))))))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))).....))))..))))))))..(((((.....((((((......(((((...)))))..)))))).......(((..((.((((((((....)))))))).))..))).)))))....(((((.((((((....)))))))))))........))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((.................((((((.....))))))........((((........(((((.((.......((((((((((((((((((...)))))))))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))))))).......))))......(((((....(((((.(((......))).))).))(((((.............))))).((((((((....)))))))).........)))))....((((((.(((((....)))))))))))........))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........)))).....(((((((...((((..(((((....)))))((((....((((.............(((((((((((((((...)))))))))))))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).((((..((((......((((((......(((((...)))))..)))))).....))))))))..((((((((....)))))))).........)))).....))))..((((((....)))))).))))......))))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).............................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....))).............................................................(((...((....))...))).............................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.(((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((.((((.................)))).)))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))))))))))))..(((...((..((((((.....(((((.....))))).))))))..))..)))......((((((((....)))))))))).))............................................(....)....... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((..((.(.((((.(((((((..(((...(((((....))))).)))...)))).))).(((...((((((((((((((((((...)))))))))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))).....)))).)))))))))..(((((.....((((((......(((((...)))))..)))))).......(((((.(.((((((((....))))))))).)).))).)))))....(((((((.((((....)))))))))))........))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....((((((((((..((((......(((((((..(((...(((((....))))).)))...)))).))).......((((((((((((((((((...)))))))))))))))...))).....((((((.......)))))).)))).((((....)))))))))))))).....(((((...(((((((((((.....((((((......(((((...)))))..)))))).......(((..((.((((((((....)))))))).))..))).))))).))).)))....)))))......))).(((........)))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..(((.(.((((.(((((((..(((...(((((....))))).)))...)))).))).......((((((((((((((((((...)))))))))))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))))))))..)))).)))))))))..(((((....(((((.(((......))).))).))(((((..((.....))..))))).((((((((....)))))))).........)))))....(((((.((((((....)))))))))))........))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((.(((((.((((((..((((..(((((((...)))))))))))....((((((..)))))).(((..(.(.((((((((((((.((((((((...)))))))).))))))..)))))).).)))).......(((.(((((((((((((......))))))).)).))))..((((((((((.((..))))).))))))))))((..))))))))...))))).))))))((((((.((((((.((((((((((..))))))))))...(((((((..)))))))(..)....))))))))))))(((((......)))))..)).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................................................................................................................................................(((.......................................((.....(..).).)..........................)))........................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................((((((.......))))))(.(.(..(((....)))...).).).......................(((......((((((......((((.....))))..)))))).)))..(((.((...((((((((....))))))))..))......)))..((.((.(........).).........)......))........... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...((.(.((((................(((((....))))).........................(((((((((((((((...)))))))))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))).))).)))))..(((((.....((((((......((((.....))))..)))))).......(((.....((((((((....)))))))).....))).)))))....((((((.(((((....)))))))))))........))))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((..((...((((.(((((.....))))).((((....))))........((((...........((((((((((((((((((...)))))))))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))).))))..))))))))..((((......((((((......(((((...)))))..)))))).....))))......((((((((....))))))))...((((......)))).((((((.(((((....)))))))))))........))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((..((((((((((.((((((.....))))))))).((..((((..((....(((((.((.......((((((((((..((((((...))))))..)))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))))))...))..))))..))..(((((.....((((((......(((((...)))))..)))))).......(((..(..((((((((....))))))))..)..))).)))))..))))))).((((((....)))))).........))..))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........))))..(((((((((.....)))..(((((....))))).....))))))...........(((((((((((((((((.....))))))))))))))...(((.....((((((.......))))))...(((((((....))))))).))).)))..((((..((((.............)))).((((......((((.....))))..))))..)))).((((....)))).(((((....))))).(((((......)))))...........(((((....))))).(((..........)))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((..{{{{{...))))..(((((((((.....)))..(((((....))))).....)))))).........((((cccc..))))...((((((....))))))CCCC}...}}}}....((((((.......))))))..((((((((....))))))))..[[[((...(((<.((((((.....)))))...>))).bbb.....((((aaa..))))..bbbAAA)))..BBBBBB....((((((((....))))))))...(((((....))))).))))...(((((....))))).(((..........)))]]]... |
