|
|
|
GAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGGACAGAGUGCCAGGUAACGCCUGGGGGGCGUGAGCCUACGGAAAGUGCAGCAGAAAAUAAACCGCCUCUUCGGAGGUAAGGGUGAAAUGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGUGUUCUGGCAACACGACGCGGCUAGGUAAACCCCACUCGGAGCAAGACCAAAUAGGGGAACAUUAUGUGCGGUCCGCACUGUUCCCGGGUAGGUUGCAAGAGGUGUGUGGCGACACACAUCCCAGAUGAAUGACUGUUCACGACAGAACCCGGCUUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((....)))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..)))..)))))))))))))...((((......((((((....(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....(((((.(((.............(((((.....))))).((((....))))..)))..(((.(((((..........(((((....)))))..((((.....((((((.......)))))).((((((.((....)).)))))).........))))((((.((.(((..(((..((..(((((((....(((((...))))))))))))..)).))))))....((((((((....)))))))))))).)).....)))))))).......)))))))).) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((((.....))))).((((....))))..........................((((((..))))))..(((((....((((((.......)))))).((((((.((....)).)))))).............)))))...((..((((.......((((((....(((((...)))))))))))......))))))....((((((((....))))))))..................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((...(((((........((((.((((((...))))))(((((...((((..((.....(((..(((((......(((((((....)))))..))......(((((((.......)))))))....))))))))...))....))))..)....)))))))))))))..)))...(((((.(((((....(((((...))))))))))((((((..((((.....((((((((....)))))))).....(((((....)))))))))...))))))))))) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((....)))))..)).......((((((.......)))))).((((((.((....)).)))))).............))))))))).............((((((...................))))))...............((((((((....))))))))..................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((....)))))...........((((((.......)))))).((((((.((....)).)))))).............))))))))))............((((((...................))))))...............((((((((....))))))))..................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((........(((((((((((...)))))).(((.....(((((......(((...(((((......(((((((....)))))..))......(((((((.......)))))))....)))))....)))........)))))...))))))))))))(..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....)))))...(.((((((((....)))))))).).........................)))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((.............((((((...)))))).((((....)))).........((...............(((........)))...........((((((.......)))))).((((...((....))...))))))................)))((..((((......((((((.....(((((...))))).)))))).....))))))....((((((((....))))))))...........................)))))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.............(((((((....)))))..)).......((((((.......))))))(((((((.((....)).)))))).)...))..)))))))))))))...((((......((((((.....((((.....)))).)))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((....((((((((((((((((...)))))).(((.....(((((((....(((..((((((.....((((((((....)))))..)).)....(((((((.......)))))))....))))).)..)))....))..)))))...))))))))...((..((((......(((((((....((((((.))))))))))))).....))))))..(.((((((((....)))))))).)...........)))))......)).)))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((........)))...........((((((.......)))))).((((((.((....)).)))))).............))))).................(((.........................)))...............((((((((....))))))))................................))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((((....)))))..((((.....((((((.......)))))).((((((.((....)))).)))).........)))))))))))))..............(((........(((.....)))....)))................((((((((....))))))))...........................)))))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[....)))...]]]]......((((((...)))))).((((....)))).............(((.......((((((((....)))))...)))....(((((((.......)))))))[[[[[[))).......]]]]]]..........((((....[[[[[[..........))))........(((((...)))))]]]]]].((((..((((.....((((((((....)))))))).....(((((....)))))))))...))))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((........)))((((((...)))))).(((.((..(((((((....(((..((((((.((..((((((((....)))))...)))....(((((((.......))))))).)).)))).))..)))....))..)))))..)))))..((((((((.((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).((......))..))))).)))..)).)))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.......((((((....(((((.....))))).((((....))))..........................(((((....)))))..........((((((((.....(((((((((..((..((....))..)))))).........((((....((.......)).....))))[[.....)))))...))))))))]]..................((((((((....))))))))............)))))).........)))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...))))))).(((....)))..........(((...........(((((((......))))..)).).....((((((.......)))))).((((.((((....)))).))))....))).......)))))))))...(((...(..((((((....((((((...))))))))))))..)..))).....(.((((((((....))))))))).................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((........(((((((((((...))))))).(((....)))..(((....((((...........(((((((((..))))))..)).)......(((((.(...).)))))..((((((.((....)).))))))....))))...))))))))))))..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....)))).((((.((((((((....)))))))))..)))......................))))))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((...)))..(((((((((((...)))))).((((....)))).......................((((((((....)))))...))).....((((((.......)))))).((((((.((....)).))))))....((....)).)))))...(((..(((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))))....((((((((....)))))))).((......)).(((((...)))))..)))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((.............((((((...))))))))))(((((((..........((((((..........(((((((((.......))))).....(((((((.......)))))))((((((.....))))))..))))........((((......................(((((((....(((((...))))))))))))))))..))))))...((((((((....))))))))..............)))))))......)))))..... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((.((((((...)))))).((((....))))..((....(((.............(((((((....)))))..)).......((((((.......)))))).(((((..((....))..))))).....)))...)).))))))))...((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....)))).((...((((((((....)))))).))....)).....(((((...)))))..)))))))).. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((lllll.((((((jjj({{{{{{..{{{{{{{{i((aaaaaaaa(.hhh))I))).((....((eeeee......e(...bbbbbbbb))..gg(..ggg(...gggggggg()}g(.ggggggggg(()A}}}}}}}..)).GGGG)G))..kk...kkk(..[[[..[[...)GG...)E)]]]..cccc.GGGGG.]])KKKKKG.)AAAAAAA)..EEEEEBBBBBBBB)}}}HHH..GG...)))((CCCC..)).}}}JJJ.GGG....)GGGLLLLLGG |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((....)))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((.((....)).)))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((....(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..).) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((((....)))))..)).))....((((((.......)))))).((((((.((....)).)))))))).......))))))))))))))..((((...(..((((((....(((((.....)))))))))))..)..))))....(.((((((((....)))))))))...........(...........(....))...... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((....)))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((.((....)).)))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....((((((....(((((.....)))))))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((....)))))..)).))....((((((.......))))))(((((((.((....)).)))))).)..)))..)))))))))))))(..((((......((((((....(((((.....))))))))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..)........(...........(....))...... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((.............(((((.....))))).((((....))))..)))..(((.(((((..........(((((....)))))..((((.....((((((.......)))))).((((((.((....)).)))))).........)))).....((.((((.(((......(((((((....(((((...)))))))))))).)))...))))....((((((((....))))))))))..........)))))))).......)))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((...)))..(((((((((((...)))))).((((....)))).......[[[.(((.........((((((((....)))))...)))....(((((((.(....))))))))((((((..........)))))))))..........)))))...(((..(((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))))....((((((((....))))))))............(((((]]])))))..)))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......((((((....((((((...)))))).((((....))))........((((((............(((((....)))))..((((....(((((((.......))))))).....((((((...........))))))...))))......................(((((((....(((((...))))))))))))......))))))...((((((((....))))))))............)))))).........)))))..... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))..........................................(((......((...............)).((.....((....)).....))...........))).....)))...........................................................(((...((....))...)))..................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))...((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((........)))..((((.....((.(((.......))).)).(((((..((....))..))))).........)))))))))))))..............(((((...................)))))................((((..((....))..))))........................(....)....... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((.............(((((.....))))).((((....))))..)))..(((.(((((..........(((((....)))))..(((((....((((((.......)))))).((((((.((....)).)))))).............)))))...((((.(((......(((((((....(((((...)))))))))))).)))...))))..(.((((((((....)))))))).)..........)))))))).......)))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...(((.((((((.((((..........((((((...)))))).((((....))))..((....(((...............(((((....)))))..(((((....((((((.......)))))).((((((.((....)).)))))).............)))))...)))...))................)))).)))))).))).))).(((((..((((.....((((((((....)))))))).....(((((....)))))))))...)))))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((....((((((.((.(((((.....))))).((((....))))))((....((((((.........((((((((....)))))...(((....(((((((.......)))))))((((((.((....)).))))))))).)))..((((.....((.......))......(((((((....(((((...))))))))))))))))..))))))...((((((((....))))))))))..........))))))......)).)))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.((((((((((...........))).)))))))...(((((((((((((((((((.((((((((...(((((((((..))))))..)))...(((((((((((..)).)))))))))))))))).)).))).(((((((((......(((((.((((...)))).)..)..)))..(((...)))).)).)))))).)))))...))))))).)))..((((((........)))).))((......)).(((.((..)))))).)))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................(.......).....((....)).............................((.......))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................(............(((((.........))))).........................(.((.....)).).............(................(....(..).)....)......(..(..............(((...).))....).)........(.).......)................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((....((((((....((((((...)))))).((((....)))).........(((((............(((((....)))))..((((.....((((((.......)))))).((((((.((....)).)))))).........))))......................(((((((....((((.....)))))))))))......)))))....((((((((....))))))))............))))))......)).)))))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).......................((((((((....)))))...))).....((((((.......)))))).((((((.((....)).))))))....((....)).))))))))))..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))............(((((...)))))...))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((.............(((((.....))))).((((....))))..)))..(((.(((((..........(((((....)))))..((((.....((((((.......)))))).(((((..((....))..))))).........)))).....((.(((..(((..((..(((((((....(((((...))))))))))))..)).))))))....((((((((....))))))))))..........)))))))).......)))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((.........)))).(((((.....))))).((((....)))).)))).(((.................(((((....)))))..((((.....((((((.......)))))).((((((.((....)).)))))).........)))).))).(((((.........(((.......))).((((.....)))).))))).((((..(((.......((((((....))))))........(((((....))))).)))...))))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........)))).((((.(((((.....))))).((((....))))..(((...aaaaa..........((((((((....)))))..((((.....((((((.......)))))).((((.<<<<<...))))......>>>>>....bbbb))))................BBBB........{{{{)))..}}}}...))).((((...AAAAA...((((((((....)))))))).....(((....[[[[)))..]]]].)))).)))).. |