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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00370



RNA: ASE_00370
Rfam family: RNaseP_bact_a

GAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGGACAGAGUGCCAGGUAACGCCUGGGGGGCGUGAGCCUACGGAAAGUGCAGCAGAAAAUAAACCGCCUCUUCGGAGGUAAGGGUGAAAUGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGUGUUCUGGCAACACGACGCGGCUAGGUAAACCCCACUCGGAGCAAGACCAAAUAGGGGAACAUUAUGUGCGGUCCGCACUGUUCCCGGGUAGGUUGCAAGAGGUGUGUGGCGACACACAUCCCAGAUGAAUGACUGUUCACGACAGAACCCGGCUUAU
Reference structure (ext) [ sec struct ] .....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((....)))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..)))..)))))))))))))...((((......((((((....(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................))))))))..
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....(((((.(((.............(((((.....))))).((((....))))..)))..(((.(((((..........(((((....)))))..((((.....((((((.......)))))).((((((.((....)).)))))).........))))((((.((.(((..(((..((..(((((((....(((((...))))))))))))..)).))))))....((((((((....)))))))))))).)).....)))))))).......)))))))).)
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................(((((.....))))).((((....))))..........................((((((..))))))..(((((....((((((.......)))))).((((((.((....)).)))))).............)))))...((..((((.......((((((....(((((...)))))))))))......))))))....((((((((....)))))))).....................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((...(((((........((((.((((((...))))))(((((...((((..((.....(((..(((((......(((((((....)))))..))......(((((((.......)))))))....))))))))...))....))))..)....)))))))))))))..)))...(((((.(((((....(((((...))))))))))((((((..((((.....((((((((....)))))))).....(((((....)))))))))...)))))))))))
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((....)))))..)).......((((((.......)))))).((((((.((....)).)))))).............))))))))).............((((((...................))))))...............((((((((....)))))))).....................................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((....)))))...........((((((.......)))))).((((((.((....)).)))))).............))))))))))............((((((...................))))))...............((((((((....)))))))).....................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((.(((((((((........(((((((((((...)))))).(((.....(((((......(((...(((((......(((((((....)))))..))......(((((((.......)))))))....)))))....)))........)))))...))))))))))))(..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....)))))...(.((((((((....)))))))).).........................)))))))...
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(((((.(((.............((((((...)))))).((((....)))).........((...............(((........)))...........((((((.......)))))).((((...((....))...))))))................)))((..((((......((((((.....(((((...))))).)))))).....))))))....((((((((....))))))))...........................))))))))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.............(((((((....)))))..)).......((((((.......))))))(((((((.((....)).)))))).)...))..)))))))))))))...((((......((((((.....((((.....)))).)))))).....))))......((((((((....))))))))...........................))))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(((((.((....((((((((((((((((...)))))).(((.....(((((((....(((..((((((.....((((((((....)))))..)).)....(((((((.......)))))))....))))).)..)))....))..)))))...))))))))...((..((((......(((((((....((((((.))))))))))))).....))))))..(.((((((((....)))))))).)...........)))))......)).))))))))..
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.......................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((........)))...........((((((.......)))))).((((((.((....)).)))))).............))))).................(((.........................)))...............((((((((....))))))))................................)))..
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((((....)))))..((((.....((((((.......)))))).((((((.((....)))).)))).........)))))))))))))..............(((........(((.....)))....)))................((((((((....))))))))...........................))))))))..
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((..[[[[....)))...]]]]......((((((...)))))).((((....)))).............(((.......((((((((....)))))...)))....(((((((.......)))))))[[[[[[))).......]]]]]]..........((((....[[[[[[..........))))........(((((...)))))]]]]]].((((..((((.....((((((((....)))))))).....(((((....)))))))))...)))).......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(((((.(((((........)))((((((...)))))).(((.((..(((((((....(((..((((((.((..((((((((....)))))...)))....(((((((.......))))))).)).)))).))..)))....))..)))))..)))))..((((((((.((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).((......))..))))).)))..)).))))))))..
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(((((.......((((((....(((((.....))))).((((....))))..........................(((((....)))))..........((((((((.....(((((((((..((..((....))..)))))).........((((....((.......)).....))))[[.....)))))...))))))))]]..................((((((((....))))))))............)))))).........))))))))..
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((........(((((((((((...))))))).(((....)))..........(((...........(((((((......))))..)).).....((((((.......)))))).((((.((((....)))).))))....))).......)))))))))...(((...(..((((((....((((((...))))))))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))....................................
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((.(((((((((........(((((((((((...))))))).(((....)))..(((....((((...........(((((((((..))))))..)).)......(((((.(...).)))))..((((((.((....)).))))))....))))...))))))))))))..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....)))).((((.((((((((....)))))))))..)))......................))))))...
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(((((.(((...)))..(((((((((((...)))))).((((....)))).......................((((((((....)))))...))).....((((((.......)))))).((((((.((....)).))))))....((....)).)))))...(((..(((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))))....((((((((....)))))))).((......)).(((((...)))))..))))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((((((.............((((((...))))))))))(((((((..........((((((..........(((((((((.......))))).....(((((((.......)))))))((((((.....))))))..))))........((((......................(((((((....(((((...))))))))))))))))..))))))...((((((((....))))))))..............)))))))......))))).....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(((((((((........((((.((((((...)))))).((((....))))..((....(((.............(((((((....)))))..)).......((((((.......)))))).(((((..((....))..))))).....)))...)).))))))))...((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....)))).((...((((((((....)))))).))....)).....(((((...)))))..))))))))..
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((lllll.((((((jjj({{{{{{..{{{{{{{{i((aaaaaaaa(.hhh))I))).((....((eeeee......e(...bbbbbbbb))..gg(..ggg(...gggggggg()}g(.ggggggggg(()A}}}}}}}..)).GGGG)G))..kk...kkk(..[[[..[[...)GG...)E)]]]..cccc.GGGGG.]])KKKKKG.)AAAAAAA)..EEEEEBBBBBBBB)}}}HHH..GG...)))((CCCC..)).}}}JJJ.GGG....)GGGLLLLLGG
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((....)))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((.((....)).)))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((....(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..).)
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((((....)))))..)).))....((((((.......)))))).((((((.((....)).)))))))).......))))))))))))))..((((...(..((((((....(((((.....)))))))))))..)..))))....(.((((((((....)))))))))...........(...........(....))......
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((....)))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((.((....)).)))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....((((((....(((((.....)))))))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..).)
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((...)))...((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((....)))))..)).))....((((((.......))))))(((((((.((....)).)))))).)..)))..)))))))))))))(..((((......((((((....(((((.....))))))))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..)........(...........(....))......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(((((.(((.............(((((.....))))).((((....))))..)))..(((.(((((..........(((((....)))))..((((.....((((((.......)))))).((((((.((....)).)))))).........)))).....((.((((.(((......(((((((....(((((...)))))))))))).)))...))))....((((((((....))))))))))..........)))))))).......))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(((((.(((...)))..(((((((((((...)))))).((((....)))).......[[[.(((.........((((((((....)))))...)))....(((((((.(....))))))))((((((..........)))))))))..........)))))...(((..(((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))))....((((((((....))))))))............(((((]]])))))..))))))))..
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((.......((((((....((((((...)))))).((((....))))........((((((............(((((....)))))..((((....(((((((.......))))))).....((((((...........))))))...))))......................(((((((....(((((...))))))))))))......))))))...((((((((....))))))))............)))))).........))))).....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))..........................................(((......((...............)).((.....((....)).....))...........))).....)))...........................................................(((...((....))...))).....................................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.....))...((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((........)))..((((.....((.(((.......))).)).(((((..((....))..))))).........)))))))))))))..............(((((...................)))))................((((..((....))..))))........................(....).......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(((((.(((.............(((((.....))))).((((....))))..)))..(((.(((((..........(((((....)))))..(((((....((((((.......)))))).((((((.((....)).)))))).............)))))...((((.(((......(((((((....(((((...)))))))))))).)))...))))..(.((((((((....)))))))).)..........)))))))).......))))))))..
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...(((.((((((.((((..........((((((...)))))).((((....))))..((....(((...............(((((....)))))..(((((....((((((.......)))))).((((((.((....)).)))))).............)))))...)))...))................)))).)))))).))).))).(((((..((((.....((((((((....)))))))).....(((((....)))))))))...)))))......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(((((.((....((((((.((.(((((.....))))).((((....))))))((....((((((.........((((((((....)))))...(((....(((((((.......)))))))((((((.((....)).))))))))).)))..((((.....((.......))......(((((((....(((((...))))))))))))))))..))))))...((((((((....))))))))))..........))))))......)).))))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.((((((.((((((((((...........))).)))))))...(((((((((((((((((((.((((((((...(((((((((..))))))..)))...(((((((((((..)).)))))))))))))))).)).))).(((((((((......(((((.((((...)))).)..)..)))..(((...)))).)).)))))).)))))...))))))).)))..((((((........)))).))((......)).(((.((..)))))).))))))))..
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................(.......).....((....)).............................((.......))...
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................(............(((((.........))))).........................(.((.....)).).............(................(....(..).)....)......(..(..............(((...).))....).)........(.).......).................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(((((.((....((((((....((((((...)))))).((((....)))).........(((((............(((((....)))))..((((.....((((((.......)))))).((((((.((....)).)))))).........))))......................(((((((....((((.....)))))))))))......)))))....((((((((....))))))))............))))))......)).))))))))..
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).......................((((((((....)))))...))).....((((((.......)))))).((((((.((....)).))))))....((....)).))))))))))..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))............(((((...)))))...)))))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(((((.(((.............(((((.....))))).((((....))))..)))..(((.(((((..........(((((....)))))..((((.....((((((.......)))))).(((((..((....))..))))).........)))).....((.(((..(((..((..(((((((....(((((...))))))))))))..)).))))))....((((((((....))))))))))..........)))))))).......))))))))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((.((((.........)))).(((((.....))))).((((....)))).)))).(((.................(((((....)))))..((((.....((((((.......)))))).((((((.((....)).)))))).........)))).))).(((((.........(((.......))).((((.....)))).))))).((((..(((.......((((((....))))))........(((((....))))).)))...)))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((..........)))).((((.(((((.....))))).((((....))))..(((...aaaaa..........((((((((....)))))..((((.....((((((.......)))))).((((.<<<<<...))))......>>>>>....bbbb))))................BBBB........{{{{)))..}}}}...))).((((...AAAAA...((((((((....)))))))).....(((....[[[[)))..]]]].)))).))))..