RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00372

RNA: ASE_00372
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((((((........)))))))).)((...(((((............(((((((((...)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((((((((....)))))))))))......))))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....((((..((.....(((((...((((((.....))))))..((((((.(....).))))))((((.(((..(((...........(((((((((((...)))))))...))))....((.((((.....)))).)).)))(((((....))))).))))))).......(((((.((((...(((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))).))))..(((((.((....)).)))))......))))).)))))((((((((..(....)..))))))))...))..))))))).)
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))..(((((............((((((.....))))))((((................))))..........................(((((((...)))))))..((((.....((.(((.......))).))..(((((((....)))))))..............)))))))))............((((((...(((((.....)))))))))))..............................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..(((...(((((........((((((.((((..(((((.((((((((((........)))))))).))(((((((..........))).(((((((((...)))))))..))......)))))))...)).))))((((((((((((....)))))))..))))).....)))))))))))...(((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))).(((((...)))))......)))..))))...((((...((...(((((((((((....)))))))))))..))..))))......
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((....................................................................................................................................................................)))))........................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((((((((.....))))).((((................))))........................(((((((((...)))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))............))))))))).............((((((..................))))))...............((((((((....))))))))...........................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................((((((((((.....))))).((((................))))..........................(((((((...)))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))............))))).......((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((....)))).....((((((.....))))))((((((((.(....).))))))))...((((.................(((((((((...)))))))..))......))))((((.....))))((((((((((((....)))))))..)))))..............((...(((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))).))....(((((.((....)).))))).....(((((..(((..(((((((((((....))))))))))).))).)))))......
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((...((............((((((.....))))))((....................))........................((((((((.....))))))..)).......((.(((.......))).))..(((((((....)))))))..................))(((...(((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))).)))...(((((.((....)).)))))..................................................)))).....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))))((((((((........)))))))).(((...((((.............(((((((((...)))))))..)).......((.(((.......))).))(.(((((((....))))))).)...))..)))))))))))))....(((......((((((...(((((.....))))))))))).....)))............((((...(....((((.....))))).)))).(((((((((((....)))))))))))......))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(())((((....)))).((((((((((.....))))))((((((((.(....).))))))))...((((.................(((((((((...)))))))..))......))))((((.....))))((((((((((((....)))))))..))))).......)))).((((...(((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))).))))..(((((.((....)).)))))...(.(((((..(((..(((((((((((....))))))))))).))).))))).)....
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.....((.((((((...........(((((((((((...))))))......(((.(....).)))...............................(((((.......)))))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))).................((((((....((((.....)))).))))))...............((((((((....))))))))................................................)))))))))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..(((.(....).)).....((((((.....))))).((((................))))........................(((((((((...)))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............)...........((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))................)..........(.........)......))))))))...))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..[[[[....)))))......]]]]((((((.....))))))(((((((.......[[[)))))))...]]]....................(((((((...)))))))..(((((....(((.[[[[....))).((((((((((((....)))))))..))))).]]]].))))).((((...(((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))).))))....(((((........((((((.....))))))(((..(((((((((((....))))))))))).)))......))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((((......)))).((((((.....))))))((((((((........)))))))).(((....(((..((((.....(((((((((((...)))))))...))))...(((.(((((...))))).))).(((((((....))))))).)))))))...))).((..((((...(((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))).))))..))...(((((......(((((.....)))))))))).(((((((((((....)))))))))))......))))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.((((..........((.....((((((.....))))))((((((((........))))))))..........................(((((((...)))))))..............((((.....)))).(((((((((((....)))))))..))))........((((.((((...(((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))).))))..(((((.((....)).)))))......))))..[[)).(((((((((((....)))))))))))..]]...))))))...
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((((.((((......)))))............((((((((((...(...))))).............(((...........(((((((((.....))))))..)).)......((((.........))))...((.((((....)))).))....)))........))..))))...(((..((..((((((...(((((.....)))))))))))..)).))).....(..((((.((....)).)))).)........)))...))..........................................
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((..(((((.....)...))))((.....))((.....(.(((...(...))))...............)................((((((...))))))...(((((....((((((.(...).)))))).(((.((((....))))))).............)))))))......(((((.(..((((((....(((((...))))).))))))..)))))).....(.(((((.((....)).))))))........).....))...........................)))))).))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.(((........))).((((((.....))))))((((((((........)))))))).((......))..((.......(((((((((((...)))))))...))))...(((.(((((...))))).))).(((((((....)))))))...))..........((..((((...(((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))).))))..))...(((((......(((((.....)))))))))).(((((((((((....)))))))))))......))))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))((((((....[[[[[[...((((((.....))))))((((((((........))))))))..(((((...............(((((((((((...)))))))...))))...)))))......))))))((((((((((((....)))))))..))))).........(((((.....(((((....((((((...((((]]]]]].))))))))))...)))))............(((((......(((((.....)))))))))).(((((((((((....)))))))))))......))))).....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((....)))).....((((((.....)))))).(((((((........)))))))...........................(((((((...)))))))..(((((....((.((((.....)))).))..(((((((....))))))).............)))))..(((...(((......((((((...(((((.....))))))))))).....))).)))...(((((.((....)).)))))...........(((((..................)))))...........)))))))..
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...................................(((((...(((((.....))))).()..........................(((((.......)))))..((((.....((.(((.......))).))......(((....))).............)))).....)))))..((((..((..((((((..................))))))..)).))))......((((((((....))))))))....................................(.....).)))))))).))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((llll(nn(.hhhhh..((((((m((.dd)M))))).ff(.iii(eee.eeeeeee(aaaa.aaaa(jj(...<<....<<<<<<<))))))))))FF>>>>>((((((b.(((((((c(.....)EEE.(()EEEEEEE(((..kkkk)AAAAAAAA>>.))C)JJ.{{{{{KK...{{{{{.)D.ggggggIII)LLLL.)))B)))>>GGGGGG...}}}}}.(((((...))))).[[[[KK.)))))))..)])).)HHHHHNN(((((((((((....)))))))))))..D)..}}}}}.]]])
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((................)))).)((...(((((.((.........(((((((((...)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))))...)))..))))))))))))))..((((.(....((((((...(((((.....)))))))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).................................((.(....).)..).)
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((................)))).)((...(((((.((.........((((((((.....))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((......)))))))...)))..))))))))))))))..((((......((((((...(((((.....))))))))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).)).........................................((..(...)))..)
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PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((................)))).)((...(((((.((.........((((((((.....))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((......)))))))...)))..))))))))))))))..((((......((((((...(((((.....))))))))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).)).........................................((..(...)))..)
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((................)))).)((...((.(..((.........((.(((((.....)))))...)).))....((((((.......)))))).(((((((......)))))))).......))))))))))))))..((((......((((((...(((((.....))))))))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).)).........................................((..(...)))..)
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((..((.....(((((...((((((.....))))))((((((((........))))))))...(((((..............(((((((((((...)))))))...))))...(((.((((.....)))).))).(((((((....)))))))..)))))......(((((.((((...(((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))).))))..(((((.((....)).)))))......))))).)))))(((((((((((....)))))))))))...))..)))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((((......)))).((((((.....))))))((((((((.(.....))))))))).............((((.....(((((((((((...)))))))...))))...(((.(((((...))))).))).(((((((....))))))).)))).........(((..((((...(((((.(..((((((...(((((.....)))))))))))..)))))).))))..)))..(((((......(((((.....)))))))))).(((((((((((....)))))))))))......))))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.((((..((((....))))....(((((((.....))))))))))).((((.....)))).))))..(((((...............(((((((((((...)))))))...))))...)))))......(((((.((((((((((((....)))))))..)))))............((((...(((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))).)))).......((((......((((((.....)))))))))).(((((((((((....))))))))))).........)))))..
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((................)))).............................................(((......((...............)).((....((....))....))..........))).....)))..........................................................(((...((....))...)))...........................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.....((......(((((.....))))).((((................)))).........))...............(((((((...)))))))..(((((....((.(((.......))).)).((((((((....))))))))............))))))))))..((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..................................................)))))))..
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((..((.....(((((...((((((.....))))))((((((((.(....).))))))))...(((((..............(((((((((((...)))))))...))))...(((.((((.....)))).))).(((((((....)))))))..)))))......(((((.((((...(((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))).))))..(((((.((....)).)))))......))))).)))))((((((((..(....)..))))))))...))..)))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((........((((((.....(((.....((((((.....))))))((((((((........))))))))...)))..............((..((((((...((..(((.....)))..)).))))))..)).))))))((((((((((((....)))))))..)))))......(((((.((((...(((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))).))))..(((((.((....)).)))))......))))).)).(((((((((((((....)))))))))).........))).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((..((.....(((((...((((((.....))))))((((((((.(....).))))))))...(((((.((...........(((((((((((...)))))))...))))...(((.((((.....)))).))).(((((((....))))))))))))))......((((((((((...(((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))).))))..(((((.((....)).))))).....)))))).)))))((((((((..(....)..))))))))...))..)))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.((((..(((...((((((((..(((.(..(.((((...)))).)..))).)..))))))))(((((.((((.((.(((.(...(((((.((..)((((((((((.(.((((...(((((........)..))))(.(((((((((((..)))).))))))).).))).).)))))).)))))...........))))))..(((.(.((((((.......)))).))).)))..(((((((((....))))))))).).)))..)))))).)))))((((((((..))))))))........))))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................(.......)....(.........)......................((.........))..............((.......))...
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................(((.........................(.........(.(.(.......).......(....(((..((.....................))....((.(((.......))).))(...(((((....)))))....)..)))...)..).).).......(((....(.((((((.....(((.....)))..))))))....))))..(....((((..((....))..))))...).........))..........).................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((..((.....((((....((((((.....))))))((((((((.(....).))))))))..............((......(((((((((((...)))))))...))))...(((.((((.....)))).))).(((((((....)))))))..)).........(((((..(((...(((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))).)))...(((((.((....)).)))))......)))))..))))((((((((..(....)..))))))))...))..)))))))..
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((....(((..((((....)))).))).((((((.....))))))((((((((........)))))))).((......))...........(((((((((((...)))))))...))))...(((.(((.......))).))).(((((((....)))))))....((....)).......((((...(((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))).))))..(((((.((....)).))))).................(((((((((((....))))))))))).......)).......
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((..((.....(((((...((((((.....))))))((((((((........))))))))...(((((.((...........(((((((((((...)))))))...))))....((.((((.....)))).))..(((((((....))))))))))))))......(((((.((((...(((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))).))))..(((((.((....)).)))))......))))).)))))((((((((..(....)..))))))))...))..)))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.((((..((((....)))).....((((((.....)))))).)))).((((.....)))).))))......................((((((((((.....))))))...))))...((((((((.....)))).((((..(((((....))))).(((.......)))....))))......)))).....(((((....(((((.....))))).))))).((((((..((((.....))))........((((((.....)))))).....(((((((((((....))))))))))).......))))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..{{{{....))))).}}}}.((((((((((.....))))))((((((((........))))))))...(((((..............[[[[((((((.....))))))..........[[[[((((.....)))).[[[[..(((((....))))).[[[)))))..]]]....]]]]......]]]].........]]]].(((((.....)))))...........(((.((((.....))))........((((((.....))))))..))).((((((((((....))))))))))......)))).......

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