RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00375

RNA: ASE_00375
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....(((((...........(((((.(((((.....)))))..(((((((((....)))))))))........(((((..........((((((((((((....))))))))...))))....((((((.......))))))...(((.((....)).))).)))))(((..(((.....((((....))))......(((((((.(((((......))))).((((((.....))))))..))))))).)))..)))..(((.((((((((....))))))))))).....))))).....(((.((((((....)))))).))).......)))))))).)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((...........(((((.((((((...)))))).((((((((((....))))))))))........((((...((......(((.(((((((....)))))))..(((((.....((((((.......))))))(((((..((....))...))))).......)))))...))).......))......(((((((.(((((......))))).((((((.....))))))..))))))).)))).(((..(((.((((((((....))))))))))))))..))))).....(((..(((((....)))))..))).......))))).....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((((((((.....))))).((((................))))........................(((((((((((..)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((.......................................))))))...............((((((((....))))))))...........................................................
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ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((............((((((((((.....))))).((((((((((....))))))))))..((...(((((............((((((((((....))))))))..)).......((((((.......))))))((((((.((....)).))))).)..)))..))))))))).......((((......(((((((.(((((......))))).((((((.....))))))..))))))).....)))).......(((((((....)))))))...................(((.((((((....)))))).))).......))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.((((((..........).....((((((...)))))).((((((((((....)))))))))).......................((((((((((((())))))))))..)).).....((((((.......))))))((((((.((....)).))))).)......((((.....))))....((((......(((((((.(((((......)))))(((((((.....)))))).)))))))).....))))......((((((((....))))))))((........))......(((.((((((....)))))).))).......)))))))...
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.........((((....((((((...)))))).((((((((((....)))))))))).......))))(((........[[[[((((((((....))))))))....)))....]]]](((...[[[)))....]]].((((........[[[[...))))...]]]]...((((....))))......(((((((.(((((......))))).((((((.....))))))..)))))))......(((.......(((((((....)))))))[[[[)))...]]]].....(((.((((((....)))))).))).......))))).....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((...........(((((.((((((...)))))).((((((((((....)))))))))).((.....))............((((((((((((....))))))))...))))....((((((.......)))))).(((((.((....)).)))))..))))).(((((...)))))....((((......(((((((.(((((......))))).((((((.....))))))..))))))).....)))).......(((((((....)))))))((((......)))).....(((.((((((....)))))).))).......))))))))..
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MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.........((((((((.(((((....)))))..(.(......................(......))).........(((...........(((((.((((......)))).))..)).).....((((((.......))))))((((.((((....)))).))).)..)))...................(((......(((((.(.(....((...............((...))).)...)).))))).....))).....(.(((((.((....)).))))))........)))))))).(((..).)...............)..........)).....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.....((((((([[[[.((((((...)))))).((((((((((....)))))))))).......(((((............(((((((((((..))))))))....((((....((((((.......))))))....))))........))).))))).[[[[[[[....[[[[[....[[[[......[[[[[[[.(((((......)))))...........)))))))..]]]]]]].....]]]].......(((((((....)))))))((((......))))...]]]]]....]]]]]]].....]]]]........))))).....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((gg..ggg((((((((...(((((((b(.((((((...)))))).((((((((((....))))))))))........aaaaa........a(.ccccccc(.<<<<<<<<<<<<({{{{{{......{{{{{{(..ddddddd.)))))((eeee(()Ahhhhhhhhh)B))iii)}}}}}}...((((....)))).DDDDDDD))))EEEE.III..jjjjj......)))))))))))((((()CCCCCCCffffffff([[[)}}}}}}>))))).HHH..>>>>>GGG...AAAAA...>>>>>>)FFFFFFFF.]]]..JJJJJ......HHHHHHGG..
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((................)))).)((...(((((.((.........(((((((((......)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((....................(((((.....)))))....))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).................................((.(....).)..).)
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....)).(((..........)))...(((((.....))))).((((((((((....)))))))))).......(((((..........(((.((((((((....))))))))...((((....((((((.......))))))....)))).)))..[[[[[[))))).(((((((....(((((....((((..((..(((((((.(((((......))))).((((((.....))))))..)))))))..)).))))..(((.((((((((....))))))))))).............)))))....)))))))......((....))...]]]]]]....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((...........(((((.((((((...)))))).((((((((((....))))))))))........(((((.........((((((((((((....))))))))...))))....((((((.(....)))))))((((((..........))))).).)))))(((((...)))))....((((......(((((((.((((((...).))))).((((((.....))))))..))))))).....))))..(((.((((((((....))))))))))).....))))).....(((.((((((....)))))).))).......))))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((............((((.((((((...)))))).((((((((((....)))))))))).......(((((..............((((((((....))))))))...((((....((((((.......))))))....))))............))))).(((((((....(((((....((((......(((((((.(((((......))))).((((((.....))))))..))))))).....))))......((((((((....))))))))................)))))....))))))).....))))........))))).....
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RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....)).(((......(.((((....(((((.....))))).((((((((((....)))))))))).......)))))..........((((((((((((....))))))))...))))....((((((.......)))))).....))).((((.((((((..(...(((((((....(((((....((((..((..(((((((.(((((......))))).((((((.....))))))..)))))))..)).))))..(((.((((((((....))))))))))).............)))))....)))))))......((....)))..))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...((((..((((.......(((...(((((.....)))))..))).(((((....))))).((((((.....(((((..........((((((((((((....))))))))...))))....((((((.......))))))...(((.((....)).))).))))).)))))).......))))...((((..((..(((((((.(((((......))))).((((((.....))))))..)))))))..)).))))..)))).(((((((....)))))))((((......)))).....)))).(((((....))))).((....)).............
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.......(.((((....(((((.....))))).((((((((((....)))))))))).......)))))...((.......((((((((((....)))(.(.(((((((((...((((((.......)))))).(((((.((....)).)))))((((((..(((((....((((....))))....))))))))..(((((......))))).......))))))))))))).))))))))(((((((((.(((((((((((....)))))))((((......))))....))))..))))))))).))...((....))...))))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.(((((..(((((.(.......)((((((...)))))).(((((((((((..)))))))((......)).((((((((...(..((((((..((((......))))....(..((..))..).).)))))(((((((.(((..(((((...............)))))...(((.(......))))).).).)))))))(((((((((......)))))))))(((.......))).((((...........).).))..(.(((((((....))))))).).)....)))))))).)..)))))))).......((..)).........))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((....))))).................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(..(((..................((((((...)))))).((((((((((....)))))))))).......................(((((((((((....))))))))...))).....((((((.......))))))........................................................(((((((.(((((......))))).((((((.....))))))..)))))))...............((((((((....)))))))).......................................(....).....))).)....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((...........(((((.(((((.....))))).(..(((((((....)))))))..).......(((((..........((((((((((((....))))))))...))))....((((((.......))))))...(((.((....)).))).)))))(((..((((....((((....))))......(((((((.(((((......))))).((((((.....))))))..)))))))))))..)))..(((.((((((((....))))))))))).....))))).....(((.((((((....)))))).))).......))))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((..((((........)).))..)))(((....)))....((((((((((....)))))))))).........((((.........((((((((((((....))))))))...))))....((((((.......)))))).(((((.((....)).)))))...)))).(((((....((((....))))....)))))((((.(((((......))))).((((((.....))))))..))))...((((........((((.((((((....)))))).((((......))))....)))).((((((....))))))..........)))).......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((..((((........)).))..)))))))..((((....((((((((((....))))))))))........((((..............((((((((....))))))))...((((....((((((.......)))))).[[[)))).....(((..]]]))).))))..(((....((((....))))....))).(((((.(((((......))))).((((((.....))))))..)))))..((((.((((....))))((((((....)))))).((((......))))....)))).((((.(((((.....)))))..)))).))))......

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