|
|
|
GAGGAAAGUCCGGGCUCCGCAGGGCGGGAUGCCAGGUAAUGCCUGGGAGGUGAAAACCUAUGGAAAGUGCCACAGAAAAUAUACCGCCCCGCCGCGCACGCGCGCUGGGGUAAGGGUGAAAUGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCUGCUGGUAACAGCAGUGGCAGGGUAAACCCCAUCCGGAGCAAGACCAAAUAGGGAAGCAUGCGACUGGUUCGCAAUCUGUGGCCCGCAGAUGCUUCCGGGUAGGUUGCUUGAGGCAUUCGGUGACGAAUGACCCAGAUGAAUGACUAUCCGUUGUCUCCAGGCUAAUGGAGAUUCUGACAGAAUCCGGCUUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((((....))).)).)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((.(((((.....)))))((((((.]]]])))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((((((((......)))))))))))......))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....((((..((.(((..((((....(((((.....)))))..(((....)))..........((((((((.........((((((.((((....)))).))))))..(((((....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....(((....))))))))...((....((.....))...)).(((((.....))))).))))))))))))...)))...(((((((.((..(((.((((((((....)))))).)))))..))....)))))))..(((((((......))))))).......))..))))))).) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..((((....))))......(((((.....))))).((((....))))..........................(((..(.((((....)))).)..)))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))................................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((...(((.(((((.((((.(((..(((((((..(((....((((........((((((..........((((((((..((((....))))))))))..)).......((((((((........))))))))((((....)))).))))))))))..)))....)))).)))..)))......((((((.(((((.....))))).((((((...)))))).)))))).))))((((......((((((((....))))))..))........)))).))))).(((((((......))))))).)))..))..)))))..... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((................................................................................................................................................................))))))......................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((........)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((.................................))))))...............((((((((....))))))))............................................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((........)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).......((((......((((((.................(((((.....))))).)))))).....))))......((((((((....))))))))............................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.....(((....((((((...)))))).((((....)))).(((......)))...........)))(((((.((((....)))).)))))...........(((((((.......)))))))((((((((....)))))))).................))))))............((((((((((((.....))))).(((((.....))))))))))))((((((.......(.((((((((....)))))).)))..........))))))...(((((((......)))))))...........))))..... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.............((((((...)))))).((((....))))........((((...........(((((((..................))))...))).....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))(((.....)))....)))))..((((......((((((...((.......))...((((((...)))))).)))))).....))))...((.(.((((((....)))))).).)).......................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((...(((((............((((((((.((((....)))).))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((((((((.....))))).(((((.....)))))))))))).....))))......((((((((....)))))).)).................(..(((((((......)))))))..).......)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((((((..((((((.((.((((((...)))))).((((....)))).(((......)))........)).))))))((.((((....)))).))((((..........(((((((.......)))))))((((((((....)))))))).........))))....))))))............((((((((((((.....))))).(((((((.))))))))))))))((((((.(...(((.((((((((....)))))).)))))....)...))))))...(((((((......)))))))((.....))..))))))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((....................)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................((((((.................(..........)....))))))...............((((((((....))))))))............................................................. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....(.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))........................(((((.((..(((......))))).)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))))))(..((((......(((((((..................(((.....)))..))))))).....))))).....((((((((....)))))).))..................................................)))))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...[[[[[[[)))....((((...)))).......]]]]]]]((((....)))).(((......))).........((((((((((.((((....)))).))))))..[[[[[....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))).....]]]]].((((((..........((((((((((((.....))))).((((((...)))))))))))))[[[[...))))))....((((((....))))))]]]]........(((..[[[[[[)))........]]]]]].(((((...)))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....)))).(((((((((((...)))))).((((....)))).(((......))).........((((((((((.((((....)))).))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).(((((..(((......(((((((((((...(((.((((...)))))))))))..))))))).....))))))))(.((((((((....)))))).))).((((......)))).((((((((((......)))))))...))).....))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((............(((((.....))))).((((....))))..((....{{))..............(((((...((((....)))).)))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).}}..............))))))............(((((((((((...(((..((...[[)).))))))]]))))))))((((((......((.((((((((....)))))).)))).........))))))...(((((((......)))))))...........))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((.(.(((((........(((((((((((...)))))))((.(....).)).........(((...........((((((((((..........))..)))))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((...(..((((((........((.........((((...))))))).)))))..)..))).....(..(((((((....))))))).)...............)...............................))))))))..... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.........(((((.....((......((((((...)))))).((((....)))).........))...............((((((((...((...))))))))))..(((((....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).).(((....)))))))))))))..((((..((..(((((((.......(.........(((((...)))))))))))))..)).)))).......(((((((....))))))).............(((((.((((((....))))))))))).............)).)).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((...)))))...((((((...)))))).((((....)))).(((......)))..........(((((((((.((((....)))).))))))...)))(....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))).....(((((..(((......((((((((((((.....)))))..(((((...))))).))))))).....))))))))..((((((((....)))))).))....................(((((((......)))))))..........)))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((..((((((....((((((...)))))).((((....)))).........[[[[[[[[.......))))))...(((((..))))).((((((..........(((((((.......)))))))((((((((....)))))))).........))))))..)))))).............(((((((((((.....))))).]]]]]]]].......))))))(((((((...........((((((....))))))..............)))))))..(((((((......)))))))...........))))..... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))..((....((((...........((((((((...((((....)))).)))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))..)).)))))))))...((((......(((((((((((...((.(((((...)))))))))))..))))))).....))))......((((((((....)))))).)).........(((........)))...........................)))))))).. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.........(((((((.............(((((.....))))).((((....)))).......................................................((((....((((((.......))))))......(((....)))..................)))).)))))..((((..((..((((((.................................))))))..)).))))......((((((((....))))))))....................................................)).)).... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((.(((((d((((((((iiiii(((((..bbbbbbbbbbbbbbb.))))[[[[[..[(hhhhhhhh...hhh.))))))((((((((..))))).ccccc(..ffff...ffffffffff....))).FFFFFFFF<<<<<...<<)H.eee(aaa({{{{)FFFFFaa))))D)...(((..HHH....g((FC((((((..BBBBB..HHHHHHH])EEE...>>BBBBBBBBBB))))))jjj.)]]]]].)))..))..)>CCCC..((AA)))))).IIIII.(((((((.))G..))))))))}}}.JJJ...>>>>)}AAA |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((............)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((.................(((((.....))))).))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...................................((.(....).)..).) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..((.........((((((((((..........))))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((.................((((((...)))))).))))))..)).))))....(.((((((((....)))))))))...............................................(....)....... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((............)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.................(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)...................................((.(....).)..).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..((.........((((((((((..........))))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((.................((((((...)))))).))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..)............................................(....)....... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((.(((((((..........)))))))...)).))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((......((((((.................((((((...)))))).)))))).....))))....(.((((((((....))))))))).............................................(.(....).)..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((.(((..((((....(((((.....))))).((((....)))).........((((((((.........((((((.((((....)))).))))))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))))))))...((....((.....))...)).(((((.....))))).))))))))))))...)))...(((((((.((..(((.((((((((....)))))).)))))..))....)))))))..(((((((......))))))).......))..))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((...)))))...((((((...)))))).((((....)))).(((......))).........((((((((((.((((....)))).))))))...))))...(((((((.(....))))))))((((((((....))))))))...(((....)))......(((((..(((......((((((((((((.....))))).((((((...)))))))))))))[[[[[))))))))(.((((((((....)))))).)))...........]]]]]...(((((((......)))))))(((...))).)))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.....((((((((....((((((...)))))).((((....)))).........((((((((.....((((((((((.((((....)))).))))))...))))...(((((((.......)))))))((((((((....))))))))...((((.......))))........................(((((.....))))).)))))))))))).........(((((((...........((((((....))))))..............)))))))..(((((((......)))))))))))......)))))..... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))......................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....))).........................................................................(((...((....))...)))............................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))......................................................(((......(((((.((....))))))).((((((((....))))))))..........)))))))))))))..((((......((((((.................(((((.....))))).)))))).....))))......((((((((....))))))))....................................................))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((.(((..((((....(((((.....))))).((((....)))).........((((((((.........((((((.((((....)))).))))))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))))))))...((....((.....))...)).(((((.....))))).))))))))))))...)))...(((((((.((..(((.((((((((....)))))).)))))..))....)))))))..(((((((......))))))).......))..))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...(((...((((((...((.((..((((.((((...((....((((....))))..))....))))..........((((((((((.((((....)))).))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))..))))...))))))..))).......((((((.(((((.....))))).((((((...)))))).))))))((((((.((..(((.((((((((....)))))).)))))..))....))))))....))).((......))..(((((.....)))))........ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((.(((..((((....(((((.....))))).((((....)))).........((((((((.......((((((((.((((....)))).))))))..(((((....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).).(((....)))))))))).((....((.....))...)).(((((.....))))).))))))))))))...)))....((((((.((..(((.((((((((....)))))).)))))..))....))))))((((((((((......)))))))...))).))..))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((..(((((((((.((.((((((...)))))).))...(((((((((((((.(.(((((((((((...(((((((((.(((((..)))))).)))))..)))((....((((((((..)).))))))((((((((((..))))))))).).(((....)))))).(((...)))(((....((((....)).))...)))....)))))))))))..((..)).))))..)))))))))...((((((((((..))))))).))((......)).)...))))).((((((......))))))..))).)..)))))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................................................................................................................................................................((...........(...........(......)..).....))...........................................((.......))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................................................((((((.......))))))((((..(((....)))..))).)........................(((......((((((......................(...)......)))))).))).((((.((...(.((((((....)))))).)..))......))))............................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((.((((((((((.((((.(((..(((((((.((((....))))..((..................((((((((((.((((....)))).))))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))..)))).)))..)))......(((((((.((((.....))))..(((((.....)))))))))))).))))......(((.((((((((....)))))).)))))...........))))).(((((((......))))))))))).).))..))))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((((....)))).(((((((((((...)))))).((((....))))..((......))..........((((((((((.((((....)))).))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).((((..((((......((((((..((((.....))))..((((((...)))))).)))))).....))))))))..((((((((....)))))).))....................(((((((......)))))))...........))))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((.(((..((((....(((((.....))))).((((....)))).........((((((((.........(((((..((((....))))..)))))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))))))))...((....((.....))...)).(((((.....))))).))))))))))))...)))...(((((((.((..(((.((((((((....)))))).)))))..))....)))))))..(((((((......))))))).......))..))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((...((((.....))))...(((((.....))))).((((....)))).)))).....................(((((((.(((....))))).)))))..(((......((((((.......)))))).((((((((....))))))))...((((.......)))).................(((((((.((((.....))))..(((((.....)))))))))))).(((.....))).....((((((....)))))).))).((((......)))).((((.(((((......))))).(((.....)))..)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((...((((.....))))...(((((.....))))).((((....)))).))))..((((...........<<<...........))))...(((({{{{{...))))....((((((}}}....)))))).((((((((....))))))))...((((..}}>>>))))...(((...........aaa....(((((..[[[))))).(((((.]]].)))))))).AAA((((....(((.....))).(((....)))...)))).((((......)))).((((.(((((......))))).(((.....)))..)))).... |
