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GAGGAAAGUCCGGGCUCCAUGGAAGCGCGGUGCCGGAUAACGUCCGGCGGGGGCGACCUCAGGGAAAGUGCCACAGAAAGCAAACCGCCCUCGAGGCCGAAAGGCUUCGCGGAGGGUAAGGGUGAAAGGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGUCUUUGGCAACAAAGGCGGCAAGGCAAACCCCACCGGGAGCAAGACCAAAUAGGGGCUGCACGGACGAGAGAUCGUCCAGGUCUGUUUCCAGACCCGCGGCCCGGGUUGGUUGCAAGAGGCGUCUCGCAAGAGGCGUCCCAGAUGAAUGGCCAUCACCUCGCAGCAAUGCGAGGAACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.[[[[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((((((....))))))...))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((..((((((....)))))).((((.]]]]]]])))).))))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((((....))))))))......)))))))).
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((.....))))))((((....))))..((......))...........(((((((......((.....((...)))).))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))............................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................((((((((...))))))))(((....)))......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.............((((.........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((............)))).)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((......................................))))))...............((((((((....))))))))................)................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................((((.(((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((............)))).)))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............))))..(((..((((......((((((.....................(((........)))...)))))).....)))))))...((((((((....)))))))).................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.........)).....(((((((...))))))).((..................(((............((((((((((((((....)))))))...)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))....))......(.((..((((((....(((((((..((((((....)))))).((((((....)))))).)))))))...))))))))..(.((((((((....)))))))).).((((......)))).(((((((....))))))).......))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.((..........(((((((...)))))))((((....)))).((.....((((............((((((((...................))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))....))..)))))))...(((......(((((((..((((((....))))))..(((........)))..))))))).....))).......((((((((....)))))))).................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((((((....))))))...))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((..((((((....)))))).((((((....)))))).))))))).....))))......((((((((....))))))))..................(((((((....))))))).......)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((.(((((())).))).))(((((((((...)))))))((((....)))...((....((((............((((((((((((((....)))))))...)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...)))))((((.((..((((((.(..(((((((..((((((....)))))).((((((....)))))).)))))))..)))))))))..(.((((((((....)))))))).).((((......)))).(((((((....))))))).......))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................((((.......................))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................((((((.....................(((........)))...))))))...............((((((((....)))))))).................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((.........(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((((...((.(....).))......)))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))))))))))((..((((......(((((((..((((........))))..................))))))).....))))))....((((((((....)))))))).......................(......)............))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....((((.[[[[[.))))........(((((((...))))))).]]]]]..)))).(((....((((...........(((((((((((((((....))))))...))))))...))).....((((((.......))))))..(((((((....))))))).....))))...))).(((((.....((((((....(((((((..((((((....)))))).((((((....)))))).)))))))...))))))......((((((((....))))))))...((((......)))).(((((((....))))))).......))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......(((.((((....).))).))).(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........(((((((((((((((....))))))...))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).(((((.(((..(((((....(((((((..((((((....)))))).((((((....)))))).)))))))...))))))))....((((((((....))))))))...((((......)))).(((((((....))))))).......)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((..((.((.........)).))..(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((............((((((((((((((....))))))...))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).(((((.(((..(((((....(((((((..((((((....)))))).((((((....)))))).)))))))...))))))))....((((((((....))))))))...((((......)))).(((((((....))))))).......))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((((((....(...........)..))))))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))).......))))))))....(((...(..(((((((......((...(.........(..(....)..)))))))))))..)..))).....(.((((((((....))))))))).................((.............).)................ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.........((((.((((((...)))))).((((....)))).........(((...........(((((((((..((((....)).)....)))))))...)))......(((((.(...).)))))..((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((((.(..((((((((.((((((....))))))..((((.....).))).))))))))..)))))).......((((((((....))))))))...................((((((....))))))................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.((((....).))).))).(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........(((((((((((((((....))))))...))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).(((((.(((..(((((....(((((((..((((((....)))))).((((((....)))))).)))))))...))))))))....((((((((....))))))))...((((......)))).(((((((....))))))).......))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((.........(((((((((((...))))))).((((...............((((.............(((((((((((((....))))))).........))))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))..)))))))))))))..((((((....(((((((..((((((....)))))).((((((....)))))).)))))))...))))))......((((((((....))))))))...((((......)))).(((((((....)))))))........)))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....(((.(((.......))).))).(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........(((((((((((((((....))))))...))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...)))...........((((((....(((((((..(((.((.(((((.....))))).)))))......)))))))...))))))......((((((((....))))))))..................)))).............................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((................)).)))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((....................(((((......)))))..))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)....................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((................)).)))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..((((......((((((....................(((((......)))))..)))))).....)))))...(.((((((((....)))))))))...............).....................(.(....))..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((................)).)))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..((((......((((((....................(((((......)))))..)))))).....)))))...(.((((((((....)))))))))...............).....................(.(....))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....(((.((((....)).)).))).(((((((...)))))))........)))).(((....((((...........(((((((((((((((....))))))...))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).(((((.(((..(((((....(((((((..((((((....)))))).((((((....)))))).)))))))...))))))))....((((((((....))))))))...((((......)))).(((((((....))))))).......))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((....).))).))).(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........(((((((((((((((....))))))...))))))...))).....((((((.(....)))))))(((((((((....)))))))).)..))))...))).(((((.(((..(((((.(..(((((((..((((((....)))))).((((((....)))))).)))))))..)))))))))....((((((((....))))))))((([[[[..))).]]]].(((((((....))))))).......)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....((((.......)))).......((((((((...)))))))).......))))........((((.............(((((((((((((....))))))).........)))))).....((((.......))))....((((((((....))))))))....)))).......(((((.((((((((......(((((((..((((((....)))))).((((((....)))))).))))))).))))..))))....((((((((....))))))))...((((......)))).(((((((....))))))).......))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...(((...............(((((.....))))).((((....))))...........................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))..............................................................................(((...((....))...)))................)................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.........((((((((((.....))))).((((....))))..........................((((((((..............))).)))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))))))))))))...((((......((((((......................................)))))).....))))......((((((((....))))))))...........................................)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...((((..((((....).)))....((((((((...)))))))).))))..)))).(((....((((...........(((((((((((((((....))))))...))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).(((((.(((..(((((....(((((((..((((((....)))))).((((((....)))))).)))))))...))))))))..(.((((((((....)))))))).).((((......)))).(((((((....))))))).......))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....(((.((((....)).)).)))((((((((...))))))))((((((.((((.(((....((((...........(((((((((((((((....))))))...))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...)))..(((((((..((((((....(((((((..((((((....)))))).((((((....)))))).)))))))...)))))).......)).)))))...)))))))))).((((......)))).))).(((....)))..((........))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..(((...(.(((((((((((...)))))))((((....)))).(((....((((.......((..(((((((((((((((....))))))...))))))...))).....((((((.......))))))))(((((((....))))))).....))))...))))))).).(((..(((((....(((((((..((((((....)))))).((((((....)))))).)))))))...))))))))....((((((((....)))))))))))((((......)))).(((((((....)))))))....)).)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..)))...(((.(........))))((((.(((((((.(((.(......((((........))))((((((((((((((((..)))))))...))))))..)))......((((((((..)).))))))((((((((((..))))))))).)))))).)))))).)))).....(((((((((((((.((((..(((((((..))))))).((((((....)))))).))))))))))))))))).....(((((((((..)))))))))(((......))).((((.(((((((....)))))))))).)).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................(.........................................(.......)...................................)..................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................(.(((..(.(.........).).(......)..........((.....))....((....)).................(.(.......)...).........(...........)....((((..................................)))).(....((((((((....))))))))...).......))).).......................((.......)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(((((.((.(....)..)).)...(((((((...)))))))..))))..)))).(((....((((..............((((((((((((....))))))...))))))...........((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..))))...))).(((((.(((..(((((....(((((((..((((((....)))))).((((((....)))))).)))))))...))))))))..(.((((((((....)))))))).).((((......)))).(((((((....))))))).......))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........(((((((((((((((....))))))...))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).))))))))..((((((....(((((((..((((((....)))))).((((((....)))))).)))))))...))))))......((((((((....))))))))(((......)))......(((((((....)))))))........)))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(((((.((((....).))).)...(((((((...)))))))..))))..)))).(((....((((...........(((((((((((((((....))))))...))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).(((((.(((..(((((....(((((((..((((((....)))))).((((((....)))))).)))))))...))))))))....((((((((....))))))))...((((......)))).(((((((....))))))).......))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.......)))).((((...((((((.....)))))).(((....)))........))))...............((((((((((((....))))))...))))))..((((.....((((((.......)))))).(((((((......))))))).........))))..(((((.(((...((((....(((((((..((((((....)))))).((((((....)))))).)))))))...)))).)))....((((((((....))))))))...((((......)))).(((((((....))))))).......))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....((((.......))))...(((((((((((.....))))))...(((.((..........)))))...........)))))))))((((((....)))))).....(((...((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))....(((.....((((((....(((((((..((((((....)))))).((((((....)))))).)))))))...)))))).......(((((((....)))))))))).((((......)))).(((((((....))))))).......)))...... |
