RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00379

RNA: ASE_00379
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGGGCAGGGUGCCAGGUAACUCCUGGGGGGCGCGAGCCUACGGAAAGUGCAACAGAAAAUAUACCGCCCGCUUAUUCACUUGUGAAUGGCGGGUAAGGGUGAAAUGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCACGUGGUAACACGGGCGGCGAGGGUAAACCCCACCCGGAGCAAGACCAAAUAGGAAAACCAUGACGUUGUCCGCGUCGUUUUCGGGUUGGUCGCUUGAGGCCGGAGGGUGACCUUCAGUCCAGAUGAAUGAUUAUCCUAGACAGAACCCGGCUUAU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((.(((((.....))))).))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)...)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.]]]]))))))))))).....)))).......((((((((....))))))))...........................))))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....(((((.((.....(((..(((((((((.....))))).((((....))))......................))))..(((((.(((((....))))))))))....(((((....((((((.......))))))..((.((((....)))).)).....(((....)))))))).((((..((((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))))))))...))).((((....))))..(((..(((((....)))))...))).)).)))))))).)
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................(((((.....))))).((((....))))........(((...............(((((((...............)))))))..(((((....((((((.......)))))).(((.((((....)))).)))..............)))))...)))...........((((((...(((((.....))))))))))).........................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))..((((.............((((((((.((((((....))))))))))))..))......(((((((.......))))))).))))...((((..((((....((((((...(((...(((((((..((((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))))))).....)))).)))..)))))).(((..(((((....)))))...)))....))))..))))
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................(((((.....)))))..................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((...........)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............))))))))).............((((((..................))))))................((((((((....)))))))).....................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((...........)))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............)))))...((..((((......((((((..................)))))).....)))))).....((((((((....)))))))).....................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.................(((((.....))))).((((....))))........................(((((((((.(((((....))))))))))))..))......(((((((.......)))))))(((.((((....)))).)))..((((((..((((......((((..((((((....((((((...(((((.....)))))))))))...)))))))))).........)))).)))))).(((..((((......))))...)))....))))).....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((...(.............(((((.....))))).((((....))))..........................(((((...................)))))...........((((((.......)))))).(((.((((....)))).)))...................)((((..((((.(....((((((...(((((.....)))))))))))...).))))))))..(...(((((....)))))..)...........................))))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.............(((((((((.(((((....))))))))))))..)).......((((((.......))))))((((.((((....)))).))).)....))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))......(((.(((((....))))).)))..........................))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.((((((((....))).......(((((.....))))).((((....)))).......................((((((((((.(((((....))))))))))))..)).)....(((((((.......)))))))(((.((((....)))).)))..((((((..((((...(((((((..((((((.(..((((((...(((((.....)))))))))))..))))))))))).....))).)))).)))))).(((..(((((....)))))...)))....)))))))...
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................((((....((((......))))...))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............))))).................((((((..................))))))...............(.(((((((....))))))))..................................)..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.....((.(((((.(((........(((((((((((...)))))).((((....))))........................(((((.(((.(............)))).)))..))(......((((((.......)))))).((((((((....))))))))...........)..))))))))((..((((......((((((....((((.....)))).)))))).....)))))).....((((((((....))))))))...........................))))))))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..[[[[....)))...]]]]..(((((((((.....))))).((((....))))......................))))(((((((.(((((....))))))))))))..(((((....((((((.......)))))).(((.((((....)))).)))....(((....)))))))).((((..((((((....((((((...(((((.....)))))))))))...)))))))))).((((((((((....)))...(((..(((((....)))))...))).....)))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.(((((................)))))))))((((...((...))...))))...........(((((((((((.(((((....))))))))))))...))))....((((((.......)))))).(((.((((....)))).)))..((((((..((((...(((((((..((((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))))))).....)))).)))).)))))).(((.((((((....)))).)).)))....))))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.................(((((.....))))).((((....))))..........................(((((((.(((((....))))))))))))...........((((((.......)))))).(((.((((....)))).)))......((...((.........(({{((((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))))))}}......[[[[))..))]]]]..............................))))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((((.(....(.........))...))))..)).)......(((((.......)))))..((((((((....)))))))..)...))).......)))))))))...(((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).))).....(.(.(((((((....)))))))))....................................
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((..((....((((....(((((((...)))))))((((....))))........))))...............((((((.((((......))))))))))...((((((....(((((.(...).))))).(((((((((....)))))))).)...........))))))))..(..((((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).)))))......((((((((....))))))))...........................))))))))..
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.(...............(((((.....))))).)(((....))).......................(((((((((((.(((((....))))))))))))...))))....((((((.......)))))).(((.((((....)))).)))..((((((..((((...(((((((..((((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))))))).....)))).)))).)))))).(((.((((((....))))).).)))....))))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((..(((((((..)))))))(((.............(((((((.......))))))))))...........)))))))...((((..))))))))))))))..((((((....((((((...(((((.....)))))))))))...)))))).....((((((((((((((....................))))))).........)))))))..
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((..............(((((.....))))).((((....))))......................(((((((((((.(((((....))))))))))))...))))....((((((.......)))))).(((.((((....)))).)))...............(((((((((..(((......(((.(((......))).)))..)))))).))))))........((.(((.(((((....))))).)))))(((((....))))).......)).))))))))..
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((...............)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)...)))..))))))))))))))..((((.(....((((((...(((((.....)))))))))))...).)))).(..(..((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..).)
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((((...........)))))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)...)))..))))))))))))))..((((...(..((((((...(((((.....)))))))))))..)..)))).((.(..((((((((....))))))))).))..................(........).....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((...............)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)...)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((...(((((.....)))))))))))...).)))))(..(..((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..).)
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((((...........)))))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)...)))..))))))))))))))..((((......((((((...(((((.....))))))))))).....)))).((.(..((((((((....))))))))).))..................(........).....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((....((((....((((..((.(((.(((..((((....)))).)))...((((...........((((((((((.((((((....))))))))))))...))))....((((((.......))))))..))))..))).))...))))..((((((..((((...((((..((.((((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))))...))...)))).)))).)))))).)))).(((((....))))).......)).))))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.................(((((.....))))).((((....))))......................(((((((((((.(((((....))))))))))))...))))...(((((((.(....))))))))(((.((((....)))).)))..((((((..((((...(((((((..((((((.(..((((((...(((((.....)))))))))))..)))))))))).....)))).)))).)))))).(((.((((((....))))).).)))....))))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((..((((...........(((((.....))))).((((....)))).......((((...........(((((((((((...............)))))))...))))...(((((((.......))))))).))))))))......((((...((((((..((((...((((.....((((((...((((....(((((((.....)))))))))))...))))))........)))).)))).)))))).)))).(((((....)))))..........))))).....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).........................................................(((......((...............)).((....((....))....))............))).....)))...........................................................(((...((....))...))).....................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....)))).........................................................((((.....((.(((.......))).)).((((.(((....))).))))..........)))))))))))))...(((...((..((((((..................))))))..))..))).......((((((((....))))))))...........................))))))))..
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((....((((..(.((((..((.(((.(((..((((....)))).)))...((((...........(((((((((((.(((((....))))))))))))...))))....((((((.......))))))..))))..))).))...)))).)((((((..((((...((((..((.((((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))))...))...)))).)))).)))))).)))).(((((....))))).......)).))))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...((((.((((....))))......(((((.....)))))..(((....)))..))))...(((...............(((((((.(((((....))))))))))))..(((((....((((((.......)))))).(((.((((....)))).)))....(((....))))))))...))).((((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))))..(((.(((.(((((....))))).))))))...........)))).((...........))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((.....(((.((((((((((.....)))))....(((..(((........((((...........((((((((((.((((((....))))))))))))...))))....((((((.......)))))))))).((((....))))))).))).(((....)))))))).((((..((((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))))))))...)))(((((....))))).(((..(((((....)))))...))).)).))))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((.(((((((..((..(........))))))))))...(((...((..)).(((((((((((((((...((.(((((((.((((((..)))))))))))))))(((((..(((((.(......))).)))(((((((((((..))))))))).)).(((....))))))))((.(((((..((....(((..))).))..)))))))......)))))).))))..))))).(((.(........))))..))).((..))..((.(........))).).))))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................(.............((.(.........).))..........)........(....)..........((.......))...
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................(....(...)..............((((((.......))))))((((...((....))...))).)..........).............(((.....(...(((.(..((((.......))))).)))....)..))).((....((.(((((....))))).))..))...................((.......))...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.................................((((....))))......................(((((((((((.(((((....))))))))))))...))))....((((((.......))))))..((.((((....)))).))...........................((((((....(((((....(((((.....))))).)))))...))))))..........(((((....))))).(((..(((((....)))))...)))....))))))))..
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.((((((((....)))).((((((((((.....))))).((((....))))......................(((((((((((.((((......)))))))))))...))))....((((((.......)))))).(((.((((....)))).)))....(((....)))))))).((((..((((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))))))))..(((.(((((....))))).)))...........................))))))...
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((.....(((.((((((((((.....))))).((((....)))).........((...........(((((((((((.(((((....))))))))))))...))))....((((((.......)))))).(((.((((....)))).)))))..(((....)))))))).((((..((((((....((((((...(((((.....)))))))))))...))))))))))...)))(((((....))))).(((..(((((....)))))...))).)).))))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).)))).....................(((((((.(((((....))))))))))))..((((....(((((((.......))).((((...((((....)))).))))...((((.......))))........))))..(((((..(((.((((((.....))))))......))).((((......)))).((((.....)))).(((.........)))..)))))......)))).......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...((((...(((....(((..aaa)))(((..AAA))).)))(((....)))..))))..((((...............(((((((...{{{{{{......)))))))..}}}}}}...((((((.......)))))))))).((((....))))...((((.((((.......))))...((((.<<<<<...........<<<<<<))))(((>>>>>>...))).>>>>>))))...[[[[[[(((....)))..((((.........)))).)))).........]]]]]]...

---