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GAGGAAAGUCCGGGCACUAUAGGGCGGAGUGCCAGGUAACACCUGGGCGGCGUGAGCCGACGGCAAGUGCAGCAGAGAGAAGACCGCCUGACUCGUCAGGUAAGGGUGAAAGGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCGAGUGGUAACACUUCGUGGCAAGGUAAACCCCACUCAGUGCAAAACCAAAUAGGGGAGAGAUGGUGCGGCCCGCACUUCUCCCGGGUAGGUUGCUUGAGGUAUGUGGUGACACAUAUCCCAGAUGAAUGACUAUCCAAGACAGAACCCGGCUUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((((.....))))).((((....))))........(((............((((((..........)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))))................(.((..((((......(.(.(.....((((.....))))...).)).....)))))).)..((((((((....))))))))..................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.((((((.........)))))).(((...))).))))...((((((((..((...((((.............((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))))))...((((..((((..((((...((....))))))..))))....)))).....((((((...((((((...))))))))))))(((((((((..(((.((((((((....)))))))).)))...)))..)))))).........)))))))))) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((..)))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((..................))))))...............((((((((....))))))))..................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((..)))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))))..((((......((((((....(((.......))).)))))).....))))......((((((((....))))))))..................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((.........)))))((((.....))))..((((....))))........................((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((.....((.........))......)))))).))))............((((((...((((((...))))))))))))((((((.....(((.((((((((....)))))))).)))........))))))..........))))..... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.......(((.......((((((...)))))).((((....))))..........................(((((......)))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).....................((..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))))....((((((((....))))))))...............))).........)))))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.............((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))).)))).)...))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((.........)))))(((((...)))))(.((((....)))).).((.......))..........((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....((((.......)))).....)))))).))))............((((((...(((((((.)))))))))))))((((((((...(((.((((((((....)))))))).)))....))..))))))..........))))))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((.(......).)))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))).................((((((.....(((.....)))..))))))...............((((((((....))))))))................................))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((..........)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).............)))))))))(..((((......((((((....((((.....)))).)))))).....))))).....((((((((....))))))))..............(((...)))....)))))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.............((((((...)))))).((((....))))......))))).(((..(((......((((((....))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))..)))..)))..(((.......((((((...((((((...))))))))))))[[[[[[)))..(((.((((((((....)))))))).)))........]]]]]]................... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.........))))((((((...)))))).((((....))))...((....)).(((..(((...(((((((((....))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....((......)).)))..)))............((((((...((((((...))))))))))))(((((((((..(((.((((((((....)))))))).)))...)))..)))))).........)))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..........((.....((((((...)))))).((((....)))).........................))(((((....)))))............((((((.......))))))......(([[....))..................]].....................((((((...((((((...))))))))))))((((((......((.((((((((....)))))))).)).........)))))).........)))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((((.(...))..)))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))....))).......)))))))))...(((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).))).....(.((((((((....))))))))).................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.(((.......(.((((((...))))))..(((....)))..(((...((((............(((((((((....))))))...))).....((((((.(...).))))))..(((((((....))).)))).)))).......))))))))))).(((.((......((((((....(((((...))))).)))))).(((........((.((((((((....)))))))).)).........(((((...))))).))).))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.........))))((((((...)))))).((((....))))...((....)).(((..(((...(((((((((....))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))....((......)).)))..)))............((((((...((((((...))))))))))))((((((.....(((.((((((((....)))))))).)))........)))))).........)))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).(((....................)))((((((..))))))...((((.....((((((.......)))))).((((((.........)))))).........))))))))))))).............(((((((...(((((...))))))))))))((((((.........((((((((....))))))))............)))))).........)))))..... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).......................(((((((((....))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....((....)).))))))))))..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....)))).((...((((((((....))))))))..)).....((.((.....)).))....))))))).. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..(((((.............(((((.....))))).((((....))))............................................(((......((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...........)))....)))))..((((..((..((((......................))))..)).))))......((((((((....))))))))...........................(...)..... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((...(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..).) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((((((..)))))))..)))))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))........(...........(...).).....) |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....((((((...(((((.....)))))))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((((((..)))))))..)))))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))........(...........(...).).....) |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........((.((((((..))))))...)))))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......)))))))))))))(..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..)..................(.(...).).....) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((...(((.(((((((((((.....))))..((((....))))..(((..((((.(((..(((......((((((....))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).........))))..)))..)))....((......))........)))).))).))))))).)))((((((.((..(((.((((((((....)))))))).)))..))....)))))).....))..)))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.........))))((((((...)))))).((((....))))............(((..(((...(((((((((....))))))...))).....((((((.(....)))))))(((((((((....)))).)))).).............)))..)))............((((((...((((((...))))))))))))(((((((((..(((.((((((((....)))))))).)))...)))..)))))).........)))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......((((((..((((......(((((...((((....))))..........................((((((....))))))..)))))....((((((.......))))))((((((((((....((((.......)))).....)))))).))))............((((((...((((((...)))))))))))).))))..))))))..((((((((....))))))))...((((......))))..........)))))..... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))............................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....)))..........................................................(((...((....))...)))..................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))(((((((........((((((((((.....))))).((((....))))............................................(((......((((((.......)))))).((((((((....))).)))))..........)))))))))))))..((((..((..((((((..................))))))..)).))))......((((((((....))))))))))....................(.......)...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((....(.((.....(((((.....))))).((((....)))).)).).))))).(((..(((......((((((....))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))..)))..)))............((((((...((((((...))))))))))))((((((.((..(((.((((((((....)))))))).)))..))....))))))..........))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((.(((((........((......((((((...)))))).((((....))))...))....((((((..(((......((((((....))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))..)))..)))....((......)).........))).))))).)))))).((((((...(((((((.((((((((....))))))))...((((......)))))))).))).))))))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((...(((.(((((((.(((.....)))(((((((....))).........((((.((.........((((((((....))))))...(((.....((((((.......))))))((((((((((...(((...)))....((....)))))))).))))...))).....)).......)).))))))))))))))).)))((((((.((..(((.((((((((....)))))))).)))..))....)))))).....))..)))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((.((.(..((((..))..))..)...((.((((((.(((((((((((..(((((((((......).))(((((((((((..)))))))..)))).....((((((((..)).))))))((((((((((.(((((...)))).((...))..))))))).))))..((((.((..(((((((((.............))).))))))..)))))))))))).....)))))).)))))).))))).))..((((......)).)).)))))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................................................................................................................................................................................(......)..........(..........).......((.......))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................(((..................)))...(.......)...........((..(..........................((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)..)).......((((....(.(((((....((((((...))))))).))))...).)))).((...((((((((....))))))))..))................................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((...(((.(((((((((((.....))))).((((....))))............(((..(((......((((((....))))))..((((.....((((((.......))))))(((((.(((....)))..)))).).......))))..)))..)))................................)))))).)))((((((.....(((.((((((((....)))))))).)))........)))))).....))..)))))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))...((....))............(((((((((....))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....((....)).)))))))))...((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))...((.((((((((....)))))))).))........................)))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((...(((.(((((((((((.....))))..((((....))))..(((..(..(.(((..(((......((((((....))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))..)))..)))....((......))........)..).))).))))))).)))((((((.((..(((.((((((((....)))))))).)))..))....)))))).....))..)))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........))))......(((((.....))))).((((....))))........((((..............((((((....))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........)))).......))))...........((((((...(((((.....))))))))))).(((.((((.((...(((((((......)))))))...((((......))))......))))))..)))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.<<<<<<...))))..>>>>>>(((.....)))(((((((....))))........((((..............((((((....))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))...{{{.))))...........((((((((.(((((.[[[[)))))))))..]]]]....(((.}}}.))).(((....)))...)))).((((......))))..........)))....... |
