|
|
|
GAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGGGCAGGAUGGUCCUUAACGGGGACCGGGGGCGACCUUAGGGAUAGUGCCACAGAGAGAAGACCGCCCGCCAUCGUUUUUGCGAUGGCAGGUAAGGGUGAAAGGGUGAGGUAAGAGCUCACCAGUGUCGGCGGUGACGUCGGCAGCUAGGUAAACCCCAUCCGGAGCAAGGCCAAAUAGGGGAGUGCUUGAGGACGGCCCGUCCGAAGCUCCCGGGUCAGGCUGCUUGAGGCCGUCGGCAACGGCGGUCCUAGAGGAAUGAUCGUCACUCUGCAGGGGGUAACCGCUACAGAGGACAGAACCCGGCUUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((((((....))))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((((.]]]])))))))))))))......))))......((((((((....)))))))).................((((((((((((....))))))))))))......))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....(((((.(((...((((.((..((((((.....)))))).((.((..((....))...)).))............))))))..((((((....))))))...((...((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))...)).(((((..(((..((..((((((......(((((...)))))...))))))..))..)))))))).(((((((((....)))))).)))...)))......(((.(((((.((.((....)).)).))))))))....)))))))).) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................((((....))))..........................(.(...............).)..........((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))..((((..((((......((((((......(((((...)))))...))))))......))))))))..((((((((....))))))))............................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((.....(((((.(((((((.....)))))))..((((((((..(((((..((((............(((((.((((((((....)))))))).)))..)).......((((((.......))))))..((((((((((..((..(((((((.((....))..(((((((((.((((.............))))..(((((...)))))...))))).))))..)))))))))..))))))))))..)))))))))..))).....)))))..)))))....(((....))).....))).....)))))..... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................((((....))))................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((..........)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((......................))))))................((((((((....))))))))............................................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((..........)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))....((((......((((((......((((.....))))...))))))......))))......((((((((....))))))))............................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.((((((((....)))).(((.((((((.....)))))).((.................................(((((.((((((((....)))))))).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))........))..)))..(((..((((......((((((..((..(((((...))))).))))))))......)))))))...((((((((....)))))))).............((((.(((((.((.((....)).)).)))))))).)...))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(...(((............(((((((...)))))))((((....))))........................(((((.(((...(......)...))).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))...............)))((..((((......((((((......(((((...)))))...))))))......))))))....((((((((....))))))))..................(((((.((.((....)).)).))))).........)....... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))..(((....)))...((...(((((............(((((.(((((((......))))))).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......((((((......((((.....))))...))))))......))))......((((((((....))))))))..................(((((.((.((....)).)).))))).......)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....)))).(((((((((((...)))))))((((...((((..((.......))............(((((.((((((((....)))))))).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))))))...))))))))..(((..((((..((..((((((..((..((((((.)))))).))))))))..))..)))))))(.(((((((((....)))))))).).)........(((((.(((((.((.((....)).)).)))))))).))..))))))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).........(((............((((((((.(............).))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))......)))))))))(..((((......((((((......((((.....))))...))))))......)))))...(.((((((((....)))))))))..................................................)))))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((..[[[......(((((((.....))))))))))))..]]]..(((...................[[[.)))((((((((....)))))))).]]]..(((((....((((((.......))))))..((((((((....))))))))[[[..........)))))..]]]..(((.......[[[[[[)))...(((((...)))))...]]]]]].(((.[[[[[[(((..((((((((....))))))))...))).....)))(((.(((((................))))))))......]]]]]].. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((..((((....)))).))))..)))))..((((..((((((((.(((((.((.......))..............(((.((((((((....)))))))).))).))))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))..((((((..((((((..((.......))..)).))))..)))))).(((((...)))))...)))))))).(((..((.((..(((((((((....)))))).))))).))..)))(((((.(((((.((.((....)).)).)))))))).)).))))...... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((................((((((.....))))))((((...(((............................(((.((((((((....)))))))).)))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))...))))............(((......(((((..((...(((((...)))))..))))))).[[[[[))).......((((((((....)))))))).........]]]]](((.(((((.((.((....)).)).))))))))....)))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((((((((............))))))))..)).)......(((((.......)))))...((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((..((..(((((((.....(((((...))))).).))))))..))..))).....(.((((((((....))))))))).................(((((....((....)...).)))))................. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.(((.............((((((...)))))).((((....))))...........................(((((((((((....)))))))))))...(((((.....(((((.(...).))))).((((((((((....)))))))).))..........))))))))....((((..((..((((((.....((((((...)))))..)))))))..))..))))....(.((((((((....)))))))))...........(((((.(((((.(..((....))..).))))))))))..)))))))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((..((((....)))).))))..))))...((((..((((((((.(((....((......))............(((((.((((((((....)))))))).)))...))......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))...(((......(.......).......))).........(((((...)))))...)))))))).(((..((.....(((((((((....)))))).)))...))..)))..(((.(((((.((.((....)).)).))))))))....))))...... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((.(((((...(((((((....(((((..[[[[[[[[..(((((((.....((((.............(((((((((((((....))))))))......)))))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))..((((....................))))....)))))))....))))).....]]]]]]]].(((((...)))))((((((((....))))))))..........))))))).)))))..))))......................)))))..... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((........(((((........((((((((((.....))))))((((....)))).(((....((((...........((((((.((((((((....)))))))).)))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))..))).)))))))))..((((......((((((......(((((...)))))...))))))......))))......((((((((....))))))))............)).)).(((((.((.((....)).)).)))))................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..............)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((.....(((((.....)))))..))))))..))..)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...................................((.(....).)..).) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((((............))))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((.....((((((...))))))..))))))..))..))))....(.((((((((....))))))))).............................................(........)....) |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..............)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.....(((((.....)))))..))))))...)..)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)...................................((.(....).)..).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((((............))))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((.....((((((...))))))..))))))..))..)))).(..(.((((((((....)))))))))..)..........................................(........)....) |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((((((((((............))))))))..)).))....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((......((((((......(((((...)))))...))))))......)))).(..(.((((((((....)))))))))..)..........................................(........)....) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((..((((....)))).))))..)))))..((((..((((((((..(((((((.((..((((...........((((((.((((((((....)))))))).)))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))..((((((..((.......))..)).)))).)).))))))).(((.....)))..)))))))).(((..((.((...((((((((....))))))))..)).))..)))..(((.(((((.((.((....)).)).))))))))....))))...... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((..((((....)))).))))..)))))..((((...........(((.........................((((((.((((((((....)))))))).)))...))).....((((((.(....))))))).(((((((((....)))))))).)..)))......(((...[[[[...[[[..)).)((((........(((((...))))).....))))...(((]]].]]]].(((((((((....)))))).))).......)))(((((.(((((................)))))))).)).))))...... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((..((((....)))).))))..)))))..((((....((((....)))).....(((((...............(((((((((((((....))))))))......)))))....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........(((((...(((((...((((......((((((......(((((...)))))...))))))......))))......((((((((....))))))))..................)))))...)))))...)))))............))))...... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))........................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....)))...............................................................(((...((....))...)))............................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((....(((.............((((((((................))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).....)))...))))))))))))..(((.......((((((......((((.....))))...)))))).(((.......((.(.((((((((....))))))))).)).......))))))...................................))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((..((((....)))).))))..)))))..((((..((((((((..(((((.((....(((..(.((.........(((.((((((((....)))))))).)))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))..)).)..)))...))...)))))..........(((((...)))))...)))))))).(((..((.((.(.((((((((....))))))))).)).))..)))..(((.(((((.((.((....)).)).))))))))....))))...... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((...(((((...((((.((..((((((.....)))))).((.((..((....))...)).))............))))))((((((((....)))))))).((...((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))...)))))))..((((......((((((......(((((...)))))...)))))).)))).))))........((((((....)))))))))).(((......(((((.(((((.((.((....)).)).)))))))).))......))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..(((((...((((.((.(((((((.....)))))))((.((..((....))...)).))............))))))((((((((....)))))))).((...((((.....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))......))))...))))))).(((((......((((((......(((((...)))))...))))))((((((..((.((.(.((((((((....))))))))).)).))..)))..(((.(((((.((.((....)).)).))))))))....)))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.((((((.....(((((((((((((((((...)))))))))....(((((..(((...((..(((..........(((((((((((((......)))))))))))..)))))...(((((((((..)).)))))))..((((((((.(((((((.((((((...)).((((...(((.((..)))).)...))))))))....).))))))))).))))))).)))))))))..)))))))((((((((((..))))))))))...(((....)))(((.(((((.(.............)))))))))..).)))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................(.......)............................................(..(....)).......................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................(((.(.(.(..........).....).)(...).....................((...)).....................(...................)...........................(....)..........((...((((((((....))))))))..)).....)))...................................((.......))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((..((((....)))).))))..))))).....((.(((((..(..((((........((((..............(((.((((((((....)))))))).)))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...........((((...(((..((..(((((.......((((.....))))....)))))..))..))).))))...(((((((....)))))))....)))).......(((.(((((.((.((....)).)).)))))))).)..)))))))... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((....))...(((.((((((.....)))))).(((....)))..(((....((((...........((((((.((((((((....)))))))).)))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...))).))).((((..((((......((((((......(((((...)))))...))))))......))))))))..((((((((....))))))))..............(((.(((((.((.((....)).)).))))))))....)))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((..((((....)))).))))..)))))..((((....((((...(((.(((.....................((((((.((((((((....)))))))).)))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))))))...)))).(((.(((((..(((..((..((((((......(((((...)))))...))))))..))..)))))))).(((((((((....)))))).)))...)))......(((.(((((.((.((....)).)).))))))))....))))...... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((....)))).))).((((((.....)))))).(((....)))..(((....((((.............(((((((((((((....))))))))......)))))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))..((((((..((.......))..)).))))...((((..((((.....)))).)))).))).(((....((((....((((((((....))))))))...(((((.......)).))).)))).((((...................)))).)))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...((((..((((....)))).....((((((.....)))))).(((....)))...))))..((((.............(((((((((((((....))))))))......)))))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))..((((((..((..<<<<.))..)).))))....>>>>.(((({{{{{))))...(((...}}}}}.)))(((......[[[[[[))).]]]]]].))).(((((.......)).)))......((((...................))))....... |
