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GAGGAAAGUCCGGGCUCCUUCGGACAGGGCGCCAGGUAACCCCUGGAGGGCGCGAGCCCAUGGAAAGUGCCACAGAAAACAAACCGCCAGGCCGCAAGGCCCGGUAAGGGUGAAAAGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCGGCUGGUAACAGUUCGCGGCACGGUAAACCCCGCCCGGAGCAAGACCAAAUAGGGGAGUGCGUGGCCUCACCGCCACACCGCCGGUUCCGAGCGGACUCCCGGGUAGGUUGCUGGAGGCGGCCGGUAACGGCCGUCCUAGAUGAAUGAUUGUCCUCGACAGAACCCGGCUUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.[[[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((....))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((..(((((......))))).((((..]].]]]])))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................((((((((((....))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((....................................))))))...............((((((((....))))))))..................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.............((((((((((.....))))).((((....))))..........................((((((((....))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))...((..((((......((((((....................................)))))).....))))))....((((((((....))))))))............................)))...... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.((...((((((((((((((((.....))))).((((....)))).......(((((............(((((.((((....)))).)))..)).......((((((.......))))))..(((((((....)))).)))))))).........))))).........((......((((((..(((((......))))).((((.........)))))))))).....))...((((.((((((((....)))))))))))).........)))))..)...)).)))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((...(((((............(((((.((((....)))).)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((...(((((......))))).((((.........)))).))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..(((((((((((((((((.....))))).((((....)))).......(((((............(((((.((((....)))).)))..)).......((((((.......))))))..(((((((....)))).)))))))).........)))))....(..((((......((((((..(((((......))))).((((((....)).)))))))))).....)))))((((.((((((((....)))))))))))).........)))))..))..)).)))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((.((........)).)))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))).................(((((......................................)))))...............((((((((....))))))))..................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)......................(((((.((((....)))).)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).............)))))))(((..((((......((((((....................................)))))).....)))))))...((((((((....))))))))...........................)))))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((...)))(((((..[[[......)))))..((((....)))).]]]...(((((..............(((.((((....)))).)))..[[[[.....((((((.......))))))(((.(((((....))))))))))))).....]]]].)))))))(((...........[[[[[)))(((((......))))).((((.........)))).]]]]]((((......((((.((((((((....))))))))))))........(((((...))))).))))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..(((((((((((((((((.....))))).((((....)))).......(((((............(((((.((((....)))).)))..)).......((((((.......))))))(((.(((((....))))))))))))).........))))).........((......((((((..(((((......))))).((((((....)).)))))))))).....))...((((.((((((((....)))))))))))).........)))))..))..)).)))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...))))))).(((....)))..........(((...........(((((((((........))))))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))..)..))).......)))))))))...(((...(..((((((...................(((.((....)))))..))))))..)..))).....(.((((((((....))))))))).................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((....(((.....(((((((...)))))))((((....)))).........)))...............((((((......))))))...(((((....((((((.(...).))))))..(((((((....)))).))).....((....)).))))))))))..((((.(.(..((((((...................(((.((....)))))..))))))..)).)))).......(((((((....)))))))...............(..(..).).....)........ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..(((...(((((.(((((.....))))).((((....))))..((......))...........((((((.((((....)))).)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))........((((..((((((.(((...((......))...)))(((((......))))).((((((....)).))))....)))))).)))).((((.((((((((....))))))))))))..........))))))))..)).)))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...[[[[[[[)))))(((((..(((((((((.....)))))..(((((.............))))).............)))).((((((...((((.....)))).....((((((.......))))))..)))))).......)))))..((((......((((]]]]]]].............)))).))))(((((......))))).(((((((..))).))))....((((((......((((.((((((((....))))))))))))........(((((...))))).))))))..... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((....((((...........((((((.((((....)))).)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....))))..)).)))))))))...((((......((((((.(((......(((((......)).))).....))).)))))).....))))......((((((((....))))))))........(((((((((...)))))........)))) |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((((....))))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....)))..))))))))))))))..((((..((..((((((....................(((((.....))))).))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))..................(.......)...... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((((....))))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....)))..))))))))))))))..((((..((..((((((....................(((((.....))))).))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))..................(.......)...... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((((((((((....))))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......)))))))))))))(..((((......((((((....................((((.......)))).)))))).....)))))((.(.((((((((....))))))))).))..................(.......)...... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((....[[[[[.))))).(((((((((((((((.....))))).((((....)))).......(((((...........((((((.((((....)))).)))...))).....((((((.......))))))..(((((((....)))).)))))))).........))))).......((((..((..((((((..(((((......))))).((((((....)).))))))))))..)).)))).((((.((((((((....)))))))))))).........))))).........]]]]]..... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.....(((...(((((((((((.....))))).((((....)))).(((......)))..........((((((.((((....)))).)))...))).....((((((.(....))))))).((((((((....)))).))))......(.((((..((((((((((................)))(((((......))))).((((((....)).))))..).)))))).)))))((((.((((((((....)))))))))))).........))))))))).....)))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....)))))))..(((((((((.....))))).((((....)))).........................)))).((((((...((((.....)))).....((((((.......))))))..))))))......(((((((....((((...((((....................)))).....(((((......)))))...)))).......))))))).((((((......((((.((((((((....))))))))))))........(((((...))))).))))))..... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))................................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....)))............................................................................(((...((....))...)))..................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))................................................((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))))))))))).............((((((....................................))))))...............((((((((....))))))))...........................)))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..(((((((((((((((((.....))))).((((....)))).......(((((...........((((((.((((....)))).)))...))).....((((((.......))))))..(((((((....))).))))))))).........))))).......((((..((..((((((..(((((......))))).((((((....)).))))))))))..)).)))).((((.((((((((....)))))))))))).........)))))..))..)).)))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..((((...((((.(((((.....))))).((((....))))..((...(((((...........((((((.((((....)))).)))...))).....((((((.......))))))(((.(((((....)))))))))))))((....))))))))(((.(((((((..((..((((((..(((((......))))).((((((....)).))))))))))..)).)))).((((.((((((((....))))))))))))........))))))))))..)).)))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.(((((..))))).(((((...((((((((..((((((((..((..)).)))))))))))(((..))).((((.(((((..))).)))))).)))))..).))))((((..)).))..(((((.((((((..))))))))))).(((((.(((((.((((((((........((..((((((((((((....))).).)))))).))..)).(......))))).))))))))))))))((((((((((..))))))))))........((.(........))).).)))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................................................................................................................................................(.....(.(....)).)................................................................((.......))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................((.(...........).)).(.(...).)....((.......(.(...).)..(.(.).)...........(.....................)...............))....((...............(...)....))......((...((((((((....))))))))..))................(.(.......)...).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................((((....))))..........................(((.((((....)))).)))...........((((((.......))))))..(((((((....)))).)))............................................(((((......))))).((((((....)).))))................((((.((((((((....))))))))))))................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....)))).(((......)))..........((((((.((((....)))).)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))....((....)).))))))))))..((((......((((((..(((((......))))).((((((....)).)))))))))).....)))).((((.((((((((....)))))))))))).........((((...))))....))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..(((...(((((.(((((.....))))).((((....)))).......(((((...........((((((.((((....)))).)))...))).....((((((.......))))))..(((((((....))).)))))))))....((((..((((((.(((...((......))...)))(((((......))))).((((((....)).))))....)))))).)))).((((.((((((((....))))))))))))..........))))))))..)).)))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((.........)))).(((((.....))))).((((....)))).))))..((((..............((((.((((....)))).......))))....((((((.......))))))..(((((((....))).)))).))))......((((....................)))).....(((((......))))).((((((....)).))))....((((((......((((.((((((((....))))))))))))........((((.....)))).))))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.....{{{..{{{{)))......}}}}.(((((.....))))).((((....))))..}}}..(((((.............((((.((((....)))).......))))....((((((.......))))))..(((((((....))).)))))))))......(((([[[[[[[[............)))).....(((((......))))).((((((....)).)))).]]].]]]]].(((..((((.((((((((....))))))))))))........((((.....)))).)))........ |
