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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00385



RNA: ASE_00385
Rfam family: RNaseP_bact_a

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((((...(((....((......((((((((..(((((((.....((((...((....))..))))..((..((.(((((....)))))....(((..(((((.((((....))))(((((((((((((....)))))))).)).)))..)))))...))).))...((((....(((((.(((.......((((......))))))).)))))..))))..))...)))))..))...))).)))))......))...)))..)))..)))))....
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............((((..........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((....)))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))).............(((.....................)....))...............((((((((....))))))))....................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((.((((((((................((((((...)))))).((((....)))).......................((.(((((....))))).))........((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).................(((..(((((((..................((((......))))....))))))))))...((((.(((....))).))))......................)))..)))))))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(.(((((...................(((((.....))))).((((....))))..........................(((((....)))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).....................((..((((((......................................))))))))....((((.(((....))).))))...........................))))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(((((((((..........((((.(((((.....))))).((((....)))).(((...((((...............(((((....)))))...........((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..))..)))))))))))))...(((((((.(((........)))...((((......))))....)))))))......((((.(((....))).))))...........................)))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.((((((((...(((.((((((...((((((...)))))).((((....))))....(....).............((.(((((....))))).))........((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))........))))))...(((..(((((((..(((....((((.((.....)).))))....))).))))))))))...((((.(((....))).)))).................)))..)))..)))))))).
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((......(..................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((........)))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))................(((.(..(.................).)).))...............((((((((....))))))))..............................).))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((....[[[[.........)))))((((((...)))))).((((....))))........]]]]..............(((((....)))))(((((......((((((.......))))))..((((((((....))))))))[[[.........)))))...]]]..(((((((.........[[[[.....((((......))))....)))))))......((((.(((....))).))))..]]]]..............................
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(((((.(((..(((.((((((...((((((...)))))).((((....)))).((((...(((..((........((.(((((....))))).))..........))..)))...))))(((((((((((((....)))))))).)).)))....))))))))).))).(((((((..(((....((((.(((...))).))))....))).))))))).((.((.(((.(((....))).))))).)).......................)))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.((((((((.......(((((....(((((.....))))).((((....))))..........................(((((....)))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))............)))))........(((((((..................((((......))))....)))))))......((((.(((....))).))))......................)))..)))))))).
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.........(((((((............(((((((((...)))))..(((......))).........(((...........(((((.((....)).))..)).).....((((((.......)))))).(.((.((((....)))).)))....)))............))))...(((.....(((...........(((........)))))....)..))).....(.((((((((....))))))))).........))))))).............))....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.((((((((...(((.((((((...((((((...)))))).((((....))))..(((...(((........)))....)))...(((.((....)).)))...((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).).........))))))))).((..(((((((..(((.............((((......))))))).)))))))))....((((.(((....))).)))).(((........))).......)))..)))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((.((((.[[[[[[[......((((((...)))))).((((....))))........))))..........((((((((((..))))).(((((......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....(((..))))))))...(((..(((((((.........]]]]]]]..((((......))))....))))))))))...((((............))))............)))))..........)))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((...)))..(((((..........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((....)))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(....(((.....(((((.....))))).)....))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..).
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.((((((((((((((((...((...(((((.....))))))).((((.((((((.(((...(((............((.(((((....))))).)).(((..(((((.((((....))))(((((((((((((....)))))))).)).)))..)))))...))).))).((..((((...))))..))......))).))))))....))))....)))))))).((((.(((....))).))))......................)))..)))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.((((((((...(((.((((((...((((((...)))))).((((....))))..(((...(((........)))....)))..((((..........))))..((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))........)))))))))(((..(((((((..(((....((((.....[[[[..))))]]]]))).)))))))))).(.((((.(((....))).)))))(((........))).......)))..)))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((...((((((((...(((((((((((...)))))).((((....)))).(((((....................(((((....)))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))......................))))).....((((......))))........))))))))....((((....................))))................)))))....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((...)))...(((................(((((.....))))).((((....))))..........................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....)))...........................................................(((...((....))...)))....................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.((((((((((((((((...((...(((((.....))))))).((((.((((((.(((...(((............((.(((((....))))).)).(((..(((((.((((....))))(((((((((((((....)))))))).)).)))..)))))...))).))).((..((((...))))..))......))).))))))....))))....)))))))).((((.(((....))).))))......................)))..)))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((......))(((((((((((((((...((...((((((...)))))))).((((.((((((.(((...(((............((.(((((....))))).)).(((..(((((.((((....))))(((((((((((((....)))))))).)).)))..)))))...))).))).((..((((...))))..))......))).))))))....))))....)))))))).((((.(((....))).))))......................)))..)))).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.((((((((((((((((...((...(((((.....))))))).((((.((((((.(((...(((............((.(((((....))))).)).(((..(((((.((((....))))(((((((((((((....)))))))).)).)))..)))))...))).)))(((..((((...))))..))).....))).))))))....))))....)))))))).((((.(((....))).))))......................)))..)))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.(((((((((......).))...(.((((((...)))))).((((....)))))((((((((.(.((........))((((((((..))))))))..((..))(((((((((..)).))))))).(((((((((..)))))))))...(((((...((((((((((((((.......................))))))).))).))).)....)))))))))))((((((((((..))))))))))(((........)))))).((..))).)))))))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................(.....)..................................................................((.......))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.((((((((................((((((...))))))....................................((.(((((....))))).)).(((..(((((.((((....))))(((((((((((((....)))))))).)).)))..)))))...))).............................................................((((.(((....))).))))......................)))..)))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((.((((((((...(((((((......(((((.....))))).((((....))))...((...(((............((..((((....))))..)).(((..(((((.((((....))))(((((((((((((....)))))))).)).)))..)))))...))).)))....))...........)))))))..((((......))))............((.((.(((.(((....))).))))).))..................)))..)))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((.................)))).(((((.....))))).((((....)))).((((.....................(((((....)))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))...(((.....)))))))................(((.............((((......)))).....(((...........))).(((..((.....)))))...........)))...................
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...((((..[[[[[..........)))).(((((.....))))).((((....)))).((((.....................(((((....)))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))...(((.....)))))))]]]]].....(((.....)))...))))..((((((.....(((((...........)).))).(((............)))..............................)))))).