RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00386

RNA: ASE_00386
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GAGGAAAGUCCGGGCUCCAUAGGGUGAGGUGCCAGGUAACGCCUGGGGGGCGCGAGCCCACGGAAAGUGCAACAGAGAGCAGACCGCCGAUGUCGGCUAUUCGCCGGCAGGUAAGGGUGAAACGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGUCGGUGGCAACAUGCGACGGCUAGGUAAACCCCGCCUGGAGCAAGACCAAAUAGGGAAGUACGCGAACCCAUGGUUUGCGCCUGCGGCCCGCAGGAACUUCCGGGUAUGUCGCUGGAGAUGAGCGGUGACGCGCAUCCUACAUGGAUGGUUGCCCACGACAGAACCCGGCUUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((..(((((((.....))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((.((((((((...))))))))(((((.]]]]))))).)))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((.(((((.(((((..(((((.(((((.(((...(((..((((((....))))..((....(((........)))..))(((..(((((((.....))))))))))..((((....(((((((.......)))))))((((((((....))).))))).........))))..))..).))...)))......((((((.((((((((...))))))))((((((...)))))).)))))).))))).)))))((.((((.(((....))).))))))..)))))..((((....))))....)))))))))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................(((((.....))))).((((....)))).......................((((((.....((((.....))))...)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))..........................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.(((((((((((..(((((.(((..(((((...)))))...)))...((....(((........(((..((((((((((((((.....))))))).............(((((((.......)))))))..))))))).....))).....((((((.......)))))).)))...))......((((((.((((((((...))))))))((((((...)))))).)))))).)))))(((((((........)))))))...)))))))..))))..((((....))))....)))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((..((((((.......)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((....................................))))))...............((((((((....))))))))....................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((........((((.(((((.....))))).((((....))))..........................(((..((((((.......)))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))).)))))..............)))))))))............((((((....................................))))))...............((((((((....))))))))....................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((...((((.(((.((((((...)))))).((((....)))).........((........))...(((((..(((((((.....))))))))))..))......(((((((.......)))))))((((((((....))).))))).........))).))))))))))..............((((.((((((((...))))))))((((((...)))))).))))((((((.(((((.(((.((((.(((....))).))))(.....).........))))))))..))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((........(((......((((((...)))))).((((....)))).........((...............(((...(...............).)))...........((((((.......)))))).((((.(((....)))..))))))..................(((..(((.......((((((.....................((((.....))))..))))))......))))))...((((.(((....))).))))..............)))..........)))))))).
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.............(((((..(((((((.....))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((...........))))).)...))..))))))))))))).............((((((.(((((((.....)))))))(((((.....))))).))))))(((((...............(((....))).(((((.....)))))..))))).........)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((...((((((...((((.((((((((((...)))))).((((....)))).(.....)(((........)))..(((((..(((((((.....))))))))))..))......(((((((.......)))))))((((((((....))).)))))......)..))).))))))))))..))).........((((.((((((((...))))))))(((((((.))))))).))))((((((.(((((.(((.((((.(((....))).))))(.....).........))))))))..))))))....
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((..(((.............))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))).................((((((.....................(((.......)).).))))))...............((((((((....))))))))................................))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((......(((((((((.........((((((((((...)))))).((((....))))..........(.............(((((...((..(.......)...)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).....).......)))).)))).....(.......(................((((......((((.....))))..)))).)......)........((((((((....))))))))...........................)))))))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((.......(((.[[[[))).......]]]]...((((....)))).(((....(((........))).[[[.))).(((((((.....)))))))]]]..((((....(((((((.......)))))))((((((((....))).))))).........)))).)))))))..............((((((.((((((((...))))))))((((((...)))))).))))))((((.(((((.(((......(((....))).(((((.....))))).....))))))))..))))......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((........)))...((((((...)))))).((((....)))).(((....(((........)))..)))((..(((((((.....))))))).....))......(((((((.......))))))).((((..((((((.(((..((((..((....))..))).)..)))..(((......((((((.((((((((...))))))))((((((...)))))).)))))).))).((((((((........))))))))..(((((.....)))))))))))..))))....)))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((....((((.((..(((((.....))))).((((....))))........(((........)))....(((..(((((((.....))))))))))..........(((((((.......)))))))((((((((....))).)))))..........)).)))).))))).............(((((.((((((((...))))))))((((((...)))))).)))))(((((.(((((.(((......(((....))).(((((.....))))).....))))))))..))))).....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........((((((.....................)))..)).).....((((((.......)))))).((((.(((....))).).)))....))).......)))))))))...(((...(..((((((....................((((((...)))))).))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))...................................
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))..(((((........((((.((((((...))))))..(((....)))..(((....((((...........(((((((..((.(((.....))).))))))...)))......(((((.(...).))))).(((((((((....)))).)))).)..))))...)))))))))))).....(......((((((....................((((((...))))).))))))).(((.........(.((((((((....))))))))).............((.(..)))...))).).....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.................((((((...)))))).((((....))))........(((........)))...(.....(((((((.....)))))))......)......(((((((.......))))))).((((..((((((.(((..((((..((....))..))).)..)))...........((((((.((((((((...))))))))((((((...)))))).)))))).....((((((((........))))))))..(((((.....)))))))))))..))))....)))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((((((...((((.((((((((((...)))))).((((....))))........(((........)))...))))..(((((((.....))))))).....((((....(((((((.......)))))))(((((...........))))).........))))))))))))))............((((((.((((((((...))))))))((((((...)))))).))))))(((((((((((((........))))))))..(((((.....)))))..)))))..........))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.....((((((.................((((((...)))))).((((....)))).......................((((((..(((((((.....))))))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....((......)).))))))..............((((((..(((((((...))))))).((((((...)))))).))))))(((((((((......((((.(((....))).)))).......))))..))))).((........)).))).
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((.(((((.............(((((.....)))))...............((....((((....................................................((((((.......)))))).((((.(((....)))..))))....))))...)).....)))))....((.....))..............................................))))............((((((((....))))))))........................(....)......
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...<<<<<<<))).(((((((..[[[((((((...)))))).(((((((((((..(((....jj(.......{{{...{{{{{{{{{(aaaaaaaaaa))))AA(((..gggg.....((((((ff.....)))))))AAAAAAAA}.....ddd(.hh}}}.hhh...hh(.>>>>>>>ii...)))..((.)IIbbbb.)HHH.HHH.)))))))))))))FF.HDDDGG.[(.BBBBcccccc.((((((((....eeee))))))))GG)))))))..}}}}}}}}JJ)]]]]......CCCCCCEEEE
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((..((((...........)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..((((.(.(..((((((....................(((((.....))))).))))))..)).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((..((((...........)))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((......((((((....................(((((.....))))).)))))).....)))).)..(.((((((((....))))))))).....................(.(....)).....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((..((((...........)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((....................(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((..((((...........)))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((......((((((....................(((((.....))))).)))))).....)))).)..(.((((((((....))))))))).....................(.(....)).....
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((.((..((((...........))))))...)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((......((((((....................(((((.....))))).)))))).....)))).)..(.((((((((....))))))))).....................(.(....).)....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....(((...(((((...(((((.((((((.(((..(((((...((((....)))).(((....(((........))).....))).(((((((.....))))))).....)))))...(((((((.......)))))))((((((((....))).)))))))).)))..))).))))))))))..))).......((((((.((((((((...))))))))((((((...)))))).))))))((((.(((((.(((......(((....))).(((((.....))))).....))))))))..))))..))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((.((...)))))...((((((...)))))).((((....))))........(((........))).((((((..(((((((.....))))))))))...)))....(((((((.(....)))))))).((((..((((((.(((..((((............))).)..)))..(((......((((((.((((((((...))))))))((((((...)))))).)))))).))).((((((((........))))))))..(((((.....)))))))))))..))))....)))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.(((((((((((.....((((((...)))))).((((....)))).........................(((((.(((((((.....))))))).............(((((((.......)))))))((((..((((.((((((.....((((((.......))))))...............((((((.((((((((...))))))))((((((...)))))).))))))..)))))).))))..))))..))))).....)))))))..))))..((((....))))....)))))....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).......................................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....)))............................................................................(((...((....))...)))....................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.......(((..(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((....((((............(((((..(((((.........))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....))))...))))))))))))............((((((....................................)))))))))............((((((((....)))))))).........)..............(....)......
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....(((...((((((...((((.((((((.(((..(((((...((((....)))).(((....(((........))).....))).(((((((.....))))))).....)))))...(((((((.......)))))))((((((((....))).)))))))).)))..))).))))))))))..))).......((((((.((((((((...))))))))((((((...)))))).))))))((((.(((((.(((......(((....))).(((((.....))))).....))))))))..))))..))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.(((.(((.((((((...((((.((((((.(((..(((((...((((....)))).(((....(((........))).....))).(((((((.....))))))).....)))))...(((((((.......)))))))((((((((....))).)))))))).)))..))).))))))))))...........(((...........))).))))))...((((((...))))))..))).(((((.(((((.(((......(((....))).(((((.....))))).....))))))))..))))).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))..(((((...(((((.((((((.(((..(((((.((((((....))))........(((........)))..))(((..(((((((.....))))))))))..)))))...(((((((.......)))))))((((((((....))).)))))))).)))..))).))))))))))(((.((......((((((.((((((((...))))))))((((((...)))))).))))))((((.(((((.(((.(((..(((....))).(((((.....))))))))..))))))))..))))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((((((((((((((((((((((.((((((...(((((((..((..)).))))))).))).))).((((((((..((((((.(....))))))))))..)))))..((((((((((..)).))))))).(((.((........)))))(((......).)))))))))))...((((((....(((((.......))))).))))))..)))).).))))))))))(((...)))..(((((.(((((((((((....)..)))))))..((........)).)))))))).).)))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................(.(((.....))))....(..........(.......)......(......).......)........(...).......((.......))..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................(((..........)).(.(....).)......................(....)..(.....(...........((....))........................)....)..(........................)................(.....(..(((....)))..)....)......)..........................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((....((((.((((((..(...((((....((((....))))........(((........))).........(((((((.....)))))))......))))...(((((((.......)))))))((((((((....))).))))).)..)))..))).)))).)))))............((((((.((((((((...))))))))((((((...)))))).))))))((((.(((((.(((......(((....))).(((((.....))))).....))))))))..))))......
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...(((((.(((.((((((...)))))).((((....))))........(((........))).((((((..(((((((.....))))))))))...)))....(((((((.......)))))))((((((((....))).))))).........))).))))))))))..(((.......((((((.((((((((...))))))))((((((...)))))).))))))......)))..(((.((((.(((....))).))))))).........................))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....(((...((((((...((((.(((.(((((.....))))).((((....))))............((....(((..((((((..(((((((.....))))))))))...)))....(((((((.......)))))))((((((((....))).))))))))..))..))).))))))))))..))).......((((((.((((((((...))))))))((((((...)))))).))))))((((.(((((.(((......(((....))).(((((.....))))).....))))))))..))))..))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).)))).............(((.....((((....))))..((((((..........))))))..((((((.......)))))).(((((...........))))).((((((.......))))))...............((((((..((((((.....)))))).(((((.....))))).))))))((((..(((((((........)))))))....((((.....)))).((((....))))...)))).)))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))............((((..(((((((....))))..((((((..........)))))).(((((((.......)))))))[[[[)))(((.......]]]]))).(((.......)))..................((((((..((((((.....)))))).(((((.....))))).))))))((((..(((((((........)))))))....((((.....)))).((((....))))...)))).)))).

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