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GAGGAAAGUCCGGGCUCCAUAGGACAAGGGCGCCAGGUAACGCCUGGGGGGCGCAAGCCCACGGAAAGUGCCGCAGAAAGCAAACCGCCUAAGCCGCCAUCGCUUGCGAUGGCGGACGGUAAGGGUGAAAGGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCAUCUGGCAACAGAUGUGGCAGGGUAAACCCCGCCCGGAGCAAGGCCAAAUAGGAAUCCUUCUGGUGUGGUCCGCAUCGGAUUCGGGUAGGCUGCUCGAGGCGUCCGGCGACGGGCGCCCUAGAUGAAUGACUGUCAGACUUAGAAGACGCUCGCGUUUUUGCGGUCAACAGAACCCGGCCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.(((((((.(((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((....(((((((((....)))))))))..)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((....(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((((((((((....))))))))))))))......))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((.....(((((.(((..............(((((.....))))).((((....))))..)))..((((((((((((((.....(((....(((((((((....)))))))))..)))..(((((....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....(((....)))))))).((((....((.....))....((((((((.(((((..((((....((((((.....))))))((((((((....))))))))...))))...)))...)).)).))))))..)))))).))))))))))..))....)))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((((...)))))).((((....))))........................(((((..........((((........))))..)))...))......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....(((((...(((......((((((((.(((..(((((...)))))...)))..((((...(((........)))...(((((...(((((((((....))))))))).......(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).(((((..(((.....(((.....(((((((((...)))))))))))).....)))))))).)))))))))......))))))))......))).(((...((((..(((((((....)))))))..))))..)))..)))))))) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((....((((..............))))..)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((...................))))))...............((((((((....))))))))............................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((..........((((((((((.....))))).((((....)))).........(((..............(((....((((..............))))..)))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))......))))).))....((((......((((((...................)))))).....))))......((((((((....))))))))............................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((..................((((((...)))))).((((....)))).........((((((...........(((....(((((((((....)))))))))..)))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))(((.(((....))).)))..((((..((((......((((((....(((((.....))))))))))).....))))))))..((((((((....)))))))).........................((((((....))))))))))))........))))).). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((((...)))))).((((....))))..........................(((............................)))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))...................((((..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))............................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.(.(((((((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((....(((((((((....)))))))))..)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((....(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..................((((..(((((((....)))))))..)))).......)))))).) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.((...............((((((...)))))).((((....)))).(.....).((((((.........(((((...((((((((((....))))))))).))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....)))))))(((.(((....))).)))..((((..((((......((((((....(((((((.))))))))))))).....))))))))..((((((((....)))))))).........................((((((....)))))))))))).....)).))))).)) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((......(................)....)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................(((((.....................)))))...............((((((((....))))))))..................................(.......)...............).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.............(((.........(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((...........(........).......)))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))))))))))((..((((......((((((......(((.....)))..)))))).....))))))..(.((((((((....)))))))).)................((((....))..)).........................)).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[....)))...]]]]..(((((((((((...)))))).((((....))))........[[[[[............)))))...(((((((((....))))))))).]]]]].(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).(((((..(((......((((((....((((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....)))))))).....(((.[[[[[[)))......(((((((....))))))).]]]]]].............. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((.........(((((((((((...)))))).((((....)))).(((......)))............(((((...(((((((((....))))))))).......)))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))))))))))))).(((((....(((...))).((((((((...))))))))...((((((...)))))).((((((((....))))))))............((((..((((..(((((((....)))))))..)))).)))).....))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((..................(((((.....))))).((((....))))..........(((((...........(((....(((((((((....)))))))))..)))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))...................((((...(((......((((((....(((((.....))))))))))).....))).))))..((((((((....)))))))).............[[...[[.....((((((....)))))))))))]]..]]...)))))... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...........(((((.........(((((((((((...))))))).((......))..........(((...........(((((((.........((((......)).))..))))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((..((..((((((....((((((...))))))))))))..)).))).....(..(((((((....))))))).).................((((.......))).).......................)).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))...((((..........(((.((((((...)))))).((((....)))).........)))............((((((...(((((............))))).))))..))......(((((((.(...).)))))))((((((((....))))))))..................))))....(((((.(..((((((....((((((...))))))))))))..)))))).....(.((((((((....)))))))).)...........((((.(((..(....)).))))))....................)).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((...)))...(((((((((((...)))))).((((....)))).(((......)))............((((....(((((((((....)))))))))........))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).((((..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))............((((..((((..(((((((....)))))))..)))).))))..)))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((...)))...(((((((((((...)))))).((((....)))).(((......)))............)))))...((((((((((..)))))))))).......((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))).)))))))...(((((....(((...)))(((((((((...))))))))).(((((((...)))))))((((((((....)))))))).........(((((((........((((((((..))))))))))))))).........))))) |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....(((.(((((.........((((((((((.....))))).((((....))))..((.....(((.............(((((...(((((((((....))))))))).......)))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))...)).))))))))))..((((........((((.(((((((((...)))))))))...)))).)))).....(((((((((....)))))).)))................((((..(((((((....)))))))..)))).........)))))) |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((............((((..............(((((.....)))))..(((....)))...((.....(((............(((((............................)))..)).......((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....)))....)).....))))...((((......(((.........................))).....))))......((((((((....))))))))............................................(.....)......)).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((....((..................))..)))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....)))).)..(.((((((((....))))))))).................................................(.(....)).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((....((..................))..)))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....((((((....(((((.....)))))))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).......................................((.(....).)..) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((....((..................))..)))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)........................................(.(....).)... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((....((..................))..)))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..((((......((((((....(((((.....))))))))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..)..............................................(.(....).)... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[....)))...]]]]..((((.(((((.....))))).((((....)))).(((....(((((((((((((..((((......(((((((((....))))))))).))))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).((((....((.....))....((((((((.(((((..((((....((((((.....))))))((((((((....))))))))...))))...)))...)).))).)))))..)))))).))))))))).)).......))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((...)))...(((((((((((...)))))).((((....)))).(((......)))............(((((...(((((((((....))))))))).......)))))....((((((.(....))))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).(((((..(((......((((((....((((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))............((((..((((..(((((((....)))))))..)))).))))..)))))... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((((.........(((((((((((...)))))).((((....)))).........................(((((...(((((((((....))))))))).......)))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))))..(((((..(((((....)))))...)))))....))))))).....((((((.....((((((((....))))))))............((((..((((..(((((((....)))))))..)))).))))....)))))) |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((...............(((((.....))))).((((....))))..............................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))...........................................................(((...((....))...)))............................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.........((((((((((.....))))).((((....))))..((.....(((............(((((....((..................))..)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))....)))))))))))...((((......((((((...................)))))).....))))......((((((((....)))))))).......................................................)))))))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.(((..............(((((.....))))).((((....))))..)))..((((((((((((((..((((......(((((((((....))))))))).))))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).((((....((.....))....((((((((.(((((..((((....((((((.....))))))((((((((....))))))))...))))...)))...)).)).))))))..)))))).))))))))))..))....))))).)) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((..........))))..(((((((((((...)))))).((((....)))).(((....(((........)))..))).(((((.((((((((....))))))))((((((..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).(((((..(((..((..((((((....((((((...))))))))))))..)).))))))))..((((((((....))))))))...........))))))...)))))....)))))...))))).(((((....))..))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..(((((...((.....(((.(((((.....))))).((((....)))).........)))((.....))...))(((....(((((((((....)))))))))..)))..(((((....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).).(((....))))))))))))).(((((......((((((....((((((...))))))))))))((((...(((((.(.((((((((....))))))))).)).....(((((((........(((((((....)))))))))))))).))).))))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.((((((..(((.((((.(...((((((...((.((.(((((((((((..((..)).((..(((....).).)..))((((((((((((((((((..)))))))(..))))))))))))....((((((((..)).))))))((((((((((..))))))))).).)))).).)))).)).)))).(((((........)..)))))))))).))))).......((........))(...((.(((((((......))))).)).))...)))).(((.(.((((((((((((((..)))))))))))))).))))).)))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................................................................................................................................................((((......................................................................................(.............)....)).)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................(.(((.(.((...........)...........(((....)).)..(........)..........(..(...................)....).................................................((...((((((((....))))))))..)).....).).))).)((((......................))))............... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((((...)))))).((((....)))).................................(((((((((....))))))))).......((((.....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....(((....))).))))................................................((((...........((((((((....))))))))............(((...((((..(((((((....)))))))..))))..))).))))..... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((.........(((((((((((...)))))).((((....)))).(((......)))..........((((((....(((((((((....)))))))))..)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))))))))..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..................((((..(((((((....)))))))..))))............... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.(((..............(((((.....))))).((((....))))..)))..((((((((((((((.....(((....(((((((((....)))))))))..)))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).((((....((.....))....((((((((.(((((..((((....((((((.....))))))((((((((....))))))))...))))...)))...)).)).))))))..)))))).))))))))))..))....))))).)) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((..........)))).(((((.....))))).((((....)))).))))..................((((......(((((((((....))))))))).))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...((((.......)))).......(((((..(((((....)))))...)))))..((((.....(((((.....))))).((((((((....))))))))...)))).......(((..........)))..(((((....)))))........))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........))))..((((.(((((.....))))).((((....)))).......................((((......(((((((((....))))))))).))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...((((.......)))).(((((.((((...(((((....))))).[[.))))..]]................)))))..((((((((....))))))))...(((........))).((((..(((((((....)))))))..))))......)))).)))) |
