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GAGGAAAGUCCGGGCUCCUUCGGACAGGGCGCCAGGUAACGCCUGGGGGGCGUGAGCCCAUGGAAAGUGCCACAGAAAAUAUACCGCCGGCUUGCCGGUAAGGGUGAAAAGGUGCGGUAAGAACGCACCGCGCGACUGGUAACAGUUCGCGGCACGGUAAACCCCGCCCGGAGCAAGACCAAAUAGGGGAGUGCGGGUUAAUAGCCCACCGUCGGUUCCGAACGGACUCCCGGGUAGGUUGCUAGAGGCAACUGGUGACAGUUGUCCCAGAUGAAUGGUUGUCGAUGACAGAACCCGGCUUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.[[[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((....)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((..(((((...))))).((((..]].]]]])))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((((.....))))).((((....))))..........................(((.((..)).)))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))..(((..((((......((((((................(((((......).)))))))))).....)))))))...((((((((....))))))))..................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...((((((......((((((...((((((((((...)))))).((((((.(((((.......(((((............(((((((....)))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))).))))))))).(((..((((....((.......)).....))))..)))))))).)).))))..))))...)))))))))))).((((((..((((((((......))))))))..(((((...(((((....)))))...))))).))))))))).. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.............((((((...)))))).((((....))))..........................(((((....)))))......................................................................)))))................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................((((((((..))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((.................................))))))...............((((((((....))))))))..................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................((((((..))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))))..((((......((((((.................................)))))).....))))......((((((((....))))))))..................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((......)))))).(((((((((((...)))))).((((....)))).......(((((............(((((((....)))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....)))).)))))))).........))))).........(.......((((((..((((.....))))..((...........)).))))))......)........((((((((....))))))))..................................... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((.............((((((...)))))).((((....)))).......(((((............(((((((....)))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))).)))))))))..............)))((..((((......((((((.................(((.........))).)))))).....))))))..(.((((((((....)))))))).).........................)))))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((...(((((............(((((((....)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((...(((.......))).((((.........)))).))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((....))))))).(((((((((((...)))))).((((....)))).......(((((...........((((((((....)))))..)).).....((((((.......))))))..(((((((....)))).)))))))).........)))))...((..((((......((((((..((((.....)))).((((((....)).)))))))))).....))))))..(.((((((((....)))))))).)............((.....))..........)... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................((.(......).))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))...............))))).................(((((....(((.....)))...............).)...).))...............((((((((....))))))))..................................).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))..........................((((((..))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).........))))))))))))))..((((......((((((.................(((.......)..)).)))))).....))))......((((((((....))))))))............................))))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..[[[[....)))))......]]]].((((((...)))))).((((....)))).......(((((..............(((((....)))))..[[[[[....((((((.......))))))(((.(((((....))))))))))))).........]]]]].......((((......((((((..((((.....)))).((((.........))))))))))[[[[.))))......((((((((....))))))))(((......)))(((((...))))).]]]]....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....(((((((....))))))).(((((((((((...)))))).((((....)))).(((......))).........(((((((((....)))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....((....)).)))))...(((...((......))...)))(((((...))))).((((((....)).)))).)))((((((...........((((((((....))))))))(((......)))(((((...))))).))))))..... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((............((((.((((((...)))))).((((....)))).......(((((..............(((((....)))))...........((((((.......))))))..(((((((....)))).))))))))..........)))).................(((((...((((.....))))..((...........))..)))))...............((((((((....))))))))...........................)))))..... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((((((..))))))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))....))).......)))))))))...(((..((..((((((................(((.((....)))))..))))))..)).))).....(.((((((((....))))))))).................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.....(((.....((((((...)))))).((((....))))........)))................((((....))))...(((((....((((((.(...).))))))(((((((((....)))).)))).)...........))))))))))...(((...(..((((((..........(.......((((....)).))).))))))..)..)))..((((.((((((((....)))))))).).)))............................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....))))))).(((((((((((...)))))).((((....))))..((......))..........(((((((((....)))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).............)))))...(((...((......))...)))(((((...))))).((((((....)).))))....(((((............((((((((....))))))))(((......))).((((...))))...)))))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.....((((((([[[[[[[[[...((((((((((...)))))).((((....))))........))))...........[[[[(((((..)))))............((((((.......)))))).((((((((....))).)))))..[[[[[...[[[[))))))).............]]]].....(((((...)))))]]]]]]]]]]]]]]].]]])))((((((...........((((((((....))))))))(((......)))(((((...))))).))))))..... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((.(((......))))).((((((...)))))).((((....))))......................(((((((((....)))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....((((.(((..((((((((.....((......((((.(((((............))).)).))))....)).)))).)))).)))))))...((((((((....))))))))...((((......))))............)))))).. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((...(((((.............(((((.....))))).....................((((...........((((((........)))...))).....((.(((.......))).))..(((.(((....)))..))).....))))..........)))))..)))..................................................((((((...........((((((((....)))))))).((......))...............))))))..... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((..))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((.................(((((.....))))).))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..).) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.(.........(((((((((..))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((.................(((((.....))))).))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))...................((..(...)))..) |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((..))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.................(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.(.........(((((((((..))))))...))))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((.................(((((.....))))).))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))...................((..(...)))..) |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((.((.((.........((.(((((..)))))....))))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..))...))))))))))))))..((((......((((((.................((((.......)))).)))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).))...................((..(...)))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..((((((.((((((((((.....))))).((((....)))).......(((((..........(((((((((....)))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))).)))))))).........)))))..(((((.(((......((((((..((((.....)))).((((((....))).))))))))).)))...)))))...((((((((....))))))))(((......)))..)))..)))..)).)))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....))))))).(((((((((((...)))))).((((....)))).(((...[[[))).........(((((((((....)))))...))))....((((((.(....))))))).((((((((....)))).)))).]]]{{{{.....)))))...(((.............<<<)))(((((...))))).((((((....)).)))).>>>..........}}}}...((((((((....))))))))(((......)))(((((...)))))............ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.(((((((....)))))))..((((((((((...)))))).((((...(((((.......(((((..........(((((((((....)))))...))))....((((((.......))))))....(((((....)))))...)))))......((((....................)))).....)))))....))))..))))..))))..........((((((...........((((((((....))))))))............(((((...))))).))))))..... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))..........................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....))).........................................................................(((...((....))...)))..................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((....((((...........(((((((((..))))))...))).....((.(((.......))).)).(((((.((....))..)))))....))))...))))))))))))............((((((.................................)))))))))............((((((((....))))))))........................(....)....... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..(((((((((((((((((.....))))).((((....)))).......(((((..........(((((((((....)))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....))).))))))))).........)))))..(((((.(((......((((((..((((.....)))).((((((....)).)))))))))).)))...))))).(.((((((((....)))))))).)...........))))..)))..)).)))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.....((((((((((...)))..(((..((((((...)))))).((((....)))).......(((((..........(((((((((....)))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....))).))))))))).......))))))))))(((...((......))...)))(((((...))))).((((((....)).)))).)).((((((..(((......((((((((....))))))))...(((((....)))))...)))...))))))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..(((((((((((.(((((.....))))).((((....))))..((...(((((..........(((((((((....)))))...))))....((((((.......))))))(((.(((((....)))))))))))))((....))))))))(((((((.(((......((((((..((((.....)))).((((((....))).))))))))).)))...)))))...((((((((....))))))))))...........))))..)))..)).)))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.((((((.(((((..)))))..(((((((((((((((((((.(((((((.(.(...))))).)))....(.(.((((((((((..)))))..(..((..))..)((((((..)).))))(((((.((((((..)))))))))))..))))).).)(((.(((((((.((((..(...((((..(........).).)))..))))))))))).))))))))))))))..)))))).(.(((((((((..))))))))))((..))..))))((.(....))).).)))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................(.(...).)..............................................(............)......((.......))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................(..........)...................................((...))..................(.((.............................)).)......(....)......(........(.).....)...................(.((......)))..............((.......))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..((..((.(((((((((((...)))))).((((....)))).......(((((..........(((((((((....)))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))).)))))))).........))))).................((((((..((((.....)))).((((((....))).)))))))))...............((((((((....))))))))..............))....))..)).)))))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))........(((...........(((((((((....)))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))))..........))))))))))..((((......((((((.((.........((.......)).......)).)))))).....))))......((((((((....))))))))(((......))).((((...))))....))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..((((((.((((((((((.....))))).((((....)))).......(((((..........(((((((((....)))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....))).))))))))).........)))))..((((..(((..((..((((((..((((.....)))).((((((....)).))))))))))..)).)))))))...((((((((....))))))))(((......)))..)))..)))..)).)))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....)))))))..(((((((((.....))))).((((....))))........))))..........(((((((((....)))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))..........((((....................)))).....((((.....)))).((((((....)).))))....((((((....(((.....))).(((....))).((((...(((((....)))))...))))..))))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....)))))))..(((((((((.....))))).((((....))))........))))..........(((((((((....)))))..[[[[.....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....))))...(((]]]]................)))(((...((((.....)))).((((((....)).)))).))).(((((....(((.....))).(((....))).((((...(((((....)))))...))))..)))))...... |
