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GAGGAAAGUCCGGGCUCCAUGGGCAGGGCGCCAGGUAACGCCUGGGGGGCGCGAGCCUACGGAGAGUGCCACAGAAAAUAUACCGCCGGGUCCGCCCGGUAAGGGUGAAAUGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCAGGUGGUAACACGCUGCGGCAGGGUAAACCCCGCCUGGAGCAAGACCGAAUAGGGGAGUGUCAAGUGUGCCCGCACGAGCUCCCGGGUAGGUCGCUAGAGGUCGUUCGGUGACGGCGAUCCCAGAUGAAUGACUGUCCUCGACAGUUCCCGGCUUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.[[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.]]]]]))))))))))).....))))......(((((.(((....))))))))...........................))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((((.....))))).((((....)))).......................(((((((((....))))))...))).....((((((.......))))))..(((((((....))).))))............................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.......((((((((((.....))))).((((....))))........................((((((((....))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((...................))))))...............((((((.((....))))))))..................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................((((((((((.....))))).((((....)))).........................(((((((....))))))..)........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))...((..((((.(....((((((.....((((....))))..))))))...).))))))....((((((.((....))))))))..................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.......((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((...(..(((......)))..)))))).....))))......((((((.((....))))))))..........((((((.....)))))))))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((.(((((...(((((((((...))))))....)))..))))).)))).................(((((((((....))))))..)).)....(((((((.......)))))))((((((((....))).)))))((.(((....))).))....(((..((((..((..((((((.((..((((....))))))))))))..)).))))))).(.((((((.((....)))))))).)........(((((((...))))))))))))))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((..........)))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))).................(((((.....................)))))...............((((((.((....))))))))................................))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.......(((((((((((...)))))).((((....))))........................((((((((....))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))))))(..((((......((((((......((......))...)))))).....))))).....(((((.(((....))))))))..............(((...)))....)))))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((..[[[[.)))))......((((((...)))))).((((....))))..]]]]................((((((((((.[[[))))))...))))........]]].....(((.[[[[)))...]]]].....(((..(((.(((....))).)))...)))..(((.......[[[[[[)))..((((....))))..]]]]]](((..(((((((.....[[[[[.......)))))))...]]]]]..(((((((...))))))))))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..((((.((...(((((.....))))).(((([[..)))).......]].................((((((....))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...........)).)))))))))..((((......((((((.....((((....))))..)))))).....))))......((((((.((....))))))))..........(((((((...))))))).))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.......(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........((((((...(...)..)))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....))))).)))....))).......))))))))....(((..((..((((((....(((((....))))).))))))..)).))).....(.(((((.(((....))))))))).................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.......((((.((((((...))))))..(((....)))..(((....((((...........((((((((..(.).)))))...)))......(((((.(...).)))))..((((((((....)))).))))....))))...))))))))))))...(((..((..((((((.....((((....))))..))))))..)).))).....(.(((((.(((....)))))))).)...............(..)................ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.(((((...(((((((((...))))....)))))..))))).))))..(((..(((......((((((((((....))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))((.(((....))).)))))..))).((((......((((((.....((((....))))..)))))).....))))......((((((.((....))))))))..........(((((((...))))))))))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.......((((((((((...))))))..(((((.............)))))..........(((((((((((..)))))))...))))...(((((((.......)))))))((((((((....))).)))))...((((..))))))))))))))...((((((...((((((......(((((..))))).)))))).....[[[[[[[....[[[.))))))]]]]]]]]]]..........(((((((...))))))).))))..... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.......(((((((((((...)))))).((((....))))..((....((((...........(((((((((....))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....))))..)).))))))))))..((((......((((((.....((((....))))..)))))).....))))......((((((.((....))))))))..........(((((((...))))))).))))))).. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((.((((............((((((...)))))).((((....)))).........(((...........(((((((((....))))))...)))........(((.......)))....((((.(((....)))..))))....)))...........))))...(((((.....((((.......................))))...).))))......((((.((((....))))))))............................))))))).. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((.......((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((....))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..((((..(...((((((....(((((....))))).))))))...).)))))...(.((((((.((....))))))))).....................(.(....))...... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((.......((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((....))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....((((((....(((((....))))).))))))...).)))).(..(.((((((.((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((.......(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((....))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..((((..(...((((((....(((((....))))).))))))...).)))))...(.((((((.((....))))))))).....................(.(....))...... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.(((((...(((((((((...))))....)))))..))))).))))..(((..(((......((((((((((....))))))...))))...(((((((.(....))))))))((((((((....))).)))))...(((....)))...)))..))).((((......((((((.((..((((....)))))))))))).....))))......((((((.((....))))))))..........(((((((...))))))))))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((((.(((((...(((((...............)))))..))))).))))..((((..........(((((((.....(((((.....))))).....(((((((........))))))).))))))).........))))........)))).((((.....((((......((((((.....((((....))))..)))))).....)))).......((((((....))))))....))))......)))).)))))................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((.............(((((.....))))).((((....))))............................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....)))...........................................................(((....((....))...)))..................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.......((((((((((.....))))).((((....))))............................................((((........(((.......)))....((((((((....))).))))).........)))))))))))))...((((.................((((....)))).....(...)...))))......((((((.((....))))))))...........................)))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.(((((.(.((.(((((.....)))))...)).)..))))).))))..((((((........((((((((((....))))))...)))).....(((((((........)))))))..))))))....(((.((((.(((....))).))).).)))..((((..((..((((((.....((((....))))..))))))..)).))))....(.((((((.((....)))))))).)........(((((((...))))))))))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((...(((((((((((((.....))))(..(((....)))..).....)))))..........(((((((.....(((((.....))))).....(((((((........))))))).))))))).....))))(((.(((....))).)))))))))..((((..((..((((((.....((((....))))..))))))..)).)))).((.(.(((((.(((....))))))))).))......(((((((...))))))).))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((((..))(((((.((...)))))))(((((((.(..((((.(..)...((((.(((((....((((((((.((.((((((...))))))..(.((((((((..)).))))))).))))))))))...))))).)))))))))).)))).)))))))..((((((....(((((((.((..(((((..))))))))))))))...)))))).....((((((((....).))))).))((......))((((((...)))))).)))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................(.......)...........................(..........)....((.......))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(.(............)..........(((..(.(.....).)......((.(......).............((((((.......))))))((((..(((....)))...))).)........)).))).........((((......(((((..((..............).)))))).....)))).((...(((((.(((....))))))))..)).....).............((.......))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((............((((((...))))))..(((....)))............................((((......))))............((((((.......)))))).........................((......)).....)))))..((((..((..((((((.....((((....))))..))))))..)).))))......((((((.((....))))))))..........(((((((...))))))).))))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.......((((.((((((...)))))).((((....))))..((......))..........((((((((((....))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...(((....))).)))))))))..((((......((((((.....((((....))))..)))))).....))))......(((((.(((....))))))))...........((((((...))))))..))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((..(((.(((..(((((.....))))).((((....))))........((((.(((......(((((((.....(((((.....))))).....(((((((........))))))).))))))).....))).)))).......))).)))))))))..((((..((..((((((.....((((....))))..))))))..)).))))......((((((.((....))))))))..........(((((((...))))))).))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.......)))))..(((((((((.....))))).((((....))))........))))..............((((((..(((((.....)))))....((((((.......)))))).((((.(((......))))))).((((..........))))......((((......((((((.....((((....))))..)))))).....)))).......((((((....))))))...............(((((.....))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((..[[[[.)))))..(((((((((.....))))).((((....))))..]]]]..))))..............((((((..(((((.....)))))....((((((.......)))))).((((.(((......))))))).((((..........))))......((((......((((((.....((((....))))..)))))).....))))......((((((.((....))))))))...........(((((.....))))).)))))).... |
