RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00393

RNA: ASE_00393
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GAGGAAAGUCCGGGCUCCAAAGGGCAAGGUGCCAGGUAACACCUGGGGGGCGCGAGCCUACGGAAAGUGCAGCAGAAAGUAUACCGCCCGGCGAUCCACCUUCGCGGUGGGUCACCAGGUAAGGGUGAAAUGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGUGACCGGCAACAGGCACGGCGAUGGUAAACCCCACCCGGAGCAAGACCAAAUAGGAAUCCGUCAGCUGCGGCCCGCAGCGGAUUCGGGUAGGUCGCUACAGGCAGGUGGUGACACCUGUCGCAGAUGAAUGAUCGUCCACGACAGAACCCGGCUUAU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((((((((((.....)))))))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((....(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................))))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((.((((....))))......(((((.....)))))(((.(((.(((..(((((...(((...............(((.((.((((((((.....)))))))).)).)))..(((((....((((((.......)))))).((((.(((....).))))))..............)))))...)))...((.....))..)))))..)))))).)))....))))))(((((..((((.....((((((((....))))))))...(((((....)))))..))))...))))).))).)
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................(((((.....))))).((((....))))..........................(((..(.((.................)).)..)))..(((((....((((((.......)))))).((((.(((....).))))))..............)))))..(((..((((......((((((.......(((...)))...)))))).....)))))))...((((((((....)))))))).....................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...((((((((((((...((((...(((((((((...))))....)))))..))))..)))....(((((.....((.....(((.((.((((((((.....)))))))).)).)))..(((((...(((((((.......)))))))((((.((.......))))))..............)))))...))..(((.............))).))))).))).....))))))(((((..((((((((......))))))))..((((((..(((((....)))))..)))))).))))).)))..
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((.......................................................................(((((((((((.....)))))))))))..........................................................................)))))...................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((.................)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............))))))))).............((((((...................))))))...............((((((((....)))))))).....................................
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((((..((...((........(((((.....))))).((((....)))).........................((((.((.((((((((.....)))))))).)).)))..).......(((((((.......)))))))((((.((.......)))))).................))))(((..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....)))))))...((((((((....))))))))(..(((((....)))))..).......)))))))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((..((.............((((((...)))))).((((....))))..........................(((.............................)))..........(((((((.......)))))))((((.(.(....).).))))...................))(((..((((......((((((....(((((.....))))))))))).....)))))))...((((((((....))))))))...........................))))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.........(((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.............(((((.((.((((((((.....)))))))).)).)))..)).......((((((.......))))))(((((.(.(....).).)))).)....))..)))))))).))))...((((......((((((....(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.(((...(((...((..((((((...)))))).((((....))))........................(((((.((.((((((((.....)))))))).)).)))..))......(((((((.......)))))))((((.((.......))))))...........))...)))))(((..((((..(...((((((....(((((((.)))))))))))))...).)))))))...((((((((....))))))))(..(((((....)))))..).....).))))))))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(...........(((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).........(((..............(((....(((...............)))....)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).....)))......))))))))))..(((.......((((((.....(((((...))))).))))))......)))......((((((((....)))))))).............................).......
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((....(((.[[[[))).......]]]](((((((....))))......................[[[[.)))...((((((((.....))))))))....]]]].(((((....((((((.......)))))).((((............))))..............))))))))))..(((.......[[[[[[))).((((((...))))))]]]]]]((((..((((.....((((((((....))))))))...(((((....)))))..))))...)))).......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.............((((((...)))))).((((....)))).(((...((((........)))).)))((.((.((((((((.....)))))))).)).))...(((((....((((((.......)))))).((((.((.......)))))).....((....)).))))))))).....((.....)).(((((((.((((((...)))))).))..)))))..((((((((......))))))))..((((((..(((((....)))))..))))))..))))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...((((..(((.((((((...)))))).((((....)))).......................)))))))((.((((((((.....)))))))).))...............((((((.......)))))).((((.((.......))))))...................))))...((((......((((((....((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................))))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((........(((((((((((...))))))).(((....)))..........(((...........((((((((.(.................)...)..))))..)).)......(((((.......)))))..((((.(((....).)))))).....))).......)))))))))...(((...(..((((((....((((((...))))))))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))....................................
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(............(((((........((((.((((((...))))))..(((....)))..(((....((((...........((((.((((((.....))..............)).)))..)).).....((((((.(...).)))))).((((.(((....).)))))).....))))...))))))))))))...(((...(..((((((....((((((...))))))))))))..)..)))....((.((((((((....)))))))).))...............................)..
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...(((.......((((((...)))))).((((....)))).(((...((((........)))).)))((.((.((((((((.....)))))))).)).))....((......((((((.......)))))).((((.((.......))))))...........))...))))))))....((.....)).(((((((.((((((...)))))).))..)))))..((((((((......))))))))..((((((..(((((....)))))..))))))...)))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((....((((...)))).......((((((.(((((................................)))))...((((((((.....)))))))).))))))..(((((...(((((((.......)))))))((((............)))).....(((..))).))))))))))...(((......(((((((....(((((...)))))))))))).)))..((((((((......))))))))..((((((..(((((....)))))..))))))...)))).....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.(((...))).......((((((...)))))).((((....)))).......................((((((.((.((((((((.....)))))))).)).)))...))).....((((((.......)))))).((((.((.......))))))....(((......))).....(((..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....)))))))...((((((((....))))))))...........................))))))))..
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((.............(((((.....))))).((((....))))........((((...........((((((.............................)))...))).........................((((.(((....))).)))).....))))..........)))))..(((...((..(((((.....................)))))..))..)))......((((((((....))))))))........................(....).......
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((((((...jjj(..kkk.kkkkkk.))KKKKKKgggg((.mmmmm((()KK..ffff.)K.....)))ggggJJJ))).((((((((.{{{{))))))))))).GGGG.cccc(...((((((([[[....)))))))cccc.))((h..((.FFFFiiiiiiii(..dddd))H)C...((...)DD..ee..((((((((bb)DDllllllCCC.G)))))))II)).LLLLLL]]].((((((((}}}}))))))))G)...G)..BBIIIIIICCCC......G))MMMMMEE
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.....................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)...)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((....(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..).)
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((((((.....................)))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))))........))))))))))))))..((((..((..((((((....((((((...))))))))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))...................((..(...)))...
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.....................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)...)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((....(((((.....)))))))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..).)
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..(.........((((((((((.....................)))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))))........))))))))))))))..((((..((..((((((....((((((...))))))))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))...................((..(...)))...
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((.((((((.....................))))))...)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))))........))))))))))))))..((((......((((((....(((((.....))))))))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).))...................((..(...)))...
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.............((((((...)))))).((((....)))).(((...((((........)))).)))......((((((((.....))))))))..........((((...(((((((.(....)))))))).....(((..........))).............)))).)))))..............(((((...((((((...)))))).....)))))..((((((((......))))))))..((((((..(((((....)))))..))))))...)))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((...((((..((((((((((...)))))).((((....))))......................))))))))...((((((((.....)))))))).........(((((...(((((((.......)))))))....((((................))))......))))))))))........(((((.........((((((...))))))....((((((..((((.....((((((((....))))))))...(((((....)))))..))))...)))))))))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))...............................................................(((......((...............)).((....((....))....))............))).....)))...........................................................(((...((....))...))).....................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))..(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((....((((...........((((((..((((.................))))..)))...))).........................((((((((....)))))))).....))))...))))))))))))..(((...((..((((((..(.)((((.....)))).))))))..))..)))......((((((((....))))))))........................(....).......
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...((((((.((((....))))......(((((.....)))))(((.(((.(((..(((((...(((...............(((.((.((((((((.....)))))))).)).)))..(((((....((((((.......)))))).((((.(((....).))))))..............)))))...)))...((.....))..)))))..)))))).)))....))))))(((((..((((.....((((((((....))))))))...(((((....)))))..))))...))))).)))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......(((..(((....((((...)))).(((.....(((..((((....)))).)))....(((...............(((.((.((((((((.....)))))))).)).)))..(((((....((((((.......)))))).(((..(((((.....)).)))..)))........)))))...)))..))).....)))..)))((.((((((...)))))))).)).((((..((((.....((((((((....))))))))...(((((....)))))..))))...)))).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))..(((((...((((...((.(((((.....))))).((((....))))))((...((((........)))).))))))((.((((((((.....)))))))).))......(((((....((((((.......))))))(((((.(((....).)))))).)...((....)).))))))))))(((.((......((((((....((((((...))))))))))))((((..((((.....((((((((....))))))))...(((((....)))))..))))...)))))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((.((...))...(((((.((...)))))))(((((((((((..((..)).)))))).............)).)))((((((((.((((((.((((((((((((.............)))))(......)((.((.((((((.((.......)))))).)).))))..).)))))))))))..(((((.((..((((((((((.((........))))))))))))..)))))))...(.(((((((((..))))))))))((..)))).)))))))..((..))).))))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................(...(........)....................).................((.......))...
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................(..).............((.....((........................(((((.(.(....).).)))).)....))...)).............((((....(.((((((....((...(...)))...))))))...).)))).(....((((((((....))))))))...).................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................((((......((((((...))))))..(((....)))...........................))))((.((((((((.....)))))))).))......(((((....((((((.......)))))).((((.(((....).))))))..............))))).........((.....)).........(((((.....))))).....(((((..((((.....((((((((....))))))))...(((((....)))))..))))...)))))......
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((...(((...(((.((((((...)))))).((((....))))......................(((((((.((.((((((((.....)))))))).)).)))...))))....((((((.......)))))).((((.((.......))))))..........)))...))))))))..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...((((......))))....................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...((((((.((((....))))......(((((.....)))))(((.(((.(((..(((((...(((...............(((.((.((((((((.....)))))))).)).)))..(((((....((((((.......)))))).(((..(((((.....)).)))..)))........)))))...)))...((.....))..)))))..)))))).)))....))))))(((((..((((.....((((((((....))))))))...(((((....)))))..))))...))))).)))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))..((((........)))).((((.((.(((.......))))))))).(((((.......)))))...((((((.......)))))).((((.((.......))))))..........((((....((((.................))))...(((((.....)))))......))))..((((.....((((((((....))))))))...(((((....)))))..))))..............
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((...((((.{{{{{(((((.....))))).((((....)))){{{{{..((((........))))...)))).((((..}}}}}))))(((((((((((.......)))))...((((((.......)))))).((((.((.......))))))............)))))).)))))..((((.........}}}}}..(((((.[[[[)))))......]]]].))))......((((((((....))))))))...(((((....)))))...........)))).....

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