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GAGGAAAGUCCGGGCUCCGUCAGGCAGGACGCCAGGUAACGCCUGGAGGGUGCGAGCCCAUGGAAAGUGCCACAGAAAAUAUACCGCCAGCUUUGCUGGUAAGGGUGAAAAGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCGGGUGGUAACACGCCGCGGCAUGGUAAACCCCGUCCGGAGCAAGACCAAAUAGGGGAGCAUGGGGACCUUCGGGUCUCUACCGUACGCCUGAGCGGGCUCCCGGGUAGGUUGCUAGAGGCGACCGGUGACGGUUGUCCCAGAUGAAUGAUUGCCCACGACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................((((((((...))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((.....................................))))))...............((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((((((((.....))))).((((....)))).........(((..............((((((...))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....)))......))))))))))..((((......((((((.....................................)))))).....))))......((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((...(((((............((((((((...))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((..(((((((....))))))).((((........)))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((.(((.(((((((((((((((...)))))).((((....))))((.......((............(((((((((...))))))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))))).........)))))..(((..((((......((((((.((((((((....))))))))((((.(....).)))))))))).....))))))).(.((((((((....)))))))).)...........))))...))).)).)))))))). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((....(((.(((((((((((((((...)))))).((((....))))........(((((.........((((((((((...))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...))))).....)))))..(((((.(((......((((((.((((((((....))))))))((((........)))))))))).)))...)))))...((((((((....)))))))).............))))...)))....))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((.(((.(((((((((((((((...)))))).((((....))))..........................((((((...))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))..((((..(((......((((((.((((((((....))))))))((((........)))))))))).....)))))))...((((((((....)))))))).............))))...))).)).)))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((.(((.(((.(((((((((((...)))))).((((....)))).(((......))).........((((((((((...))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....(......).)))))..((((..(((......((((((.((((((((....))))))))((((........)))))))))).....)))))))...((((((((....)))))))).((......))...)))...))).)).)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((.(((((([[[[[[......((((((...))))))...[[[[[...(((((...................((((((((((...))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).)))))....[[[[[[[))))))..]]]......]]]]....(((((((((..))))))))).]]]]]]]]]]].)))))).((((((..((((.....((((((((....))))))))...................))))...)))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).......................(((((((((...))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((..(((((((....))))))).................))))))((((..(((.((...((((((((....))))))))..))...)))....)))).........)))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..(((((........((((.(((((.....))))).((((....))))...........................................((((.....(((((.........))))).....((((....))))..............)))).)))))))))............(((((.......................................))))))))............((((((((....)))))))).......................((.......)).. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((((((((...))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((...(..((((((......................(((((....))))).))))))..)..)))).((...((((((((....))))))))..)).....).................(...).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((...))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((......................(((((....))))).))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....).......................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((..((((((......((((((...))))))...(((((...(((((....((((...........((((((((((...))))))...))))....((((((.......))))))))))..(((((.....)))))..)))))....((((....................))))....((((((((....)))))))).)))))))))))..))))))..((((((.........((((((((....))))))))............))))))............))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))...........................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....))).............................................................................(((...((....))...))).................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((.....))..(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((..(...)..)))..((((.....(((((.........))))).((((((((....))).))))).........))))))))))))))..(((...((..((((((.....................................))))))..))..)))......((((((((....)))))))).........)............(.......)..... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................(..........).....(.(...).).(.(......(..(.(...)).......................(...((................))..).......................................)).).......(.....((.....))...).............................((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........((.((((((((...)))))).((((....))))..((....((((.((.........((.((.........))...)).))....(((((.........)))))(((((((((....))).))))).)..))))...)))))).)))))..((((....(.((((((..............(........((..)).)......))))))...).)))).((...((((((((....))))))))..))...........(....)............... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((.(((.(((.((((.((((((...)))))).((((....))))........((((..........((((((((((...))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....))))......))))..(((...(((......((((((.((((((((....))))))))(((..........))))))))).....))).)))...((((((((....))))))))..............)))...))).)).)))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))...(....((((..........((((((((((...))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....))))...).))))))))))..((((......((((((..(((((((....))))))).((((........)))))))))).....))))......((((((((....))))))))............................)))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((.(((.((((((((((((((.....))))).((((....))))..((....(((((.........((((((((((...))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...)))))..)).)))))..((((..(((..((..((((((.((((((((....)))))))).....(((....))).))))))..)).)))))))...((((((((....)))))))).............))))...))).)).)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((......(((......))).(((((.....))))).((((....)))).))))...(((((.........(((((((((.....)))))...))))....((((((.......)))))).((((.(((......)))))))...)))))..((((((..((.......))..)).))))...((((.................))))..((((....))))..((((((....(((.....))).(((....))).((((....................))))..)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((......(((......))).(((((.....))))).((((....)))).))))....(((..........<<<.(((((.....)))))...))).....((((((>>>....))))))...((((((((.....))).(((.[[[[[.....))).(((..((............{{{{)).)))(((((....)))))..}}}}]..((((....))))]]]](((((...(((.....))).(((....))).(((.....)))......)))))........)))))..... |
