RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00395

RNA: ASE_00395
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GAGGAAAGUCCGGGCUCCGGCGGGCAGGGUGCCAGGUAACGCCUGGGGGGCGCGAGCCUACGGAAAGUGCCACAGAAAAUAUACCGCCAGCUCAGGCUGGUAAGGGUGAAAUGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCUGCUGGUAACAGCAGUGGCAGGGUAAACCCCACUCGGAGCAAGACCAAAUAGGGGAACAUUGGCGUGGCCCGCGUUGUUCCCGGGUAGGUCGCUUGAGGCGUCCGGUGACGGGCGUCCCAGAUGAAUGGUUGUCCACGACAGAACCCGGCUUAU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................))))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...(((...(((((((.(((.......(((((.....)))))..(((....))).........((((..........((((((((((....))))))...))))....((((((.......))))))(((((((((....))))))).))..))))...))).).))))))..))).......(((((((...(((((...))))))))))))((((..((((.(((.((((((((....)))))))).))).....(((....)))))))...))))..))).)
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................(((((.....))))).((((....))))........((................((((((....))))))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))))))))....))....(.....)((((((...(((((.....)))))))))))........................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((...((((((..((...(((((((.(((..(((((...)))))...))).........((((((..........((((((((....))))))..)).......((((((((........))))))))((((....)))).)))))).)))..))))..))))))))..)))...(((((.((((...((((((...))))))))))((((((..((((.(((.((((((((....)))))))).))).....(((....)))))))...)))))))))))
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................((((((...))))))...................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................((((((((....))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((..................))))))...............((((((((....)))))))).....................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................((((((((....))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))))))).....................(((((.....)))))....)))).............((((((((....)))))))).....................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((((.((.....(((......((((((...)))))).((((....))))........................((((((((....))))))..))......(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....((....)).......((((..((((......(((((((...(((.....)))..))))))).....))))))))(.((((((((....)))))))).)............))).......)).)))))))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.......((((......((((((...)))))).((((....)))).........((...............((((((....))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))))..................(((..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))))).(.((((((((....)))))))).)............)))).........))))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........((.....)).......))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((.(..(((((.....((((((...)))))).((((....)))).........((............(((((((((....))))))..)).)....(((((((.......)))))))((((((((....)))))))))).(((....)))......((((..((((..((..(((((((...(((.(()))))..)))))))..)).))))))))(.((((((((....)))))))).)...........)))))....).)).))))))))..
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.......................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((..........)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................(((((....................)))))...............((((((((....))))))))................................)))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.(((........((((((((((.....))))).((((....))))........................((((((((....))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))((..(((.......((((((....((((.....)))).))))))......)))))....((((((((....))))))))...........................))))))))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..[[[[[...)))..]]]]].(((((...[[[[.)))))...((((....))))........]]]]..........(((((((.[[[[.))).)))).(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).]]]]..((((......(((((((...(((((...))))))))))))[[[[.))))......((((((((....)))))))).((......))((((....))))...]]]].......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((((..(((((.(((.((((((...))))))..(((((...((...))...)))))...........)))((((((....))))))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).((((..((((......(((((((...(((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))(((......))).))))).))...)).))))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((((..[[[[[.....(((((.....))))).((((....)))).........(((............((((((((....))))))...))......((((((.......))))))..(((((((....))))))))))...............))))((..((((......(((((((...((((.....))))))))))).....))))))....((((((((....)))))))).............]]]]].........))))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((((........))))..)).)......(((((.......))))).(((((.(((....))).))))..).))).......))))))))....(((...(..((((((...((((((...))))))))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))....................................
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((.((((((...)))))).((((....))))........................((((((........))))..))........(((((.(...).))))).(((((.(((....))).)))).)............)))))))).(((.((.......(((((...((((((...)))))))))))..(((......((.((((((((((....))))))))))))........(((((...))))).))).)))))..
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((((..((((......((((((...))))))..(((((...((...))...)))))..........((((((((((....))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))......((((..((((......(((((((...(((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))(((......)))..)))).))...)).))))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((([[[[[[.((((.((((((...))))))..(((((.............)))))..........(((((((((((..)))))))..........(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....)))).))))....)))))...((((......(((((((........]]]]]]..))))))).....))))......((((((((....))))))))(((......)))(((((...)))))..))))).....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((...((((...)))).(((.....(((..((((....)))).))).....)))...........(((((((((....))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....((......))...)))))...((((......(((((((...(((((...)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))(((......)))...............))))))))..
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((..((........((((.(((((.....))))).......................................(((........................((((((.......))))))..(((((((....))))))).....))).......)))).................(((((....................))))))).............((((((((....))))))))...........................))))))))..
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((....))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((...(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..).)
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PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((((((((....))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......)))))))))))))(..((((..((..((((((...(((((.....)))))))))))..)).)))))(..(.((((((((....)))))))))..)..................(.(....).).....
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((.(((((....)))))...)).))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))((..((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))))..(.((((((((....)))))))))..)..................(.(....).).....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((.[[[[[[[))))).((((.(((((.....))))).((((....))))........((((((........((((((((((....))))))...))))....((((((((........))))))))((((....)))).))))))......))))...]]]]]]]..((((......(((((((...(((.....)))..))))))){{{{.))))..(((.((((((((....)))))))).))).......((((....))))...}}}}.......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.................((((((...))))))..(((((.............)))))..........((((((((((....))))))...))))...(((((((.(....))))))))((((((((....))))))))...(((....)))...((.((((..((((......(((((((...(((((...)))))))))))).....))))))))))((((((((....))))))))(((......))).((((...))))...))))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((....((((((......((((((...)))))).((((....)))).......((((((.........((((((((((....))))))..........(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....))))..((((....................)))).....)))))).))))))...))))((((((..((((.....((((((((....))))))))...(((((....)))))..))))...)))))).....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))............................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))..........................................................(((...((....))...))).....................................
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RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((((.(((..(..((((.((((....(((..((((....)))).)))....))))..........((((((((((....))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))..)))).).))))))..((((..((..(((((((...(((((...))))))))))))..)).))))..(((.((((((((....)))))))).))).......((((....)))).....)))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((....((((..(((((((..((((.....((((((...)))))).((((....))))........))))..........((((((((((....))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((.....)))..)))))))....((.....)))).))...((((((...)))))).)).((((((..((((.(((.((((((((....)))))))).))).....(((....)))))))...)))))).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.(((((.(..(((.((((((((.....))))).((((....)))).........(((((..........((((((((....))))))..(((((....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).).(((....)))))))))).....(.((((....(....).)))))))))).))).)))..))))))...((((.(((.((((((((....)))))))).))).....(((....)))))))....))))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((((.(((((..(.(((((.((.(.(((((((..(((((..((..)).))))))))))).)).)).((((((((((..)))))))..)))..((((((((((((..)).))))))))))((((((..)))))))))))...)..)).))).).))))((((.(((.((..((((((((................))))))))..)))))...))))(((((((((..))))))))).((..))..((.(........))).).))))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................(........................(.......).........................(.....).(....)...((.......))..)
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................(.((..................((...(...(..........((..(...)..))......((......((.(...........((.....)).)...........)).)).....(.(.(.................).).).......(..........(....)..)...).....)....))).)....)
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((............(((((.....))))).((((....))))......................((((((((((....))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).................))))).............(((((((...((((.....)))))))))))............((.((((((((....)))))))).))........................))))))))..
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((....)))..(((((((((((...)))))).((((....))))..((......))..........((((((((((....))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).((((..((((......(((((((...(((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))(((......))).((((...))))...))))))))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((((..(((((.(((((((((.....)))))..(((((...((...))...)))))..........)))).(((..(((..((((...(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).((((..((((..((..(((((((...(((((...))))))))))))..)).))))))))..((((((((....)))))))))))).))).))).))))).))...)).))))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))....(((((........((((((((((....))))))...))))...(((((((.......)))))))....((((....)))).))))).((((...((((....................))))..(((.((((..(((((.........)))))....))))...((((((((....))))))))....)))....((((....))))...)))).......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((..((((....))))..(((((((((.....))))).((((....))))........))))..........[[[.((((((....))))))..)))......((((((]]]....)))))).((((((((....))))))))...((((...((((..{{{...............))))..(((.((((..<<<<<)))).....>>>>>....(((.}}}.))).(((....))).(((.....))).)))((((....))))...)))).......

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