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GAGGAAAGUCCGGGCUCCUUCGGACAGGGCGCCAGGUAACGCCUGGGGGGCGUGAGCCCAUGGAAAGUGCCACAGAAAAUAUACCGCCAGCUUUGGCUGGUAAGGGUGAAAUGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCAACUGGUAACAGGUGUGGCAUGGUAAACCCCGCUCGGAGCAAGACCAAAUAGGGGGACGUUAUGCGUGGUCCGCGCUGUUCCCGGGUAGGUCGCUUGAGGUACAUGGUGACAUGUUACCCAGAUGAAUGAUUGCCCACGACAGAAUCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((.....(((.]]]]))).))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................((((((....))))))..........(((((((.......)))))))............................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................((((((((....))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((...................))))))...............((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((............((((((((((.....))))))((((....))))..........................((((((....))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............)))).......((((......((((((...................)))))).....))))......((((((((....))))))))...........................))))))... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((...(((((............((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))(((((.(((....))).)))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((.....(((.....))).))))))).....))))......((((((((....)))).))))..........................)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....))))))).(((((((((((...)))))).((((....)))).......((((((((.........((((((((....))))))..)).(....(((((((.......)))))))....)(((....))).))))))))............((.((((..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))))))))((((((((....))))).)))............))))).................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................((((........))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................(((((.....................)))))...............((((((((....))))).)))................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((.(((........(((((((((((...)))))).((((....)))).........(((............((((((((....))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))......))))))))((..((((......((((((...................)))))).....))))))....((((((((....))))).)))..........................))))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.....((......((((((...)))))).((((....)))).........))...............((((((....))))))..(((((.....(((((.(...).))))).(((((((((....))))))).))...........))))))))))...(((((.(..((((((.....((((.....)))).))))))..))))))..((((.((((((((....))))))))))))................................ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...(((((((....))))))).((((.((((((...)))))).((((....)))).......((((((((.......((((((((((....))))))...))))....((((((.......))))))......(((....))).))))))))................(((..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....)))))))((.((((((((....))))).)))))...........))))..........))...... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).......((((((((.......(((((((((((..)))))))...)))).....(((((((........)))))))....[[[[[[[..))))))))(((..))).))))))))))............(((((((....(((((...))))))))))))((((((((((((..........)))))).]]]]]]]...........))))))..........)))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).......................(((((((((....))))))...))).....((((((.......)))))).((((.(((....))).)))).............))))))))))..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))...((.((((((((....)))).))))))...........(((.............)))... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))((.((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((......)))))..((((.....((.(((.......))).)).....((((....)))).............))))))))))))).....))....................................................(((.((((....)))).)))...........................(...).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(((((((....))))))).(((((((((((...)))))).((((....)))).......((((((((.......((((((((((....))))))...))))....((((((.......))))))......(((....))).))))))))................(((..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....)))))))((.((((((((....))))).)))))..........))))).........)))...... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....))))))).(((((((((((...)))))).((((....)))).......((((((((.......((((((((((....))))))...)))).....(((((((........))))))).............))))))))((((...........((((..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....)))))))).....(((((....)))))))))............))))).................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))............................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))...........................................................(((...((....))...))).................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((..(((....((((((((((.....))))).((((....)))).......((((((((.......((((((((((....))))))...)))).....(((((((........)))))))..(((....))).)))))))).........)))))((((((.(((((.(((((....).))))...))))).....)))))).((((((.(((.(((.((((((((....)))).))))))).)))....)))))).)))..))..))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((...(((((..)))))..(((((((((((.((..(((((...).))))...)(((.((((((...((..(((((((......))).))))..))....(.((((((((..)).)))))))....(((((..))))))))))).)))....((((((.(((.((..)))).)).))))).))))))..)))))).(.(.(((.(((.(((((((((.((..)(((((((((..)))))).)))((..)))).))))))))).))))))).))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................(.((....)).)...........................((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................((..((((..................(......)..................((.((..........((.....)).))...........))........)...........((.((.....((.....)).....)).))......(..)..(............).)).).)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....)))))))......(((((.....))))).((((....)))).......((((((((.......((((((((((....))))))...))))....((((((.......))))))......(((....))).))))))))..........................................((((.....))))...................((.(((.((((....))))..)))))................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))..((....(((((.........((((((((((....))))))...))))....((((((.......)))))).((((.(((....))).))))...)))))...))))))))))))..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))...((.((((((((....))))).))))).........................)))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((..(((....((((((((((.....))))).((((....))))..((...((((((((.......((((((((((....))))))...)))).....(((((((........)))))))..(((....))).))))))))......)).)))))((.((((((((..((..(((((((....(((((...))))))))))))..)).))))..(((.((((((((....)))).)))))))........)))))).)))..))..))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....))))))).((((.(((((.....))))).((((....))))........(((((.........((((((((((....))))))...))))....((((((.......)))))).((((.((.......))))))...)))))..((((....................))))..((((..((((.....)))).(((..(((((.....))))).((((((((....)))).))))..))).))))...)))).................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....)))))))..(((((((((.....))))).((((....))))........))))..............((((((....))))))..(((((....((((((.......)))))).((((..((....))..))))...((((...[[[[[[[[[[[[[...))))..(((]]]]...))).((((.....)))).]]]]].]]]]....(((.......{{{{{))).}}}}})))))........((((...........))))....... |
