RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00397

RNA: ASE_00397
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGGACAGGAUGGUCCCUAACGGGGACCGGGGGUGACCCUAGGGAUAGUGCCACAGAGAGGAGACCGCCUGUUUUCGCUGCGGCGCUGACAGGUAAGGGUGAAAGGGUGAGGUAAGAGCUCACCAGUUCUGGCGGUGACGUCAGAAGCUCGGUAAACCCCAUCCGGAGCAAGGCCGAAUAGGGGAACAUUUGAGGAUGGUCCGUCCAAAGUUCCCGGGUCUGGCUGCUUGAGACCGUCGGCAACGGCGGUCCUAGAGGAAUGAUCAUCGUCCUGCAGCGGGUAACUUCUGCAGGAAACAGAAUCCGGCUUAC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((((((....))))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((((.]]]])))))))))))))......))))......((((((((....)))))))).................((((((((((((....))))))))))))......))))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....((((..((..((((((..(((((((......((((.((((((....)))).)).....((((...(((.....((((((((((..(((....)))..)))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))))))..)))).(((.(((((..((((.((..((((((.(((..(((((...))))))))))))))..)).)))))))))..((((((((....)))))))).....)))..)))))))))))))..(((((.....)))))........))..))))))).)
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................(((((((...)))))))((((....))))..((....(((...............(((((((..............)))))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))...)))...))......((((((......((((.....))))...)))))).................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((....(((.(((((........(((.(((((((...))))))).(((((.(((((.((.......))............(((((((((..(((....)))..)))))))..)).....)))))..(((....))).(((((((((((((....)))))))).)).)))..))))).))))))))...(((((....((((((.(((..(((((...)))))))))))))).(((((.........))))).)))))..)))...))))...(((....((....((((((((..........))))))))....)).))).......
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((..........)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((......................))))))................((((((((....)))))))).............................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((.(((((.....))))).((((....))))..........((............(((((((((((..........)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))........)))))))).....(...................((((.....))))................)........((((((((....)))))))).............................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((((((........(((((((((((...))))))).(((((..((((..........................(((((((..(((....)))..))))))).))))......((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).).......))))))))))))))..(((((.((..((((((.(((..(((((...))))))))))))))..)).)))))......((((((((....))))))))..................((((((((.((....)).))))))))........)))......
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((....(............(((((((...)))))))((((....))))........................(((((((((...(......)...)))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))...............)((((..((((......((((((......(((((...)))))...))))))......))))))))..((((((((....))))))))..................((((((((.((....)).))))))))........)))).....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))..(((....)))...((...(((((............(((((((((..(((....)))..)))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...(((((.....((((((...(..((((.....))))..)))))))....).))))......((((((((....))))))))..................((((((((.((....)).)))))))).......))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((((((((........(((((((((((...))))))).(((((.(((((.....(((((((.(((.((((..((.....)))))).))).))))))).......))))).....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))......))))))))))))))..(((((.((..((((((.(((..((((((.)))))))))))))))..)).))))).((((.((((((((....)))))))).).)))............((((((((.((....)).))))))))........))))))...
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.......................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................((((....................))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).................((((((........(.......).....))))))................((((((((....))))))))........................................................)))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((((((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).).......(((............(((((((((..............)))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))......))))))))).....((......((((((......((((.....))))...))))))......))........((((((((....))))))))...................................................)))))))...
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..[[[[....)))...]]]].....(((((((...)))))))((((....)))).....(((((((.(((...((((((.....)))))).))).)))))))........((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))[[[[.....))))......]]]]..(((((.....((((((.((((.(((...)))...)))))))))).[[[[))))).(((..((((((((....))))))))...)))....]]]]....((((((((.[[[[.....))))))))......]]]].......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...(((......(((((((...))))))).(((....)))..(((....((((...(((.....((((((((((..(((....)))..)))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))))))...))).))))))))..((((((....((((((.((((((((...))).).))))))))))...)).)))).(((..((((((((....))))))))...)))....((...)).((((((((.((....)).))))))))........)))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((............((((((.....))))))((((....)))).............((...........[[[[[[[..[[[))..]]]..]]]]]]]...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))..................)))))..((((......((((((.(((..((((.....)))))))))))))......))))......((((((((....))))))))..................((((((((.((....)).))))))))........)))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........((((((.((...(...........).)))))..)).).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))).......))))))))....(((..((..((((((......(((((...)))))...))))))..))..))).....(.((((((((....))))))))).................((((..................)))).................
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((........((((.((((((...))))))..(((....)))..(((....((((............((((((((((.......).)....))))))..))........(((((.(...).))))).((((((((((....)))))))).)).))))...))))))))))))...(((.......(((((....(.(((((...)))))..)))))).......)))..((.(.((((((((....))))))))).))..............(((((.(((((....))))).))))).................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...(((......(((((((...))))))).(((((.(((((.....(((((((.(((...(((((.......))))).))).))))))).......))))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).).......))))).))))))))..(((((.....((((((.((((((((...))).).)))))))))).....))))).(((..((((((((....))))))))...)))............((((((((.((....)).))))))))........)))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((........(((((((((((...))))))).(((((.(((((.....(((((((.(((......[[[[[[[........))).))))))).......))))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))))))))))))...(((((....((((((......(((((...)))))...)))))).(((((.........))))).)))))...]]]]]]]..................((((((((..........))))))))........)))).....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...(((((..(((........))).(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((............(((((((((..(((....)))..)))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...)))..)))))....(((((.....((((((.(((..(((((...)))))))))))))).....))))).(((..((((((((....))))))))...)))............((((((((.((....)).)))))))).......))).......
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((.((((.............(((((.....))))).((((....)))).........(((............((((((....................))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))...........))))).........................(((.....))).........))))........((.(.((((((((....))))))))).))............................................(....).......
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..............)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(....((((((.....(((((.....)))))..))))))...)..)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...................................((.(....).)..).)
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..............)))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((......))))))).)..)))..))))))))))))))..((((((....((((((.....(((((.....)))))..))))))...)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))...............(............................(....))......
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..............)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.....(((((.....)))))..))))))...)..)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)...................................((.(....).)..).)
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..............)))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((......))))))).)..)))..))))))))))))))..((((((....((((((.....(((((.....)))))..))))))...)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))...............(............................(....))......
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((((((..............)))))))..)).))....((((((.......))))))..(((((((......))))))))).......)))))))))))))(..(((((.....((((((.....((((.......))))..))))))....).)))))((.(.((((((((....))))))))).))..........................................(.(....).).....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((..((..........(((((((......((((.((((((....)))).))..(((((((.(((...((((((.....)))))).))).)))))))........((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))))))......)))).(((.((((..(((((.((..((((((.((((.((.....))...))))))))))..)).)))))))))..((((((((....)))))))).....)))..))))))).((((((((.((....)).))))))))....))..)))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...(((.....((((((((...))))))))(((((.((((((....(((((((.(((.....((((..[[[))))...))).)))))))..]]]).))))).....((((((.(....)))))))((((((((((....)))))))).))......))))).))))))))..((((((.(..((((((.((((.............))))))))))..)).))))).(((.(((((((((....)))))))).).)))...(((...)))((((((((..........))))))))........)))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.....((((((..(((((((......((((((((((....(((((.....(((((((.......((((((.....)))))).....))))))).......))))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))))))...)))).....((((..(((((.....((((((......(((((...)))))...)))))).....)))))))))..((((((((....))))))))..........)))))))))))))..(((((.....)))))...........))))).....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))........................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....)))...............................................................(((...((....))...))).............................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((.....(((............((((((((((............))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))....))))))))))).........................((((.....))))..........(((.......((...((((((((....))))))))..)).......))).....................................))))))))..
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((..((..........(((((((......((((((((((..(.(((((...(.(((((((.(((...((((((.....)))))).))).))))))).).....))))).)...((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))))))...)))).(((.(((((..((((.((..((((((.((((.((.....))...))))))))))..)).)))))))))..((((((((....)))))))).....)))..))))))).((((((((.((....)).))))))))....))..)))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((..........))))..(((((((......((((.((((((....)))).))..(((((((.(((...((((((.....)))))).))).)))))))........((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))))))......)))).(((.(((((..((((.((..((((((.((((.((.....))...))))))))))..)).)))))))))..((((((((....)))))))).....)))..))))))).)))).(((.((....)).)))..(((.......))).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((..((..........(((((((......(((((((((((....)))).....(((((((.(((...((((((.....)))))).))).)))))))...)))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))))))......)))).(((.((((..(((((.((..((((((.((((.((.....))...))))))))))..)).)))))))))..((((((((....)))))))).....)))..))))))).((((((((.((....)).))))))))....))..)))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.((((((....(((.(((....(((((((...)))))))(((((....(((((.(........)...)))))....(((((..(((((((.(((.((((..)))))))))))))))))))((((..)))).(((((((((((((((..))))))))).)).)))).)))))...(((.((..)))))((..(((((((.((((.(..........))))))))))))..))))))))((..)(((((((((..)))))))))((...))).((..(..(.((((((((.(((...))))))))))))))).).))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................(.(......((........................))..)....)..................(..(....))..........................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................((...(.(.(.(.((..............)).).).(....).........(((.....).))......................(...((..........)).............)..........................................((((.....))))....................((...((((((((....))))))))..)).....).)...)).((((((..............)))))).................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((..((..((((((.....((((((.....))))))........(((......(((((((.(((.((...............)).))).)))))))........)))......((((((.......))))))..((((((((....))))))))...................((((...(((..((..((((((.(((...............)))))))))..))..))).))))..((((((((....)))))))).................))))))..(((((.....))))).(....).))..)))))))..
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(.(((((((((...(((......(((((((...))))))).(((....)))..(((....((((...........((((((((((..(((....)))..)))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...))).))))))))..(((((.....((((((......(((((...)))))...)))))).....))))).(((..((((((((....))))))))...)))............((((((((.((....)).))))))))........)))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((..((..((((((..(((((((......((((.((((((....)))).)).....((((...(((.....((((((((((..(((....)))..)))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))))))..)))).(((.(((((..(((..((..((((((.(((..(((((...))))))))))))))..))..))))))))..((((((((....)))))))).....)))..)))))))))))))..(((((.....)))))........))..)))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..........)))).(((.((((((.....)))))).(((....)))..((((.((((..((((............))))...)))).(((((((..........))).....((((((.......))))))...(((((((....))))))).((((((..........))).)))...))))..((((......)))).((((.....)))).....))))...))).(((((....((((((((....)))))))).....(((.((.....))))).))))).(((...(((((.......)))))....)))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..........)))).(((.((((((.....)))))).(((....))).........((((.......((((((.{{{.)))))).....}}}.......)))).((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))<<<<<<...))))...>>.>>>>.[[[[[[......(((((.(((.........aaa...))))))))AAA.))).(((((....((((((((....)))))))).....(((.((.....))))).))))).......(((((.......)))))..]]]]]]..

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