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GAGGAAAGUCCGGGCUCCAUCGGACAGGGCGCCAGGUAACGCCUGGGGGGCGUGAGCCCACGGAAAGUGCCACAGAAAAUAUACCGCCAGCUUCGGUUGGUAAGAAUAAAAUAAUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCGACUGGCAACAGUUUGCGGCACGGUAAACCCCGCCCGGAGCAAGACCAAAUAGGGGAGUAGGGCAACGCACGAGGCCUCCAACAGGGGCCUUCGGGUGUUGGCCACCGUCGGUUCCGAACGGACUCCCGGGUAGGUUGCUUGAGGUAGCCGGCGACGGCUAUCCCAGAUGAAUGGUUGUCAAUGACAGAAUCCGGCUUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.[[[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((.(((((((((((((((((((.....))))))).)))))))))))).((((..]].]]]])))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((...)))))).((((....))))........((((..............((((........)))).............((((.......))))....(((((((....))).))))))))................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((...)))))).((((....))))..........................((((((....)))))).............((((.......)))).............................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................((((((((....))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((...............................................................))))))...............((((((((....))))))))..................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................((((((....))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))))............((((((................................................(((.......)))..))))))...............((((((((....))))))))..................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((......)))))).(((((((((((...)))))).((((....)))).......(((................((((((....))))))............................(((((.(((((....))))))))))))).........)))))..(((..((((......((((((.((.((((((.(((((((((.....)))))).))).)))))).)).((((((....)).)))))))))).....)))))))((.((((((((....)))))))).)).................................. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.............(((((((....))))))..)...........(((.......)))...(((((((((....))))).))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((..((((..........))))((....((((((..(((..........)))..))))))....)).))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((......)))))).(((((((((((...)))))).((((....)))).......(((................((((((....)))))).............((((.......))))(((((.(((((....))))))))))))).........)))))..(((..((((......((((((.((.((((((.(((((((((.....)))))).))).)))))).)).(((((((..))).)))))))))).....)))))))((.((((((((....)))))))).))..........((((...))))............. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((..........)))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))).................((((((..............(................................)...............))))))...............((((((((....))))))))................................))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))........................((((((((....))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))).))).............))))))))))..((((......((((((...............................................................)))))).....))))......((((((((....))))))))..(......)..................))))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((......)))))).((((.((((((...)))))).((((....)))).......(((((........(((...((((((....))))))....))).......(((((........)))))..(((((....)))))...)))))..........)))).((((((.(((......((((((....((((((...(((((((.....)))))))....))))))....((((.........)))))))))).)))...))))))..((((((((....))))))))(((......))).((((...))))............. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..((((((......)))))).(((((((((((...)))))).((((....))))..((...(((((.((...........((((((....)))))).............((((((........)))))).(((((....))))))).)))))......)).))))).(((((..(((......((((((.((.((((((.(((((((((.....)))))).))).)))))).)).((((((....)).)))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))(((......)))(((((...)))))..)))....... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((......)))))).(((((((((((...)))))).((((....)))).......(((((..............((((((....))))))..............(((((........)))))..(((((....)))))...))))).........)))))..((((..(((......((((((.((.((((((.(((((((((.....))))))).)).)))))).)).((((((....)).)))))))))).....)))))))...((((((((....))))))))..................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...........(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((((((....))))))..)).).....((((((.......))))))(((((((((....)))).))))..).))).......)))))))))...(((......((((((.......................(.........(..(.........).)............)).)))....)).))).....(.(((((.((....)).)))))).............................))..... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..((((((......)))))).(((((((((((...)))))).((((....)))).......(((((.(............((((((....)))))).............((((((........)))))).(((((....))))).).))))).........))))).(((((..(((......((((((.((.((((((.(((((((((.....)))))).))).)))))).)).((((((....)).)))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))(((......))).((((...))))...)))....... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((......)))))).((((.((((((...))))))((((((((....))))....(((((..........(((((((((((..))))))................)))))...((((...))))(((((....)))))...)))))......)))))))).((((((.(((......((((((....((((((..((((((((.....))))))))...))))))....(((((((..)))).))))))))).)))...)))))).....((((((.(((((((((.........)))))))))...........))))))... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..((((((......)))))).((((.((((((...)))))).((((....))))..((....((((........(((...((((((....))))))....)))......((((.......))))(((((.(((((....))))))))))...))))...)).))))...(((..(((......(((((..((.((((((.(((((((((.....))))))).)).)))))).))...................))))).....))))))....((((((((....))))))))............(((((...)))))..)))....... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..(((((.............((((((...))))))....................................................((...((((.....((((((.......))))))..(((((((....)))).)))..........))))..)).)))))..((((......................................................................................))))......((((((((....))))))))........................(....)....... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((............(((((((((....))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((...............................................(((((.....))))).))))))..)).))))....(.((((((((....)))))))))......................((..(...)))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((............(((((((((....))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((...............................................(((((.....))))).))))))..)).))))....(.((((((((....)))))))))......................((..(...)))... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..(..........((.(((((....)))))...))..)....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((......((((((...............................................((((.......)))).)))))).....))))....(.((((((((....)))))))))......................((..(...)))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((..((.(((.((((((((((.....))))).((((....)))).......(((((.((...........((((((....))))))..............(((((........)))))..(((((....))))))).))))).........))))).((((((.(((......((((((.((.((((((.(((((((((.....))))))).)).)))))).)).((((((....))).))))))))).)))...))))))..((((((((....))))))))(((......)))..)))...))..))..))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..((((((......)))))).(((((((((((...)))))).((((....)))).......(((((..............((((((....)))))).............((((((........)))))).(((((....)))))...))))).........))))).(((((..(((......((((((....((((((.(((((((((.....)))))).))).))))))....((((((....)).)))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))(((......)))(((((...)))))..)))....... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((......)))))).((((..(((((((((((((((((....(((((.((((...(((((.((((.........((((((....)))))).............((((((........)))))).............)))).)))))......((((....................)))).......((((((..((((((((.....))))))))...))))))....)))).)))))........)))))))))..)))))))).((((((((....))))))))............(((((...)))))......)))).. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))............................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....))).......................................................................................................(((...((....))...)))..................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((....(((..(((((........(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((..(....)..)))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))))))))))))............((((((...............................................................)))))))))............((((((((....))))))))))......................(....)....... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((..((.(((.((((((((((.....))))).((((....)))).......(((((.((...........((((((....))))))..............(((((........)))))..(((((....))))))).))))).........))))).((((((.(((......((((((.((.((((((.(((((((((.....)))))).))).)))))).)).((((((....)).)))))))))).)))...))))))..((((((((....))))))))(((......)))..)))...))..))..))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((((((((...((((.(((((.....))))).((((....))))..((...(((((..............((((((....))))))..............(((((........)))))(((((((....))))).)))))))((....)))))))).((((((.(((......((((((.((.((((((.(((((((((.....))))))).)).)))))).)).((((((....))).))))))))).)))...))))))..((((((((....)))))))))).))))......((((...))))))..))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................................................................................................................((..............(((....)))........(.((...........................)).)...))....(.......).....................((.......))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................................(.((.(........).).).....(...)...(...........(.......)..............(..((.......................(.((.(.....))).)...............))...).....)..(((...(......................)....))).((...((((((((....))))))))..))............)......((.......))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((.........(((((((((((...)))))).((((....)))).......(((((.((...........((((((....))))))..............(((((........)))))...((((....)))).)).))))).........))))).(((((..(((......((((((.((.((((((.(((((((((.....))))))).)).)))))).)).((((((....))).))))))))).....))))))))(.((((((((....)))))))).)......................))..))))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..(((((........(((((((((((...)))))).((((....))))........(((...............((((((....)))))).............((((.......))))...((((((((....)))).)))))))..........))))))))))..((((......((((((.((.((((((.(((((((((.....))))))).)).)))))).)).((((((....))).))))))))).....))))......((((((((....))))))))(((......))).((((...))))............. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((..((((((.((((((((((.....))))).((((....)))).......(((((.((...........((((((....))))))..............(((((........)))))..(((((....))))))).))))).........))))).(((((..(((..((..((((((.((.((((((.(((((((((.....)))))).))).)))))).)).((((((....)).))))))))))..)).))))))))..((((((((....))))))))(((......)))..)))..)))..))..))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((.........)))).(((((.....))))).((((....)))).))))..((((...............((((((....)))))).............((((.......))))..)))).((((....))))..((((...((....)))))).((((......(((.....(((((.....((((((..((((((((.....))))))))...))))))....((((((....)).)))).))))).(((.....)))...((((((((....)))))))).........))).(((.....)))...))))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((......))))))..(((((((((.....))))).((((....))))........))))..........((((((((((....))))))..............(((.......))).(((((.(((((....))))))))))...))))..((((..[[[...............)))).......((((((..((((((((.....))))))))]]]))))))(((.{{{{.))).(((.}}}}.....))).(((((((.....((((((((....))))))))............((((.....))))....))))))). |
