RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00400

RNA: ASE_00400
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GAGGAAAGUCCGGGCUCUAGAGGGCGCGGCGGUCGUUAACAACGACUGUCCUGACAUGUACAGGAUAAGGAAAGUGCCACAGAAAAUAUACCGCCCUGAGCUUGUCGAAGGGUAAGGGUGAAAUGGUGAGGUAAGAGCUCACCAGUAUCCCAAGUGAUUGGGAUAGCUUGGCAAACCCCGCUGAGAGCAAAACCAAAUAGGGGAGCACUGAAAUGUACAUCAUUUCAUCAAGUGGCCCGCUUGAAGCUCCCGGGUAGGUUGCUAGAGGUACCUGGCAACAGGUAUCCCAGAUGAAUGACCAUUACCCCAACCAUCUGAUUGGGGGACAGAAUCCGGCUUAU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((((.......)))))).)((...(((((............((((((((((.....))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......((((((..(((((((.....)))))))((((((.]]]])))))).)))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((((((....)))))))))......))))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...(.(((.((((....)))).))))..(((((...))))).(((((((.......))))))).(((...(((((.((.........((((((..((((......)))).))))))...(((((((.......))))))).((((((((....)))))))).)))))))..((((......((((..(((..((..((((((...((((((.....)))))).(((((((...))))))).))))))..)).)))))))...((((((((....)))))))).((((((..((..........))..))))))...)))).......)))..))).)
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................((((((.....)))))).............................................(((((((.....))..)))))...((((....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....((....)).))))...(((..((((......((((((.......................(((((...)))))...)))))).....)))))))...((((((((....)))))))).......................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((..(((((...((((((.((((((((((...))))))))))(((....((((............))))..))).........)))))))))))((((....(((..((((....(((((((.......))))))).((((((((....)))))))).........))))..(((..(((((.(((......((((((..(((((((.....)))))))(((((((...))))))).)))))).)))...)))))...((((((((....)))))))).))).......)))....((((((........))))))))))......)))))..
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................(((((((.......))))))).........................(((((...........)))))..........(((((((.......))))))).((((((((....)))))))).....................................................................................................((((((((....)))))))).......................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((........((((((((((.....))))).((((...........))))........................(((((((((((...)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))..............((((((.......................................))))))...............((((((((....)))))))).......................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((((((........((((.(((((.....))))).((((...........))))..........................(((((((((...)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))..............)))))))))..((((......((((((......................(((((.....)))))..)))))).....))))......((((((((....))))))))..............................................)).......
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(........).(...(((((((.....)))))))(((((.......)))))..........................)(((((.................)))))....(((((((.......))))))).((((((((....))))))))....(((.......)))...(((..((((......((((((..(((((((.....)))))))(((((((...))))))).)))))).....))))))).(.((((((((....)))))))).)................((((((.(....).)))))).................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((.(((.............((((((.....))))))...........................................(((((((...........)))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))...................))).....((......(((((.........................................))))).....))........((((((((....))))))))..................(..................)........)))......
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((.....((((...((((((.......))))))(((((.......)))))...((...(((((............(((((((...........)))))..))....(.(((((((.......))))))).)(((((((....))))))).....)))..))))))))..)))...((((......((((((...((((((.....)))))).((((((.....)))))).)))))).....))))......((((((((....))))))))..................((((((.(....).)))))).......))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(.((((((((....))))((..((((((((...))))))))(((((.......)))))........).................)(((((..((((......)))).)))))....(((((((.......))))))).((((((((....)))))))).((((((.......))))))(((..((((......((((((..(((((((.....)))))))((((((((.)))))))).)))))).....))))))).(.((((((((....)))))))).)................((((((.(....).))))))........)))))....
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.....((.(((((((((........(((((((((((...))))))(..((((.......))))...).......(((............((((((((..(.....)))))))..)).......((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))......)))))))))(..((((......((((((......................(((((.....)))))..)))))).....))))).....((((((((....)))))))).............................................))))))))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........(((((((((((...))))))...((((.......))))...........(((............(((((((.(.(.....)))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))......))))))))))..((((......((((((......................(((((.....)))))..)))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).))..........................................)))))))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..((((....))))..((((((((((...))))))))))[[[....[[[[.)))).......]]]]..]]]......(((((((((..((((......)))).))))))...[[[[[[[)))....]]]]]]].((((((((....)))))))).((((((.......))))))(((((.(((......((((((..(((((((.....)))))))(((((((...))))))).)))))).)))...)))))...((((((((....)))))))).((((((...........[[[[...))))))....]]]]................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.(((....(((((.(((((((((...)))))))))((((.......)))).........))))).............((((((..((((......)))).))))))...(((((((.......))))))).((((((((....)))))))).((((((.......))))))((((..(((......((((((...((((((.....)))))).(((((((...))))))).)))))).....)))))))...((((((((....))))))))...((((......)))).((((((........))))))...))).))))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((................((((((((...))))))))(((((.......))))).........((((.............((((((.................))))))...(((((((.......))))))).((((((((....))))))))..[[)))).........]]..((....((......((((((..(((((((.....)))))))((((((.....)))))).)))))).....))..))....((((((((....))))))))..................((((((........))))))........)))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.........(((((((............((((..((((((((...)))))))(((......))).........(((...........(((((.(((.........))).))..)).).....((((((.......)))))).(.((.((((....)))).)))....))).......)...))))....(((......(((((((......((...............((((...))))).))))))....)).))).....(.(((((.((....)).))))))........).)))))).................................))...
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((.(((((((........................(((.....(((.......)))...........).))...............((((.((......))))))...(((((.....(((((.(...).)))))..(((((((((....)))))))).)..((....)).)))))))......(((..((..((((((......................((((((...))))))..))))))..)).)))..((.(.((((((((....))))))))).)).....))))...).....................)))))..))....))..
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((.....(((((..((((((((...))))))))(((((.......)))))........))))).............((((((...(((......)))..))))))...(((((((.......))))))).((((((((....))))))))..(((((.......))))).((((..(((......((((((...((((((.....)))))).(((((((...))))))).)))))).....)))))))...((((((((....))))))))...((((......)))).((((((........))))))....)).))))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((((...((((((.((((((((((...))))))(((((((.......))))))).......)))).............))))))))))(((((((.......[[[[....(((((((.......))))))).((((((((....))))))))..))))))).(((((.....(((((.(((......((((((..(((((((.....)))))))(((((((...))))))).)))))).)))...)))))...((((((((....)))))))).((((((..........]]]]....))))))..)))))........)))).....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((....)))).((((((((((.....))))).((((((.......))))))..((....((((...........((((((((((.....))..)))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))..)).)))))..(((..((((......((((((.................(((...(((((...)))))))))))))).....)))))))...((((((((....))))))))..................((((((........))))))........)))))))..
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((..(((((....(((......(((((.....))))).........((((...))))..........................)))...............(((..((((.....((.((.((....)))).))..((((((((....)))))))).........)))).))).)))))..(((.......((((((.......................................))))))......))).)....((((((((....))))))))..........))))............................)))..........
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((...........)))).)((...(((((.((.........(((((((((.......)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((......................(((((.....)))))..))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).............................((.(....).)..).)
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((...........)))).)((...(((((.((.........(((((((((.......)))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((......................((((((...))))))..))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))...............(......................(....)).....)
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((...........)))).)((...(((((.((.........(((((((((.......)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((......................(((((.....)))))..))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....).............................((.(....).)..).)
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((...........)))).)((...(((((.((.........(((((((((.......)))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((......................((((((...))))))..))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))...............(..................(........)).....)
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((...........)))).)((...((((..((.........((.((((((.......))))))...)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)...))..))))))))))))))..((((......((((((......................((((((...))))))..)))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).))......................................(....)......)
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((.((((....)))).))).(((((((.........(((((((.......))))))).((....(((((.((.........((((((..((((......)))).))))))...(((((((.......))))))).((((((((....)))))))).)))))))....)).(((..(((((.(((......((((((...((((((.....)))))).(((((((...))))))).)))))).)))...)))))...((((((((....)))))))).)))...)))))))....((((((...[[[[.))))))..]]]]...........
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.(((....(((((..((((((((...))))))))(((((.......)))))........))))).............((((((..((((......)))).))))))...(((((((.(....)))))))).((((((((....)))))))).((((((.......))))))((((..(((......((((((..(((((((.....)))))))(((((((...))))))).)))))).....)))))))...((((((((....))))))))...((((......)))).((((((........))))))...))).))))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((...((((....)))).....(((((((..((((...(((((((.......))))))).......((((..........(((((((((...........)))))...))))...(((((((.......))))))).((((((((....)))))))).((((((.......))))))...............((((((..(((((((.....)))))))(((((((...))))))).)))))).)))).)))).....((((((((....)))))))).......)))))))....((((((........))))))..........)))))..
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((...........)))).................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....)))...............................................................................(((...((....))...))).......................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((...........))))..((....((((............(((((((((((...)))))))))..)).......((.((.((....)))).))..((((((((....))))))))....))))...))))))))))))............((((((.......................((((.....))))...)))))).(((......((.(.((((((((....))))))))).)).......)))................................)))))))..
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((....(((.((((....)))).))).(((((((.........(((((((.......))))))).((....(((((.((.........((((((..((((......)))).))))))...(((((((.......))))))).((((((((....)))))))).)))))))....)).(((..(((((.(((......((((((...((((((.....)))))).(((((((...))))))).)))))).)))...)))))...((((((((....)))))))).)))...)))))))....((((((.(....).)))))).......))).......
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((....((.((.((((....)))).))))(((((((.........(((((((.......))))))).((....(((((............((((((...(((.....)))...))))))...(((((((.......))))))).((((((((....))))))))...)))))....)).(((..(((((.(((......((((((..(((((((.....)))))))(((((((...))))))).)))))).)))...)))))...((((((((....)))))))).)))...))))))).)).((((((........)))))).................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((...((((((.(((((((((.....))))))((((((.......)))))).........)))...(........)))))))))))(((((...((((((.(((.(..(((((((.......))))))).((((((((....))))))))...((((((..(((((.....))............((((((..(((((((.....)))))))(((((((...))))))).)))))))))....))))))(.((((((((....)))))))).).......).))).))))))...(((......)))..)))))...)))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((((((...((((.((.(.((((((((.(((.(((((((..)).))))).((..)))))).(((..........((((((((.((..)).).)))))..)))))(.((((((((((..)).))))))))((((((((....)))))))).)))))))))))))))....)....((((.((..(((((((.(((((((((...))))))))..(((((...))))).)).))))))..))))))))))))(((((((((..))))))).))((......))..(...(((((((.(....).)))))))...)).))))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................(...).((....)).........(((....................)))..........................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................((..................................(........(..(......).......)..............).......((.........(.(.......((((((...))))))..).)....))...(((.((...((((((((....))))))))..))......)))..((..(((.(.........)))).....)).......))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((..(((.............(((((.....))))).((((((.......))))))........(((((............((((((.................))))))...(((((((.......))))))).((((((((....))))))))...)))))............((((..(((......((((((...((((((.....)))))).(((((((...))))))).)))))).....)))))))...((((((((....))))))))..................((((((.(....).))))))...)))..)))))))..
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((....(((.((((....)))).))).(((((((...)))))))((((((.......))))))..(.....((((..........(((((((((...........)))))...))))...(((((((.......))))))).((((((((....))))))))....))))....).......((((..(((......((((((...((((((.....)))))).(((((((...))))))).)))))).....)))))))...((((((((....))))))))....(((......)))..((((((........)))))).......))).......
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((....(((.((((....)))).))).(((((((.........(((((((.......))))))).((....(((((.((.........((((((..(((........))).))))))...(((((((.......))))))).((((((((....)))))))).)))))))....)).(((..((((..(((..((..((((((...((((((.....)))))).(((((((...))))))).))))))..)).)))))))...((((((((....)))))))).)))...)))))))....((((((........)))))).......))).......
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..........))))..(((.(((((.....))))).((((((.......)))))).........))).............((((((..((((......)))).))))))...(((((((.......)))))))..(((((((....))))))).(((((((.......)))..))))............((((((...((((((.....)))))).((((((.....)))))).)))))).(((.(((((.....((((((((....))))))))...((((......))))....))))).((((.((....)))))).....)))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((((....))))..(((((((((.....))))).((((((.......))))))........)))).............((((((..((((......)))).))))))...(((((((.......))))))).((((((((....)))))))).((((((...<<<<))))))..............>>>>......((((((.....)))))).(((((..{{{{{)))))......}}}}}....(((......[[[[[[))).]]]]]].....((((......)))).((((((...aaaa.))))))..AAAA..)))).....

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