RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00401

RNA: ASE_00401
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GAGGAAAGUCCGGGCUUCUCAGGACAGGAUGGUCGAUAACGUCGACCGGCCGCGAGGCCAGGGAAAGUGCAACAGAGAGUAGACCGCCGAACGGUCCGCUUCGGCGGGCGCGUGGCAAGGGUGAAACGGUGCGGUAAGAGCGCACCAGCGAUCGGGGUGACUCGAUCGGCUUGGUAAACCCCAUCCGAAGCUAGACCAAACAGAGCGGAGUUGUUUCAACCGGCGCCCCCGCGGCGUCGGUUGGCACACAAGGCGGUCCGUCUUGUCAACCACGUUCGGGUAGGUCGCGAUUGAGGCGGCGAGCAAUCGUCGUGCACAGAUAAAUGAUCGUCGUCGAUCUUGUGUCAGGCACAGUUCGCUGUGUGGCACAGUUCGUCACAGAACCCGGCUUAU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((..(((((((((.....))))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((.....(((((.....(((((((((((((((.....)))))))))))))))(((((((.]]]])))))))......))))).....))))........((((((((....))))))).).................(((((.((((((((..((((((....)))))))))))))))))))......))))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....(((((.((((...(((.....((((((..(((((..((((((....)))).))....((((..(((...((.(((((((....((((.(((((((.(((.(..((.((((........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))).))..))))..)))))))..)))).....(((((..((((..((((((((((((.....))))))))))))...((((((((...))))))))))))..))))).))).))))))..)))..(((((((....)))))))))))........)).)))..)))))).((((((..((((((....))))))))))))....)))..)))))))))))).)
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(..........)......((((((...)))))).((((....))))........................(((((.........................)))...))......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.((((...(((..(((((.((((...(((..((((((....)))).))....((((..(((........((((((((........)))))))).(((.((((..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))...))))((((.....(((((..((((..((((((((((((.....))))))))))))...((((((((...))))))))))))..))))).....))))))).)))..(((((((....))))))))))).))).....)))))))))....(((((((..((((((....)))))))))))))...)))..))))))))).....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((((........................................................................................................................................................................)))))).........................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((.....(.............).....)))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))............((((((...............................................................)))))).................((((((((....))))))).)..............................................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((........((((.(((((.....))))).((((....))))..........................(((.....(.............).....)))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))..............)))))))))..((((.....((((((.........................................(((((.....))))).......)))))).....))))........((((((((....))))))).)..............................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(.(((((................(((((((...)))))))((((....))))......................((((.((....((((.(((((((.(............((((.....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))......)))))..)))))))..)))).....(((((..(((((.((((((((((((.....)))))))))))).))((((((((...)))))))).)))..)))))))...)))).........(((((((....)))))))............(((((....))))).((((((..((((((....)))))))))))).............))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(.((((.((((............(((((((...)))))))((((....))))..........................(((.........................)))...........((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)................))))....(((.....................................................................................))).........((((((((....))))))).).....................................................................)))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((.............((((((....)))).))(...((((.............(((((..(((((((((....)))))).))))))..)).......((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)...))..)))))))))))))...((((.....(((((....(((.((((((((((((.....)))))))))))).)))((((((.....)))))).......))))).....))))........((((((((....))))))).).................(.(((.((.(((((..((((((....))))))))))))).))).)......))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.(((((..........(((((((...)))))))((((....)))).).....((((........((.((((.((....((((.(((((((.(............((((....(((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..)...)))))..)))))))..)))).....(((((..(((((.((((((((((((.....)))))))))))).))(((((((((.))))))))).)))..)))))))...)))))).......(((((((....)))))))))))........(((((....)))))(((((((..((((((....)))))))))))))........))))))))))))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..........(((((........(((((((((((...)))))).((((....))))........................(((((.....(((((......)))))....)))..))(......((((((.......))))))..((((((((....))))))))..........)..))))))))))..((((.....(((((....(.....................................(((((.....)))))....)...))))).....))))......(.((((((((....))))))))..).......................................................................)))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((....[[[[[.)))).....(((((((...)))))))((((....)))).]]]]]....................((((....((((((....))))))...))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))..[[[[...))))...]]]].....((((.....(((((..((((..((((((((((((.....))))))))))))...((((((((...))))))))))))..))))).....))))(((((((.[[[[[[[[.))))))).................]]]]]]]](((..(((((((..(((((....))))))))))))[[[[)))...]]]].........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((((...(((.(((.(((((((...)))))))((((....)))).......(((((...((..((...(((((..(((((((((....)))))).)))(((..(((((....((((((.......))))))((((((((((....))))))).))).((....)).)))))...))).((((.....(((((..((((..((((((((((((.....))))))))))))...((((((((...))))))))))))..))))).....))))........)))))...))..))....)))))........(((((....))))).((((((..((((((....)))))))))))).))))))..))))))))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((((...(((.....((((((.....))))))((((....)))).......((((...........(((((([[[[((((((((....)))))).))..))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).....................................((..(((...((((((((((((.....))))))))))))...((((((((...)))))))).)))..))]]]]....)))).........(((((((....)))))))))))........(((((....))))).((((((..((((((....))))))))))))....)))..))))))))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((............((((........(((((((((((...)))))))(((......))).........(((...........(((((((((....(............).))))))..)).).....((((((.......)))))).((((.((((....)))).))).)..))).......))))))))....(((......(((...(..((.....(((...(...........................((...))))....).).)))))....)..))).......(.(((((.((....)).)))).)).......................................................................))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.((..(((((.............((((((...)))))).((((....))))..........................(((..(..((((((....)))))))...)))...((((...(((((((.(...).)))))))..(((((((....)))))))....(((....))))))).)))))...(((...(.(((.(..(((..(((((.....................))))).....(((((...))))....))))...))))..)..)))..(...((.((((((((....))))))).).)))..............................................).....)))............))))...
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((((...(((.(((.(((((((...)))))))((((....)))).......((((.............(((.....)))(((((....)))))......((..((..(....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..(......).)..))...))..((((.....(((((..((((..((((((((((((.....))))))))))))...((((((((...))))))))))))..))))).....)))).........(((((((....)))))))))))........(((((....))))).((((((..((((((....)))))))))))).))))))..))))))))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.(((((..........(((((((...)))))))((((....)))).))))).(((((............((((((((........))))))))...((((((..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))).(((((((...............((((.[[[[..[[[[[[[[[[[[.))))]]]]]]]]]]]]...((((((((...))))))))]]]]....)))))))..)))))).......((((((....)))))))))))........(((((....)))))((((((((..((((((..))))))))))))))............))))).....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((.(((............))).....((((((.....))))))((((....)))).......................((((((..(((((((((....)))))).))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))................(((.(((........(((..(((((..(((.((((((((((((.....)))))))))))).)))........)))))..))).......)))))).......((((((...(((((((....)))))))............))))))..........((((((................))))))..))).))................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((.........................)))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..((((.(...((((((.........................................(((((.....))))).......))))))...).)))))(....(.((((((((....))))))).))..).....)....................................................((.(....).)..).)
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((.........................)))..)).))....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((..((.((((((.........................................((((((...)))))).......))))))..)).)))).(..(...((((((((....))))))).)..)).........................................................(........)......)
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((.........................)))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((....((((((.........................................(((((.....))))).......))))))...).)))))(....(.((((((((....))))))).))..).....)....................................................((.(....).)..).)
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((.........................)))..)).))....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((..((.((((((.........................................((((((...)))))).......))))))..)).)))).(..(...((((((((....))))))).)..))................................................................(...)....)
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((.........................)))..)).))....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((.....((((((.........................................((((((...)))))).......)))))).....)))).(......((((((((....))))))).)...)................................................................(...)....)
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((((...(((.....((((((..(((((..((((((....)))).))....((((..(((...((.(((((((....((((.(((((((.(((....((.((((........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))).))...)))..)))))))..)))).....(((((..((((..((((((((((((.....))))))))))))...((((((((...))))))))))))..))))).))).))))))..)))..(((((((....)))))))))))........)).)))..)))))).((((((..((((((....))))))))))))....)))..))))))))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((((...(((.(((((((((((...)))))))((((....)))).......(((((....................(((((([[[[[...)))).))...((({{{{{....((((((.(....))))))).(((((((((....)))))))).))))........}}}}}]]]]]..((((.....(((((..((((..((((((((((((.....))))))))))))...((((((((...))))))))))))..))))).....))))..........((((((....)))))))))))........(((((....))))).((((((..((((((....)))))))))))))))))))..))))))))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.((((........((((((((............((((....)))).......((((...............((((....((((((....))))))...))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).......((((.....(((((..((((..((((((((((((.....))))))))))))...((((((((...))))))))))))..))))).....)))).........(((((((....))))))))))).......)))))))).......(((((((..((((((....)))))))))))))........))))))))).....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))...........................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....)))...........................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))..(((((........((((((((((.....))))).((((....))))...........................................................((((.....((.(((.......))).))..((((((((....)))))))).........))))))))))))))..(((...((.((((((...............................................................))))))..))..))).........(((((((....))))))).................................................................(.......)......
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((((...(((.....((((((..(((((..((((((....)))).))....((((..(((...((.(((((((....((((.(((((((.(((.(..((.((((........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))).))..))))..)))))))..)))).....(((((..((((..((((((((((((.....))))))))))))...((((((((...))))))))))))..))))).))).))))))..)))..(((((((....)))))))))))........)).)))..)))))).((((((..((((((....))))))))))))....)))..))))))))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((....(((((((...))).)))).....(((((((.((((((.((((((....)))).))....((((..(((...((.(((((((....((((.(((((((.(((....((.((((........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))).))...)))..)))))))..)))).....(((((..((((..((((((((((((.....))))))))))))...((((((((...))))))))))))..))))).))).))))))..)))..(((((((....))))))))))).......))).))).))))))).((((((..((((((....)))))))))))).)).(((.........)))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((((...(((.((((((((((..((((((.((((((....)))).))....((((..(((...((.(((((((....((((.(((((((.(((.(..((.((((........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))).))..))))..)))))))..)))).....(((((..((((..((((((((((((.....))))))))))))...((((((((...))))))))))))..))))).))).))))))..)))..(((((((....))))))))))).......))).)))..)))))).((((((..((((((....)))))))))))))))))))..))))))))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((((((..)).(((.(((((((...))))))).)))((((...(((((...((((((((((((....(((((((((((((..((((((((((((.(.(.((((.(((..)))((((((((..)).)))))).((((((((((..))))))))).))))).))).)))).)))))))...)))((((((.((..))))))))((((((((((......).)))))))))....))))))))))...)))))...(((......)))......((((((((.......).))))))))))))))....)))))....))))((..(.((((((..(((((((..))))))))))))))..))....))))))))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................(((.........)))........(.....(..(...)..)..((...)).(..............................................)..)...................................(.(...).).........................((.......))...
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................(.(((......)))..(.......)........(..(..................(((.((........))..)))..............(...(....).).......).).....)..........(............................((.))..)....(..............).........................((.......))...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((((...(((.(((.((((((..(((((..((((((....)))).))....((((........((.(((((((....((((.(((((((.(((.(..((.((((........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))).))..))))..)))))))..)))).....(((((..((((..((((((((((((.....))))))))))))...((((((((...))))))))))))..))))).))).)))))).......(((((((....)))))))))))........)).)))..)))))).((((((..((((((....)))))))))))).))))))..))))))))))))..
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((...(((..((..(((((((...)))))))((((....))))........(((........))).(((((((..((((((((....)))))).))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))...........))..))))))))..((((.....(((((..((((...(((((((((((.....))))))))))).....(((((((...))))))).))))..))))).....)))).........(((((((....)))))))...........................(((((((.(((........))).))))))).......................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((((...(((.....((((((..(((((..((((((....)))).))....(((((...((..((...(((((..(((((((((....)))))).)))(((..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))...))).((((..((.(((((..((((..((((((((((((.....))))))))))))...((((((((...))))))))))))..)))))..)).))))........)))))...))..))....)))))........)).)))..)))))).((((((..((((((....))))))))))))....)))..))))))))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((.....)).)))).....((((((.....))))))((((....)))).......((((...........(((((.....)))))(((....))).))))..(((...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))..((((..........)))).))).((((.....(((((..((((..((((((((((((.....))))))))))))....((((((.....)))))).))))..))))).....)))).......((((.((((....)))).((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).)))).((((......))))...))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..[[[[.....)))..]]]].....((((((.....))))))((((....)))).......................((((.....))))((((....))))..((((((...((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))<<<<<<...))))...>>.>>>>....(((....(((((....)))))...((((((((.....)))))))).)))...(((((((.....)))))))...)))))).((((...((((({{{{{..)))))...}}}}}...((((...((((...(((((....)))))...))))..((((((....)))))).))))..(((......)))))))......

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