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GAGGAAAGUCCGGGCUCCGCAGGACAGGAUGCCAGGUAACACCUGGGGGGCGAGAGCCUACGGAAAGUGCCACAGAAAAUAUACCGCCCUGUUUUGGCAGGGUAAGGGUGAAAUGGCGCGGUAAGAGCGCACCGCAUGGCUGGUAACAGGCAUGGCAGGGUAAACCCCAUCCGGAGCAAGACCAAAUAGGGGAACACUGGUGUGGUCCGCACUGUUCCCGGGUAGGUUGCACGAGGUGCUUGGUGACGAGCAUCCCAGAUGAAUGACUGCUCAACGACAGAACCCGGCUUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((....)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....))))))))............................))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((((.....))))).((((....))))........(((...............(((((((....)))))))..(((((....((.(((.......))).)).((((.(((....))).)))).............)))))...)))......................(((.....)))................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((....)))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((..................))))))...............((((((((....))))))))...................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((....)))))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).......((((......((((((..................)))))).....))))......((((((((....))))))))...................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..........(......((((((...)))))).((((....)))).........((...............((((((......))))))...........((.(((.......))).)).((((.(((....))).))))))...................((..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))))..(.((((((((....)))))))).)............).............)))))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((....)))))))..))........((((.......)))).(.(((((.(((....))).)))).).))))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))............................)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.(((........(((((((((((...)))))).((((....))))..........(((..........((((((((((....)))))))..)).)....)))(((.......)))....(((((.(((....))).)))).).(((....)))))))))))((..((((......(((((((...((((((.))))))))))))).....)))))).((.((((((((....)))))))).).)........................)))))))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................((((.((....)).))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................((((((.....((.......))..))))))...............((((((((....)))))))).................................))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((........(((((((((((...))))))(((((....)))).).......................((((((((....)))))))..)((......((((((.......)))))).((((((((....))))))))..........)).))))))))((..((((.(....((((((......((.....))...))))))...).))))))....((((((((....))))))))............................)))))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((...)))..(((((((((((...)))))).((((....))))..((......))..........(((((((((((....)))))))...))))....((.(((.......))).)).((((.(((....))).))))...(((....)))))))).(((((.((((......(((((((...(((((...)))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).((......))..)))))..........)))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........((((((((........)))))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((...(..((((((...((((((...))))))))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))..................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.............((((((...)))))).((((....))))...........................(((((......)))))...(((((....((((((.(...).))))))(((((((((....))))))))..)..........)))))))))..((.((......(((((((...(((((...)))))))))))).(((..(((....(.((((((((....)))))))))....................)))...))).))))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((........)))..((((((...)))))).((((....))))..((......)...........(((((((((((....)))))))...))))....((.(((.......))).)).((((.(((....))).))))...(((....)))....).(((((.((((......(((((((...(((((...)))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).((......))..)))))..........)))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))........(((((.........((((((((((((..))))))))..............(((((........)))))......)))).......)))))((((..))))))))))))))............(((((((...(((((...))))))))))))((((((.........((((((((....))))))))............))))))...........))))..... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((........)))..(((((.....))))).((((....)))).......................((((((((((....)))))))...))).....((.(((.......))).)).((((.(((....))).))))...(((.....))).......((..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))))....((((((((....)))))))).....(((........))).........)))))))).. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.....................((((....((((....))))..........................(((((........)))))...)))).......(((.......)))....(((.((((....)))).)))..................))))...........................................................(((((((....)))))))........................(.......)...... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))(..((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..(.........((((((((((....)))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......)))))))))))))(..((((..((..((((((...(((((.....)))))))))))..)).)))))...(.((((((((....)))))))))).....................(.(....))...... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((....)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....((((((...(((((.....)))))))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)............((.(....).)..).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))((.((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..(.........((((((((((....)))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......)))))))))))))(..((((..((..((((((...(((((.....)))))))))))..)).))))).....((((((((....)))))))))).....................(.(....))...... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((((............(((((.....))))).((((....)))).))))..((((((.........(((((((((((....)))))))...))))...)))))).....((((......((((.(((....))).))))...(((....)))((((.((.((((.(((......((((((...((((((...)))))))))))).)))...))))....((((((((....)))))))))).)))).......))))..........)))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((........)))..((((((...)))))).((((....))))......................(((((((((((....)))))))...)))).......(((.......)))...(((((.(((....))).)))).).(((....)))......(((((.((((......(((((((...(((((...)))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).............)))))..........)))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......((((...(((((((......((((..((((....)))).......(((((..........(((((((((((....)))))))...))))...(((((((((........)))))...))))......)))))..)))).....((((....................))))....))))))).))))...(((((...((((((.........((((((((....))))))))............))))))...)))))..)))))..... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))..............................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))..........................................................(((...((....))...)))...................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((....)))))))..((((........(((.......)))....(((..(((....)))..))).........))))))))))))).............((((((..................))))))...............((((((((....))))))))............................)))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((....((.((((...(((((((((..(.((((..((((....))))..((...((((((.........(((((((((((....)))))))...))))...)))))).........((.(((((((.(((....))).))))...(((....)))....))).))....))...)))))..)).))))))).)))))).(((((...((((((....(((..((((((((....))))))))...).)).....))))))...)))))..)))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((....((.((((...(((((((((..(.((((.(((((....)))..((((...((((..........(((((((((((....)))))))...)))).......(((((........)))))(((.(((....))).)))))))(((.....))).))))........))...)))))..)).))))))).)))))).(((((...((((((....(((..((((((((....))))))))...).)).....))))))...)))))..)))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.((((((((((((((.(((((.....)))))))((((..))))..(((((..(..........)..))))).))))))))).).))....((((.......(((......).)).(((((((((((((..))))))))).).)))...))))(((.(((...)))(((.((..((((((((.(((((..)))..)).))))))))..))))).((..))((((((........)))).))((..)).))).(((.((...)))))).)))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................(.......)....(........).............................((.......))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................(.(...).)...............(...).((...))..............(..........((.....)).).....................................(....(....(((....)))...)....)....................((.......))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..............((((((...)))))).((((....))))......................(((((((((((....)))))))...)))).........................(((.(((....))).))).................................................................................((((((((....)))))))).........................)).)))))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))..((......))..........(((((((((((....)))))))...))))....((.(((.......))).)).((((.(((....))).))))...(((....)))))))))))))..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).............................))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((((............(((((.....))))).((((....)))).))))..((((((.........(((((((((((....)))))))...))))...)))))).....((((......((((.(((....))).))))...(((....)))((((.((.(((..(((..((..(((((((...(((((...))))))))))))..)).))))))....((((((((....)))))))))).)))).......))))..........)))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........))))......(((((.....))))).((((....)))).......((((...........(((((((((((....)))))))...)))).....((((.......))))...)))).(((.((.....))..))).((((...((((((..((.......))..)).))))......(((((.....)))))......((((((.........((((((((....))))))))............)))))).........))))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..((((..........))))......(((((.....))))).((((....))))......((((((..........[[[[(((((((....)))))))...)))......((((]]]]...)))).((({{{{..))).......}}}}..........((((((..((.......))..)).))))...))).((((.....))))...))).((((.....(((.....))).(((....<<<<<<<))).......>>.>>>>>.........))))....... |
