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GAGGAAAGUCCGGGCUCCGCAGGACAGGGUGCUGGGUAAUGCCCAGUCCCGGUGACGGGAAGGAAAGUGCCACAGAAAGGAGACCGCCCUGUCAGAUAUGCAAAUAUCCGGCAGGGUAAGGGUGAAAGGGCGAUGUAAGAGCUCACCAGUCUCGCCGGUGACGGCGGGAGCUCGGUAAACCCCACCUGGAGCAAGGCCAAAUAGGGGAGCGUUUGAGGGCGGUCCGUCCGAGUUCCCGGGUAGGUCGCUUGAUUCCGCUGGCAACAGCGGGGCUAGAUGAAUGGUCAUUGUCCCGACGGCGGGUGACUGCCUCGGGGAAACAGAAUCCGGCUUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((((((((....))))))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......((((((....((((((.]]]])))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((((((((((....)))))))))))))......))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................(.((((....))))..((.....(((..............((((........................))))...........((.((.........)).))..((((((((....))))))))....))).....)).)....(((..((((......((((((......((((.....))))..)))))).....)))))))...((((((((....))))))))............................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((....(((((((((...((((..((((((((((...))))..(((((....))))).....)))))).......((...((((((((((.(((((....))))).))))))))..))......((((.........)))).)).))))(((((....))))))))))))))....((((...(((.(((((((((.....((((((......(((((...)))))..)))))).......(((((...((((((((....))))))))..)).))).))))).)))).)))..(((((....)))))..))))........)))....... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((..............)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((.....................))))))...............((((((((....))))))))............................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((.(((((.....))))).((((....)))).........(((..............(((((((((..............)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))).......)))))))))..((((......((((((.....................)))))).....))))......((((((((....))))))))............................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(((.(((((((...))))))))))(....)...........................((((((((((.(((((....))))).))))))))..))((.....(((.........))).)).......((((....))))((((((((((.........(((............................)))((.....))))))))))))...............((((((((....)))))))).....((......))...((((((.(((((....))))))))))).................. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((..(((............((((((.....))))))((((....))))........................(((((((((..................)))))))..)).......((.((.........)).))((((((((((....)))))))).))...............)))((..((((......((((((......(((((...)))))..)))))).....))))))....((((((((....))))))))..................(((((...((((....))))..))).))........))))..... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((.(((((....))))).))))))))..))......((((.........))))...((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......((((((......((((.....))))..)))))).....)))).......(((((((....)))))))....................(((((.(((((....)))))))))).........)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........)))).(((.(((((((...))))))))))(....).......................((((((((((((((.(((((....))))).))))))))..)(((....((((.........))))))).)))))((((....))))((((((((((.........(((.((((....((.....)).....)))).)))((((.))))))))))))))..((((((((.....((((((((....))))))))....((((....))))(.((((((.(((((....))))))))))).)........)))))))) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...........((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).........(((............((((((((....(((......)))....))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))......)))))))))(..((((......((..................)...........).....)))))...(.((((((((....)))))))))...................((......))............................))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[....)))...]]]]..((((((((((...))))..(((((....))))).....))))))(((........(((((((((((.(((((....))))).))))))))...)))....[[[[..)))....]]]](((..((((((((....))))))))[[[[)))............]]]].....(((((..[[[[[[))))).(((((...)))))..]]]]]]..((((((((.....((((((((....))))))))...(((((....))))).((((((.(((((....)))))))))))..........)))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..(((...((((.((((((...))))))(((((....))))).((......))...........(((((((((((.(((((....))))).))))))))...)))....((((.........))))(((((((((((((....)))))))).)).)))..))))..))))))))..((((......((((((......(((((...)))))..)))))).....))))........((((((....))))))(((((......)))))....((((((.(((((....))))))))))).........))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((..............(((((.....)))))(((((....))))).........................((((((((.(((((....))))).))))))))..........((((.........)))).....((((((((....))))))))...................))))....((..................((((((....................[[))))))..((((((((....))))))))..........))......((((((.(((((....))))))))))).........))))]]... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...........(((((........(((((((((((...))))))).((......))..........(((...........(((((((((....................))))))..)).).....((((((.......))))))..(((.((((....)))).)))....))).......)))))))))...(((...(..(((((((....((((((...)))))))))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))........................................................)).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((.((((((...))))))..(((....)))..(((....((((.............(((((((.....((......)).....))))))..).(((...(((((((.(...).))))))).((((((((....)))))))).)))))))...))))))))))))...(((((.(..((((((......(((((...)))))..))))))..))))))..(.((.((((((((....)))))))).)))...............((.(....)))................................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((........)))..((((((...))))))(((((....))))).......((((........(((((.((((((((.(((((....))))).))))))))...((((....(((.........))))))).)))))((((....))))((((((((((...(((...(((.((((....((......))....)))).)))..)))....)))))))))).....)).)).......((((((....))))))(((((......)))))....((((((.(((((....)))))))))))........)))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.[[[[[(((.(((((((((((((((...))))))(((((....)))))........................))))))))).....)))......(((((........(((((.................)))))......)))))...)))(((((((((((....((((.(((]]]]].))).......))))..(((((..)))))......))))))))))).((((((((.......((((((....))))))(((((......)))))....((((((.(((((....)))))))))))..........)))))))) |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((........((((((((((.....))))).((((....)))).........(((...........(((((((((((.(((((....))))).))))))))...))).....((.((.((....)))).))..((((((((....))))))))....)))......))))))))).............((((((.((...(((((...))))))))))))).(((((.((((......((((((....))))))(((((......)))))................)))))))))........................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((.....(((((.....))))).))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).....................................((.(....).)..).) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((((((..................)))))))..))))(....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((...(..((((((......((((.....))))..))))))..)..)))).((.(.((((((((....))))))))).))............................................(.......).....) |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.....(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....).....................................((.(....).)..).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((((((..................)))))))..))))(....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......((((((......((((.....))))..)))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).))............................................(.......).....) |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))(..((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((((((..................)))))))..)))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......((((((......((((.....))))..)))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).))............................................(.(....).)....) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((....(((((((((...((((..((..(((((.....)))..(((((....))))).....))..)).......((..(((((((((((.(((((....))))).))))))))...)))....((((.........)))).)).))))(((((....))))))))))))))....((((...(((..((((((((.....((((((......(((((...)))))..)))))).......(((..((..(((((((....)))))))..))..))).))))).)))..)))..(((((....)))))..))))........)))....... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.................((((((...))))))(((((....)))))....(((((((((......(((((.((((((((.(((((....))))).))))))))...((((....(((.........))))))).)))))((((....))))((((((((((...(((...(((.((((..................)))).)))..)))....))))))))))..)).)).)))))....((((((....))))))((((([[[...)))))]]].((((((.(((((....)))))))))))........)))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...(((((........(((((..((((..(((((..(((((....))))).........................((((((((.(((((....))))).))))))))..)))))...((((.........)))).....((((((((....)))))))).........))))))))))))))..(((((.....((((((......(((((...)))))..))))))...............((((((((....)))))))).........)))))....((((((.(((((....)))))))))))...........))))).. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))............................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....))).............................................................(((...((....))...)))............................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))............................................................((((.....((.(((.......))).))..(((..(((....)))..))).........)))))))))))))...((((......((((((.....................)))))).....))))......((((((((....)))))))).....................................................)))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.(..((((((((((((((((...((...(((((....))))).))....)))).)))...(....)))))))))).(((((....))))).(((..(.(..(((((...((((.........))))(((((((((((((....)))))))).)).)))......)))))..).)...))).....).))))).((((.(((((..(..((((......))))..)..)))))....((((((....))))))(((((......)))))....((((((.(((((....)))))))))))...))))..))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....(((((((((....(((..(((((((((.....)))..(((((....))))).....)))))).......((..(((((((((((.(((((....))))).))))))))...)))....((((.........)))).)).)))..((((....)))).))))))))).....(((.(((((..((((((((.....((((((......(((((...)))))..)))))).......(((..((..(((((((....)))))))..))..))).))))).)))..)))..)).)))......))).(((.........)))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((((..((((((((((((((((...((...(((((....))))).))....)))).)))...(....)))))))))).(((((....)))))..)).((((..((((....((((.........))))(((((((((((((....)))))))).)).)))..)))).)))))))))..(((((..((....(((......(((((..(..((((......))))..)..)))))...(((((((....))))))))))...))..)))))....((((((.(((((....))))))))))).........))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(.((((((((((((((.((((..........)))).)))).(((.(((((....))))))))..(((.(.((((((((((((((..(((......)))..))))))))..)))))).).).)).))).))))))).((.(((........))))).(((((((((((((...((.(((..(((..)))(((((........))))).))).))..)))))))))))))(((.(((((((((.((((((((((..)))))))))).(((((((..)))))))..(..)....))))))))))))(((((......)).))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................(...........(..................................)......................................).((...))................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................(...((..........)...............((......(........(......................)....((.((.........)).))..(.(..(((....))).))................)...)).....(((.....(.((.(((......((((.....))))..))).))...)..))).((...(.((((((....)))))))...))......).....).((((....................))))................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................((..(.(((.....)))..(((((....)))))......)..))..............((((((((.(((((....))))).))))))))..........((((.........))))......(((((((....)))))))..........................(((((.....((((((......(((.......)))..))))))................(((((((....)))))))..........))))).....(((((.(((((....))))))))))................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..(((((...((...((((.((((((...)))))).((((....))))........((((...........(((((((((((.(((((....))))).))))))))...))).....((.((.((....)))).))..((((((((....))))))))....)))).))))..)).)))))..((((......((((((......(((((...)))))..)))))).....)))).......(((((((....)))))))..(........).......((((((.(((((....))))))))))).................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..(((...((((.(((((((....((..(((((....))))).))....)))).)))....(((...((((((((.(((((....))))).))))))))...(((((....((.........)))))))..((((((((....)))))))).))).....))))..))))))))..(((((..((....(((.......((((..(..((((......))))..)..)))).....((((((....)))))).)))...))..)))))....((((((.(((((....))))))))))).........))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........))))..(((((((((.....)))..(((((....))))).....)))))).............((((((......(((....)))(((....)))..))))))...((((.........)))).....((((((((....)))))))).(((((....((((....................))))..((((....))))......)))))...((((((..(((....))).((((((....)))))).....(((((....))))).((((((.(((((....))))))))))).......))))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((....bbbb..)))).((((..BBBB....))))..(((((....))))).......((((.(((..........{{{)))...(((((....))))).)))).}}}..((((....((((.........)))).....((((((((....))))))))aaaaaa...))))...AA.AAAA.....(((((....<<<<))))).((((.[[[.))))..]]]>.((((...(((....))).((((((....))))))>>>..(((((....)))))..))))..(((((....))))).((((.........))))...... |
