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GAGGAAAGUCCGGGCUCCAAAGGGCAAGAUGCCAGGUAACGCCUGGGGGGCGCGAGCCUACGGAAAGUGCCACAGAAAAUAACCGCCUAAGCAUUUCGGUGCCGGUAAGGGUGAAAAGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCACGUCUGGCAACAGUGCGUGGCUAGGUAAACCCCAUCUGGAGCAAGACCAAAUAGGGAUCCAUUGGUGUGGCCCGCACUGGAUCCGGGUAGGUUGCUUGAGGUCAUCAGUGAUGGUGGUCCCAGAGGAAUGGCUGUCCACGACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((...((((....)))).)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((.(((....(((((..((((.(((.....(((..((((....)))).)))....(((..((((.....((((.....((((....))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))..))))..)))..)))......(((((((...(((((...)))))))))))).))))..)))))((.(..(((((....)))))..).))..)))....(((((...)))))..))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................(.((.((((....))))..((....((((...........(((((................)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....))))....)).)).)((((..((((......((((((...((((.......)))))))))).....))))))))..((((((((....)))))))).................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((...((((((..((((.(((..(((((...)))))...)))..((((...(((((..........(((((...((((....)))).)))..))........(((((((........)))))))...))))).(((((((.(((((..(((..(((...(((.......)))....))).....)))...))))))))))))..))))))))..))))))..((((((((....))))))..))...)))....(((((...)))))..))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....)))).......................(((((..(((((....))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((..................))))))...............((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((.(((((.....))))).((((....)))).........................(((..(((((....))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))).)))))..............))))))))).............(((((...(((((.....))))))))))................((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.................((((((...)))))).((((....))))...............................((.......((((((............((((((.......))))))......)))))).....))...................(((.(((..((((......(((((((...((((.....))))))))))).....)))))))...((((((((....)))))))).))).......................))))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((.............((((((...)))))).((((....)))).........(((............((((...((((....)))).)))..)........((((((.......))))))..(((.(((....)))..))))))................)))))...(((......((((((...(((((.....))))))))))).....))).......((((((((....))))))))............................)))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((...((((....)))).)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))....................((((...(((........))).)))).......)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((....(((((.....((((((...)))))).((((....)))).......................(((((...(((((..(.((((((.....(((....((((((.......)))))).)))..)))))).))))))..)))..)).........((((((((..((((......(((((((...(((((...)))))))))))).....)))))))...((((((((....)))))))))))))........)))))......)).)))))))). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..(....................(((((((((((...)))))).((((....)))).........................(((...((........)).)))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))).................(((((....................)))))...............((((((((....))))))))..............................).))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((.(((((((((.........((((((((((...)))))))((((....)))).........(((.............((((..((........))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....))).......))).))))....(((.......(((.....(((((.....)))))..)))......))).....(.((((((((....)))))))))..........................)))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...[[[[[[[)))....((((...)))).......]]]]]]].(((((.......[[[...)))))...........]]](((...........[[[[[[..)))(((....((((((.......)))))).)))..]]]]]].(((((((.(((((........(((..((((.............[[[[)))).)))..))))))))))))((((((((((...)))))).))))((((....))))..]]]]...(((....[[[)))....]]]........... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((........((((...)))).(((...)))((((((((((...((...))...)))))..........((((((...(((((....((((((.....(((....((((((.......)))))).)))..))))))..)))))..)))..)))...))))).((.(((((..(((......(((((((...(((((...)))))))))))).....)))))))).)).((((((....))))))..(((......)))(((((...)))))..)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.................(((((.....))))).(((([[..)))).......]]................(((...((((.....((((((.....(((....((((((.......)))))).)))..))))))...))))..)))..................(((....((......(((((((...((((.....))))))))))).....))..)))...((((((((....))))))))...........................)))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........(((((((((((...))))))).(((....)))...........((..........((((((((............)))))..)).)......(((((.......)))))..((((((((....)))).))))....))........))))))))....(((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).))).....(.((((((((....)))))))))................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((((........((.((((((...))))))..(((....)))..(((....((((...........(((((...((........)).)))..))........(((((.(...).)))))..((((((((....)))).))))....))))...))))))))))))...(((......((((((...((((((...)))))))))))).....))).....(.((((((((....)))))))).).................................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((........(((.....))).(((...))).(((((((((...((...))...))))).............(((...((........(((......))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))))..)))...))))..((.(((((..(((......(((((((...(((((...)))))))))))).....)))))))).))..(((((....)))))...((........))(((((...)))))..)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((.....((((...))))......(((((...))))).)))))..))))....((((((.......((((...........))))[[[[[...((((......(((((((........)))))))(((((((...........)))))))..))))..[[[[[[[[[[.[[[......[[[[[[[....))))))......]]]]]]].]]]...]]]]]...((((((((....))))))))]]]]].......(((((...)))))...]]]]]... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((((............((((((...)))))).((((....))))..((....((((...........(((((...((((....)))).)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....))))...))....)))))...((((......((((((...((((((...)))))))))))).....)))).(((..((((((((....)))))).))..)))....(((((..............))))).. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((.((((.............(((((.....))))).((((....))))..((....((((...........((((((((..........))))))..)).......((((((.......))))))......(((....)))..........))))...)).....))))..........................................................((((((((....))))))))............................))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((..(((........))))))..)).))....((((((.......))))))((((((((......)).))))).)..)))..))))))))))))))..((((((....((((((...(((((.....)))))))))))...)))))).((.(.((((((((....))))))))).)).....)............(.(....))..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((..(((........))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((...(((((.....)))))))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((..(((........))))))..)).))....((((((.......))))))((((((((......)).))))).)..)))..))))))))))))))..((((((....((((((...(((((.....)))))))))))...)))))).((.(.((((((((....))))))))).)).....)............(.(....))..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........((.((..(((........)))))...)).))....((((((.......))))))((((((((......)).))))).)..)))..)))))))))))))(..((((((....((((((....((((.....)))).))))))...)))))))((.(.((((((((....))))))))).))..................(.(....))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((...((((((..((((.(((.....(((..((((....)))).)))....(((..((((.....((((.....((((....))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))..))))..)))..)))......((((((...((((((...)))))))))))).))))..))))))..((((((((....)))))).))....)))....(((((...)))))..)))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((........((((...))))((((...))))(((((((((.............))))).............(((((.((.((((...(((......))))))).((((((.......)))))).((((((((....))).))))))))))))...)))).(((.(((((..(((......(((((((...(((((...)))))))))))).....)))))))).)))((((((....))))))..(((......)))(((((...)))))..)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).))))...(((((...........(((((..((((....))))......))))).....(((((((........)))))))...))))).(((((((.(((((.........((((((((.................))))..))))))))))))))))...((((((...........((((((((....))))))))............(((((...))))).)))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).................................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....)))..........................................................(((...((....))...))).................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((.....))................(((((((((.....))))).((((....))))..((....((((...........(((((..(((((....))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....))))...)))))).....).............(((((..................)))))................((((((((....)))))))).................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((....(((((..((((.(((.....(((..((((....)))).)))....(((..((((.....((((.....((((....))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))..))))..)))..)))......(((((((...(((((...)))))))))))).))))..)))))((.(..(((((....)))))..).))..)))....(((((...)))))..)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((....((((..((((....))))......(((((.....))))).))))(((.((((((.((...(((..((((.....((((.....((((....))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))..))))..)))...((.....))......)).))).))).))).)).((.((((((..(((.(((..((((((((....)))))).))..))).)))..(((((...))))).)))))).)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..((((((...(((.....)))(((.....)))(((((((((...((...))...)))))..........((((((...(((((....((((((...(.(((....((((((.......)))))).))).)))))))..)))))..)))..)))...))))...))))))(((.((......((((((...((((((...))))))))))))((((..(((.(((..((((((((....)))))).))..))).)))..(((((...))))).))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.((...))...((((((((((((.(.(((((((..(((((..((..)).))))))))))).)).))))(((((((................)))))))....((((((((..)).))))))((..)).))))))).)(((((((.(((((((.(.((.(((((.((.(((((.((..((((((((((((((..)).).)))))))))))..))))))(((..))).((((...))))..))).)))))))).)))))))))))).)).).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................()..(...............((.....................)).....)(((.......))).....((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................................................(.(...).)...........((......)).(......).........(...........................................(((......).)).).....(.....((....(.(((....))).).))..)..(((.)))......((.......)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((.....(((.....................((((....))))........(((..((((......(((.....((((....)))))))...((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))..))))..)))...........((((((....((((.....)))).))))))........)))..(.(..(((((....)))))..).)...)).....(((((...)))))..)))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((((((..(((.......((((((...)))))).((((....))))..((......))..........((((((...((((....)))).)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...........)))...))))))..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....)))).(((..((((((((....)))))).))..)))......(((((...)))))...)))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((....(((((..((((.(((.....(((..((((....)))).)))....(((..((((.....((((.....((((....))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))..))))..)))..)))......(((((((...(((((...)))))))))))).))))..)))))((.(..(((((....)))))..).))..)))....(((((...)))))..)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((..((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))...(((....................))).)))...(((((...((((......(((((((........))))))).((((((...........))))))...))))..(((((.....((((......(((((((...((((.....))))))))))).(((.....)))...)))).(((....))).....))))).......((((.....))))...)))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).....((((((...........[[[[.....))))))]]]].))))...((((......((((.......))))..(((((<<<<<<.....)))))...>>.(((.......))).......>>>>......(((((.....(((((.{{{{))))).((((.}}}}.))))..........((((....)))).)))))..........((((.....)))).)))).)))). |
