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GAGGAAAGUCCGGGCUCCGACGGGCAGGGUGCCAGGUAACGCCUGGGGGGCGAAAGCCUACGGAAAGUGCCACAGAAAAUAUACCGCCAAUGGCUUUGGCUGUUGGUAAGGGUGAAAUGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCAUCACUGGUAACAGUGGUGGCAGGGUAAACCCCAUCCGGAGCAAGACCAAAUAGAGGAACCAAUACCUUAUGGGUAUUUGAAAGUGCGGCCCGCACUGUUCCUGGGUAGGUUGCAAGAGGUGUGCGGGGACGCACAUCUCAGAUGAAUGACUGUCCUUGACAGAACACGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((((....)))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((.(((((((...)))))))....(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(((((((((((...)))))).((((....)))).......................((((((..((((....))))..)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))...................................((.((......(((((...))))).)).))........................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..((((((...((.....(((((((.(((...((((((((((.....((((........((((((........(((((((((((((....)))))))))...(((((..(((((((.......)))))))..)))))))))......))))))))))...))))..)))).))...))).....((((........))))...)))))))....))..))))))..)).)))))...(((((((...((((((((((....))))))))))..........(((((...)))))....))))))) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((............((((((...)))))).((((....))))......................(((((((((((((....)))))))))...)))).............................................................)))))).................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((....)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((.....................................))))))...............((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((....)))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))))............((((((........................((.......))..))))))...............((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((...((((((.......(((..((((((...)))))).((((....))))........(((.............(((((((((((....)))))))))..))......(((((((.......)))))))((((((((....))))))))))).......)))....))))))..((((......((((((.(((((((...)))))))....((((((...)))))))))))).....))))....((((((((((....))))))))))........)))).))))................. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((...(((.............((((((...)))))).((((....))))........(((.............((((((..............))))..))......(((((((.......)))))))((((((((....)))))))))))(((....))).....)))((..((((......((((((......................((((((...)))))))))))).....))))))..(.((((((((....)))))))).)...........................))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((((....)))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((.(((((((...))))))).....((((.....)))).)))))).....))))....((((((((((....)))))))))).........................).)))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((...((((((...((..((((.((((((...)))))).((((....))))........((((...........((((((((((((....)))))))))..)).)....(((((((.......))))))).(((((((....)))))))))))......))))..))))))))..((((......((((((((((((((...))))))).)..(((((((.))))))))))))).....))))....((((((((((....))))))))))........)))).)))))................ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(......(((...(((((........((((.((((((...))))))(((((....)))).)......................(((((((((((....)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............)))))))))..)))........(((((......................((((((...)))))))))))................((((((((....))))))))..................................). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((....)))).(((((((((((...)))))).((((....))))..((......))..........(((((((((((((....)))))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))))))))...(((..(((......((((((.(((((((...)))))))....((((((...)))))))))))).....))))))..((((((((((....))))))))))..........(((((...)))))....)))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((............(((((.....))))).((((....))))........((((((............(((((((((....)))))))))...........((((((.......))))))....(((((....)))))))))))..............))))))....((......((((((.((((((.....))))))....((((((...)))))))))))).....))......((((((((((....)))))))))).................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((((.(.((....)).).))))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((..((..((((((.......................(((((...))))).))))))..)).))).....(.((((((((....)))))))))................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((...(((.....(((((((...)))))))((((....)))).........)...............(((((((.((....)).))))))...)..(....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)...........).)))))))..((.((.......((((.(.....................((((((...))))))))))).((((.........(.((((((((....)))))))).)..........(((((.()))))).)))))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((............((((((...)))))).((((....)))).........(((..........(((((((((((((....)))))))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))).(((.....)))...))))))..((((......((((((.(((((((...)))))))....((((((...)))))))))))).....))))....((((((((((....))))))))))..........(((((...)))))....)))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((.............((((((...)))))))))))..(((((..((((...((((((........((((((((((((((..))))))))))...))))...(((((((.......)))))))...(((((....)))))))))))((((..))))..))))..((((.(((......((((((.(((((((...)))))))....((((((...)))))))))))).)))...))))..((((((((((....))))))))))..........(((((...))))).....))))). |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.(((((........(((((((((((...)))))).((((....))))......................(((((((((((((....)))))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...((.....)).))))))))))..((((......((((((....(..................(((((...)))))))))))).....))))....((((((((((....))))))))))............(((...)))......)))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.............(((((.....))))).((((....)))).............................................((...((((.....((((((.......)))))).(((.((((....)))).))).........))))..)).)))))..(((.......((((.........................................))))......)))......((((((((....))))))))...........................(...).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((((((((..........))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((...(..((((((......................((((((...))))))))))))..)..)))).)..(.((((((((....)))))))))......................((..(...))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((........)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((......................(((((.....)))))))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..(.........(((((((((..........))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((...(..((((((......................((((((...))))))))))))..)..)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).............((..(...))).. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((((((((..........))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((......((((((......................((((((...)))))))))))).....)))).)..(.((((((((....)))))))))......................((..(...))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..[[[.[[[.((((((............((((((...)))))).((((....))))........(((...........(((((((((((((....)))))))))...))))...(((((((.......)))))))((((((((....)))))))))))(((....)).)...))))))..((((......((((((((((((((...))))))).)..((((((...)))))))))))).....))))....((((((((((....))))))))))..........[[[[[)))]]]]]....]]]]]]. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).))))...((((((............(((((((((....)))))))))...(((((..(((((((.......)))))))..)))))..........))))))........((((...(((((...................(((((((...)))))))....((((((...)))))))))))))))(((((((...((((((((((....))))))))))..........(((((...)))))....))))))) |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))..................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....))).............................................................................(((...((....))...))).................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(......(((...(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((........)))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))))))))))))..))).......((((((.....................................))))))...............((((((((....)))))))).........)..............(....)...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((...((((((...((((.....(((((.....))))).((((....))))........))))..........(((((((((((((....)))))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))....))))))..((((..((..((((((.((((((.....))))))....((((((...))))))))))))..)).))))....((((((((((....))))))))))........)))).)))))................ |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((...(((((....((((.....(((((.....))))).((((....))))........))))..............(((((((((....)))))))))..(((((....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).).(((....)))))))))))))..((((..((..((((((.((((((.....))))))....((((((...))))))))))))..)).))))....((((((((((....))))))))))........)))).)))))................ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.(((......))).(((((..((.(.(((((((((((..)))))..........)).))).)).)).(((((((((..........))))))..)))....((((((((((..)).)))))..)))((((((..)))))).)))))(((....)))(((.(........).((((((.(..)((((........))))))))))((.(((((((((((((((..((.............))..)))))))))).))))).))(((..)))))).(((((...)))))).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................(...)........(...)..........(......)...............(..).........((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((.....(.((.(..................).)))..(.........)............................(......(..(.((........((.(.(((..........))).)...)).))................................)..)....)..............(((((.....)))))................(....((((((((....))))))))...).........))))......((.......)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((.(((((...(((..((((.((((((...)))))).((((....))))..........((..........(((((((((((((....)))))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))...))))..))))))))..((((......((((((..(((((.....)))))......(((((...))))).)))))).....))))....((((((((((....))))))))))..........(((((...)))))....))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((...((((((...((((.....(((((.....))))).((((....))))........))))..........(((((((((..((....))..)))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))....))))))..((((..((..((((((.((((((.....))))))....((((((...))))))))))))..)).))))....((((((((((....))))))))))........)))).)))))................ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((....)))).)))..(((((.....))))).((((....)))).((((.....................(((((((((....)))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))..)))).(((..((((......((((((.((((((.....)))))).....((((.....)))).)))))).....))))....(((((((((......)))))))))..........((((.....))))......))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.[[[[[[.))))).((((.(((((.....))))).((((....)))).........(((..............(((((..{{{))))).aaa}}}...)))..AAA((((((.......)))))).((((((((....))))))))..bbb....))))....BBB]]]...................((((((.....))))))....(((((.<<<<)))))......>>>>.(((((...((((((((((....))))))))))..........((((]]]..))))....))))).. |
