|
|
|
GAGGAAAGUCCGGGCUCCAUAGGGCAGGGUGCCAGGUAACGCCUGGGGGGGAAACCCACGACCAGUGCAACAGAGAGCAAACCGCCGAUGGCCCGCGCAAGCGGGAUCAGGUAAGGGUGAAAGGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCGGCUGGUAACAGUCCGUGGCACGGUAAACUCCACCCGGAGCAAGGCCAAAUAGGGGUUCAUAAGGUACGGCCCGUACUGAACCCGGGUAGGCUGCUUGAGCCAGUGAGC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..............((((...[[[[.((((((((((.....)))))((((....))).)((...(((((............(((((..((((((((....))))).))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((.(....(((((.]]]])))))).)))).....))))................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((.....)).(((((....((((((..((((.(((...((((((((((....)))...(((.((((............((((((.....(((((....)))))....)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))))))))........))))).))...)))......(((((((....(((((...)))))))))))).))))..)))))))))))......) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((..(((((....((((((..((((.(((...(((((((((((..(((....(((..(((........)))....(((..((((((((....))))).))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....)))...)))).))))).))...)))......((((((....((((((...)))))))))))).))))..)))))))))))...)).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...)))))).(((....)))...(((.((((.............(((((..((((((((....))))).))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))).)).)))))))......))))))))))..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))................ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((...)))))).(((....))).......((((.............(((((..((((((((....))))).))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))).))))))))...............((((..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))))))............ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(...(((((........((((((((((.....)))))((((....))).)((...((((.............(((((..((((((((....))))).))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)...))..))))))))))))))..((((......((((((....(((((.....))))))))))).....))))))))............ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((........(((((((((((...)))))).(((....)))...(((.((((.............(((((..((((((((....))))).))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))).))))))))))......))))))))((..((((......(((((((....((((((.))))))))))))).....))))))....)))....... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((..............((((((......[[[[[[[(((....)))........(((........)))...((((.....(((((....)))))..........)))).....(((((((........)))))))(((((....)))))..))))))...........))))))....((((.......{{{{{{........)))).........]]]]]]]........}}}}}}....... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[....)))...]]]].(((((((((((...)))))).(((....)))...(((.((((............((((((..((((((((....))))).))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))))))))......))))).......((((......[[[[[[[........)))).....]]]]]]](((...[[[[)))....]]]].... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..((((.((..(((.(((((((((((...)))))).(((....)))...(((.((((..............((((..((((((((....))))).)))......))))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))))))))......))))).(((((..(((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))))))..))).)))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((((.....))))).(((....))).......((((...............(((...(((((((....))))).)).)))...........((((((.......)))))).((((((((....))).)))))))))......................(((......(((((((...(([[[...))]]].))))))).....)))................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..((((.((..(((.(((((((((((...)))))).(((....)))...(((.((((............((((((..((((((((....))))).))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))))))))......))))).((((..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))))))..))).)))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...))).(((((.........(((((((((((...)))))).........(((((((((((((........)))....(((...)))((((((.........................((((((.......))))))))))))))))).......)))))............))))).(((((..(((......(((((((....(((((...)))))))))))).....)))))))))))))....... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....)).(((((....((((((..((((.(((...((((((.(((....)))....)))).))........((.....(((.....(((((....)))))....)))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))...))...)))......((((((....((((((...)))))))))))).))))..)))))))))))....... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..((((.((..(((.(((((((((((...)))))).(((....)))...(((.((((............((((((..((((((((....))))).))))))...))).....((((((.(....))))))).((((((((....))).))))))))))))......))))).((((..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))))))..))).)))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((....((((((..((((.........(((((((((.........((((((................((((.....(((((....)))))..........)))).....(((((((........))))))).))))))......((((...))))....)))).)))))...............((((((....((((((...)))))))))))).))))..)))))))))))....... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....)).(((((....((((((..((((.(((...((((((.(((....)))....)))).))........((.....(((.....(((((....)))))....)))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))...))...)))......(((((((....(((((...)))))))))))).))))..)))))))))))....... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((......(((.((((......(((.(((.((((((...)))))).(((....)))...)))..)))......))))..((((((..((((((((....))))).))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...)))....)).(((..((..(((((((..((..(((((((....(((((...))))))))))))..)).)))..))))..)).)))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....)).(((((....((((((..((((.(((...((((((((((....)))...(((.((((........((..((((((.....(((((....)))))....)))...))).....((((((.......))))))))(((((((....))).)))).)))))))........))))).))...)))......((((((....((((((...)))))))))))).))))..)))))))))))....... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.((........))....((((.((((((((((((((..)))).)..)))((((........))))((((((..(((((((((..))))))).)))))..)))..))))))((((((..)).))))(((((.((((((..)))))))))))...((((..((((....))))..).)))....(.(((((..........)))))).))))).)))))....((((((..)).)))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...))).(((((..............(((((.....))))).(((....)))...(((.((((...............(((...(((((((....))))).)).)))...........((((((.......))))))..(((((((....))).)))).)))))))............................(((((((....(((((...)))))))))))).............)))))....... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....)).(((((.....(((((..((((.(((...((((((((((....)))...(((.((((............((((((.....(((((....)))))....)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))))))))........))))).))...)))......(((((((....(((((...)))))))))))).))))..))))).)))))....... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........))))..((((........)))).(((.......))).......((((...............((((....(((((....)))))..................((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...))))...((((....))))....(((.......))).......)))).(((((.........))))).((((.....))))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((.....(((.....))).((.....)).(((.......))).................)))).....((((....(((((....))))).........[[[[.....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...))))...((((]]]]))))....(((.......)))((((..((((..{{{{{)))).....}}}}}.((((.....)))).)))).. |