|
|
|
GAGGAAAGUCCGGGCAGCACAGAGCAAGGGUGCCUGGUGAAAGCCAGGGAGGCGCUAUCUGGCGUCGACAGUCCAGACCGGCACACUCCUCAGGAGUGUGAGAGCAACAGAGACCAAUCUAUUGUGCCAAGGCGCAAUAGCUGAAAAGGGCAAUCCUCCUCGCUGCAAUCUCCGAUCCGGCCGUUACCAGGUUGCUCGCCAAGGCCGAAAGACGAGAGCCGUCGGUGCUCGCAUCGACCGGUCUAUUCGACCGAGAAAGAUGAUCGCCAGGAACAGAACGCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[..(((.(((((((....))))))((((((((....))))))).)((..........((((((((...)))))))).(((((............(((((((((....)))))))))........)))..))))))))))))...((((....((((((.......(((.]]]])))..)))))).....))))...(((((((....)))))))(((((.....))))).........................)))))))).
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((...((((.....((...(((.((((((....))))))..((((((....))))))..........)))..((((((((...))))))))...))..............((((((((....))))))))))))....))))..)))))...(((((..(((....((((((..(((...((((.((((..............))))))))(((((((....)))))))(((((.....))))).......)))..))).)))..)))..)))))... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((((....))))))..((((((....))))))...............((((((((...))))))))..................(((((((((....))))))))).....................................(((((....................))))).............(((((((....)))))))(((((.....))))).................................. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................((((((....))))))............................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.(((((...(((..(((((.((((((....))))))..((((((....))))))....((((.......((((((((...))))))))..................(((((((((....))))))))).......)))).))))).))))))))..((((.....(((((.......(((.....)))..)))))......))))...(((((((....)))))))(((((.....)))))...........................)))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((((((..(.............)((((((....))))))..((((((....))))))....)))).......((((((((...))))))))..................((((((((((..)))))))))).......))))..)))))..........((((.....(((((.......((.......))..)))))......))))((((((((((....)))))))(((((.....)))))............................)))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((...((((..........(((.((((((....))))))..((((((....))))))..........)))..((((((((...))))))))...................((((((((....))))))))))))....))))..)))))...(((((.......(((.[[[[[)))....(((.....)))..]]]]]...((((.[[[[))))...]]]].((((...(((((..[[[))))).....)))).......]]].......)))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((..(((......(((((.....(((((((((..(((.(((.((((((....))))))......((.....))((((((((...))))))))...(((...(((..((..(((((((((....))))))))).))...((((...)))).)))..))).........))))))..))))))))))))))......)))....)))..(((((((.((((....((((...(((((.....))))).....))))..))))...........))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((...((((..............((((((....))))))..(((((......)))))...............((((((((...))))))))...................((((((((....))))))))))))....))))..)))))...(((((............((((....................))))...............((........[[[[)).(((((.....))))).....]]]].................)))))... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...))).(((......(((((.....(((((((((..(((.(((.((((((....))))))...............((((((((...))))))))...(((...(((......(((((((((....)))))))))......((((...)))).)))..))).........))))))..))))))))))))))......))).........((((((((((((....)))))).(((((.....)))))...........(.....).........)))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((..............)))))))...(((((......(((...(((((((((((......((((((.((((((((...)))))))).......(((........((((((((((..))))))))))))).....(((.......((((..((((((((((...)))........)))))))..(((..))).......)))).)))((((((((..))))))))))))))..)))))..............)))))).......)))))))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((...((((.....((...(((.((((((....))))))..((((((....))))))..........)))..((((((((...))))))))...))..............((((((((....))))))))))))....))))..)))))...(((((..(((....((((((.((((...(((.....)))..((.((((.....(((.(((((((((....))))))).))))).)))).))........)))).))).)))..)))..)))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...))).(((......(((((.....(((((((((..(((.(((.((((((.{{{))))))........}}}....((((((((...))))))))((((((...(((......(((((((((....)))))))))......((((...)))).)))..)))..)))....))))))..))))))))))))))......))).........((((((((((((....)))))).(((((..[[[))))).]]].......................)))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((................((((.((((((....))))))..((((((....))))))....)))).......((((((((...))))))))..................(((((((((....))))))))).......))))..)))))...(((((..((((.....(((((....................)))))......))))......((((....((((...(((((.....))))).....))))..))))...........)))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((...((((.....((...(((.((((((....))))))..((((((....))))))..........)))..((((((((...))))))))...))..............((((((((....))))))))))))....))))..)))))...(((((..(((..(.((((((.((((.(.((((.(((((....))(....)..)))))))(((((((....)))))))(((((.....))))).....).)))).))).))).))))..)))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((....((((...((.....))..(((..((((((....))))))..((((((....)))))).....)))...))))((((((((...)))))))).........((..((...(((((((((....)))))))))((....))))...)).)))).(((((..(((....((((((.((((...(((.....)))..((.((((.....(((.(((((((((....)))))).)))))).)))).))........)))).))).)))..)))..)))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((...((((.....((...(((.((((((....))))))..((((((....))))))..........)))..((((((((...))))))))...))..............((((((((....))))))))))))....))))..)))))...(((((..(((....((((((.((((.(.((((.(((((....))(....)..)))))))(((((((....)))))))(((((.....))))).....).)))).))).)))..)))..)))))... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((((((((((.((((..((((((.((((((...).)))))))).)))..))))..((((.......))))((.((((((((...))))))))))(((...........)))(((((((((..))))))))))))).)))))))..)))))(((((((...((((((((((((((.......))))(((((((..)).((..)).)))))((((((((.((..)).))))).)))..(((((....))))).).)))))..)))).)))..)).)).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((...((((.....((.......((((((....))))))..((((((....))))))...............((((((((...))))))))...))..............((((((((....))))))))))))....))))..)))))...(((((..(((....((((((.((((..................................(((((((....)))))))(((((.....))))).......)))).))).)))..)))..)))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((...((((.....((...(((.((((((....))))))..((((((....))))))..........)))..((((((((...))))))))...))..............((((((((....))))))))))))....))))..)))))...(((((..(((((....(((((.......(((.....)))..)))))...((((.....))))((((....((((...(((((.....))))).....))))..)))).)))...))..)))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((...((((.........))))(((((....)))))...((((((....))))))...........))))(((((((.....))))))).(((((...((((.....(((((((((....)))))))))......((((......))))........)))).....(((((....................)))))...((((.....))))..))))).((((...(((((.....))))).....)))).((((............)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......(((....((((.........))))(((((....)))))...((((((.{{{))))))........}}}.)))[[[[[[[)))..]]]]]]].(((((...............((((((....)))))).(((.((..(((.....)))..)))))(((((((......<<<<<......))))))).......>>>>>...((((.....))))..))))).((((...(((((.....))))).....)))).((((............)))).... |