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GGGGAGGAAAGUCCGGGCUUCCGAAAGACCAAGCUUGCUGGGUAACGCCCAGUGCGGGUGACCGUGAGGAAAGUGCCACAGAAAUAUACCGCCGAUGGAGGGAAACCUCACAGGUAAGGGUGCAACGGUGCGGUAAGAGCGCACCAGCAACAUCGAGAGGUGUUGGCUCGGUAAACCCCGGCUGGAAGCAAGGUGUGCUAGCGCUAAAGAACCAGGGUUGGUCUUUUCCCCAGUUCUUGGCUAGCCAGAGCCGCUAGAGGCACCUGGUAACAGGUGUCCCAGAUAGAUAACCCCCUUUGAACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
........(((.((((((((((.[[[[[[[.(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((...(((((.....))).)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..))))))))))))))...(((........(((((.(((...(((.]]]]]]]..)))...))))))))........)))......((((((((....))))))))............................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......(((.(((((.(((.((((((((((.(((((((((.....)))))..(((....))).......(((((..........(((((((..((((((....)))).)).(((....)))....).))))))..((((((((..(((((((....)))))))((.(((......))))).........)))))))).))))).......)))).)))))))))).....((((..((((......)))).((.(.((((((((....))))))))).))................)))).)))))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((((((.....))))))((((....))))...(....(((..............(((....((((....))))...)))..((.(.....((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).((....))..).))....)))...)............(((.((...((..(.....)..))..)).)))............................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((....)))))).(((((((.((((..((((.....(((((((..((((.(((((((((......(((.................))).......)))))).)))..((((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))))))).....))))..)))))..))..(((((....)))))......))))))))))))))))))))......(((....)))((((((.....((((((((....)))))))).((((............)))).........)))))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((((..............((((((...))))))(((((....)))))...............................((((....)))).................((((((.......)))))).....................................))))))).............................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.............((((..........(((.(((((((.....))))).((((....)))).......................(((((..((((((....)))).)))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))).)))).............((((((.............................))))))................((((((((....)))))))).............)))).................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((............(((((..........(((..((((((.....))))))((((....)))).........................(((..((((((....)))).)))))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))...............))).)))))..((((......((((((.............................))))))......))))......((((((((....)))))))).............)))).................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((....))))))..............(((((((...))))))).(((....))).........................((((..((((((....)))).)))))..)........((((((.......))))))..(((((((....)))))))..........................((...((((((....((((((..(((..........)))..)))))).)))))).....))....(.((((((((....)))))))).)................................... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((..............((((((.....))))))((((....)))).........................(((....(..........)...)))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))).)................)))))).....................................................................((((((((....))))))))..................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.((((((((((.........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((..((((((....)))).)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..))))))))))))))...(((..((((((....((((((..(((..........)))..)))))).))))))....)))......((((((((....))))))))............................)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(...(((.((((())))))))..............(((((((...)))))))((((....))))..........(............(((((..((((((....)))).)))))..)))......((((((.......))))))(((((((((....))))))).))(((......)))......(((..(((..((((((..(.((((((..(((..........)))..)))))))))))))....)))))).(.((((((((....)))))))).)............)...................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.............................(((((((((((...)))))).((((....)))).........................(((....(((......)))...)))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).............)).)))......................((((((....................))))))....................((((((((....)))))))).............).)..................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......(((...(((((...............(((((((...)))))))((((....))))........((((...........(((((..((((((....)))).)))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....)))))))....))))...........)))))..)))........(......(((..(((.........)))...))))......................((((((((....))))))))................)............))...... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.........)))).(((((((((.((((((((((...)))))).((((....))))......(((((..........(((((((....((((....))))...)))....((((....))))))))..((((((((..(((((((....)))))))((((((......)))......)))..)))))))).))))).......)))).)))))))))))))).((((.(((....)))[[[[[[(((..((((((((....)))))))).....)))............))))......]]]]]]. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(((((.(((.((((((((((.((((((((((...))))))(((((....))))).((......)).........(((((((....((((....))))...)))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))((.(((......)))))((....)).(((((....))))).......)))).))))))))))..(((.....)))(((((.......))))).((((((((....)))))))).((((............))))....))))))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................(((((((...)))))))((((....)))).........................(((....((((....))))...)))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))..........................((...((((((....((((((..(((..........)))..)))))).)))))).....))......((((((((....))))))))..................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((..........((.(((((((((...)))))))((((....)))).........(((..........((((((..((.(........)..)))))..)).)......(((((.......))))).((.((.(((....))).)))..).))).......)).)))))))...(((...(...(.(.(........(..((.....))......))))........)..))).....(.((((((((....))))))))).................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((......(((..(.(((.((((((...)))))).((((....)))).......................(((((((..((((....)))).)))))..))........(((((.(...).)))))..((((((((....))))))).).......))))..)))..)))....(((..(((..........((..((((((.....)))))).)))))...........))).....(.((((((((....)))))))).)................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(((((.(((.((((((((((.((((((((((...)))))).((((....))))..((......)).........(((((((....((((....))))...)))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))((.(((......)))))............((....))..........)))).))))))))))..(((.....)))(((((.......))))).((((((((....)))))))).((................))....))))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((...[[[[[.)))).(((((((((.((((((((((...))))))(((((....))))).....(((((..........((((((.....((((....))))....................))))))..((((((((..(((((((....)))))))(((........]]]]].....)))..)))))))).))))).......)))).))))))))))))))......((((..))))((((((.....((((((((....))))))))..............................)))))). |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((...)))..(((((((.............((((((.....))))))((((....))))......................((((((..((((((....)))).)))))...))).....((((((.......))))))..(((((((....)))))))...(((......)))..)))))))..(((..((((((.....(((((..(((..........)))..)))))..))))))....)))......((((((((....))))))))............))))..................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((................(((((.....))))).((((....))))..((....((((...........(((((...................)))..)).......((((((.......))))))........................))))..)).......))))).....................................................................((((((((....)))))))).........................(....)...... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((..((((........)).)))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).)))))..((((.(....((((((.............(((((.....))))).))))))...)..)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...)))).....((.(....).)..). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((..(((.((....)).).)))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..))))..)))))))).)))))..((((......((((((.............(((((.....))))).))))))......)))).(..(.((((((((....)))))))))..).........)))).......((..(...))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...)))...((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((..((((........)).)))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).))))(..(((((.....((((((.............(((((.....))))).))))))...)..)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)...)))).....((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((..(((.((....)).).)))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..))))..)))))))).)))))..((((......((((((.............(((((.....))))).))))))......)))).(..(.((((((((....)))))))))..).........)))).......((..(...))).. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...((.((.((........(((((..(((.((....)).).)))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..))...))))))))).)))))..((((......((((((.............(((((.....))))).))))))......)))).(..(.((((((((....)))))))))..).........)))).......((..(...))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((....)))))).(((((((((.(((((((((.....))))).((((....))))......(((((..........((((((((.((((((....)))).)).(((....)))..))..))))))..((((((((..(((((((....)))))))((.(((......))))).........)))))))).))))).......)))).)))))))))))))).........(((((..[[[[[))))).((((((((....))))))))...............................]]]]]. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(((((.(((.((((((((((.((((((((((...))))))(((((....))))).....((((...........(((((((..((((((....)))).)))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))((.(((......)))))....(((.......)))..)))).......)))).))))))))))..((((...))))(((((.......))))).((((((((....)))))))).((((............))))....))))))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..........(((((...((((((((((..(((((((((..(((((..(((((....)))))....................((((.......((((....))))...)))).)))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))))))).......((((......(((((....)))))......))))..))))))))))....))))).(((((......))))).....((((((((....)))))))).............)))).................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((...)))...(((.................(((((.....))))).((((....))))....................................................(((......((...............))..((....(....)....))...........)))......)))......................................................................(((...((....))...))).............)))).................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((.........(((((..........(((...(((((.....))))).((((....))))..((....((((.................................................((((((.......))))))..((((..(....)..))))....))))....)).))).)))))..(((.......((((((.............................)))))).......)))......((((((((....))))))))))...........))))........(....)...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(((((.(((.((((((((((.(((((((((.....))))).((((....))))......(((((..........(((((((..((((((....)))).)).(((....)))....).))))))..((((((((..(((((((....)))))))((.(((......))))).........)))))))).))))).......)))).)))))))))).....((((..(((((((.......))))).((((((((....))))))))...............))...)))).))))))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((......((((.((((..............(((((((...)))))))((((....))))..))))..((((...........(((((....((((....))))...)))..))..((...((((((.......))))))..(((((((....)))))))))..))))...)))).((((.(((..(((..((((((....((((((..(((..........)))..)))))).))))))....))))))...((((((((....)))))))))))).........))))).((.........))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((....)))))).(((((((((.(((((((((.....))))).((((....))))......(((((..........(((((((....((((....))))...)))....(..(....)..)))))..((((((((..(((((((....)))))))((.(((......))))).........)))))))).))))).......)))).))))))))))))))......(((....)))((((((.....((((((((....)))))))).((((..(......)..)))).........)))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.((((((...((..))((((((((((((((((...)))))))..)))).(..((((((((((...(.(((.............))))...))))))))))..)...((((.....((((((((..)).))))))((((((((((..)))))))).))......)))).((((((((((..(((..)))).)))(((((.(((......))))))))..)))))).)))))(((.(......))))..(((((((((..)))))))))(..)(((...)))...((((..))))).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................((....))..............................((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................(((................)).(.(...).).(...........(.......)....................(...........................)....)...(((...............(.....).....))).((...((((((((....))))))))..)).....)..............((.......)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((....)))))).(((((((((.(((.((((((...)))))).((((....))))......(((((..........((((((....(((((....)))).)..((......))......))))))..((((((((..(((((((....)))))))((..(........).)).........)))))))).)))))........))).))))))))))))))...........................((((((((....))))))))..................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((...)))..((((((..............(((((((...)))))))((((....))))..((......)).........(((((((....((((....))))...)))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))((.(((......))))).))))))..(((..((((((.....(((((..(((..........)))..)))))..))))))....)))......((((((((....)))))))).............)))).................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(((((.(((.((((((((((.(((((((((.....))))).((((....))))......(((((..........((((((...((((((....)))).)).(((....)))......))))))..((((((((..(((((((....)))))))((.(((......))))).........)))))))).))))).......)))).)))))))))).....((((..(((((((.......))))).((((((((....))))))))...............))...)))).))))))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((....))))))..........((((.(((((.....))))).((((....)))).....))))................((((...((((....)))).........(((((...((((((.......))))))..(((((((....)))))))..((((......)))).....((((.....)))).))))).(((.(((......)))))).......(((((.((((......))))......((((((((....)))))))).((((............))))...))))).))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((.(((....))))))..........((((.(((((.....))))).((((....)))).....))))............((((<<<<<..((((....))))...)))).((((.....((((((.......))))))..(((((((....)))))))..>>>>>..)))).((((((......(((((....))))).((((.((.[[[..))))))....(((..]]]))))))))).{{{{{{.....((((((((....)))))))).............)))).............}}}}}}. |
