RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00412

RNA: ASE_00412
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	........(((.((((((((((.[[[[[[[.(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((..(((((.(((((((((....)))))))))))).)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..))))))))))))))...(((...((((((...(((.]]]]]]]..)))))))))...........)))......((((((((....)))))))).................(((((.((((.....))))))))).......)))))))).
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................((((((.....))))))((((....)))).........((...........((((((....(((.((..................)))))...)))...))).....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))..................(((...((...........................)).....................)))..((((((((....)))))))).........................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((...)))..((((((....((((.(((..(((((((...)))))))((((....)))).........))).............(((..((((((...((((((....))))))..)))).)))))..((((((...((((((.......))))))..(((((((....))))))).....))..)))).))))))))))..(((((.((((((...(((..........)))))))))((((...(((......((..((((((((....))))))))...))........)))...)))).)))))..))))..((((........))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................((((((((...))))))))(((....)))..................................(((((((........)))))))..............................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((...............((((..........(((.(((((((.....))))).((((....)))).......................(((((..((((((.....................)))).)))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))).)))).........((((((........................))))))...............((((((((....))))))))...............))........................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..............(((((...............((((((.....))))))((((....)))).........................(((..((((((.....................)))).)))))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))...................)))))........((((((.......(((((......))))).))))))...............((((((((....))))))))...............))........................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...........))))))....(((.....((((((((...))))))))(((....))).........................((((..((((((.(.((((((....)))))).))))).)))))..)........((((((.......))))))..(((((((....)))))))...........................(....((((((...(((..........))))))))).)...............((.((((((((....)))))))).).).............(((((..(((....)))..)))))..........)))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(..................(((((((...)))))))((((....)))).........................(((....(((.......................)))...)))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))).)....................).........((((.......................))))..................(.((((((((....)))))))).).......................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((.((((((((((.........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((..((((((..((((.........))))..)))).)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..)))))))))))))).........((((((...(((..........)))))))))....................((((((((....)))))))).................(((((..(((.....))).))))).......)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...........))))))...((((.((..((((((((...))))))))(((....)))....................(((.(((((..((((((.(.(((((((()))))))).))))).)))))..)))))....((((((.......))))))(((((((((....))))))).))........((((())))).....(((...((((((...(((.(().....)))))))))))))....(((......(((.((((((((....)))))))).).))........))).(((((..(((....)))..))))).......)).))))..
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................((((.(((((((...)))))).((((....)))).........................(((....................................)))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).............)))))..............(((((.....................)))))....................((((((((....)))))))).........................................................
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((...............((((...............((((((.....))))))((((....)))).........................(((...((((((..............).....)))).).)))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))...................))))...(((...(((((....................)))))............)))....(.((((((((....)))))))).)...............(((..................)))........))......
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((...))).[[[[))))...]]]].(((..(((((((...)))))))((((....)))).........))).............(((.....(((((((........)))))))....[[[[.)))....]]]]...(((((.....[[[[)))))..(((((((....)))))))]]]]......(((.[[[[))).....]]]]..((((((.....[[[[..........))))))...]]]]....((((.....((((((((....)))))))).................(((((..(((....)))..))))).........))))...
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((..(((((((((((.((.(((((..((..(((((((...))))))))).))...))))).)))).(((.........)))...(((....((((.(.((((((....)))))).)))))...))).((((((((..((((((.......))))))..(((((((....))))))).((((((........)))))).....(((...((((((...(((.(.......))))))))))))).....)))))).))...((((((((....)))))))).((......)).....)))))))....))).))))..((((........))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((({{...........)))))....((.......((((((.....))))))((((....)))).........................(((....((((....(((((....)))))...))))...)))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))................................[[[[[[....[[[[))..]]]]...]]]]]]((((...(((..........((((((((....)))))))).............)))...)))).....}}.......((((........))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.............(((((..........((.(((((((((...)))))))((((....)))).........(((..........((((((..((..............................)))))..)).)......(((((.......)))))..(.((.(((....))).)))....))).......)).)))))))...(((...(..((.(((..(......)......))))).......)..))).....(.((((((((....))))))))).................................................)))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((((((....((((..(....((((((...))))))..(((....))).........(((...........((((((..((((((.(..................))))).)))))...))).....((((((.(...).))))))...((((((....)))))).)))........)..))))))))))...((((....(((...(((((...)))...))))........)....))))...(((.((((((((....)))))))).).)).............((((((((....))))..)))).................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((..(((((((((((....(((........(((((((...)))))))........)))...))))(((.((.........(.(((((....((((.(.((((((....)))))).)))))...)))...)).)....((((((.......))))))..(((((((....))))))).(.((((........)))).).....(((...((((((...(((.(.......)))))))))))))......).)..)))...((((((((....)))))))).((......)).....)))))))....))).))))..((((........))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......[[[[[)))))).............(((((((..(((((.....)))))...((((.....(((.........)))(((((((....(((((........(((((.....(((((.........((((((..((((((.......))))))..(((((((....))))))).(((((.....]]]]]))))).....(((...(((((...((((..........)))))))))))).....)))))))))))..)))))))))).))))))).............)))).(((((..((((..))))..)))))......)))))))...
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..((.(((.((.((((.......)))).))))).(((((.....))))).((((....)))).....................(((((((....(((.((.((((((....)))))).)))))...)))...))))....((((((.......))))))..(((((((....))))))).((((((........)))))).....(((.((((((((....((((....))))...))))))........)).)))......((((((((....))))))))..............((((......))))....))..)))..................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((.....))...((((................(((((.....))))).((((....))))...(....((((..........((((((....................................)))...))).....((((((.......))))))........................))))...).......))))..........................................................(.((((((((....)))))))).)...............................................))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((....{{{{{{{)))))).((((((((.cc((((((((...))))))).<<<<<<.((((..(((...((((..........[[[[(aa(gggggggggg)))dddddGGGGGGG.dddd(...)))).bbbbb....b(()]]]]....eeeee(...(((((((....)))))))DDDDDf(.......hhhhhhh.)DD.fffff.bbbbbb.D)))))))))))((((..BBBBBB))B....)EEEEE.)F)AA.(((((((()>>.))))))))GGG......)).))..}}}}}}}.FFFFDBBBBB>>>>CC..)H....HHHHHHF..
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..((((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((..((((.........................)).)))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).)))))..((((.(((((((.......(((((......))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).....)).........................((.(....).)..).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(.(((...)))(.(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((.........(((((..(((((.......................))).)))))..)))))....((((((.......))))))..(((((((....))))))))).......))))))))).)))))..((((..((((((.......((((((...).))))).)))))).....))))....(.((((((((....)))))))))).......).....))..........................(.(....).)....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..((((...)))...((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((..((((.........................)).)))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).))))(..(((((.((((((.......(((((......))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....).....)).........................((.(....).)..).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(.(((...)))(.(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((.........(((((..(((((.......................))).)))))..)))))....((((((.......))))))..(((((((....))))))))).......))))))))).)))))..((((..((((((.......(((((......))))).)))))).....))))....(.((((((((....)))))))))).......).....))..........................(.(....).)....
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((...(((...)))...((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((.........(((((..(((((.......................))).)))))..)))))....((((((.......))))))..(((((((....))))))))).......))))))))).))))(..((((..((((((.......(((((......))))).)))))).....)))))((.(.((((((((....))))))))).))...........))..........................(.(....).)....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....[[[[[[))))))...((((..(((.((((((.....))))))..((((((((....)).(((((((((...........(((....(((.((..(((((....)))))..)))))...)))..(((.((...((((((.......))))))..(((((((....)))))))....((....))..((((((...((.((((....((((...)))))))).))...))))))..)))))..))).)).))))..((((((((....))))))))............))))))..)))..)))).......]]]]]]...............
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((..(((((((((((.(.((((........(((((((...)))))))........))))).))))(((.((((.......(((((((..((((((.(.((((((....)))))).))))).)))))...))))....((((((.(....)))))))..(((((((....)))))))..(((((........)))))......(((...((((((...(((.(.......)))))))))))))....))).)..)))...((((((((....))))))))................)))))))....))).))))..((((........))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((............(((((....(((((....(((((((((..(((((..(((((....))))).......((((...........((((((.((((.........))))))))))...........)))).)))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))))))).....))))))))))..(((((.((((((...................))))))((((..((((...))))...((((((((....))))))))...................)))).)))))..))))..((((........))))....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((...(((...)))...(((.................(((((.....))))).((((....)))).....................................................................(((......((...............))..((....(....)....))...........)))......)))............................................................(((...((....))...)))...............))........................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((.(((((((((..........(((...(((((.....))))).((((....))))..((....((((..........((((((....................................)))...))).....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....))))....)).))).)))).........((((((.......(((((......))))).))))))..........((.(.((((((((....))))))))).))............................................)))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((...(.((((((((((....((((.((.(((((((((..(((((...((((....))))..((......)).............(((....((((.(..(((((....)))))..)))))...)))..)))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))))))).))..))))))))))..((((....((((...))))))))......)))).))).))))......((((...(.((((((((....)))))))).)...............(((((..(((....)))..))))).........))))...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.(((...)))((((..(((....(((......((((((.....))))))..((((((((....)).(((((((((...........(((....(((.((..(((((....)))))..)))))...)))..(((.((...((((((.......))))))..(((((((....)))))))....((....))..((((((...((.((((....((((...)))))))).))...))))))..)))))..))).)).))))..((((((((....))))))))............))))))..))).)))...))))..))).((............)).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((...(.((((((((((....((((.((.(((((((((..(((((.((((((....)))((.((......)).))....)))...(((....(((.((..(((((....)))))..)))))...)))..)))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))))))).))..))))))))))..((((....((((...))))))))......)))).))).))))......((((.(((.((((((((....)))))))).)...............(((((..(((....)))..)))))....))...))))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((.((((((...((........))(..).(((((...)))))(((.((((((((......).)(((.(......))))...((((.((.(((((((........)))))).(((((.((((.((((..(((...((((((((..)).))))))....)))((..))))))))))))))).....((((((((......)))))..))).((((...)))).(..)))).))))(((((((((.((((..((..)).(((((((((..))))))))).((......))).))).).))))))))).))))))))((..))...).)))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................(......).........................((((..(...))))).......................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................(.(((.(.......................................(...)...............(((.(..((...............))..)..).)..).............(((.........((.......))......))).((...((((((((....))))))))..)).....).))).)............................((.......))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((........((..((((((....((((....(((((((((..(((((...((((....)))).........................(((....((((.(..(((((....)))))..)))))...)))..)))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))))))).....))))))))))..))....((((((...................)))))).))))......((((.....((((((((....)))))))).................(((((..(((....)))..))))).........))))...
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.(((...)))..((((((....((((.((...(((((((...)))))))((((....))))..((......)).........(((((((....((((.(.((((((....)))))).)))))...)))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).).........)).))))))))))..(((.((((((((...(((.(.......))))))))))........)).)))......((((((((....)))))))).................(((((..(((....)))..))))).......)))......
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((.....((((((((((....((((.((.(((((((((..(((((.((((((....)))...((......)).......)))...(((....((((.(..(((((....)))))..)))))...)))..)))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))))))).))..))))))))))..((((....((((...))))))))......))))..)).))))......((((.((..((((((((....))))))))...))............(((((..(((....)))..))))).........))))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....((((..((((.......)))).)))).((((((.....))))))((((....))))..(((....(((...................))))))..((((((....))))))....((((........))))...((((((.......))))))..(((((((....))))))).((((((.......((((........))))..((((((....(((......)))...))))))..............)).)))).((((((....)))))).))).................((((.......))))...((((........))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...{{{.....)))))).....((((}}}..))))....(((.....aaaa))).AAAA..(((....(((.............[[[...))).((((.]]]...)))).........((((........))))...((((((.......))))))..(((((((....))))))).(((.......(((<<<<))).....>>>>..cccccc....ccc)))...CCC...CCCCCC......(((.....)))...((((((((....))))))))...............bbb.)))..BBB..........((((........))))....

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