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GGGGAGGAAAGUCCGGGCACCACAGGGCUGGUUGCUGGGUAAUUCCCAGUGCGCGCGAGCGUGAGGAUAGUGCCACAGAAAUGUAGACCGCCAGGCUCGUCCUGGUAAGGGUGCAACGGUGCGGUAAGAGCGUCACCAGCAGAGUCGAGAGGCUCUGGCUAGGUAAACCCCGCUGAAGGUGCAAGGCGAAGGUAUAUCUCGAGAAAACGGUGGCCCGCCGCCUCGAGUUGCCGAUGCUGCUAGAGGGUUUGAGUAAUCAGGCUCCCAGAGAGAUGGCGGUAAAAACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................................................................................................((((((....(((((...))))).))))))........................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((.............(((((.....))))).((((....))))...........................(((((((...)))))))...........((((((.......)).))))..(((((((....)))))))....................)))))..((((.......((((((.....(((((.....)))))..)))))).....))))......((((((((....))))))))................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((................((((((.....))))))((((....)))).............(......)...(((((((((.....)).................................(((((((((((....))))))).)).)).......((((..........))))..(((....((((((....(((....)))....))))))..)))............((((((((....)))))))).........)))))))..........))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((.............((((((.....))))))((((....))))...........................(((((.......)))))...........((((((.......)).))))(((((((((....))))))).))..................))))..............................................................((((((((....))))))))...........................)))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((.((((((((((......)))).((((((.....))))))((((....)))).........)..(((....)))..(((((((..(((.((((....))))......(((((.......)))))((((((((((((....))))))).)).)))......((((..........))))..((((...((((((....(((....)))....)))))).))))..........(.((((((((....)))))))).)...))).)))))))..........))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..........................(((((((((((...)))))).((((....))))...........................((((.........))))...........((((((.......)).))))..(((((((....))))))).............)))))...................((((((.......(((.......)))....))))))..............((((((((....))))))))............)...)................). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(((((.((((......)))).((((((.....))))))((((....))))..((......)).((....))...(((((((..(((.(.((((...((((.....((((((.......)).)))).((((((((....))))))).).......))))..............((((..((((...((((((....(((((...))))).)))))).))))..))))......((((((((....)))))))))))))))).)))))))..........)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((((...(((((((((((((((.....)))))))(((((..)))))......(((((...............((((((.....))))))...)))))...(((((.......))))))))))(((((((....)))))))..........))).......)))))..(((((........(((((......((((((..))))))))))))))))..((((((((..((((((((....)))))))).........))))))))..........)))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((..........(((((.(((...))).)))..)).))....((((((.......)).)))).((((((((....))))))).)..))))..))))))))..)))))..((((..(.(..((((((.....((((((...))))))..))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....)............((..(...))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((..........(((((((((...)))))))..)).))....((((((.(...).)).)))).((((((((....))))))).)..)))..)))))))))..))))(..(((((......((((((.....(((((.....)))))..))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)..........((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((..........(((((.(((...))).)))..)).))....((((((.......)).)))).((((((((....))))))).)..))))..))))))))..)))))..((((....(..((((((.....((((((...))))))..))))))..)..)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....)............((..(...))).. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((..........(((((.(((...))).)))..)).))....((((((.......)).))))..(((((((....))))))))).......)))))))))..)))))..((((.......((((((.....((((((...))))))..)))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).))..................((..(...))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((......))).(((((....[[[[[[[..((((((.....))))))((((....)))).......))))).......(((..(((((((..(((...(((((....((((..(((((.(((.........((((((((((((....))))))).)).)))..))).)))))...))))..((((..((((...((((((....(((((...))))).)))))).))))..))))))))).((((((((....))))))))...)))...)))))))....)))....]]]]]]]. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(((((.((((......)))).((((((.....))))))((((....))))........................(((((((..(((.(.((((...((((.....((((((.(....))).))))(((((((((....))))))).))......)))).(((...)))....((((..((((.(.((((((....(((((...))))).)))))))))))..))))......((((((((....)))))))))))))))).)))))))..........)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((..........)))))....(((((((.........(((((....)))))......(((((...............((((((.....))))))..((((.....((((............))))..(((((((....))))))).........)))).......)))))..(((((........((((((....(((((...))))).)))))))))))..((((((((..((((((((....)))))))).........))))))))........)))))))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))..............................................(((......((................))..((....(....)....))...........))).......)))...............................................................(((...((....))...)))................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....((...(((...(((((.............(((((.....))))).((((....)))).........................................(((..((((.....((((((.......)).))))..(((((((....))))))).........)))).)))...)))))..)))........((((((.....(((((.....)))))..)))))).......)).((.(.((((((((....))))))))).)).....).............(....)...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((......((..(((((.((((((..(((.(((((((..(((...(((((....))))).)))...)))).))).)))..((.((....)))).))))))....((((.....((((((.......)).))))..(((((((....))))))).........)))).......)))))..((((..((((...((((((....(((((...))))).)))))).))))..))))......))..((((....)))).))))).(((...(((..((....)).....))).))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(((((........(((..(((((((((.....))))))((((....))))...)))...)))(((....)))..(((((((..(((...(((((....(..(..(((((.(((..(.....)((((((((((((....))))))).)).)))..))).)))))...)..)..((((..((((...((((((....(((((...))))).)))))).))))..))))))))).((((((((....))))))))...)))...)))))))..........)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(((((((((((((((..((((..(((((...)))))(((.((((((.(......)))))))))).(...((.((((((((((((..)).)))))..)))))))..)((.(......)))..((((((((((((((..)))))))).)).)))))))))).)))).))))(((....((...))..((((((....(((((...))))).))))))))).((........)).((((((((....))))))))(((......)))(...........).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................(((..........................))).................................((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................((......((((..........((..........(.........(......(((..(...............)....))..)........).)........................)))))).).)..(.(...............((..)).......).).(............)..................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................((((((..(((....((((....))))..)))...)))).)).....((..(((((((..(((...(((((....(..(..(((((.(((.........((((((((((((....))))))).)).)))..))).)))))...)..)...(((..((((...((((((....((((.....)))).)))))).))))..))).))))).((((((((....))))))))...)))...)))))))....))............. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.(((...)))..(((((....(((.((..((((((.....))))))((((....))))..((......))............(((((((((.....))))))...))).....((((((.......)).))))..(((((((....)))))))...........)).)))...)))))..((((..((((...((((((....(((((...))))).)))))).))))..))))......((((((((....))))))))(((......)))..............)))...... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(((((........(((..(((((((((.....))))))((((....))))...)))...))).......(((..(((((((..(((...(((((....(..(..(((((.(((.........((((((((((((....)))))).))).)))..))).)))))...)..)..((((..((((...((((((....(((((...))))).)))))).))))..))))))))).(((..(((....)))..)))...)))...)))))))....)))...)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((......((((..((((((......))).))).(((.....)))...((((....))))..))))..((((.......((((....((((((.....)))))).....))))..((((((.......)).))))..(((((((....)))))))....))))..))).((((...((((.........))))..((((((....((((.....)))).)))))).(((((...((.((...((((((((....))))))))....))))....)))))...........))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((....(((((.[[[[.....)))))...]]]].......))))...((((....))))(((....{{{{{...............{{{{{{)))..}}}}}}..((((.....((((((.......)).))))..(((((((....)))))))....((((.....((((..........))))..}}}}}..(((((......(((((....)))))))))).))))..((((((((..((((((((....)))))))).........))))))))........))))...... |
