|
|
|
GGCGGGAAAGCGCGAGGGCAGCUGACGCCCUUGAGGUGAGGAAAGUCCCCCCUCCUCGGCGGUAUCCGGCUGGCGCAAGCCAGCAUCCUGAGAGGGAUGGUAAAGGCAAAAGAAAUAAACGGUCUCCGGUAAAGCAUGAUUCCGAAGGGAUGACGUUUCCGGAGGAUCCGAUGGAAAGCCUCCCCGGAUGGAGAAAGUCUAAACGGAUCCUGUGAGGCCGCCGUGAGGAUCGGGUAAGACGAACAGUCGAAUGCUGCCAGCCCAUUGGGUGAACAGAAGGGGGCUUACUCCGCGGAUUCCCGCCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((((((...((((.....))))....{{{.{{{{{((((.[[[[[[.(((((((((((....))))))(((((....)))))((...((((............((((((((((.........(((((...))))).......)))))))..))).......)))).)))))))))))...((((.....(((((..(((..]]]]]])))))))).....))))............))))))(((((...))))).......}}}}}}}}.)).)))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....(((((((.......)))))))......(((((((((((..(((((.(((((..((.((((((....)))))).((((....)))).))....(((....(((((.....((((((((............)))..)))))...)))))...((((((((..(((....((((......))))....)))...)))))))).....)))))))))))))((.((((...(((....))).....)))).((((...)))).....)).))))))))..))).....)))))))). |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..(((((.((((((...((((.....)))).............((((........((((((((((......))))).((((....))))......................((.....))..............((.........)).(((((((...)))))))...........)))))))))............((((((..............)))))).....................))))))...............................)))))..))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((.(....))))))).....(((..((((((((((((..(((((((.(...((((((....))))))(((((....))))).........................((((((..((((...(((((...)))))...))))))))))((((((..(((....((((......))))....)))...)))))).....).))))))).)))).........(((.....))).......(...((((...))))...)....)))))))).))).)))..)))))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((..((((...........((((.....))))....(((((((...................((((((....))))))(((((....))))).....................(((.((((((...........(((....)))........))))))...))).........((((......))))...((((.....(((((................))))).....))))...................(((.....))).........)))))))....))))..))....... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((((.........((((.....))))....(((.(((((((((........(((((((((((....)))))((((((....)))))).....(((............((((((((((...(((.....(((....)))....))).)))))))..))).......)))...))))))))))...((((.....((((((..............)))))).....)))).............(((...((((...))))...)))..)))))))).)).))))..)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((.(....)))))))..(..(((..((((((((((((..(((((((.((((((((((....))))))(((((....))))).....................))..((((((..((((...(((((...)))))...))))))))))((((((..(((....((((......))))....)))...))))))....)).))))))).))))......(..(((.....)))....)(((...((((...))))...)))..)))))))).)))))))..)))))))). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((...(((((..((.(((..(....)).))))...............................(((((....)))))..((((....))))...........................................(((....)))..............((((.....................................))))..................(((((((...))))))..)......))...........................(.....)..)))...))))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((.......)))))))....(((..((((((((.......(((((((((((((((((....))))))(((((....))))).....................(((((((.....((((.....(((....)))....))))....((((((((.((((....((((......))))....))))..))))))))..)))))))..........)))....(((.....)))..)))))))).((((...))))........)))))))).))))))...)))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((.......)))))......(((..((((((((((((..(((((((.((((((((((....)))))((((((....))))))((....))................((((((..((((...(((((...)))))...))))))))))((((((.((((....((((......))))....))))..))))))))).)).))))))).)))).....((..(((.....)))..)).(((...((((...))))...)))..)))))))).)))))))..)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((((((([[[....))))))..........((((((((..((((.((((((......(((((....)))))((((((....)))))).........................(((((..((((.....(((....)))....)))))))))(((((((.((((....((((......))))....))))..)))))))......))))))...)))).......................]]]....((((...))))........)))))))).....)))..)))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((.(((((.((((..........))...............(((((.........((((((((((....)))))).(.(......).)........(((..........(((((((.))))..))..)...(((....)))....(....((.....)))...)))..........)))))))))...(((...(..((((...(((...)))...))))....)..)))............)))))))...............................)).)))))).)).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((.......)))))......(((..((((((((((((..(((((((.((((((((((....)))))((((((....))))))........................((((((..((((...(((((...)))))...))))))))))((((((.((((....((((......))))....))))..))))))))).)).))))))).)))).........(((.....))).....(((...((((...))))...)))..)))))))).)))))))..)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((.......))))))).((((((.......((((((....((((((((.((((((......(((..((((((....)))))).....)))............((((((((((.........(((((...))))).......))).((((((((.........((((......))))..........))))))))..)))))))(((.......)))..........)))))).)))))))).((((...)))).......)))))))))))).)))...)))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..((((((((((((...((((.....))))((((...)))..(((((........((((((((((......)))))(((((....)))))((....((((.((........((.....))........))....((.........)).(((((((...)))))))...)))..)))))))))))))..((((.(...((((((.....(...)....))))))...).))))...........)))))))..............((.(....).)..).).)))))..))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..((((((((((((...((((.....))))((((...)))..(((((........((((((((((......)))))(((((....)))))((....((((.((........((.....))........))....((.........)).(((((((...)))))))...)))..)))))))))))))..(((((....((((((.....(...)....))))))...).))))...........)))))))..............((.(....).)..).).)))))..))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((.(((((((((((((..((((.....))))...((((((((((..(((((((..(((.(((((....)))))((((((....))))))....................)))..(((((..((((.....(((....)))....)))))))))(((((((.((((....((((......))))....))))..)))))))......))))))).))))...)))...))).....))))...)))))).((((.(((......)))....))))...))))))...)))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((((((((.......)))))......(((..((((((((((((..(((((((.((((((((((....)))))((((((....))))))........................((((((..((((...(((((...)))))...))))))))))((((((.((((....((((......))))....))))..))))))))).)).))))))).)))).........(((.....))).....(((...((((...))))...)))..)))))))).)))))))..)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((.((((......((((.....))))......))))..((((((.((((((((.((((((...........((((((....))))))....................((((((.((((........(((((...)))))...(((((...((((((((.((((....((((......))))....))))..))))))))..))))).))))...))))))...........)))))).)))))))).((((...)))).......)))))).......))))..)))))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.........((((((.................(((...)))................(((((((((......))))).((((....))))...........................................................((....(...)....))...........))))................................................................)))))).......................((........))....)))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....(((((((.......)))))))..(((..(.(((.(((((.((...((((((((.((((((.(((..((((.((((((....)))))).)...)))........((..(((((((((((..........(((....)))....(((((.(.((((((((.((((....((((......))))....))))..)))))))).)))))).)))).)).)))))..)).).))..)))))).)))))))).((((...)))).....)).)))))))).)..)))...)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((......)).(((((((.......)))))))....(((...(((((((((((..(((((((..(((.(((((....)))))((((((....))))))....................)))..(((((..((((.....(((....)))....)))))))))(((((((.((((....((((......))))....))))..)))))))......))))))).)))).........(((.....))).....(((...((((...))))...)))..)))))))..))).((((....)))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((.(((((((((...((((...((((.(.((.....)).)))))...)))).((((((((((((....))))))(((((....))))).....................((((((((((..((((.....(((....)))....))))))).((((((((.((((....((((......))))....))))..))))))))..)))))))((....))..)))))).(((.....)))....))))))(((((.((..(....)..))..)))))..))))))...)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((.(((.(..(.((.((((..))).))).)(((.((((((.(((((..((.....(.((((((..)))))))..))..))))).(..(.((..(((..)))..))..((((((((((..((((..(..(((......).))))))))))))(((((((((((..(..((((((..))))))..)..)).)))))))))....).)))).((((((..((((..))))..))))..)).)..)((.((((((...))))).))).).))))))))))))))))..)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................(...................................................................................).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....(((((((.......)))))))..(((..(.(((............((((((((....(((((....)))))((((((....)))))).....................((((..(((....((.....(((....)))....))..))).((((((((.((((....((((......))))....))))..))))))))....))))...............................)))))))).((((...)))).............))).)..)))...)))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....(((((((.......)))))))..(((..(.((((((((((((..(((((((..(((.(((((....)))))((((((....))))))....................)))..(((((..((((.....(((....)))....)))))))))(((((((.((((....((((......))))....))))..)))))))......))))))).)))).........(((.....))).....(((...((((...))))...)))..)))))))).)..)))...)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((((.......)))))))....((((.........))))..((((((((((..((((((....)))))).((((....)))).)))...(((..............))).((((...(((...((((.....))))...))).)))).(((((((.((((....((((......))))....))))..)))))))......)))))))......((((.............))))...(((((((....))))..........((((.....)))).)))..))))))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((((.......)))))))....((((.........))))..(((......)))((((((....)))))).((((....))))........................((([[[[[........))).(((..((((......))))(((((<<<<<........)))))>>>>>))).....((((..(((({{{{{......{{{)))).}}}}}}}}]].))))...((((.....))))...(((.....)))........((((.....)))).]]]..))))))). |
