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GAGGAAAGUCCGGGCACCGCAGGGCAGGGUGGUCGGGAAACCGACCCGGGGAAACCCGCGGGAAAGUGCCACAGAAACGACACCGCCUAAGCGGCGGGACCGCACGUGAGUCUCGCCGCCGGCAAGGGUGAAAUGGUGCGGUAAGAGCGCACCGGCAGCGUGGUGACACGCUGGCCGGGCAAACCCCACCCGGUGCAAGGCCAAGCAGGGGCGAUGACGCUGCCCGCCGAGCCCCAGGUAGGCCGCAGGGCUCCUCGGAGCCCCGUCCGCGGUGGUCCCCAGGGACUCGGCGCGGGCGAGAUGGAUGGCUGCUCUCGACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((...((((((((((((....)).)))))))))).)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..)))))))))))))...((((.....(((((...(((((.]]]])))))))))).....))))...((((((....))))))(((((((((((((......)))))...)))))))).........................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................(....)..((((((....)))).))....................((((((.......(((..................)))..)))...))).....((((((.......))))))..(((((((....)))))))............................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.((((((.((((....((((((....))))))((((....))))........))))..........(((((((...((((((((((((....)).)))))))))).)))...))))......)))))).(((((((((((((((((((....)))))))...(((....)))...)))))))..(((((..((..((((....))))(((((((((((((..((...(((((.((((((....)))))).....)))))...))...))).))))))..))))....))..))))))))))........))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((...........................................................................................................................................................................))))))........................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((....))))).((((....))))........................(((((...(((((...................))))).)))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))))))).............((((((................................................)))))).................((((...)))).................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((.(((((....))))).((((....))))..........................(((...(((((...................))))).)))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))..............)))))))))............((((((.....................................((....))...)))))).................((((...)))).................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((................((((((....))))))((((....))))......................(((((((...((((((((((..(....).)))))))))).)))...))))....((((((.......))))))(((((((((....))))))).))...................................((....)).....(((((((.(((.((..((((((.((((((....))))))........)))))).)).))).)))))))....(((((...........)))))......))))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((............((((((....))))))((((....)))).........((.............(((((.................................)))...))......((((((.......)))))).((((((((....))))))).)...))...........)))))...(((......................................)))......................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((...((((((((((.........)))))))))).)))..))........(((((.......)))))((((((((((....))))))).))))))..)))))))))))))...((((.....(((((......((.....))...))))).....))))...((((((....))))))((((((((.((((((....)))).)).)))))))).........................)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((....((((((.............(((((((..)))))).((((....))))..........................(((.................................)))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).............).....................(.........((.......)................).).......................((((((((....))))).)))...))...............(..).....)..)))...)). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((..((((.(((((((((((((((....))))))((((....)))).........))).............(((((....((((((((.........))))))))(((.(((.(((((....((((((.......))))))..(((((((....)))))))...(((....))))))))..)))..))).......)))))......))))))((((((.(((.....((((((.((((((....))))))........))))))....))).)))))))))).((((((((....))).)))))......))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((...((.(((((((...((((((....))))))((((....)))).((.......))..........(((((((...(((((((((((......).)))))))))).)))...))))...(((((((.......))))))).(((((((....))))))).(((((.........))))).((..((((..((.(((((..((.((.....)).)).)))))..)).)))))).((((((....))))))((((((((.((((((....)))).)).))))))))..........)))))))))......)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((....((.(([[[....((((((....))))))((((....))))........((((..........(((((((...((((((((((.........)))))))))).)))...))))....((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).))))...................[[.....[[[[[...........))(((((]]]]].....]]((((.((((((....)))))).{{{{))))..((((....)))))))))))}}}}((((........]]])))).......)))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((...((.(((((((...((((((....))))))((((....)))).((.......))..........(((((((...(((((((((((......).)))))))))).)))...))))...(((((((.......))))))).(((((((....))))))).(((((.........))))).((..((((..((.(((((..((.((.....)).)).)))))..)).)))))).((((((....))))))((((((((.((((((....)))).)).))))))))..........)))))))))......)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((((([[[[[[...((((((....))))))((((....))))..........(((.........(((((((...((((((((((.........)))))))))).)))...))))...))))))))).(((((((((((((((((((....)))))))...(((....)))...)))))))..((((.....(((((.......]]]]]].....))))).....))))...(((((((..)))))))((((((((..((((((..))))))...))))))))............)))))........))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((...(((.......................))).)))..)))))....((((((.......))))))..(((((((....))))))))).......))))))))))))))..((((......((((((..(................................(((((..)))))))))))).....)))).)..(...((((...))))).....................(.(....))..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))(..((((........((((((((((....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((...(((.......................))).)))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....((((((...................................(((((..))))).))))))...).)))).(..(...((((...)))))..).....)...........((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((...(((.......................))).)))..)))).....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....)))..))))))))))))))..((((......((((((..(................................(((((..)))))))))))).....)))).)..(...((((...))))).....................(.(....))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((((((.((((....((((((....))))))((((....))))........))))..........(((((((...((((((((((((....)).)))))))))).)))...))))......)))))).(((((((((((((((((((....)))))))...(((.....)))..)))))))..(((((.((...((((....))))(((..((........))..))).)).((((((....))))))((((((((.((((((....)))).)).)))))))).......))))))))))........)))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((...((.(((((((...((((((....))))))((((....))))..........(((.........(((((((...((((((((((((....)).)))))))))).)))...))))...(((((((.(....)))))))).(((((((....))))))).(((((.........)))))(((..((((.....(((((..................))))).....)))))))((((((....))))))((((((((.((((((....)))).)).)))))))).......))))))))))))......)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......((((((...((((((....))))))((((....))))........((((..........((((......((((((((((.........)))))))))).......))))...((((.((((........)))).(((((((....)))))))((((((.........)))))).....))))......))))......))))))...((((........(((((..((((((....))))))((((((((..(((((....)))))...)))))))).......))))))))).........))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((....))))).((((....))))...................................................................(((......((...............))..((....(....)....))...........))).....)))............................................................................................((...))...................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((..((((........((((((((((....))))).((((....))))..........................(((...((((.....................)))).)))..((((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))).........))))))))))))).......................................................((((..)))).......))))..............((((...))))........................(....)...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((((((.((((....((((((....))))))((((....))))........))))..........(((((((...((((((((((((....)).)))))))))).)))...))))......)))))).(((((((((((((((((((....)))))))...(((.....)))..)))))))..(((((....(((((..(((.(..((((..((.(((.......)))))..))))..))))..)))))(((((((.((((((....)))).)).)))))))........))))))))))........)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((((.((((((.((((((((....))).((((((....)))).))......))))).....((.((.(((((..((((((((((((....)).))))))))(((.(((.(((((....((((((.......))))))(((((((((....))))))).))(((....))))))))..)))..)))...))..))))).)).))))))))((((((.(((.((..((((((.((((((....))))))((....)))))))).)).))).)))))))))).((((((((....))).)))))......)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((..(((..(((((((((((..)))))))(((((..)))))(...)(((((.(........).)))((((((.(((((((((((((..))).)))...)))))).).))))))....)).((......).)(.(((((((((((((..)))))))).))))))..))))).)))))))..((((((...............(((((((((((......)))).))..)))(((((((..)))))))(((((((((.((((((..)))))))..)))))))))).....))))))...(((..))).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................................................................................................................................................................(....(.)............(.....).........).....................((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................(..........((((((......))))))(...((......))....(...)...(..................(.(....).)(.((.........))..).......))......(...........(.........(...)..)....).............)...................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((((((.((((....((((((....))))))((((....))))........))))..........(((((((...((((((((((((....)).)))))))))).)))...))))......)))))).(((((...(((((((((((....))))))).)))).....................................................................((((((....))))))((((((((.((((((....)))).)).))))))))............)))))........)))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((...(((..((((((((((....))))))((((....))))........((((..........(((((((...(((((((((((......).)))))))))).)))...))))....((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))).))))..))))))))..((((.....(((((..................))))).....))))...((((((....))))))((((((((.((((((....)))).)).)))))))).................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((((((.((((....((((((....))))))((((....))))........))))..........(((((((...((((((((((((....)).)))))))))).)))...))))......)))))).(((((((((((((((((((....)))))))...(((.....)))..)))))))..(((((..((..((((....))))((((((((((.(((.((..((((((.((((((....)))))).(....).)))))).)).))).))))))..))))....))..))))))))))........)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........))))...((((((((....))).((((((.....)).)))).....)))))..........((((....)))).(((((.........)))))..((((......))))...(((((((.......)))))))..((((((....)))))).((((((.........))))))....((((........(((....))).(((............))).))))...((((((....))))))...(((((..(((((....)))))...))))).(((((...........)))))............... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.{{{{{....)))).....((((((....)))))).(((....)))((((....}}}}}............))))....((((((((((((....)).))))))))))......((((....(((((((.......))))))).(((((((....)))))))<<<<<<...))))..>>>>>>...(((((......(((((.......))))).....((((.......(((((.((((((....)))))).....))))).((((....)))).[[[[..))))((((......]]]].))))..........))))). |
