RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00416

RNA: ASE_00416
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....((((((((((((((((((.((((((((((......))))))))))....[[[.[[[[[((((...{{{{.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((.(((((((...)))))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..)))..)))))))))))))...((((......(((((..(((((.}}}}))))).......)))))......))))......((((((((....))))))))..........)))))))..........]]]]]]]].).))))))))))....((((((((....))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((((((((((((..((((((.((((((((((......))))))))))....((((((..(((((...(((..((((.(((((.....)))))..(((....))).........((((..............(((.(((.((((((...))))))))).)))....(((...(((((((.......)))))))((..(((((....)))))..)).))))))).))))..))))))))...(((.....))).....))))))(((((.(((((........))))).)))))...(((.((((((((....)))))))).)))......)))))).............((.....))))))))))))))....((((((....))))))))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................(((((.....))))).((((....))))..((......))...........((((((......((((.....)))).....)))...))).....((((((.......)))))).((..(((((....))))).))..................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((..(((((((((((((((((......)))))))))).((...((((.((((((.........))))))..((((((((((((((.(((..((....((......))............(((((....(((((((...))))))).(((((....((.....((((((((....(((....((((((((((....)))))).))))..)))..))))))))....))...)))))...))).))..)))))))))))))).)))))........))))...)).(((..((((((((....))))))))...)))...)))))))((((.............)))).))))))))))))).((((((((....))))))))
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((((((((((((((((......................................................................................................................................................(((((((.......)))))))........................................................................................................................................)))))))))....................))))))))))))).....................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((.(((((((.(((((((((........))))))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((............)))))))))..)).......((((((.......)))))).(((.(((((....))))).))).............))))))))).............((((((......................))))))................((((((((....))))))))..........))))))).....................))))))))))........................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((..((((((.(((((((((........))))))))).........................((((((((((.....))))))((((....))))..........................(((((((((............)))))))))...........((((((.......)))))).(((.(((((....))))).)))..............)))).......((((......((((((......................))))))......))))......((((((((....))))))))..........))))))......................))))))))))........................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((..((((((.((((((((((......))))))))))...........((((((.........))))(((((.....))))).((((....))))..........))..............(((.((.(((((((...))))))))).)))...........((((((((....(((.....(((((((((....)))))))))....)))..)))))))).........((((............)))).....(((((((((...........)))))))))..((.((((((((....)))))))).)).......))))))((.................)).))))))))))))).((((((((....))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................((...((.............((((((...)))))).((((....))))........................(((((.....((...........))....)))..))......(((((((.......)))))))(((((((((....)))))))))..................)).((..((((..............................................))))))....((((((((....))))))))............................))..........................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((.((......((((((((((......))))))))))....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((.(((.((((((...))))))))).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....))))))))).)..)))..)))))))))))))...(((((.....(((((..(((((.....))))).......))))).....)))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).))))))))))))))).((((((((....))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((..((((((.((((((((((......)))))))))).((.....)).((((((.........))))((((((...)))))).((((....))))..........))............(((((.((.(((((((...))))))))).)))..)).......((((((((....(((....((((((((((....))))))))).)..)))..))))))))..(.(((.(((((............)))))))))(((((((((...........)))))))))((((.((((((((....)))))))).))).)....))))))((((..(.......)..)))).))))))))))))).((((((((....))))))))
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(.((((((((..(...((((((.((.((((............)))).)).............((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).).......(((............((((((...(.((((.....)))).)..))))..)).......((((((.......)))))).((.((((((....)))))).))....)))......)))))))))...((((......((((((..((((.....))))....)...)))))......))))......((((((((....))))))))..........))))))..(((.(((...)).))))....)..))))))))................).....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((((((((((.((((((((((......)))))))))).(((...))).((((((.[[[.....))))))..]]]...((((((((((....)))..........)))............[[[[)))).(((((((...)))))))]]]]....(((((...(((((((.......)))))))(((((((((....))))))))).....[[[.....)))))..]]].((((((..[[[[[.....))))))(((((.(((((........))))).))))).]]]]].((((((((....))))))))..........))))))..........))))(((....)))))))))))))).((((((((....))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((..((((((.((((((((((......))))))))))......(((.((((..(((.(((..((((.((((((...)))))).((((....))))........((((...........((((((.(((.((((((...))))))))).)))...)))....(((((((.......)))))))(((((((((....)))))))))....)))).))))..))).)))....))))))).((((((.....))))))((((((((.....((....)))))))))).(((.((((((((....)))))))).)))......)))))).............((.....))))))))))))))).((((((((....))))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((..((((((.((((((((((......))))))))))..............................(((((.....))))).((((....))))..........................(((.((.(((((((...))))))))).)))..........(({{{{{{{....{{{...))(((((((((....)))))))))....}}}..}}}}}}}....................((((...............[[[......))))]]]...........((.((((((((....)))))))).)).......))))))......................))))))))))))).((((((((....))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.....(((((((..(((((((((((((((.(((...))))))))))).............((((........(((((((((((...))))))).(((....)))..........(((...........(((((((((((.(...........)))))))))..)).)......(((((.......))))).(((((.((((....)))).))))..).))).......))))))))....(((...(..((((((.......(((((...)))))..))))))..)...))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))......................))))))....................))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......((..((((((.((((.((((.........)))))))).............((((...(((...(((.((((((...))))))..(((....))).........((((............((((((((.((((.........))))))))))..))........(((((.(...).)))))..((.((((((....)))))).))....)))).)))...)))))))....(((((.(..((((((((((......((...)))))).))))))..).)))))....((.((((((((....)))))))).)).......))))))..()....................................))))...)))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((.(((((((.((((((((((......)))))))))).(((...)))..(((((...(((..((((.((((((...)))))).((((....))))........((((...........((((((.((.(((((((...))))))))).)))...)))....(((((((.......)))))))(((((((((....)))))))))....)))).))))..))))))))..(((((............))))).((((..(((((........)))))..))))..((((.((((((((....)))))))).)).))....)))))))............((.....))))))))))))))).((((((((....))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((((((((((((((((((((((((((......))))))))))(((........((((((.........))))))..((((((((((((((((....(((.........((((............((((..))))((((((...))))))..(((((..(((((...(((((((.......)))))))(((((((((....))))))))).............)))))........)))))...))))....)))))))))))))).)))))..)))((((......))))....((((((((....)))))))).........)))))))))....................))))))))))))).((((((((....))))))))
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((............................(((((.........))))).((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).......(((((...........((((((.(((.((((((...))))))))).)))...)))....(((((((.......))))))).((((((((....))))))))))))).........)))))))))...(((((.....(((((..(((((.....))))).......))))).....))))).(((..((((((((....))))))))...)))......(((.((........)).)))......))))))))))))).....................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((........(((((((((..........................((.....))...((((.........(((((((((.....))))).((((....))))..((......)).............))))........................((...((((.....((((((.......)))))).((....(((....)))....)).........))))..)).))))...((((..............................................))))))....((((((((....))))))))..........)))))))................................(....)......))))))))...
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((bbbbbbbbbbbbb.bbbbbbbb((((((((((..{{{{)))))))))).b(...(((((((((((....<<<..))))))..fffffffffffffff(.ii.iii...}}}}..iiii...((d......((>>>ccc.ccccccc)D)CCCCCCC.)))))..gggg.....((((((((..eeeeeeeeee(((((((((hh..)))))))))HH..IIII.))))))))EEEEE)).((((((.[[.(((((..)).)FFFFFFFFFF.FFFFF..)))))III.))))))CCCII.((((((((aa..)))))))))G.......GGGBBBBB]].......BBBBEEEEE...BBBBBBBBBBBBB.((((((((AA..))))))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((((((((((.((((((((..........))))))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))((((.(((((....))))).))).)..)))..))))))))))))))..((((.(....((((((.....(((((......))))).))))))...)..)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).))))))))))........................
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PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((((((((((.((((((((..........))))))))((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))((((.(((((....))))).))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.....(((((......))))).))))))...)..)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).))))))))))........................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((((((((((((((((((..............)))))).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((((((................)))))))..)))))...(((((((.......)))))))(((.(((((....))))).))))).......))))))))))))))..((((......((((((.....(((((......))))).))))))......)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....))))))))....((.(....))...).).))))))))))........................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((((((((((.((((((..............)))))).(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........((.((((((................))))))...)))))...(((((((.......)))))))(((.(((((....))))).))))).......)))))))))))))(..((((......((((((.....((((........)))).))))))......)))))((.(.((((((((....))))))))).))......)))))))....((.(....).)..).).))))))))))........................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((..((((((.((((((((((......)))))))))).((.....))..(((((...(((..((((.(((((.....))))).((((....))))........((((...........((((((.((.(((((((...))))))))).)))...)))....(((((((.......)))))))((..(((((....)))))..))....)))).))))..))))))))..(((((....((((((.....))))))...(((((........)))))..)))))..(((.((((((((....)))))))).)))......)))))).............((.....))))))))))))))).((((((((....))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((.((((((((((((((((((......)))))))))).(((...)))..(((((...(((..((((.((((((...)))))).((((....))))........((((...........((((((.((.(((((((...))))))))).)))...)))....(((((((.(....))))))))(((((((((....)))))))))....)))).))))..))))))))..(((((....[[[[....)))))]]]]...(((((........)))))........((((.((((((((....)))))))).)).))...)))))))).....................))))))))))))).((((((((....))))))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((..((((((.((((((((((......))))))))))......((((..........))))......((((((...)))))).((((....))))......................))))))....(((((((.........((((((.((((........((((((((............(((((((((....))))))))).........))))))))........((((((...((((((.....))))))...(((((........))))).)))))).)))).((((((((....))))))))............)))))).........)))))))....))))))))))))).((((((((....))))))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((.....(((((((............................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))..........................................................(((......((...............)).((.....((....)).....))...........))).....)))...............................................................(((...((....))...)))..........))))))).............((........))))))))........................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((.......((.((.((((((........)))))).)).)).(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((......))..............((((((((..............))))))))..((((.....((((((.......)))))).(((.(((((....))))).))).........)))))))))))))....((((.....((((((......................))))))................((((((((....)))))))).........))))..............))))))))....)))))))))........................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((..((((((.((((((((((......)))))))))).((.....))..(((((...(((..((((.(((((.....))))).((((....))))........((((..............(((.(((.((((((...))))))))).)))....(((...(((((((.......)))))))((..(((((....)))))..)).))))))).))))..))))))))..((((((...((((((.....))))))...(((((........))))).))))))..(((.((((((((....)))))))).)))......))))))((((..(.......)..)))).))))))))))))).((((((((....))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..........(((((.....((((((((((......)))))))))).((.....))..)))))...((((......(((((.....))))).((((....)))).......(((((...........((((((.(((.((((((...))))))))).)))...))).....((((((((....(((.....((..(((((....)))))..))....)))..)))))))).)))))...))))....))).((((((((..(((((.(((((........))))).)))))...(((.((((((((....)))))))).)))........(((.((........)).))).....))))).)))......((((((((....))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((..(((((((((((((((((......)))))))))..((.....)).(((.((((...(((((.......((((((((((((((((....)))........(..((..............(((.((.(((((((...))))))))).)))..(((((...(((((((.......)))))))((..(((((....)))))..)).............)))))))..).((((((............)))))))))))))).)))))..)))))...)))))))))(((.((((((((....)))))))).)))......))))))((((..(.......)..)))).))))))))))))).((((((((....))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((((((((.((((((((((((((((((..))))))..)))))).))))))))((((((((......).)))))))((((((((((((.(((((((((.(..(..)))))))(........).).)))))))(.(((((((...))))))))(...........)..(((((((((..)).)))))))((((.(......))))).((((((......).))))).((((.(((((.((((..........))))))))))))).)))))))).(((((...))))).((((..)((((((........)))))).((......))).))((((((((.......)))))))).)))))))))))).((((((((...).)))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................((.....((.....................................(.(...(((....)))...))......).)............))....
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................(..(.(...........(...)...........((.((..)).))(((....))).....................................................................))..)...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((..((((((.((((((((((......)))))))))).((.....))..(((((...(((..((((.(((((.....))))).((((....)))).........(((..............(((.(((.((((((...))))))))).)))..........(((((((.......)))))))((..(((((....)))))..))....)))..))))..))))))))..((((((...((((((.....))))))...(((((........))))).))))))....(.((((((((....)))))))).)........))))))((((..(.......)..)))).))))))))))))).((((((((....))))))))
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((..((((((.((((((((((......)))))))))).(((...)))..(((((...(((..((((.((((((...)))))).((((....))))........((((...........((((((.(((.((((((...))))))))).)))...)))....(((((((.......)))))))(((((((((....)))))))))....)))).))))..))))))))..((((((....(((((..(((((.....))))).......)))))....)))))).(((..((((((((....))))))))...)))....)))))).............((.....))))))))))))))).((((((((....))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((..((((((.((((((((((......)))))))))).((.....))..(((((...(((..((((.(((((.....))))).((((....))))........((((...........((((((.(((.((((((...))))))))).)))...)))....(((((((.......)))))))((..(((((....)))))..))....)))).))))..))))))))..((((((...((((((.....))))))...(((((........))))).))))))..(((.((((((((....)))))))).)))......)))))).............((.....))))))))))))))).((((((((....))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((....)))))).((((......))))..((((.((.....))...))))....((((.....(((((.....))))).((((....))))........))))............((((.....((((((.....))))))))))....((((....(((((((.......)))))))...((((((....)))))).(((.........))).)))).......((((((...((((((.....))))))...(((((........))))).)))))).....(((((((((....))).((((..........))))...............))))))...((((.....))))..(((((((....))))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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