RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00417

RNA: ASE_00417
Rfam family: RNaseP_arch

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((.((.(((((...((.(((((((.((..((((.(((...((((((((((..((.((((((....((.((((((....))))))))..))))))........((((((((....)))))))).......((((((..((((((((....))))))))...))...)))).....((((((..((((.((((......)))))))).))))))))..((((.......)))).......)))))))))).)))..((((....))))......))))..)).))..)))))))..))))).)).)))))))))))))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..(((((...((((...................))))..(((((((((((((((((((((....((.((((((....))))))))..))))))............((((((((((..(((((.....(((......((((((((....))))))))..)))...))))).....)))))))))).(((((......)))))..))))).......((((.......)))).......)))))))))).)))))...((((.((((((..((....(((......)))...)))))))).))))))))))))))))))
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((......)))))...))))))((((..(((((((((......((((((....((.((((((....))))))))..))))))............((((((((((..(((((.....(((......((((((((....))))))))..)))...))))).....))))))))))..(((........)))...............((((.......))))........))))))))).................................................))))..)))))))))))))))
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Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((......)))))...))))))((((.(((((((((((...(.((((((....((.((((((....))))))))..)))))).)........(.((((((((((..(((((.....(((......((((((((....))))))))..)))...))))).....)))))))))).)((((......))))((((())))).....((((.......)))).......)))))))))..((((.......)))).............((......)).......)).))))..)))))))))))))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.(((((((..........((((....)))).......(..((((.............((((((((((....)))))(((((....)))))...........................((((............................(((....))).........................)))).......................)))))...................(((..................)))..........................................)))).)....))))))).)))...
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((......)))))...))))))......(((((((((.((((.((((((.......((((((....))))))....))))))........((((((((....)))))))).......))))....((((((((....)))))))).............(((.((((((..((((.((((......)))))))).))))))....[[[[..)))..]]]]........)))))))))..(((.((((....)))).............[[[[[.))).......]]]]]...)))))))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((..((((((.(((((......)))))...))))))(((...(((((((((.((((.((((((....((.((((((....))))))))..))))))........((((((((....)))))))).......))))....((((((((....))))))))..((......)).....((((((..((((.((((......)))))))).))))))....((((.......))))........))))))))).))).....((((.((((((..((...((((......))))..)))))))).)))).)))))))))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((......)))))...))))))((((..((((((((((.....((((((....((.((((((....))))))))..))))))........((((((((....)))))))).......((((((..((((((((....))))))))...))...)))).....((((((..(((.(((((......)))))))).))))))....((((.......)))).......)))))))))).................................................))))..)))))))))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...((((((((....((..(((((....))))).))..((.(((((.............(((((.((((....))))..((((....))))......................(((((((((((..............((.......(((((((....)))))))...........)).......))))))))..)))...............))))).......((((......(((((..................)))))......))))..............................)))))))..))))))))...))))
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((......)))))...))))))((((..((((((((((((((.((((((.......((((((....))))))....))))))........(((((((((..))))))))).......))))....((((((((....))))))))...(((((((((......((((...)))))))).....(((((.....[[[[[[.....))))).)))))...........)))))))))).((((.......))))((((..........]]]]]].........))))))))..)))))))))))))))
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((b..bbb((hhhhhh(.ccc..cccccc))..bbbbbbbbbb.b((.((((((aa.aa(.((((((....))))))[[[.)))))).....eeee.)Hgggggggggg..gggg(.dd...CCCCCC..dddddddd))).DDDDDDDD.bbb(.(()GGGG..DD.GGGGGGGGGGiiiii(...)))))).CCC.<<<<<<<<<...)]].BBBB.B)BBB..]A.B)BBBBBBBBB).(((((((.>>>.)IIIII..EEEE..AAA>>>>>>.HHHHH.....))))))).)))))))))))))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((((((((...(((((....)))))((((...)))..(((((.........((((((((((....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..............(((....)..............................)).......))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((......(((((..................)))))......)))))(...)..)..)))))))......((........)..)..)))))))))))...
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((((((((...(((((....)))))((((...)))..(((((.........((((((((((....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..............(((....)..............................)).......))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((......(((((..................)))))......)))))(...)..)..)))))))......((........)..)..)))))))))))...
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((.((.(((((...((.(((((((.((..((((.(((...((((((((((..((.((((((....((.((((((....))))))))..))))))........((((((((....)))))))).......((((((..((((((((....))))))))...))...)))).....((((((..((((.((((......)))))))).))))))))..((((.......)))).......)))))))))).)))..((((....))))......))))..)).))..)))))))..))))).)).)))))))))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.((((((.(((((......)))))...))))))(((...((((((((((((((.((((((....((.((((((....))))))))..))))))........((((((((....)))))))).......))))....((((((((....)))))))).....(((.......(.((((((..((((.(((((...).)))))))).)))))))...[[[[..)))..]]]].......)))))))))).))).....((((.((((((.......((((......))))....)))))).))))))))))))))))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((......)))))...))))))((((..((((((((((.....((((((.......((((((....))))))....))))))........((((((((....)))))))).......((((....((((((((....))))))))........)))).....((((((.((((................)))).))))))....((((.......)))).......)))))))))).((((.......))))...........((((......))))........))))..)))))))))))))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.(((((((..........((((....)))).....(((.(((((((((.........((((((((((....)))))(((((....))))).....................(((((.(((((.............................................................))))).))..)))...............)))))))))...((((......(((((..................)))))......))))..............................))))))))..))))))).)))...
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((.((.(((((...((.(((((((.((..((((.(((...((((((((((..((.((((((....((.((((((....))))))))..))))))........((((((((....)))))))).......((((((..((((((((....))))))))...))...)))).....((((((..((((.((((......)))))))).))))))))..((((.......)))).......)))))))))).)))..((((....))))......))))..)).))..)))))))..))))).)).)))))))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((.......(((((..((((((.((((.((..((((.((((...(((((.((.((((((....((.((((((....))))))))..))))))........(((.((((((((((..(((((.....(((......((((((((....))))))))..)))...))))).....))))))))))....))).....)).))))))))))).))..((((.......))))...)).))))))).))).)))))..((....)).))(((((...((((((....)).......))))))))))))))))))))))))
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((((.((((.....((..))(((.(((((((((((((((((((((.(.((((((.(.(..((((((((..))))))))).)))))))))(......).((((((((((((..((......))((((.((((((((..(((......).))))))))))))))....)).))))))))))(((((......)))))(((..)))..(((.(((((....))).))..))))).)))))))))((..))))))))))))))..))))))))))))))......................))))))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..(((((..((((......)))).((.....))......(((((((((......((((((....((.((((((....))))))))..))))))........((((((((....)))))))).......((((((..((((((((....))))))))...))...)))).....((((((..((((.((((......)))))))).))))))....((((.......))))........))))))))).)))))....(((.(((((...((...((((......))))..)).))))).))).))))))))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((..(.(((((...((.(((((((.((..((((.(((...((((((((((..((.((((((....((.((((((....))))))))..))))))........((((((((....)))))))).......((((((..((((((((....))))))))...))...)))).....((((((..((((.((((......)))))))).))))))))..((((.......)))).......)))))))))).)))..((((....))))......))))..)).))..)))))))..))))).)..)))))))))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((.((((((.(((((......)))))...))))))......(((((((((((((....(((....))).((((((....))))))....))))..........((((((((....)))))))).......((((....((((((((....))))))))........)))).....((((((..((((.((((......)))))))).))))))....((((.......))))........))))))))).((((.......))))............((((((............)).))))...))))))))))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((.((((((((((((......))))).........((((<<<<<....)))).>>>>>(((....))).((((((....))))))....))))..........((((((((....)))))))).......((((....((((((((....))))))))...{{{{{)))).....((((((..((((.((((......)))))))).))))))....((((..}}}}}))))........))).......((((.......))))((((.((.....[[[[[[))))))......]].]]]]...))))))))))))).

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