|
|
|
GAGGAAAGUCCAGCCACCGCACCGGGGCCGCGGUGCCGCAAGGCACCUCCCGAGAGGGAGGGCAACGGCGCAGAAACGACACGUCCCGGCGGAUAUGGGGAUGAAAGCGGUGAAGGGCCCCGGCGACGGUGCCCGAGAUAACCCGCAGACGACCCGUCGGGGACCGGUGAAACGGCCGUCCCGCGGGGUGCAAGGCCGAGGAAGGGGCGAUGAGUUCCCGGUGGGAGUCCCGUGUUAGGCCGCUCAGUCGAAUGUCCCCUUGAUACAGAAGGGGGCUUA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.[[[[[[[.((((((((((....)))))(((((....)))))((...((((............((((((((((((.............((((....((((.(((....))).))))........))))......))))))))))..))........)))).)))))))))))...((((......(((((...(((..]]]]]]]))))))))......)))).............................)))))))).
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((.....)).......((.(((..(((..((((((....))))))((((....)))).)))..))).)).....((((.((((((.(......).))))))..((((((...((((.(((....))).))))....((((.((..(((..(((..(((((((((......))..((((((....(((.....)))......))))))....)))))))..))).))).)).)))).))))))..))))...((((((((.......))))))))..) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....(((..((.((((..((((((((...((((((....((.((((((....))))))))..)))))).....((...((((((..........))))))....))......))))))))...))))))....)))..(((((.((((...)))).((((.((((......)))))))))))))......((((.((...(((((.......((((...)))))))))...)).)))).))).....((.((((((((.......)))))))))). |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.........((((((((((....)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((.............................................................))))))))..)))........))))...)))))))))...((((......(((((..................)))))......)))).............................)))))))). |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((.((((((((...((((((....((.((((((....))))))))..))))))..........((((((..........))))))............)))))))).).)))))................(((..((((((((((((((((......))))...................................)))))))))))).)))........................((((((((.......))))))))... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((.................(((((....))))((((((....)))))).........)............(((((((((......................((((.(((....))).))))...................)))))))))..........(((((....((((((((.....(((......................)))....))))))))...)))))...............(((.........))).)).... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((...((((.........((((((((((....))))((((((....))))))...(((((............(((((((((((..............((((....((((.(((....))).))))........)))).......)))))))))..))........))))).))))))))))...((((......(((((.....(.......)....)))))......))))...............(((((.......)))))))))). |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(.((((((.((((((((.(.((((((....((.((((((....))))))))..))))))..........(((((((.......).))))))...........))))))))).).))))).).....((((.((..(((..((((((((((((((((......))))((((()))((.......))........))......)))))))))))).))).)).))))................((((((((.......))))))))... |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))...............(..((((.(((....)))...((((....))))...............................................((...........(((....)))...............))..................................))))..)..................(((..................)))................................................)) |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((((.(((..(((..((((((....))))))((((....)))).)))..)))(((..........[[[[[[.)))......]]]]]]...))))))..((((.(((....))).))))(((....(((((.((((...)))).(((((.(((......)))))))))))))......((((......(((((.......((((...)))))))))......)))).))).(((....[[[[[[[[)))....]]]]]]]]... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...))).(((.(((...))))))....((((((....((.((((((....))))))))..)))))).....((((......((((.(((((((((......(((((...((((.(((....))).))))......).)))).((((...))))..((.(((......))))).((((((.(((..((..(((........)))..))....))).)))))).)))))))))..))))....))))...((((((((.......))))))))... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((....(((((..((((((((...((((((....((.((((((....))))))))..))))))..........((((((..........))))))............))))))))...))))).....))..............((((.(((.((.((((......)))))))))))))......((((......(((((.......((((...)))))))))......))))............((((((((.......))))))))... |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......(.((..............((((.((((....))))..((((....))))......................(((((((((((..............((.......(((((((....)))))))...........)).......))))))))..)))...............))))........((((......(((((..................)))))......)))).............................)))...))) |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...))).(((.(((...))))))....((((((....((.((((((....))))))))..)))))).....((((......((((.(((((((((......(((((...((((.(((....))).))))......)).))).((((...))))..((.(((......))))).((((((.(((..(...(((........)))...)....))).)))))).)))))))))..))))....))))...((((((((.......))))))))... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))....(((((.[[[[[[[[)))))((((.......((((((....))))))....)))).......((((......((((.(((((((((......((((.....]]]]]]]]...(((...))).......))))......((((((((((((........((((((((((..))))))....))))...............))))))))))))..)))))))))..))))....))))...((((((((.......))))))))... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((.........((((((((((....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..............(((...............................)...)).......))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((......(((((..................)))))......)))))(...)..)..)...........((........)..). |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((.........((((((((((....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..............(((...............................)...)).......))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((......(((((..................)))))......)))))(...)..)..)...........((........)..). |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....)).(((...((.(((..(((..((((((....))))))((((....)))).)))..))).))..........{{{{{{))).......}}}}}}..((((((...((((.(((....))).))))....((((.((..(((..(((..(((((((((......))..((((((.(((.........))).....))))))....)))))))..))).))).)).)))).))))))..(((((..[[[[[[)))))......]]]]]]... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...))).(((.(((...))))))....((((((....((.((((((....))))))))..)))))).....((((.((((.[[[[.[[[[[[[[))))...((((((..((((.(((....))).))))....).)).))).((((...)))).....(((......)))...((((((.(((......(((........)))........))).))))))..]]]]]]]]..]]]]....))))((.((((((((.......)))))))))). |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((...(((((..((((((((...((((((.......((((((....))))))....))))))..........((((((..........))))))............))))))))...)))))................((((...))))..))))((((....(((((....((((((((.....((((.....(((((.....)))))))))....))))))))...)))))....))))...((((((((.......))))))))... |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.........((((((((((....)))))(((((....))))).....................(((((.(((((.............................................................))))).))..)))...............)))))))))...((((......(((((..................)))))......)))).............................)))))))). |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....)).......((.(((..(((..((((((....))))))((((....)))).)))..))).)).....((((.((((((.(......).))))))..((((((...((((.(((....))).))))....((((.((..(((..(((..(((((((((......))..((((((.(..(((.....)))..)...))))))....)))))))..))).))).)).)))).))))))..))))...((((((((.......))))))))... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.........((((((((.(((..(((..((((((....))))))((((....)))).)))..))).............((((((..........))))))...))))))..((((.(((....))).)))).......(((((.((((...)))).(((((.(((......)))))))))))))..))..((((......(((((.......((((...)))))))))......)))).)).((......((((((((.......)))))))))). |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))...((((((.(((..(((..((((((....))))))((((....)))).)))..))).............((((((.(......).))))))...))))))..((((.(((....))).))))(((....(((((.((((...)))).((((.((((......)))))))))))))......((((......(((((.......((((...)))))))))......)))).)))........((((((((.......))))))))... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((..........((((((.((((((((.((((((((((((...(((((((..)))))))..((((.(.........)))))(((((((..)))..))))..)))))))))))))))))))).).)))))))(...)((((((....)(((((((.(((((.(((((..)))))...))))))))))))...(((((...((((((((................))))))))...)))))((..........))((((((((...))))))))))))) |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..........(((..(((..((((((....))))))((((....)))).)))..))).............((((((.(......).))))))...........((((.(((....))).))))............................(..((........)).)..............((((........................................))))............((((((((.......))))))))... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....)).......((.(((..(((..((((((....))))))((((....)))).)))..))).)).....((((.((((((..........))))))..((((((...((((.(((....))).))))....((((.((..(((..(((..(((((((((......))..((((((....(((.....)))......))))))....)))))))..))).))).)).)))).))))))..))))...((((((((.......))))))))... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((.........)))).(((....))).((((((....))))))....((((............((((((..........))))))...((((....((((((.......)).))))........))))......((((.((((...((((......)))).))))))))......((((......((((........))))..(((.....))).....)))).....))))...((((((((.......))))))))... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((.<<<..((((....(((....))).((((((....))))))....))))............(((((({{{.......))))))...))))))..((((((}}}....)).)))).......((((..(((.....))).(((((.(((......)))))))).))))......((((......(((((.....)))))...(((.....))).....))))>>>..(((.....[[[[[[[)))....]]]]]]].... |