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GAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGGGGAGGACGCCGGGUAACACCCGGAGGGAGUAAUCCCUGGAAAGGGCCACAGAAAACAGACCGCCAGCGGCCAGAAAGGAUUUUUUCCUUUCUGGUGCGGGCAAGGGUGAAAAGGUGGGGUAAGAGCCCACCGCACCAGGUGGUAACACCUGGUGGCACGGCAACCCCCGUCCGGAGCAAGGCCAAACAGAGCCAUGGGUGCCCCGCCCGCUAAGGCUCAGGUAGGCCGCUUAAGAAGAGGGGUAACCCUCUUCUCAGAGAAAUAAUCACCGCCUGGGGAAAAUUUCCCCAGGUAACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))))((...(((((............((((((((.(((((((((((.....)))))))))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..)))..)))))))))))))...((((......((((..((((.]]]])))).....))))......))))......((((((((....)))))))).................((((((((((...)))))))))).......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((((((...((((.(...((((.....(((((..(((((....)))))........................(((.(((.((((((((((.....))))))))))))).)))..)))))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))))...))))..)))))....)))))..((((...(.(((((.((((((...))))))....))))).)...)))).(((.(((((((((....)))))))))..)))...........((((((((((...))))))))))........)))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................(....((((....)))).).......................(((.((............................)).)))..(((((....((((((.......)))))).(((((((.(....).)))))))....((....)).)))))..(((..((((.....(((((..(((((...))))).....))))).....)))))))...((((((((....))))))))........................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((.((((.....((((.....(((((..(((((....)))))......(((...............))).((.(((((((((((.....)))))))))))))......)))))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))))...))))..)))).))..)))))..((((.....(((((..(((((...))))).....))))).....)))).((..(((((((((....)))))))))...))......((...((((((((((...))))))))))....))..)))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((...))))))(((((....)))))...........................................................................((((((.......)))))).................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.............((((........((((((((((.....))))).((((....)))).......................(((((((((((......................)))))))))..)).......((((((.......)))))).(((((.(((....))).))))).............)))))))))............(((((....................)))))...............((((((((....))))))))................)....................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(............(((((........((((((((((.....))))).((((....)))).........................(((((((((......................)))))))))...........((((((.......)))))).(((((.(((....))).))))).............))))))))))...(((.....(((((.(((((.....)))))....))))).....))).......((((((((....))))))))................)....................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.................(((((.....)))))(((((....)))))......................(((((.((.(((((((((((.....))))))))))))).)))..))((((...((((((.......)))))).(((((((((....)))))))))...................((((..((((...(.(((((.(((((.....)))))....))))).)...)))))))).(((((((((....)))))))))...........)))).((((((((((...)))))))))).......))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((.............(((((.....))))).((((....)))).......................(((((.((.((((...................)))))).)))..)).......((((((.......)))))).(((((((((....)))))))))..................)))((..((((........................................))))))....((((((((....))))))))........................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...(((((............(((((.((.(((((((((((.....))))))))))))).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....))))))))).)..)))..)))))))))))))...((((.....(((((..((((.....)))).....))))).....)))).....(((((((((....))))))))).................(((((((((...)))))))))........)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((((..(...........((((((...))))))(((((....))))))....)))..............(((((.((.(((((((((((.....))))))))))))).)))..))((((...((((((.......)))))).(((((((((....)))))))))..((((......))))...((((..((((.(.(.(((((.((((((...))))))....))))).).).)))))))).(((((((((....)))))))))...........)))).((((((((((...)))))))))).......))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.........................(((((((((((...)))))).((((....)))).........................(((.(..(((.....................))).).)))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))..............)))))................(((((....................)))))...............((((((((....))))))))................................................)....... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(............((((........(((((((((((...))))))(((((....)))))......................(((((((((.(.......................))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))..............))))))))).....(......(((((..((((.....)))).....)))))......)........((((((((....)))))))).................................................)...... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[....)))........]]]](((((((..(((((..(((((....)))))........................(((....(((((((((((.....)))))))))))...)))..)))))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))))..((((......)))).........((((.....(((((.((((((...))))))....))))).[[[.)))).(((.(((((((((....)))))))))..)))........]]]((((((((((...))))))))))......)))))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.....))))....((((((...))))))(((((....)))))((......))..............(((.(((.((((((((((.....))))))))))))).)))...(((((...((((((.......)))))).(((((((((....)))))))))..((((......))))...((((..((((..((.(((((.(((((.....)))))....)))))..)).)))))))).(((((((((....)))))))))...........))))).(((((((((...)))))))))........)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...((((.....((((.....(((((..(((((....)))))........................(((.((.(((((((((((.....))))))))))))).)))..)))))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))))...))))...))))....)))))..((((.....(((((..((((.....)))).....))))).....)))).....(((((((((....)))))))))................((((((((((...))))))))))........))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..........((((........(((((((((((...)))))))(((......)))........(((...........(((((((.(.........).))))..)).)........................((((((.......)))))).((((.((((....)))).))))....))).......))))))))....(((..((.(((((..(((((...))))).....)))))..)).))).....(..(((((((....))))))))................................................)))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((....(((((...(((((((...))))))).(((....))).......)))))..............(((((((.((.....................)))))))))..(((((....((((((.(...).)))))).(((.(((((....))).))))).............))))))))))...(((.....(((((..(((((...))))).....))))).....))).....(.((((((((....)))))))).)................(()).................................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((.....)))(((((((((((...)))))).((((....)))).((......))..............(((.((.(((((((((((.....))))))))))))).)))...(.......((((((.......)))))).(((((((((....)))))))))..........)..))))).((((..((((..((.(((((.(((((.....)))))....)))))..)).)))))))).(((((((((....)))))))))................((((((((((...)))))))))).......)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((........(((((((((((...))))))(((((....)))))......................((((..))))((((((((((.....)))))))))).[[[[[[..((((.....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))))........)))).))))))))))..((((.....(((((..(((..))).]]]]]]...))))).....)))).....(((((((((....)))))))))................((((((((((...))))))))))........)))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((............((((((((((.....))))).((((....))))......................((((((....(((((((((((.....)))))))))))...)))...))).....((((((.......)))))).(((((((((....))))))))).............)))))..(((..((((.....(((((.(((((.....)))))....))))).....)))))))..(((((((((....))))))))).............(((....(((........)))..))).......)))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((..((((..((((.............(((((.....))))).((((....))))..............................................................((...((.........((((.......))))...((((..(((....)))..))))..........))))....))))....................(((.....)))..........))))............((((((((....))))))))....................................(.....)..))......... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...((((..((.........(((((((((..........................)))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((.(((....))).))))))).......))))))))))))))..((((.....(((((.((((((...))))))....))))).....)))).(..(.((((((((....)))))))))..)............)..(..............................)..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...(((((.((.........(((((((((..........................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))((((((.(((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((....(((((.(((((.....)))))....)))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)........................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...((((..((.........(((((((((..........................)))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((.(((....))).))))))).......))))))))))))))..((((.....(((((.((((((...))))))....))))).....)))).(..(.((((((((....)))))))))..)............)..(....................(........))..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...((((..((.........((.((((((..........................))))))...)).))....((((((.......)))))).(((((.(((....))).))))))).......)))))))))))))(..((((.....(((((.(((((.....)))))....))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..)............).........................(........).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((....(((.((..((((.....(((((..(((((....)))))........................(((.((.(((((((((((.....))))))))))))).)))..)))))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))))...))))..)))))....)))))..((((.....(((((.((((((...))))))....))))).....)))).(((.(((((((((....)))))))))..)))...........(((((((((.....)))))))))........))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((.....)))(((((((((((...))))))(((((....)))))........................(((.((.(((((((((((.....))))))))))))).)))...........((((((.(....))))))).(((((((((....))))))))).............))))).((((..((((.....(((((.((((((...))))))....))))).....)))))))).(((((((((....)))))))))................((((((((((...)))))))))).......)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((...((((...)))).))))(((((((..(((((..(((((....)))))......................((((.....(((((((((((.....)))))))))))))))....)))))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))))..((((......))))...((((..((((.....(((((.((((((...))))))....))))).....)))))))).(((((((((....)))))))))................((((((((((...))))))))))......)))))))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))...................................................................(((......((...............)).((.....((....)).....))...........))).....))).........................................................(((...((....))...)))................)....................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(......(((..(.((((........(((..(((((.....))))).((((....))))...................................................................(((......((((((.......)))))).(((((.(((....))).)))))...........))).))))))))..)))......(((((....................)))))...............((((((((....))))))))................).........................(.......)..... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..(.(((.((..((((.....(((((..(((((....)))))........................(((.(((.((((((((((.....))))))))))))).)))..)))))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))))...))))..))))).)..)))))..((((...(.(((((.((((((...))))))....))))).)...)))).(((.(((((((((....)))))))))..)))...........(((((((((.....)))))))))........))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((((((.......(((.((..((((.....(((((..(((((....)))))........................(((.(((.((((((((((.....))))))))))))).)))..)))))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))))...))))..))))))))))))....((((.....(((((.((((((...))))))....))))).....)))).(((.(((((((((....)))))))))..)))............))).(((((...)))))..(((......)))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..(.(((.((..((((.((..((((((((((((....)))))((......))............))(((.((.(((((((((((.....))))))))))))).)))..)))))....((((((.......)))))).(((((((((....))))))))))).))))..))))).)..)))))..((((...(.(((((.((((((...))))))....))))).)...)))).(((.(((((((((....)))))))))..)))...........(((((((((.....)))))))))........))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((((.((((.(...((((.(.(((((((((.((((..)).))((((........))))....((..((((..))))((((((((((.....)))))))))))).....)))))))))..((((((((..)).))))))(((((((((((..)))))))))).))))))..)))))))..)))(((.(((........))).)))((((.((.((((((........))).)).(((.((((((((((((..))))))))))))))).)).)).)))(((((((((((...)))))))))))....).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................(.......)......(.....)..(((...)).).................(((.....))).(.).................. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................((..(............................................................(.....).................(....(.((...........)).)..)...................................((((((...))))))...................(....((((((((....))))))))...).....)..))..(.....((..........)).).................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..(.(((.((..((((.....(((((..(((((....)))))((......))..............(((.((..((((((((((.....)))))))))).)).)))..)))))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))))...))))..))))).)..)))))..((((.....(((((.((((((...))))))....))))).....)))).(((.(((((((((....)))))))))..)))...........((((((((((...))))))))))........))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).((......))...........((((((.((.(((((((((((.....))))))))))))).)))...))).....((((((.......)))))).(((((((((....))))))))).............))))))))))..((((.....(((((.(((((.....)))))....))))).....)))).....(((((((((....)))))))))................(((((((((.....)))))))))........)))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((....(((.((..((((.....(((((..(((((....)))))........................(((.((.(((((((((((.....))))))))))))).)))..)))))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))))...))))..)))))....)))))..((((.....(((((.(((((.....)))))....))))).....)))).(((.(((((((((....)))))))))..)))...........((((((((((...))))))))))........))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((..((((.....))))....(((((.....))))).((((....))))(((.......................)))...((((((((((.......)))))))))).)))))..((((.....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))))..((((......))))...(((...((((.....(((((.(((((.....)))))....))))).....)))).))).(((((((((....)))))))))................(((((((((.....)))))))))......))))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((...(((.....))).)))).(((((.....))))).((((....)))).......((((.................[[[))))((((((((.....))))))))(((((((((..((((.....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))))....{{{.))))..)))))......((((.....(((((.(((((}}}..)))))....))))).....))))]]]..(((((((((....)))))))))............))))(((((((((.....)))))))))................ |
